1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.11.27. ‘OOO영농조합법인’이라는 상호(2009.7.27. ‘OOO조합법인’으로 상호변경)로 설립되어 OOO을 주된 사무소 소재지로 하여 축산물 유통 및 가공업 등을 영위하다가, 조직변경으로 2018.5.31.부터 동일장소를 본점소재지로 하여 농축산물 유통 및 가공업 등을 영위하고 있는 농업회사법인으로, 2014～2017사업연도 기간 중에 축산물(계란) 유통사업으로 발생한 소득금액(이하 “쟁점소득”이라 한다)을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제66조 및 같은 법 시행령 제63조에 의한 법인세 면제대상 소득금액으로 보고 면제세액을 계산하여 해당 사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.10.11.～2018.10.30. 기간 동안 처분청에 대한 감사를 실시하여, 쟁점소득을 조특법 제66조의 법인세 면제대상 소득에 해당되지 아니한 것으로 보아 감면을 배제하여 과세하도록 처분지시하였고, 처분청은 이에 따라 2019.7.4. 청구법인에게 법인세 OOO원을 각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 조특법 제66조의 입법취지는 농업인을 다른 산업종사자와 균형된 소득을 실현하는 경제주체로 성장시켜 농업경영의 안정을 도모하고 경쟁력을 높이려는데 있는바, 처분청은 청구법인이 단순히 계란을 유통업체로부터 매입하여 판매하였다고 판단하였으나, 실제로는 순수 100% 양계를 전문으로 영위하고 있는 양계농가가 조합원으로 구성되어 있는 영농조합법인 등으로부터 구입하고 있으므로 위 규정의 입법취지에도 부합한다.

 (2) 영농조합법인은 그 설립목적이 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하․유통․가공 및 수출 등을 공동으로 하도록 하는 것인바, 청구법인의 정관에 명시된 영농조합법인의 설립목적에 부합하고, 청구법인이 행한 기업적 농업경영을 통해 양계농가 및 양계영농조합으로부터 계란을 구입하여 판매한 행위는 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」제11조 제1항 제6호에 의한 ‘영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업’에 해당되므로 법인세 면제대상에 해당된다.

 (3) 또한, 처분청은 청구법인이 계란을 단순 유통업체로부터 구입하여 매출처에 판매하는 계란유통업으로 판단하였으나, 청구법인은 계란을 전문으로 하는 양계농가 및 계란을 전문적으로 취급하는 영농조합법인으로부터 계란을 매입하여 법인이 직접 가공하여 매출처에 공급하고 있다.

  청구법인은 양계농가 및 양계영농조합으로부터 가공되지 않은 계란을 구매하여 이를 숙성시킨 후 훈연작업을 거쳐 냉각 및 가공, 포장하여 판매하는 사업을 영위하고 있으므로, 이는 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」제11조 제3호의 ‘농산물의 공동출하․유통․가공 및 수출’에 해당되므로, 쟁점소득은 조특법 제66조에 따라 식량작물재배업 소득 이외 소득금액으로 법인세 면제대상 소득에 해당된다.

나. 처분청 의견

 (1) 조세를 면제함으로써 명백히 특혜를 부여하고 있다고 볼 수 있는 규정은 이를 엄격하게 해석하는 것이 조세법률주의 및 조세공평의 원칙에 부합하는바, 조특법 제66조의 영농조합법인에 대한 법인세 면제 규정을 적용함에 있어 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조 제1항에 의한 영농조합법인의 설립목적이 농업인들의 협업적 농업경영과 농산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출을 지원으로 규정되어 있어서 같은 법 시행령 제11조 제1항 제1호 내지 제6호의 사업의 감면대상 여부를 판단하는 경우에도 영농조합법인의 설립목적인 농업인들의 협업적 농업경영과 농산물의 공동 출하 등의 범위 내에서 발생한 소득에 대해서만 면제를 적용하여야 하는 점, 「민법」상 조합은 ‘조합원간 공동사업’을 규정하고 있고 영농조합법인의 경우에도 농업인간의 농업의 공동사업이 그 사업범위에 전제되어야 하며 조특법 제66조에 면제한도를 인별 한도 방식을 규정하고 있는 점 등으로 미루어 보아 청구법인의 사업과 같이 다른 농업활동이 없는 상태에서 조합원이 아닌 일반사업자로부터 상품을 매입하여 대형마트 등에 판매함으로써 발생한 쟁점소득은 법인세 감면적용 대상으로 볼 수 없다.

 (2) 또한, 청구법인은 계란 판매업 외에 농업활동이 없어 보이는 점, 조합원들의 협업으로 영농조합법인에서 농산물을 생산하거나 청구법인의 매입내역으로 농업인 조합원들로부터 매입하여 판매한 내역은 확인되지 않는 반면, 청구법인의 대주주들이 지배하는 특수관계회사인 농업회사법인 OOO 주식회사가 최대매입처로 확인되는 점, 농업인 조합원들에게 그 기여도에 따라 판매금액 보상 등 거래이익을 분배한 내역도 확인되지 않고 청구법인은 설립이후 조합원에게 배당을 한 사실이 없는 점, 청구법인의 ‘업무용승용차 관련비용 명세서’에 따르면 고급 외제차량 등을 청구법인이 취득 또는 임대하여 사용하고 있는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 청구법인은 농업인들이 협업으로 운영하는 영농조합이라기보다는 「상법」에 따른 상사회사의 경영형태로 보이는 등 영농조합법인에 대한 법인세 감면을 적용받을 수 없다.

 (3) 아울러, 단순히 영농조합법인의 형식을 취하였다는 이유만으로 법인세를 면제한다면 동일한 유형의 소득이 발생하는 다른 법인보다 우대하게 되므로 조세평등원칙을 위배하는 점, 청구법인과 같이 사업자가 영농조합의 형식만 취하고 농산물 거래만을 하는 법인에게 모두 조세감면을 적용하게 된다면 그 감면이 확장되는 문제가 발생하여 입법취지에 부합하지 않는 점 등으로 볼 때 쟁점소득을 조특법 제66조에 의한 법인세 면제대상 소득으로 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  계란 유통사업으로 발생한 소득을 조특법 제66조에 의한 영농조합법인에 대한 법인세 면제대상 소득에 해당하지 아니한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 조세특례제한법

제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ①「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

 (2) 조세특례제한법 시행령

제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ① 법 제66조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위의 금액"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」제11조 제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득금액을 말한다.

1. 곡물 및 기타 식량작물재배업(이하 이 조 및 제65조에서 "식량작물재배업"이라 한다) 외의 작물재배업에서 발생하는 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액

2. 작물재배업에서 발생하는 소득을 제외한 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액

⑦ 법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 "농어업경영체 등록확인서"라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

 (3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.

제18조(영농조합법인 및 영어조합법인의 조직변경) ① 영농조합법인 또는 영어조합법인은 총조합원의 일치로 총회의 결의를 거쳐 다음 각 호의 어느 하나의 형태인 농업회사법인 또는 어업회사법인으로 조직을 변경할 수 있다.

1. 합명회사

2. 합자회사

2의2. 유한책임회사

3. 유한회사

4. 주식회사

⑧ 영농조합법인 또는 영어조합법인이 제1항의 조직변경을 한 때에는 본점소재지에서는 2주 내에, 지점소재지에서는 3주 내에 영농조합법인 또는 영어조합법인은 해산등기를, 농업회사법인 또는 어업회사법인은 설립등기를 하여야 한다. <개정 2015. 1. 6.>

 (4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령

제11조(조합법인의 사업범위) ① 영농조합법인의 사업범위는 다음 각 호와 같다.

1. 농업의 경영 및 그 부대사업

2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치ㆍ운영

3. 농산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 및 수출

4. 농작업의 대행

5. 농어촌 관광휴양사업

6. 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업

 (5) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법

제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농업"이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

2. "농업인"이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.

3. "농업경영체"란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제2조제3호에 따른 농업경영체를 말한다.

4. "생산자단체"란 농업 생산력의 증진과 농업인의 권익보호를 위한 농업인의 자주적인 조직으로서 대통령령으로 정하는 단체를 말한다.

 (6) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령

제2조(농업의 범위) 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

1. 농작물재배업 : 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 사료작물 재배업, 풋거름작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)

2. 축산업 : 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업(種畜業)

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

  (가) 청구법인은 ‘OOO영농조합법인’이라는 상호로(2009.7.27. ‘OOO조합법인’로 상호변경) 2007.11.27. 설립되어 OOO에서 축산물 유통 및 가공업, 축산물의 공동 출하 및 가공품 수출입업 등을 영위하다가 2018.4.16. 농업회사법인 OOO 주식회사로 조직변경하고 해산하였으며, 농업회사법인 OOO 주식회사는 2018.5.31. 설립되어 위 장소를 본점소재지로 하여 농축산물 유통 및 가공업, 농축산물의 공동 출하 및 가공품 수출입업 등을 영위하고 있다.

  (나) 청구법인(OOO영농조합법인)은 2014～2017사업연도 기간 중에 쟁점소득을 조특법 제66조 및 같은 법 시행령 제63조에 의한 법인세 면제대상 소득으로 보아 법인세 면제세액 합계 OOO을 계산하여 처분청에 신고하였다.

  (다) 조사청의 감사결과에 따라, 처분청은 쟁점소득이 조특법 제66조의 영농조합법인에 대한 법인세 면제대상 소득에 해당되지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 법인세 OOO원을 각 경정․고지하였다.

  (라) 청구법인의 연도별 계산서 수취내역 및 손익계산서상 당기매입액등은 아래 <표>와 같은바, 청구법인은 조합원의 협업적 농업경영과 농산물의 출하 등을 공동으로 하여야 함에도(「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조 제1항) 농업회사법인 등 대부분 일반사업자로부터 계란을 매입하여 가공․판매하였고, 농업인 조합원과 공동으로 농업경영을 하거나 조합원에게 이익을 배당한 사실이 없는 것으로 나타난다.

  (마) 국립농산물품질관리원이 운영하는 농업경영체 등록관리시스템 조회자료에 의하면, OOO조합법인은 2016.3.24. 농어업경영체로 신규등록하여 2018.11.21. 등록제외된 것으로 나타난다OOO.

  (바) OOO영농조합법인(OOO조합법인)의 정관에 명시된 주요 목적사업과 조합원 자격 등은 다음과 같다.

 (2) 법인세 면제신청시 농어업경영체 등록확인서의 제출과 관련하여, 조특법 시행령 제63조 제7항의 개정내용은 아래 <표>와 같다.

<표> 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항 개정사항

 (3) 한편, 청구법인은 2020.2.4. 조세심판관회의에 참석하여 거래처 중 조합원으로부터도 상당한 분량의 계란을 매입하여 가공․유통하고 있다고 진술하면서 거래처(조합원) 매입내역을 제출하였는바, 이에 대해 조사청이 청구법인의 조합원 매입내역과 조합원 명부 및 계산서 수취내역 등을 대조․확인한 결과 2014～2017년 기간 중에 청구법인이 조합원으로부터 계란을 매입한 금액은 총 OOO원으로 나타난다(연도별 조합원으로부터의 매입내역은 아래 <표> 참조).

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 시행령 제63조에 따라 법인세가 면제되는 소득 중「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」제11조 제1항 제6호의 ‘그 밖에 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업’이란 형식적으로 정관에 기재된 것만으로는 부족하고, 정관에 기재된 그 사업내용이 실질적으로「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」제11조 제1호 내지 제5호에서 정한 영농조합법인의 사업 즉, 농업의 경영 및 부대사업(제1호), 농업에 관련된 공동이용시설의 설치·운영(제2호), 농산물의 공동 출하·유통·가공 및 수출(제3호), 농작업의 대행(제4호), 농어촌 관광휴양사업(제5호)에 준하는 사업이거나 협업적 농업경영을 통한 생산성 증대라는 영농조합법인의 목적달성에 직접적으로 필요한 사업으로 보는 것이 타당하다 할 것인바(대법원 2012.8.17. 선고 2012두9772 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따라 설립된 영농조합법인임에도 농업활동을 직접 수행하지 아니하고 대부분 특수관계법인 등 일반사업자들로부터 계란을 매입하여 유통업체에 판매하는 사업자로, 그 사업내용이 영농조합법인의 목적달성, 즉 ‘조합원간 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 공동 출하·가공·수출’에 직접적으로 필요한 사업이라고 볼 사정이 없는 점,

  조특법 제66조 및 같은 법 시행령 제63조에 의한 영농조합법인에 대한 법인세 면제규정은 조합원간의 협업에 의하여 농산물을 조합에서 직접 생산한 농산물을 판매·유통함으로써 개별 조합원의 이익 증대라는 공동의 목적이 분명하고 그 결과 발생한 소득에 대하여 법인세를 감면하여 종국적으로는 농업인 조합원에게 이익이 돌아가게 하는 것이 입법취지인바, 청구법인이 계란을 직접 생산하여 조합원들이 공동으로 판매하지 아니하고, 계란 유통사업에서 발생한 수익을 조합원들에게 배분한 내역도 확인되지 않는 점 등으로 보아 당초 영농조합법인의 설립목적이나 위 법인세 면제규정의 입법취지에도 부합하지 아니하는 점 등에 비추어 계란 유통사업으로 발생한 소득을 전액 조특법 제66조에 의한 영농조합법인에 대한 법인세 면제대상 소득에 해당한다고 보기 어려운 것으로 판단된다.

  다만, 조사청의 확인결과 2014～2017년 기간 중에 청구법인이 조합원으로부터 계란을 매입한 금액은 총 OOO원인바, 이중 2015.1.1.부터 시행된 법인세 면제신청시 농어업경영체 등록확인서 제출요건(조특법 시행령 제63조 제7항)을 충족하지 못한 2015사업연도 조합원으로부터의 계란 매입분을 제외하고, 2014․2016․2017사업연도 조합원 매입금액 합계 OOO에 대응하는 매출액을 확인하고 각 법인세 면제대상 소득금액을 산출하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.