1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO출자로 설립된 후 OOO백신사업부를 인계받아 백신의 제조 및 판매업을 영위하고 있는 법인으로, 2001.4.30. 글로벌 제약회사인 OOO소아용 5가 혼합 OOO공동 개발 및 제조를 제휴하기로 하는 Collaboration Agreement(이하 “협업계약”이라 한다)를 체결하였고, 2006년 11월 경 혼합백신 개발에 성공하였으며, OOO4가 백신을 수입[원재료 원가 + 매출총이익(판매가격-원가)의 60%]하여 청구법인이 생산한 1가 백신을 혼합하여 5가 백신인 OOO생산·판매하였다(이하 협업계약에 의한 OOO개발 및 생산·판매 거래를 “쟁점거래”라 한다).

<표1> 협업계약의 주요 내용

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.12.14.부터 2016.4.29.까지 청구법인의 2013사업연도의 법인세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점거래를 공동사업으로 판단하여 OOO청구법인의 사업장에 국내 고정사업장을 둔 것으로 하여 사업자등록을 하였고, 2016.8.12.부터 2016.10.25.까지 OOO국내 고정사업장의 2009∼2015사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, OOO국내 고정사업장이 4가 백신 원재료를 청구법인에게 공급하고 수취해야 할 원재료 대가보다 초과하여 수취한 금액을 OOO공동사업에서 발생한 수익으로 보아 법인세를 과세하였다.

다. 국세청 감사관실은 2017.11.27.부터 2017.12.15.까지 조사청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 조사청이 쟁점거래를 공동사업으로 간주하였으면 ‘OOO공동사업자’를 직권으로 사업자등록을 하여야 하고, OOO공동사업자를 거래 당사자로 보아 부가가치세 납세의무를 부담하도록 하여야 한다는 감사지적을 하였고,

 처분청은 이에 따라 (1) 청구법인이 OOO4가 백신을 수입하면서 수취한 수입계산서는 OOO공동사업자가 수취하였어야 하는 것으로 보아 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 불공제하고, (2) 청구법인이 직접 생산한 1가 백신을 원재료로 사용한 것은 청구법인이 OOO공동사업자에게 매출한 것으로 보아 매출세액 및 세금계산서불성실가산세를 가산하여 2013년 제1기∼2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO경정·고지하였으며, (3) 청구법인과 OOO5가 백신을 해외시장에 판매한 것을 OOO공동사업자가 판매한 것으로 보아 OOO공동사업자에게 영세율 과세표준 신고불성실가산세 및 사업자미등록가산세를 적용하여 2012년 제1기∼2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO결정·고지하였다.

<표2> 처분청의 과세내역

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.5., 2018.12.27. 및 2019.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인과 OOO공동사업자에 해당한다고 보기 어렵고, 설령 공동사업자의 요소가 일부 인정된다 하더라도 거래관계를 재구성하여 부가가치세를 과세한 처분은 위법하다.

  (가) 청구법인과 OOO「법인세법」 목적상으로도 공동사업자에 해당하지 않는다.

   1) 법원은 “공동사업”이라 함은 (1) 당사자 사이에 개별적인 출자 여부, (2) 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정의 유무, (3) 공동사업에 필요한 재산에 대하여 합유적 귀속 유무, (4) 사업운영에 내부적인 공동관여 유무, (5) 사업의 대외적인 활동 주체와 형식 등 구체적·실질적 사정을 종합적으로 고려하여 판단해야 한다는 입장을 취하고 있고(서울행정법원 2011.5.27. 선고 2010구합10365 판결), 나아가 “하나의 사업에 참여한 당사자들간 공동사업에 관한 권리의무가 실질적, 경제적으로 공동으로 귀속하게 되는 것인지를 판단함에 있어서는 당사자들이 사업자등록, 소득세 신고내용 등의 형식과 출자에 이르게 된 사정과 출자 여부, 손익의 귀속관계, 경영에의 참가 여부, 당해 사업의 운영형태 등 제반사정을 종합하여 판단하여야 할 것이고, 이러한 과세요건 사실에 대한 입증책임은 과세권자에게 있다”고 보고 있다(대법원 2009.3.12. 선고 2009두744 판결).

   2) 쟁점거래는 공동사업으로서의 요건을 갖추지 못한다.

    가) 당사자 사이에 개별적인 출자가 없다.

    협업계약의 당사자인 OOO협업의 목표인 5가 백신의 제조를 위하여 기존에 개발된 백신물질 4가지(디프테리아, 파상풍, 백일해, B형 헤모필루스 인플루엔자)를 이탈리아 및 독일 소재의 공장에서 생산하여 청구법인에게 판매하였고, 청구법인은 위 4가 백신을 구입하여 직접 생산한 B형 간염 관련 백신물질과 함께 배합, 충전 및 포장작업을 수행하였는데, 쟁점거래는 명백히 원재료 물질의 판매거래이이므로 이를 출자로 볼 여지가 없다. 백신을 배합한 결과인 5가 백신인 OOO청구법인간에 합유되는 것이 아니라 청구법인의 단독 소유라는 점을 보아도 청구법인은 원재료 물질을 공급받으면서 그 구입대가를 지급하였을 뿐이라는 사실이 확인된다. 또한, 각 회사는 설비 등의 투자를 각 회사의 계산과 책임으로 별도로 하고 있고, 재고위험도 각 회사가 별도로 부담하였으며, 마케팅 비용과 판관비 등의 제반비용 또한 모두 각 회사가 개별적으로 부담하였다.

    OOO생산에 있어 가장 핵심적이고 중요한 부분은 각 구성백신 자체에 대한 연구·개발 및 생산인데, 청구법인과 OOO5가 백신을 구성하는 원재료 백신에 관한 연구개발은 단독·독립적으로 완료한 상태였고, 청구법인이 수행하는 2차 배합 등 그 이후의 과정은 단지 5개의 백신을 단순결합하는 부수적인 공정에 불과하며, 5가 백신을 만들어내는데 공동부담한 연구개발비는 극히 제한적인 부분이라 일부 공동개발비를 부담하였다고 하여 이를 공동출자에 이르는 것으로 볼 수 없다.

    나) 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정이 없다.

    청구법인은 OOO수입한 4가 백신의 이전가격을 청구법인의 OOO매출액에서 OOO제품의 제조 및 판매 과정에서 발생한 원재료비를 차감한 매출총이익(Gross Margin per Unit)의 60%로 산정하였는데, 이는 이익분할법을 활용한 원재료 대가 지급방식으로 사업의 성과에 따른 이익분배로 볼 수 없다. 단순히 이전가격이 이익분할법에 따라 책정되었다고 해서 사업의 손익이 공유되므로 공동사업을 한다고 본다면 이전가격 책정이 이익분할법으로 정해지는 모든 경우가 공동사업이라는 불합리한 결론에 이르게 된다.

    청구법인과 OOO공동사업자에 해당한다고 보기 위해서는 OOO판매로 인한 손실을 포함한 모든 위험을 청구법인과 OOO공동으로 부담하여야 하나, 손실을 이익분배와 같은 방식으로 분배한다는 손실분배 약정 또한 존재하지 않고, 마케팅 비용 및 일반 판관비도 공동으로 부담하지 아니한다. 처분청은 벌크공급계약서상 일방의 귀책사유에 해당하지 않는 리콜의 경우 공동으로 비용과 경비를 분담하도록 하고 있다는 의견이나, 협업계약서를 보면 OOO의해 초래되거나 청구법인 측에 귀속될 수 없는 원인으로 인한 경우를 제외하면 원칙적으로 청구법인이 리콜비용을 전적으로 부담하도록 되어 있다.

    또한 청구법인과 OOO간의 벌크공급계약서 OOO실제 판매가격이 예상 판매가격보다 하락하는 경우라고 하더라도 OOO예상 판매가격에 따라 계산된 원재료 이전가격에 대한 조정은 이루어지지 않으므로 가격하락으로 인한 이익 감소의 위험은 청구법인이 단독으로 부담하고 있고, 손실을 보게 되더라도 청구법인이 단독으로 부담하여야 한다. 뿐만 아니라 청구법인은 OOO매년 일정량의 백신 원재료 물질을 구매하지 못하는 경우 손해배상책임을 부담하게 약정하였는데, 2015∼2018년 매출저조로 최소구매수량을 구매하지 못하여 매년 약 OOO이르는 손해배상금을 지급하였다.

    다) 공동사업에 필요한 재산을 합유하고 있지 않다.

    협업계약서상으로는 양 당사자가 OOO관련한 모든 협업기술과 협업재료를 공동으로 소유하도록 규정하고 있으나, 실제로 생성된 협업기술이나 협업재료는 없다. 당사자의 협업으로 인해 생성된 것은 오로지 OOO자체인데, 세계 공공시장에 판매된 OOO처음부터 청구법인의 단독소유였다.

    라) 각 당사자의 사업운영에 대한 내부적 공동관여가 존재하지 않는다.

    협업계약 제5.1조에 의하면 각 당사자는 약정에 따라 구분된 관할지역 내에서 각각 마케팅 및 판매에 대한 독점적인 권리(청구법인은 WHO, UNICEF 등의 국제기구를 통한 세계공공시장에 대한 판매권, OOO그 외 시장에서의 판매권)를 가진다. 청구법인은 OOO유통, 판매를 독점적으로 영위하였고, OOO청구법인의 OOO제조 및 판매사업에 일절 관여한 적이 없다.

    마) 대외적인 활동주체와 형식을 보아도 공동사업이 아니다.

    처분청은 OOO백신에 양 당사자의 상호를 표기하고 있다고 하여 공동으로 제품 판매의 주체로서 활동하고 있다는 의견이나, OOO청구법인이 원재료의 공급자임을 표시하는 것에 불과하고, 청구법인과 OOO각 제품의 판매지역부터 구별되어 있어 대외적으로 공동으로 활동하고 있다고 볼 수 없으며, 각종 마케팅 활동 역시 각각의 명의로 이루어졌다.

   3) 판례와 심판례의 입장을 보아도 공동사업으로 볼 수 없다.

   대법원 판례에서는 “조합계약은 2인 이상이 상호 출자하여 공동으로 사업을 경영할 것을 약정하는 계약으로서(「민법」 제703조), 특정한 사업을 공동경영하는 약정에 한하여 이를 조합계약이라 할 수 있고, 공동의 목적 달성이라는 정도만으로는 조합의 성립요건을 갖추었다고 할 수 없다”고 판시하고 있다(대법원 2007.6.14. 선고 2005다5140 판결 등).

   또한 대법원 판례는 수익금을 일부 배당하거나 수익을 지분비율에 따라 분배한다는 사정만으로 공동사업에 해당하지 않는다는 입장을 취하고 있는바(대법원 2008.7.10. 선고 2007다44965 판결, 대법원 2010.10.28. 선고 2010다51369 판결), 이익분할법을 사용하여 이를 OOO청구법인에게 판매하는 원재료 백신의 마진에 가산하였다는 사정만을 근거로 「법인세법」 목적상 공동사업자에 해당한다고 볼 수 없다.

  (나) 「법인세법」 목적상 일부 공동사업의 요소들을 인정한다 하더라도 거래관계를 재구성하여 청구법인의 「부가가치세법」상 세무처리를 부인하는 처분은 위법·부당하다.

   1) 대법원은 「부가가치세법」상 당사자들이 형성한 사법적 법률관계를 존중하여 부가가치세 과세여부를 판단하고 있다.

   처분청은 청구법인이 판매하는 OOO백신의 이익이 일부 OOO마진으로 분할되어 귀속된다는 점에서 「법인세법」상 공동사업자에 해당한다고 판단하였으나, 설령 이를 이익의 분배로 보아 「법인세법」 목적상 공동사업의 요소가 있다고 가정하더라도 사법적 계약관계의 외형을 중시하는 「부가가치세법」상으로는 원재료 매입거래 및 OOO매출거래의 거래당사자가 아닌 자를 거래당사자로 의제할 수는 없다.

   최근 대법원에서는 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 가지고 있으므로 「부가가치세법」상 납세의무자에 해당하는 지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생하는 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다는 입장을 명백히 밝힌바 있다(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결).

   따라서 이와 같이 「부가가치세법」상 공급자 또는 공급받는 자의 판단에 있어서 계약의 외형을 중시하는 대법원 판례의 입장을 볼 때, (1) OOO청구법인에게 OOO백신 원재료가 되는 4가 백신을 판매한 계약, (2) 청구법인이 OOO백신을 최종 제조하여 매출처에 판매한 계약 또한 그 계약의 외형에 따라 「부가가치세법」상 재화의 공급자 및 공급받는 자를 판단하여야 하는 것이다.

   2) 청구법인이 수취하고 발급한 세금계산서는 계약관계의 권리·의무에 따른 것으로서 적법하다.

    가) 청구법인이 4가 백신을 구매한 부분

    청구법인은 OOO백신 원재료가 되는 4가 백신의 판매계약상 공급받는 자로 표시되어 있으므로 재화를 공급받는 자는 공동사업자가 아닌 청구법인임이 명백하다.

    판매계약의 실질을 보더라도 4가 백신의 판매계약의 구매자로서 권리의무를 가지는 것은 청구법인일 뿐이고, OOO백신의 판매자로서의 권리의무를 가질 뿐이다. 나아가 청구법인과 OOO공동사업자에 해당한다면 4가 백신을 “합유”하는 형태로 소유하여야 하는데 4가 백신은 청구법인이 온전한 단독소유로서 권리를 가질 뿐이다.

    나) 청구법인이 직접 생산한 1가 백신을 원재료로 사용한 부분

    청구법인은 직접 생산한 간염백신을 청구법인이 판매하는 OOO제조과정에서 원재료로 사용한 것일 뿐, 이를 공동사업자가 구매하는 계약을 별도로 체결한 바가 없다. 만약 이와 같이 구매계약이 존재하지 않음에도 세금계산서를 발급하였다면 오히려 과세관청은 이를 가공세금계산서로 판단하였을 가능성이 있다.

    다) OOO백신을 해외 공동시장에 판매한 부분

    청구법인이 OOO백신을 해외 공동시장에 판매한 계약상 판매한 계약 당사자는 청구법인일 뿐 공동사업자가 아니고, 판매대금을 지급받을 권리도 공동사업자가 아닌 청구법인이 가지고 있으며, 만약 구매처가 대금을 미지급할 시 그 위험을 부담하는 것 또한 공동사업자가 아닌 청구법인이다.

   3) 일부 공동사업자의 요소가 있다고 하더라도 구성원 1인이 세금계산서를 수취할 수 있다.

  「부가가치세법 시행령」 제14조 제1항 제6호 규정에는 공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경된 경우에는 사업자등록을 정정하도록 규정하고 있으나, 「부가가치세법 시행령」 제69조 제15항 및 제14항은 “동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 조합원 또는 그 밖의 구성원을 위하여 재화를 공급하거나 공급받는 경우에는 구성원이 대표로서 세금계산서를 수취하고 발급받을 수 있다”는 취지로 규정하고 있고, 반드시 공동사업자로 별도로 등록한 후 공동사업자 명의로만 세금계산서를 수취하고 발급하여야 한다는 법률 규정이 없다.

   조세심판원은 공동사업자에 해당하는 사안에서 “공동사업자로 등록하지 않고 그 중 1명의 명의로 세금계산서를 수취·발급한 경우라도 그 공동사업이 기존에 건설업을 영위하였던 사업의 연장선이고 쟁점사업의 부가가치세가 모두 신고·납부되었으므로 부가가치세 세원관리에 별다른 문제가 있다고 보기 어려운 경우, 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다”고 결정하였다(조심 2009서1637, 2010.5.4.)

   4) 쟁점거래를 통해 부가가치세가 탈루된 바도 없고, 세금계산서 발급의 거래질서를 어지럽힌 결과도 발생하지 아니하였다.

   쟁점거래를 통해 관련 부가가치세가 모두 국가에 신고·납부되어 부가가치세가 탈루되지 아니하였을 뿐만 아니라, 부가가치세 세원관리에 문제가 발생하지도 아니하였다.

   조세심판원 결정 및 국세청 유권해석에서도 위탁거래(순액거래)의 요소가 강하여 일반 매매거래(총액거래)인지 여부가 모호한 사안(즉, 공급계약의 당사자가 누구인지 모호한 사안)이라고 하더라도 총액거래를 통하여 부가가치세가 탈루되거나 거래단계가 왜곡된 사실이 없는 점 등을 고려하여 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없다는 입장을 밝힌바 있다(조심 2016부275, 2016.12.20., 조심 2014구3765, 2017.11.8., 국세청 서면 2016-법령해석부가-2429, 2015.12.14.).

 (2) 국세청 감사관실의 감사로 인한 처분청의 추가 자료요청은 중복조사에 해당한다.

  (가) 조사청은 2015년경 청구법인의 2010∼2015사업연도에 대한 법인세, 부가가치세, 원천세 등을 포괄하여 세무조사(이하 “1차 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 부가가치세에 대해서는 별도의 과세 없이 세무조사를 종결하였다. 조사청은 이처럼 1차 세무조사가 오래 전에 종결되었음에도 불구하고, 국세청 감사관실의 내부감사에 따라 2018년 5월경 청구법인에게 다시 2012∼2015사업연도 OOO관련 매입금액 및 사용금액, 매출액 등의 자료를 제출할 것을 추가적으로 요구(이하 “2차 세무조사”라 한다)하였다.

  (나) 「국세기본법」 제81조의2 제2항은 “과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 경우”를 세무조사라고 규정하고 있고, 대법원(대법원 2015.5.28. 선고 2014두43257 판결)에서도 지방국세청의 세무서에 대한 감사과정에서 납세자에게 질문조사권을 행사하여 증빙을 확보하고 세무서에 증여세를 과세하도록 한 사안에서, 국세청의 감사 관련 업무도 세무조사에 해당한다는 전제하에 판단한 바 있으므로 국세청 내부적인 감사절차에 따라 조사청이 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하기 위하여 청구법인에게 자료제출을 요구한 것은 세무조사에 해당한다.

  (다) 「국세기본법 」제81조의4 제2항은 원칙적으로 동일 세목, 동일 과세기간에 대한 중복세무조사를 금지하고 있고, 국세청 조사사무처리 규정도 같은 원칙을 세우고 있는바, 당초 1차 세무조사의 경우 통합조사로서 2010∼2015사업연도를 대상으로 부가가치세에 대해 세무조사가 이루어졌음에도 처분청은 2차 세무조사를 통해 부가가치세를 경정하였으므로 2차 세무조사는 중복조사에 해당하고, 이에 기반하여 이루어진 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인과 OOO협업계약을 통해 OOO공동으로 개발하고, 이에 대한 이익을 분배를 하고 있으므로 공동사업자에 해당하고, 이에 따라 「부가가치세법」상 공동사업자의 명의로 세금계산서를 수수하여야 한다.

  (가) 청구법인과 OOO협업계약에 따라 OOO대한 개발비용을 각 법인별 약정비율만큼 부담하고, 수익을 6:4의 비율로 분배하며, 연구실적 및 기술을 공동으로 소유하고, 공동의 운영위원회를 설치하여 연구개발과 관련된 운영계획, 예산, 가격정책 등을 결정하고 있으므로 공동사업자에 해당한다.

   1) 공동사업이라 함은 「민법」 제703조 제2항에 의한 조합계약에 의하여 2인 이상이 서로 출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하고, 그 지분 또는 손익분배의 비율 등을 정하여 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대하여 직접적으로 이해관계를 가지는 동업형태를 의미한다.

   어떤 사업이 단독사업인지 공동사업인지 여부를 구별하기 위해서는 계약서의 형식이 동업계약 혹은 조합계약의 형태를 취하고 있는지 여부뿐만 아니라 (1) 당사자 사이에 개별적인 출자 여부, (2) 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정의 유무, (3) 공동사업에 필요한 재산에 대하여 합유적 귀속 유무, (4) 사업운영에 내부적인 공동관여 유무, (5) 사업의 대외적인 활동 주체와 형식 등 구체적·실질적 사정을 종합적으로 고려하여 판단해야하고, 조합계약의 형태와 엄밀히 부합하지는 않는 대외적 활동의 징표들이 존재한다고 하더라도 공동사업의 핵심적 속성인 공동출자와 손익의 분배가 존재하는 한 공동사업으로 봄이 타당하다(서울행정법원 2011.5.27. 선고 2010구합10365 판결).

   2) 청구법인과 OOO2001.4.30. 신제품 OOO개발하기 위해 협업계약을 체결하였고, 동 계약에는 신제품 개발에 관한 내용뿐만 아니라 향후 제품생산 및 판매에 이르기까지 모든 사항을 기술하고 있으며, 아래와 같은 협업형태를 이루고 있다.

    가) 당사자 사이에 개별적인 출자가 이루어졌으며 출자비율에 따라 손익을 분배하고 있다.

    청구법인과 OOO협업계약에 따라 협업계약 이후 발생된 연구개발 비용의 40%를 청구법인, 60%를 OOO부담하고 있고, 연구개발을 완료하여 상용화한 이후에는 OOO매출액에서 제품 제조 및 판매과정에서 발생한 원재료비와 판관비를 공통경비로 차감한 순이익에 대해 연구비 분담비율에 따라 분배하고 있다.

    제약업계 특성상 가장 큰 비중을 차지하며 또한 위험부담이 높은 연구개발비에 대해 분담약정비율만큼 부담하고 그에 따라 이익을 분배하는 것은 공동사업에서 구성원이 개별적으로 출자하고 출자비율에 따라 손익을 분배한 것으로 볼 수 있고, 2013.2.1. 체결한 화해합의서에서도 청구법인 스스로 쟁점거래의 형태를 “이윤과 투자”로 표현하고 있으며, OOO역시 “영업 및 이익의 배당”이라고 표현하고 있듯이 양 당사자 모두 쟁점거래를 공동사업으로 인식하고 있음을 알 수 있다.

    나) 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정이 있다.

    청구법인은 OOO판매이익에 대해서는 연구비 분담 비율인 60%만큼 OOO분배하고 있고, 2001.4.30. 체결한 벌크공급계약에서 OOO매출가액을 청구법인과 OOO합의한 최저 판매가액 이상으로 결정하고 있어 매출단가 하락으로 인한 손실이 발생하지 않지만 설령 손실이 발생하더라도 계약상의 이익분배와 같은 계산방식으로 분배해야 한다.

    벌크공급계약서나 제품공급계약서에서 일방의 귀책사유에 해당하지 않는 리콜의 경우, 공동으로 비용과 경비를 분담하도록 하고 있고, 2011년 신갈공장 지연폐쇄에 따른 공장토지 소유주에게 지급한 영업외비용인 OOO대해서도 이익분배시 청구법인의 매출원가에 포함하도록 하여 실질적으로 해당 손실을 분배한 사례도 있듯이 실제 손실도 분배하고 있다.

    다) 공동사업에 사용된 협업기술을 합유형태로 소유하고 있다.

    협업계약 제7.2조에 따르면 OOO관련한 모든 협업 기술은 공동으로 소유하도록 하고 있고, 어떠한 당사자도 상대 당사자의 사전 서면 동의 없이 협업기술에 관한 자신의 이권을 타인에게 인가할 수 없도록 하여 협업기술에 대해 처분이 자유로운 공동소유와 다르게 합유의 형태를 취하고 있다. 또한 양 당사자는 모든 협업 재료에 대해서도 공동으로 소유하도록 하고 있으며, 상대 당사자의 사전 서면 동의 없이는 제3자에게 여하한 협업 재료를 제공할 수 없도록 하여 단순한 원재료 공급의 형태로 보기는 어렵다.

    라) 공동으로 사업운영에 직접 관여하고 있다.

    양 당사자는 동수(2:2)의 대표로 구성된 운영위원회를 매년 2회 개최하여 판매와 관련된 보고 및 향후 판매계획에 대해 협의(만장일치방법)를 하고 있고, 운영위원회는 매년 11월 30일까지 차기 연도의 연간 계획 및 예산 수립을 지시하고 승인하며, 세부사항으로는 당사자 각각의 지역에 대한 제품 예상 매출, 예상매출원가, 각 당사자의 예상 자본 지출, 제품 출시 이전에 사용된 비용 등에 관한 업무를 수행하는 등 사업운영에 직접 관여하고 있다.

    마) 협업 당사자 모두를 사업의 대외적인 활동주체로 표현하고 있다.

    청구법인과 OOO제품에 양 당사자의 상호를 표기하고 있고, 청구법인은 WHO, UNICEF 등 국제기구를 통한 세계 공공시장(Public Market)에, OOO 세계 민간시장(Private Market)에서 제품을 판매하고 있으며 판매 후 이익을 6:4로 분배하고 있듯이 각 당사자는 모두 제품 판매의 주체로서 활동하고 있다.

   3) 미국 국세청 유권해석에서도 청구법인과 유사한 형태의 협업계약(Collaboration Agreement)을 체결한 당사자의 경우 연방소득세 징수 목적상 동업기업으로 간주된다고 명시한 바 있다.

   상품의 개발 및 상품화와 관련하여 협업계약(Collaboration Agreement)을 체결한 두 기업(“A”와“B”)이 있고, 양 당사자는 협의에 의하여 A는 B에게 제품을 미국과 캐나다에서 공동판촉하고 타국에서 개발 및 판매할 권리를 양도하였으며, 양 당사자는 미국과 캐나다에서 제품개발 및 판촉으로 인하여 발생하는 비용 일체를 협업체의 영업이익을 집행하여 지불하였고, 협업계약에서 명시된 비율에 따라 협업체에서 발생하는 이익과 손해를 분담한 사례에서, 미국 국세청은 동업기업으로 명시하지 않은 협업계약에 대해 거래의 실질에 따라 동업기업으로 보아 과세하도록 하고 있으므로 실질 동업형태를 취하고 있는 쟁점거래에 대해 공동사업으로 보아 과세하지 않을 경우 우리나라의 과세권을 포기하는 결과를 초래하게 될 것이다.

   4) 협업거래를 공동사업으로 판단한다면, 거래의 귀속이 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하여야 하므로 공동사업자의 명의로 세금계산서를 수취·발급하여야 한다.

    가) 「국세기본법」 제14조에서는 “과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”라고 규정하고 있고, 부가가치세법 기본통칙 8-14-1에서 “2인 이상의 사업자가 공동사업을 하는 경우 사업자등록신청은 공동사업자 중 1인을 대표자로 하여 대표자 명의로 신청하여야 하는 것”으로 규정하고 있다.

    청구법인은 거래의 외형을 중시하는 부가가치세의 특성상 거래의 실질적인 귀속자는 OOO공동사업자라 하더라도 계약의 외형에 따라 「부가가치세법」상 공급자 및 공급받는 자를 판단하여야 한다고 주장하나, 거래의 귀속이 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하여야 한다는 실질과세의 원칙에 비추어 볼 때, 협업거래를 공동사업으로 판단하였다면 이와 관련된 거래는 OOO공동사업자의 명의로 행해야 하는 것이며, 관련 판례 등(서울행정법원 2009.7.3. 선고 2008구합38896 판결, 대법원 2011.4.28. 선고 2009두11539 판결, 조심 2014전5736, 2015.5.6., 조심 2010서1445, 2010.11.3.)에서도 같은 입장을 취하고 있다.

    나) 청구법인이 수취한 수입세금계산서는 실제로 공급받는 자인 공동사업자 명의로 수취하여야 함에도 청구법인 명의로 수취하였으므로 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 청구법인이 공동사업에 사용한 1가 백신 원재료를 OOO공동사업자에게 공급한 것이므로 매출누락으로 과세한 처분은 정당하다. 또한, 청구법인이 OOO5가 백신을 해외 시장에 판매한 거래에 대한 영세율 과세표준신고를 한 것은 청구법인이 아닌 공동사업자가 판매한 것으로 보아 공동사업자에게 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 적용하여야 하고, 「부가가치세법」상 공동사업자 등록을 하지 아니한 것에 대하여 사업자미등록가산세를 적용하여야 한다.

    다) 청구법인은 일부 공동사업자의 요소가 있다고 하더라도 구성원 1인의 명의로 세금계산서를 수취할 수 있다고 주장하고 있으나,이는 공동도급자 중 1인이 세금계산서를 수취하고 공동비용 중 내부적으로 정산이 진행되어 구성원간 서로 대가를 지급하고 수취하는 세금계산서를 발급·수취하는 경우에 한하여 예외가 인정되는 것이므로 청구법인과 같이 일반적인 경우에 적용될 수 있는 것은 아니다.

 (2) 이 건 자료요청은 중복조사에 해당하지 아니한다.

  (가) 「국세기본법」 제81조의4에 따르면 원칙적으로 중복 세무조사를 금지하고 있으나, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우와 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등의 예외규정을 두어 제한적으로 중복 세무조사를 허용하고 있다.

  (나) 국세청 감사관실은 조사청의 OOO고정사업장에 대한 법인제세 통합조사에 대하여 업무감사를 실시한 결과, 청구법인이 부가가치세를 탈루한 혐의가 있다고 판단하였고, 이에 따라 조사청은 고정사업장의 거래상대방인 청구법인에 대해 자료 확인을 위해 자료제출을 요구한 것으로 이를 세무조사로 볼 수 없다.

  (다) 설령 조사청의 자료제출 요구가 세무조사에 해당한다고 하더라도 이는 청구법인의 거래상대방에 대한 조사과정에서 발생한 부가가치세 탈루혐의 자료로 중복조사금지의 예외규정인 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다고 볼 수 있으므로 이는 중복 세무조사의 예외사유에 해당되며, 관련 판례(서울행정법원 2009.5.22. 선고 2009구합3217 판결)에서도 동일한 입장을 취하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인이 OOO공동사업을 영위하는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분의 당부

 (2) 감사청의 감사로 인한 자료요청이 중복조사에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 조사청이 제출한 조사범위 확대통지서에 의하면, 조사청은 2015.12.14.∼2016,4.29. 기간 동안 청구법인의 2013사업연도 법인세 통합 조사를 수행하던 중 2016.1.22. <표3>과 같이 법인세에 대해 일부 조사범위를 확대한 것으로 나타난다.

<표3> 조사 범위확대 내역

 (2) 국세청 감사관실은 조사청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 조사청이 쟁점거래를 공동사업으로 간주하였으면 ‘OOO공동사업자’를 직권으로 사업자등록을 하여야 하고, OOO공동사업자가 부가가치세 납세의무를 부담하도록 하여야 한다는 감사지적을 하였고, 이에 따라 조사청은 이 건 부가가치세를 고지하였다.

 (3) 처분청이 청구법인과 OOO공동사업자에 대해 부가가치세를 과세한 세부 내역은 <표4>, <표5>와 같다.

<표4> 청구법인 과세내역

(단위 : 백만원)

※ 가산세 : 세금계산서불성실가산세, 과소신고 및 납부불성실가산세

<표5> OOO공동사업자 과세내역

(단위 : 백만원)

※ 가산세 : 영세율 과세표준 신고불성실가산세 및 사업자미등록가산세

 (4) 청구법인과 OOO체결된 계약서 등의 내용은 다음과 같다.

  (가) 2001.4.30. 체결한 협업계약(Collaboration Agreement)의 주요 내용은 다음과 같다.

  (나) 2001.4.30. 체결한 대량공급계약(Bulk supply Agreement)의 주요 내용은 다음과 같다.

  (다) 2013.2.1. 체결한 화해합의서(Settlement Agreement)의 주요 내용은 다음과 같다.

 (5) 처분청이 제시한 공동사업에 관한 의견 및 근거는 다음과 같다.

  (가) 협업계약서상 2000.12.1. 이후 초래된 연구개발비용의 60%를 OOO40%를 청구법인이 부담하도록 되어 있고, 연구개발을 완료하여 상용화한 이후에는 OOO매출액에서 원재료비와 판관비를 공통경비로 차감한 순이익에 대해 연구비 분담비율로 분배하고 있다.

  (나) 화해합의서상 청구법인 스스로 거래 형태를 “이윤과 투자”로 표현하고 있고, OOO“영업 및 이익의 배당”이라 표현하고 있듯이 양 당사자가 공동사업으로 인식하고 있다.

  (다) 대량공급계약서 등에서 볼 수 있듯이 일방이 귀책사유에 해당하지 않는 리콜의 경우 공동으로 비용과 경비를 분담하고 있고, 청구법인이 2011년 신갈공장 지연폐쇄에 따른 공장토지 소유주에게 지급한 영업외비용 OOO대해 청구법인의 매출원가에 포함하도록 하는 등 실제 손실을 분배한 사례가 있다.

(라) 협업계약상 모든 협업 기술을 공동으로 소유하도록 하고 있다.

  (마) 운영위원회를 매년 2회 개최하여 차기 연도의 연간 계획 및 예산 수립을 지시하고 승인하고, 판매와 관련된 보고 및 향후 판매계획에 대해 협의를 하고 있는 등 사업운영에 직접 관여하고 있다.

  (바) OOO제품에 양 당사자의 상호를 표기하고 있다.

  (사) 미국 국세청도 아래와 같이 청구법인과 유사한 형태의 협업계약을 체결한 당사자가 연방소득세 징수 목적상 동업기업으로 간주된다고 판단하였다.

<미국세청 유권해석 사례>

  (아) 청구법인의 대표자 등에 대한 문답서에 기재된 내용은 다음과 같다.

<대표이사 OOO문답서, 2016.3.28.>

<OOO문답서, 2016.3.28.>

 (6) 이에 대한 청구법인의 항변 및 제시 자료는 다음과 같다.

  (가) 협업계약서상 원재료 이전가격은 OOO매출액에서 OOO원재료비를 차감한 매출총이익의 60%를 더하여 책정되는데, 처분청은 위 원가에 판관비도 포함된 것으로 인식하고 있으나, 대량공급계약 OOO따르면 OOO매출액에서 공제된 것은 오직 원재료의 공급원가와 기타 제조원가뿐이다.

  (나) 대량공급계약 OOO에 따라 OOO판매 결과 예상 판매금액보다 이익이 발생한 경우 이를 가산하여 추가 지급이 이루어지는 반면(사후적인 이전가격 조정에 따른 추가 지급내역), 손실이 발생할 경우 별도의 조정이 이루어지지 않는다.

  (다) 2013년 6월 체결된 “대량공급계약에 대한 변경계약” 제2조를 보면 OOO청구법인에 대한 최소공급수량 및 청구법인의 OOO대한 최소구매수량이 정해져 있고, 이를 이행하지 못하는 경우 손해배상책임을 부담하게 된다.

  (라) 청구법인이 2011년 신갈공장 지연폐쇄에 따른 공장토지 소유주에게 지급한 영업외비용 OOO대해 청구법인의 매출원가에 포함하도록 한 것은 이익분할법의 계산방식에 따른 것에 불과하고, 운영위원회가 차기 연도의 연간 생산계획 및 예산수립 등에 관한 협의를 하였으나, 이는 당사자들이 이익분할법에 의하여 이전가격을 결정하는 이상 향후 판매계획의 수립은 이전가격 산출의 필수적인 전제가 된다.

  (마) 처분청이 제시한 미국 국세청의 유권해석 사례와 이 사건의 차이점은 다음과 같다.

<표6> 미국 국세청 사례와의 비교

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점(1)에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인과 OOO공동사업자에 해당하지 아니하고, 설령 공동사업자의 요소가 일부 인정된다 하더라도 거래관계를 재구성하여 부가가치세를 과세한 처분은 위법하다고 주장하나, 청구법인과 OOO5가 혼합백신의 공동개발 및 상용화와 관련하여 협업계약을 체결하고, 해당 계약에 따라 양 당사자에서 동일한 수의 인원이 참여하는 운영위원회를 설립하여 예산 수립, 제품의 연구개발 및 상용화 관리, 가격정책 검토 등을 지시하고 승인하도록 하였던 점, 청구법인과 OOO상당한 기간 동안 5가 혼합백신을 공동으로 개발하였고, 발생한 연구개발비를 6:4의 비율로 분배하였던 점, 청구법인은 OOO수입한 원재료 구입대가를 거래당사자가 함께 실현한 거래순이익을 상대적 공헌도에 따라 분배하는 이익분할방법(OOO매출총이익의 60%에 상당하는 이익을 지급)에 의해 산정하고 있고, 이에 따라 OOO판매가격을 운영위원회를 통해 결정하였으며, 2011년 공장 지연폐쇄에 따른 청구법인의 영업손실도 원가에 포함하여 이익을 분배하는 등 실질적으로 OOO제품의 관련 이익과 손실을 약정 비율에 따라 분배하고 있는 것으로 보이는 점, 청구법인과 OOO대외적으로는 각자의 명의로 OOO판매하고 있으나, 협업계약에 따르면 각 당사자는 제휴를 대표하여 자신의 이름으로 각자의 판매 및 시판지역에서 모든 시판권한을 유지해야 하고, 제휴기술은 공동 소유권을 가지며, 제휴 재료를 공동으로 소유한다고 약정한 것으로 나타나는 점, 청구법인과 OOO간에 체결된 2013.2.1. 화해합의서에 의하면 이윤과 투자의 합의비율을 평등한 협력관계를 반영하여 변경한다거나 각 당사자가 협업계약을 통해 기여한 가치를 반영하도록 영업 및 이익의 배당을 재조율한다는 점이 명시되어 있어 양 당사자들은 사실상의 공동사업관계를 인식하고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인과 OOO사실상 공동사업자로 보이므로 처분청이 쟁점거래를 공동사업으로 간주하여 공동사업자의 명의로 쟁점거래에 대한 세금계산서를 수수하여야 하는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살피건대, 청구법인은 국세청 감사관실의 감사로 인해 처분청이 추가로 자료를 요청하는 것은 중복조사에 해당한다고 주장하나, 조사청이 제출한 조사범위 확대통지서에 의하면, 조사청은 1차 세무조사시 2013사업연도 법인세에 대해 통합조사를 실시하였고, 2016.1.22. 법인세에 대해 일부 조사범위를 확대한 것으로 나타나는바, 1차 세무조사 당시 2013사업연도 이외의 과세기간에 대한 부가가치세 조사가 이루어진 것으로 볼 만한 자료가 없는 점, 조사청은 국세청 감사관실의 감사지적에 따라 이 건 부가가치세 과세금액을 확정하기 위해 OOO관련 매입금액 등의 자료를 요청한 것으로 보이고, 조사청이 청구법인과 직접 접촉하여 질문․조사권을 행사한 것으로 보이지 아니하는 점, 이 건 자료요청 이전에 이미 청구법인과 OOO국내 사업장에 대한 세무조사를 통해 쟁점거래가 공동사업에 해당한다는 자료가 과세관청에 존재하고 있었으므로 이는 중복조사금지의 예외사유로서 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제1호에 규정된 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 부가가치세 과세처분이 위법한 중복조사에 터잡은 것이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2016.1.19. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것)

 제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

 제6조【납세지】(2) 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제8조【사업자등록】(1) 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

 제9조【재화의 공급】(1) 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

 제32조【세금계산서등】(1) 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 제39조【재화의 공급】(1) 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 제60조【가산세】(1) 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액의 합계액에 1퍼센트를 곱한 금액

(3) 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

 (2) 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 법령 제26983호로 개정되기 전의 것)

 제8조【사업장】(1) 법 제6조 제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.

2. 제조업 : 최종제품을 완성하는 장소. 다만, 따로 제품 포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소와 「개별소비세법」 제10조의 5에 따른 저유소(貯油所)는 제외한다.

 제14조【사업자등록 사항의 변경】(1) 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다.

6. 공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경되는 경우

 제69조【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】⑭ 「전기사업법」에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 「도시가스사업법」에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다.

 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

 ※ 부가가치세법 기본통칙 8-14-1【공동사업자의 사업자등록 및 정정】

1. 2인 이상의 사업자가 공동사업을 하는 경우 사업자등록신청은 공동사업자 중 1인을 대표자로 하여 대표자명의로 신청하여야 하며, 공동사업자 중 일부의 변경 및 탈퇴, 새로운 공동사업자 추가의 경우에는 사업자등록을 정정하여야 한다.

 (3) 국세기본법(2015.12.15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것)

 제14조【실질과세】(1) 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

(2) 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 제47조의3【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】(1) 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항ㆍ제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

 제49조【가산세 한도】(1) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가산세에 대해서는 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원(「중소기업기본법」 제2조 제1항에 따른 중소기업이 아닌 기업은 1억원)을 한도로 한다. 다만, 해당 의무를 고의적으로 위반한 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 「부가가치세법」 제60조 제1항(같은 법 제68조 제2항에서 준용되는 경우를 포함한다), 같은 조 제2항 제1호ㆍ제3호부터 제5호까지 및 같은 조 제5항부터 제8항까지의 규정에 따른 가산세

 제81조의2【납세자권리헌장의 제정 및 교부】(2) 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.

1. 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 경우(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 장에서 “세무조사”라 한다)

 제81조의4【세무조사권 남용 금지】(1) 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

(2) 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의 15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

 (4) 국세기본법 시행령(2016.2.5. 법령 제26945호로 개정되기 전의 것)

 제63조의11【세무조사범위의 확대】(1) 법 제81조의9 제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 구체적인 세금탈루 혐의가 다른 과세기간·세목 또는 항목에도 있어 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우

2. 조사 과정에서 「조세범 처벌절차법」 제2조 제3호에 따른 조세범칙조사로 전환하는 경우

3. 특정 항목의 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 다른 과세기간으로 연결되어 그 항목에 대한 다른 과세기간의 조사가 필요한 경우

4. 그 밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

 ※ 국세기본법 기본통칙

14-0…2【1인명의로 사업자등록을 하고 수인이 동업하는 경우】 1인명의로 사업자등록을 하고 2인 이상이 동업하여 그 수익을 분배하는 경우에는 외관상의 사업명의인이 누구이냐에 불구하고 실질과세의 원칙에 따라 국세를 부과한다.

25-0…2 【공동사업】“공동사업”이라 함은 그 사업이 당사자 전원의 공동의 것으로서, 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공여부에 대하여 이해관계를 가지는 사업을 말한다.

 (5) 민법

 제703조【조합의 의의】

(1) 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

(2) 전항의 출자는 금전 기타 재산 또는 노무로 할 수 있다.

 (6) 국제조세조정에 관한 법률

 제5조【정상가격의 산출방법】(1) 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

1. 비교가능 제3자 가격방법 : 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법(2011. 12. 31. 개정)

2. 재판매가격방법 : 거주자와 국외특수관계인이 자산을 거래한 후 거래의 어느 한 쪽인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 그 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법

3. 원가가산방법 : 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법

4. 이익분할방법 : 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거래 쌍방이 함께 실현한 거래순이익을 합리적인 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

5. 거래순이익률방법 : 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

6. 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법