주 문

OOO장이 2019.4.15. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO소재 목장용지 19,835㎡에 관한 청구인의 취득가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2002.7.18. OOO 목장용지 19,835㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2013.3.20. 양도하였다.

나. 청구인은 2013.5.21. 양도가액은 실지거래가액인 OOO원, 취득가액은 환산가액인OOO원, 필요경비는 OOO원으로 하여 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

다. 처분청은 2019.4.5. OOO 조사국으로부터 쟁점토지의 검인계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다) 등 과세자료를 통보받음에 따라, 환산가액을 부인하고 쟁점계약서상의 매매금액인 OOO원을 쟁점토지의 취득신고가액인 쟁점토지의 실지거래가액으로 하여, 2019.4.15. 청구인에게 2013년도 귀속 양도소득세 OOO원을 경정⸱고지 하였다

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점계약서는 실제계약서가 아니고, 쟁점토지의 실제 거래내용과는 다르므로, 이를 근거로 청구인에게 양도소득세를 경정하여 부과한 처분은 취소되어야 한다.

  (가) 쟁점토지의 실제 계약서는 분실되어 확인할 수 없지만, 취득 당시의 실제 거래 내용은 토지매입대금 OOO원, 부지조성비 OOO원이고, 지급증빙 및 취득 당시의 기준시가를 고려할 때, 청구인이 양도인에게 실제 지급한 금액은 쟁점계약서의 매매금액 OOO원보다 많음을 알 수 있다.

  (나) 이에 대한 지급증빙을 살펴보면, 청구인은 2002.4.30.부터 2002.8.5.까지 아래 <표>와 같이 총 OOO을 쟁점토지의 매매금액 및 조성비로 지급하였고, 당시 매매계약 및 부지조성공사를 위임하여 시행하였던 고ㅇㅇ이 위 내용이 사실임을 확인하였으며, 청구인은 급여생활자로 평소 금용거래 내역에서와 큰 지출내역이 없는바, 당시 지출된 큰 금액은 쟁점토지 취득을 위해 지출된 것임을 알 수 있다.

<표> 쟁점토지 취득 관련 현금 및 수표 지급증빙 내역

  (다) 또한, 쟁점계약서상 매매가격인 OOO원은 매매 당시 쟁점토지의 기준시가인 OOO원 수준의 금액으로, 청구인이 2013년 3월 쟁점토지 매매시 실제 매매가액인 OOO원이 당시 기준시가인 OOO원의 4배 수준인 점과 비교하여 볼 때, 시세를 반영하고 있다고 보기 어렵다.

 (2) 쟁점토지 조성 및 매매와 관련한 사실관계 일자 등으로 볼 때, 쟁점계약서의 계약일자(2002.7.6.)는 사실과 다른바, 쟁점계약서는 실제계약서가 아님을 알 수 있다.

  (가) 쟁점토지의 조성과정을 살펴보면, 제주특별자치도 OOO의 초지전용 허가기간이 2002.6.1.부터인 것으로 확인되고, 2002.6.21. 대체초지조성비가 납입된 것으로 확인되며, 2002.7.3. 산110, 산109-2가 등록 전환 및 합병되어 같은 리 2156(이하 “분할 전 토지”라 한다)이 되었고, 2002.7.6. 분할 전 토지에서 쟁점토지(2156-5)가 분할되어 매매계약이 체결되었다.

<표> 쟁점토지 취득관련 사실관계 일자

  (나) 이상의 사실관계의 일자 순으로 볼 때, 쟁점토지 분할시점에 매매계약을 체결하였다는 것은 상식적이지 않고, 양도할 토지의 매매가격 결정을 위해서는 초지전용허가와 면적이 확정되어야 하므로 적어도 2002.6.1.이전에 매매계약이 체결되었다고 보는 것이 타당하다.

  (다) 따라서 지급증빙상 나타나는 최초 매매대금 지급일인 2002.4.30.을 실제 계약일로 보는 것이 합리적이고, 처분청이 제시하는 쟁점계약서상의 계약일은 실제 계약일이 아님을 알 수 있다.

(3) 판례 등에서도 검인계약서상 매매가액이 실지거래가액에 해당하지 않는다고 볼 사정이 있는 경우에는 검인계약서상 매매가액을 실지거래가액으로 인정하지 않고 있다.

나. 처분청 의견

 (1) 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 매매계약서의 내용대로 작성되었다고 추정되므로 청구인이 실제계약서, 금융증빙 등 청구주장에 대한 증빙을 제시하지 아니하는 한 검인계약서상 매매가액을 실지취득가액으로 보아 과세한 처분청의 처분은 정당하다

  (가) 청구인은 쟁점토지에 대한 거래사실 증명을 위하여 2019.6.12. 쟁점토지 전소유자에게 내용증명을 발송하였으나 회신이 없어 해당 사실이 확인되지 않고, 당초 쟁점토지에 대한 실제계약서 및 영수증 등 거래증빙과 금융증빙을 제출하지 않아 청구주장의 신빙성이 없다.

  (나) 또한 청구인은 쟁점토지의 초지전용과 관련하여 대체초지조성비를 2002.6.21. 납부한 사실 등에 비추어 쟁점계약서상 계약일인 2002.7.6.은 사실이 아니고, 실제계약서는 2002.4.30.에 작성되었으며, 청구인은 초지전용을 위한 부지정지, 도로개설, 전기통신시설 및 조경공사를 2002년 4월에 착수하여 2002년 6월에 완료하였다고 주장하나 관련 증빙 자료를 제출하지 않아 이를 확인할 수 없다.

  (다) 검인계약서가 실제와 다르다는 주장의 입증책임은 청구인에게 있으나, 청구인이 이를 입증할 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로, 당초 신고한 환산취득가액을 부인하고 검인계약서상 매매가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 경정⸱고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  검인계약서인 쟁점계약서에 기재된 매매가액을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산 한다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 (2) 소득세법 시행령

제163조(양도자산의 필요경비) ⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

2. 거주자가 부동산 취득시 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조 제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정 신고 시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점토지의 매매계약서(계약일 2013.3.18.)를 보면, 청구인은 농업회사법인 ㈜OOO에 쟁점토지를 OOO원에 매도한 것으로 나타난다.

 (2) 쟁점토지 등기사항전부증명서를 보면, 지목은 목장용지이고, 2002.7.18. 분할 전 토지에서 분할되어 이기되었으며, 청구인이 매매를 원인으로 2002.7.18. 취득하였다가 2013.3.20. 매매를 원인으로 ㈜OOO에 양도한 것으로 나타난다.

 (3) 분할 전 토지OOO의 등기사항전부증명서를 보면, 목장용지 19,835㎡가 2002.7.18. 쟁점토지(2156-5)로 분할되어 이기된 것으로 나타난다.

 (4) 처분청이 과세근거에 관한 증빙으로 제출한 자료를 통하여 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) OOO장이 2016.10.19. 처분청에 통보한 양도소득세 과세자료 및 첨부된 쟁점계약서 사본에 의하면, 쟁점토지의 거래일자는 2002.7.6.이고, 매도인은 김**, 매수인은 청구인이며, 매매대금 OOO원은 계약시 일시불로 지불한 것으로 나타난다.

  (나) 쟁점토지의 양도소득세신고서를 보면, 양도가액은 OOO원, 취득가액은 환산가액인 OOO원, 필요경비는 개산공제액인 OOO원으로 하여 2013년 귀속 양도소득세 OOO원이 2013.5.21. 신고된 것으로 나타난다.

  (다) 양도소득세 결정결의서를 보면, 양도가액은 OOO원이고, 취득가액은 OOO원, 필요경비는 OOO원으로 결정세액은 OOO원이고, 신고불성실가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원을 합한 총 결정세액은 OOO원이며, 기납부세액 OOO원을 차감한 차감고지세액은 OOO원으로 나타난다.

 (5) 청구인이 청구주장에 관한 증빙으로 제출한 자료를 통하여 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 부동산정보 조회시스템에 의하면, 2002.7.3. OOO이 등록 전환되어 같은 리 2156-1이 되고, 2156-1은 분할 전 토지(2156)으로 합병되었으며, 산 109-2는 등록전환 되어 분할 전 토지로 합병되었고, 2002.7.6. 분할 전 토지에서 쟁점토지가 분할된 것으로 나타난다.

  (나) 청구인이 제출한 쟁점토지 취득관련 지급증빙을 보면, 청구인은 2002.4.30.부터 2002.8.5.까지 총 OOO을 인출한 것으로 나타난다.

  (다) OOO의 ‘초지관리제외’ 내부결재 공문(OOO-6290, 2006.6.19. 시행)을 보면, ‘수허가자인 홍** 외 2명으로부터 초지전용 완료 신고가 있어 현지 확인결과 허가 전용 목적대로 완료됨에 따라 아래와 같이 초지전용 면적에 대하여 초지관리면적에서 제외하겠습니다.’라고 기재되어 있고, 아래 초지관리 제외내역에는 수허가자는 홍**외 2명, 초지 소재지는 OOO 외 6필지가 기재되어 있다.

  (라) ‘초지관리제외’ 공문에 붙임으로 되어 있는 초지전용 완료내역을 보면, 수허가자 홍**과 소재지 산110(2156) 및 산109-2(2156)가 나타나고, 전용목적은 다가구주택 및 진입로, 전용 면적은 각 9,747㎡, 151㎡, 초지관리 해제내역은 각 9,747㎡, 151㎡, 초지관리 해제사유는 초지전용 완료로 나타난다.

  (마) 초지전용 완료 신고서(2006년 6월)를 보면 신고인은 홍**이고, 전용초지의 소재지는 OOO외 1필지이며, 전용허가면적 및 전용면적은 9,898㎡이고, 전용목적은 다가구주택 신축 및 진입로 개설이며, 전용기간은 2002.6.1.~2004.12.30.이고, 대체초지조성비 납입일은 2002.6.21.로 나타난다.

  (바) 청구인은 쟁점토지의 매매계약, 대금지급, 개발행위를 위임받아 시행하였다고 주장하는 고**의 확인서를 제출하였고, 확인서에는 쟁점토지의 매매대금은 OOO원이며, 고**은 청구인에게 현금과 수표로 지급받아 매도인에게 지불하고 영수증 등을 바로 청구인에게 전달하여 확인을 받았고, 토지개발과 관련하여 OOO외 6필지(62,229㎡)의 개발비용을 받아 공사를 시행하였다고 확인한 것으로 나타나 있다.

 (6) 청구인은 2019.12.3. 조세심판관회의에 출석하여 쟁점계약서는 청구인이 알지 못하는 계약서로 실제 매매계약서에 해당하지 않고, 쟁점토지의 분할 전 토지에서 분할된 다른 토지들이 2006년부터 2013년 기간 동안 거래당시 개별공시지가의 약 OOO배 수준으로 거래가 되었으며, 쟁점토지의 매매금액은 OOO원이고, 조성비까지 포함하면 약 OOO원이 소요되었으며, 청구인은 급여생활자로서 평소 금용거래 내역에서와 큰 지출내역이 없는바, 금융증빙상 당시 지출된 큰 금액은 쟁점토지 취득을 위한 것이라고 진술하였다.

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 실지계약서, 금융증빙 등 청구주장에 대한 증빙이 확인되지 않으므로 쟁점계약서상 매매가액을 쟁점토지의 실지취득가액으로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, 과세처분에 관한 처분의 적법성 및 과세요건⸱사실의 존재에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하고 있는 점, 쟁점계약서상 매매가액인 OOO원은 당시 쟁점토지의 기준시가인 OOO원 수준으로 시세를 반영하고 있다고 보기 어려운 점, 청구인이 실제 매매대금은 OOO원이라고 주장하며 금융증빙을 제시하고 있고, 금융증빙상 그에 상응하는 금액이 인출된 것으로 나타나고 있는 점, 청구인이 2019.12.3. 조세심판관회의에 출석하여 청구인은 급여생활자로서 평소 금융거래 내역에서와 큰 지출내역이 없는바, 금융증빙상 당시 지출된 큰 금액은 쟁점토지 취득을 위한 것이라고 진술한 내용이 신빙성이 있어 보이는 점, 쟁점토지 취득 당시의 개별공시지가OOO대비 양도 당시의 개별공시지가OOO의 상승률은 약 OOO%인데, 처분청이 결정한 쟁점토지의 취득가액OOO 대비 양도가액OOO 상승률은 약 OOO%로서 약 OOO에 해당하는 반면, 청구인이 주장하는 취득가액OOO 대비 양도가액OOO 상승률은 약 OOO로 개별공시지가 상승률과 유사한 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 쟁점계약서상에 기재된 OOO원을 쟁점토지의 실지취득가액으로 봄은 합리적이지 아니한 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점토지의 취득가액을 재조사하고, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.