[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구인은 2016.5.30. OOO답 1,506㎡(이하 “양도농지”라 한다)를 OOO양도한 후, 양도소득세 예정신고를 하면서 양도가액 OOO이중계약서를 작성하고 직접 경작하지 아니하였음에도 자경농지에 대한 양도소득세 감면적용을 하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO납부하였다가, 2016.11.10. 및 2016.11.28. 양도소득세 부당감면 공제 및 양도소득금액 과소신고에 대한 각 수정신고 및 추가납부OOO하였다.

나. 처분청은 2019.4.15.∼2019.5.3 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 양도농지를 직접 경작하지 아니하여 비사업용 토지에 대한 장기보유특별공제액의 적용배제를 하여야 하나 이를 누락한 것으로 확인하고, 2019.7.5. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복[양도농지의 전체 면적 중 315㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)에 대한 장기보유특별공제액의 적용배제에 한함]하여 2019.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  청구인은 쟁점농지(315㎡)를 취득일(2006.11.10.)부터 양도일(2016. 5.30.)까지 밭으로 직접 자경하였으므로 이를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제액을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

  청구인이 쟁점농지를 보유한 기간 동안(9년 167일)에 직접 경작하였다고 주장할 뿐, 객관적이고 구체적인 증빙의 제시가 없으므로 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제액을 적용배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

 (1) 양도농지의 총면적은 1,506㎡로 2005년부터 2016년까지의 국세공간정보시스템(GIS) 및 인터넷 포털사이트OOO등에서 제공하는 위성사진에 의하면, 양도농지 전체가 논으로 보이고 일부인 쟁점농지가 밭으로 경작된 모습은 확인되지 않는다.

 (2) 청구인이 지적도 상에 직접 경작하였다고 표시한 쟁점농지는 연접한 OOO소재의 일부인 것으로, 쟁점농지와는 아무런 관련이 없어 청구주장에 신빙성이 부족하다.

 (3) 청구인은 양도농지의 취득일(2006년경)부터 2011년까지는 전라북도 교육공무원으로 총급여액이 OOO이상으로「조세특례제한법 시행령」제66조 제14항에 따라 경작기간에 포함되지 아니하고, 2009년부터 2014년까지 양도농지의 쌀소득보전직접지불금 수령자는 청구인이 아니라 타인OOO것으로 확인되며, 2016년경 처분청이 실시한 현장확인 당시 청구인 및 그 배우자OOO문답과정에서 타인OOO양도농지 전체를 경작하였다는 취지로 진술한 후, 양도소득세 수정신고 및 추가납부를 한 바가 있다.

 (4) 청구인은 2015년경 양도농지의 인근이 택지개발지구로 지정된 후 양도하기 직전(2015년～2016년)에는 경작을 할 수 없다고 주장하나, 양도하기 직전 뿐만 아니라 양도농지의 보유기간 내내 자경하지 아니한 것으로 나타나므로「소득세법 시행령」제168조의14의 ‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준’의 적용대상에도 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

양도농지의 전체 중 일부 자경한 면적에 대하여는 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

 8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만,「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 소득세법 시행령

제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

  나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

  다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

제168조의7(토지지목의 판정) 법 제104조의3 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

제168조8(농지의 범위) ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구, 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가「조세특례제한법 시행령」제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는「조세특례제한법 시행령」제66조 제14항을 준용한다.

③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 "「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다

 7. 소유자(법 제88조 제6호에 따른 생계를 같이하는 자 중 소유자와 동거하면서 함께 영농에 종사한 자를 포함한다)가 질병, 고령, 징집, 취학, 선거에 의한 공직취임 그 밖에 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유로 인하여 자경할 수 없는 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 토지

  가. 해당 사유 발생일부터 소급하여 5년 이상 계속하여 재촌하면서 자경한 농지로서 해당 사유 발생 이후에도 소유자가 재촌하고 있을 것. 이 경우 해당 사유 발생당시 소유자와 동거하던 법 제88조 제6호에 따른 생계를 같이하는 자가 농지 소재지에 재촌하고 있는 경우에는 그 소유자가 재촌하고 있는 것으로 본다.

  나.「농지법」제23조에 따라 농지를 임대하거나 사용대할 것

제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

 4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

 (3)조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 (4) 조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재「소득세법」제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

 1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

 3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는「소득세법 시행령」제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

 2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의「소득세법」제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구인은 양도농지에 대한 2016년 귀속 양도소득세 예정신고ㆍ납부OOO하였다가, 2016.11.10. 처분청의 양도소득세 현장확인 시 양도농지 중 자경하지 아니한 것으로 확인된 부분(526㎡)에 대한 양도소득세 감면적용을 배제하여 1차 수정신고ㆍ추가납부OOO2016.11.28. 이중계약서OOO 등에 대한 양도소득금액을 재계산하여 2차 수정신고ㆍ추가납부OOO를 각각 한 후, 처분청은 이 건 세무조사를 실시한 결과, 비사업용 토지로 보아 양도농지의 전체에 대한 장기보유특별공제액을 적용배제하여 2019.7.5. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO경정ㆍ고지하였다.

  (나) 청구인의 양도농지 취득 및 양도내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 양도농지의 취득 및 양도 내역

(단위 : ㎡)

  (다) 국세청 전산자료 및 OOO회신공문(동산동-8133, 2016.8.30.)에 의하면, 양도농지에 대한 쌀소득보전직접지불금 수령자 현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 양도농지에 대한 쌀소득보전직접지불금 수령자 현황

(단위 : ㎡)

  (라) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인의 소득(근로) 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구인의 소득(근로) 내역

(단위 : 천원)

 (2) 청구인은 쟁점농지를 밭으로 직접 경작하였다는 증빙으로 농지 원부(작성일 2016.11.10.이고, 농지경작현황은 답 9필지 18,273㎡, 과수 원 2필지 2,403㎡이며, 양도농지의 공부상 및 실제지목은 답, 주재배 작물은 쌀로 각 기재되어 있음), 전라북도 전주시 덕진구 만성동에 거주하는 OOO(68년생)의 경작사실확인서(2020.1.10.자 작성), 농업 경영체 등록(변경등록)확인서(2016.5.27.자 발급) 및 항공사진 7매 등을 제시하였다.

 (3) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서 상 조사자 의견에 “양도농지는 취득시부터 양도시까지 자경하지 아니한 것으로 확인되어 비사업용 토지에 해당한다”고 기재되어 있다.

 (4) 청구인은 쟁점농지를 밭으로 직접 경작하였다고 주장할 뿐, 양도농지 전체 중 일부인 쟁점농지에 대한 면적․위치 등을 뒷받침 하는 지적 측량자료 등은 제시하지 못하였다.

 (5) 비사업용 토지에 대한 장기보유특별공제액의 적용 연혁은 다음과 같다.

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점농지(315㎡)를 취득일(2006.11.10.)부터 양도일(2016.5.30.)까지 밭으로 직접 자경하였다고 주장하나, 교육공무원인 청구인은 2006년(쟁점농지 취득일)～2011년(퇴직일)까지는 총급여액이 OOO 이상으로 자경요건에 충족되지 아니한 점, 이 건 세무조사 당시 양도농지 전체 중 526㎡를 자경하였다고 주장하였다가 이 건 심판청구시에는 쟁점농지(315㎡)라고 번복하면서 그 면적․위치 등 지적 측량자료 등 구체적인 자료의 제시가 없는 점, 청구인이 제시한 항공사진 등만으로는 쟁점농지를 자경하였다는 청구주장을 받아들이기는 무리가 있는 점 등에 비추어 처분청이 양도농지 전체를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제액을 적용배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.