1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.6.28. 설립된 의료용기기 제조업체로, 2017년 제1기부터 2018년 제1기 부가가치세 과세기간까지 OOO와 합하여 “쟁점매입처들”이라 한다)로부터 총 공급가액 OOO상당의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하였고, 주식회사 OOO총 공급가액 OOO상당의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 쟁점매입세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.2.25.부터 2019.6.14.까지 청구법인, OOO대한 법인제세 통합세무조사 및 부가가치세 조사(조세범칙조사)를 실시하여, 청구법인이 아래 <표1>과 같이 실물거래 없이 거짓의 세금계산서를 수취, 교부한 과세자료를 처분청에 통보하였다[청구법인이 2017년 제2기 및 2018년 제1기 과세기간에 OOO로부터 매입OOO거래를 이하 “쟁점①거래”라, 2017년 제1기 과세기간에 OOO한 거래를 이하 “쟁점②거래”라, 2017년 제1기․제2기 및 2018년 제1기 과세기간에 OOO거래를 이하 “쟁점③거래”라, 2018년 제1기 과세기간에 OOO거래를 이하 “쟁점④거래”라 한다]

<표1> 쟁점세금계산서 수수 내역

(단위 : 원)

  처분청은 이에 따라 위 거래를 실물없는 가공거래(해당매출감액, 해당매입감액, 가산세 적용)로 보아 2019.7.8. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO을 각 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 2017년 제1기 OOO매출은 청구법인이 2016년 OOO계약한 감염관리실의 계약 중의 일부로서 매입거래처인 OOO공사 및 제품하자 여부로 다툼이 있어 하자보수후 2017년 제1기에 OOO지급받기로 하고 세금계산서를 발행한 실물거래이고, 매입처인 OOO로부터 제품개발 및 부품거래로 OOO수취한 거래이며, 또한 OOO수취한 OOO세금계산서는 당사가 3D관련 제품개발 용역대가로 한 정상거래이다.

 (2) 2017년 제2기 매출처인 OOO 발행한 OOO 세금계산서의 경우 반도체 자동화공정에 요구되는 Robot, Coater, Develope, Bake 유닛용 S/W 등을 제작공급한 실물거래이고, 매입처 OOO 수취한 OOO 세금계산서는 매출처인 OOO 납품하기 위한 PCB모듈을 매입한 거래이다.

  매입처인 OOO로부터 매입한 OOO 당사 연구 및 제품제작에 필요한 원자래를 매입한 것이고, 매출처인 OOO에게 발행한 OOO 세금계산서의 경우 당사가 조명제어 PCB설계용역에 대한 대금을 수취한 것이며, 매입처인 OOO 세금계산서의 경우도 당사 중소기업 융복합기술사업 일환으로 시제품제작을 의뢰한 것이다.

 (3) 2018년 제1기 매출처인 OOO발행한 OOO경우 청구법인이 반도체 자동화공장에 요구되는 제품인 Robot, Coater, Develope, Bake 유닛용 S/W 등을 제작공급한 것이고, 매입처인 OOO수취한 OOO세금계산서의 경우 매출처인 OOO납품하기 위한 PCB모듈을 매입한 것이며, 매입처인 OOO수취한 OOO세금계산서는 당사 연구 및 제품제작에 필요한 원자재를 매입한 것이고, OOO수치한 OOO세금계산서는 당사 산업핵심개발사업 일환으로 시제품을 제작의뢰한 것에 대하여 세금계산서를 발행한 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점①거래와 관련한 처분의 적법성 및 청구주장에 대한 반박

  (가) 쟁점①거래와 관련된 금융거래 내역을 보면, 정상적인 상거래의 자금 흐름으로 인정하기 어렵다.

   1) 거래대금은 발주처에서 하도급업체에게 최초로 지급되는 것이 일반적이나, 최초 발주처가 아닌 OOO계좌에서 최초 지급되었다.

   2) 동일기간에 각 업체별로 발행한 세금계산서의 공급가액의 차이금액을 각 법인 대표자 간에 개인거래를 통하여 정산하는 등 법인 간 거래와 법인대표자 간 개인거래 금액을 합산하면, 동일기간에 동일한 금액을 거래하여 금융거래를 조작한 사실이 확인된다.

   3) 대금거래의 최초 지급처인 OOO매입금액을 기준으로 각 거래처를 거쳐 동일한 금액이 순환하였기 때문에 쟁점①거래와 관련된 매입금액보다 매출금액이 더 과다한 OOO경우 매출처인 OOO대하여 OOO미수금이 발생하였으며, 조사일 현재까지 고액의 미수금을 수금하지 못하였음에도 이를 회수하려는 노력이 없는 점 등을 고려하면 쟁점①거래를 정상적인 상거래로 인정하기 어렵다.

  (나) 가공거래를 담합한 사실이 조사청 일시보관서류를 통하여 확인되었다.

   1) OOO대표자는 청구법인 외에도 OOO와 직접 거래하지 않은 거래처를 포함한 모든 순환거래 업체 대표에게 향후 9개월 동안 발행할 세금계산서의 작성일자 및 거래금액을 미리 정하여 그 내용을 전자메일로 발송한 사실이 조사청의 일시보관 서류를 통해 확인되었다.

   2) 정상적인 거래의 경우 최상위 거래단계인 최초 발주처와 1차 하도급자 사이의 거래일정에 따라 1차 하도급자 및 2차 하도급자 간의 거래 등 하위 거래의 일정이 순차적으로 조정되는 것이 일반적이나, OOO최초 발주처가 아님에도 불구하고 최초 발주처와 모든 하도급업체의 거래일자, 거래금액 등 향후에 발생할 세금계산서 발행일정을 정리하여 전자메일로 공유하는 것은 정상적인 거래행위라고 보기 어렵다. 또한, “부가가치세 등 차액 정산”을 언급한 사실을 통하여, 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 정황이 확인된다.

  (다) 청구법인 및 관련 거래처의 진술에 따라 최초 발주처로 지목된 OOO세금계산서 수수 내역을 보면, OOO청구법인으부터 최종 공급받은 완제품인 자동화모듈을 판매한 사실이 확인되지 아니하며, OOO공급한 반제품인 Track모듈에 대한 원재료를 매입한 내역이 확인되지 않는다.

  (라) 또한 쟁점세금계산서와 관련한 제품이 1단위 당 OOO이상의 고액의 제품임에도 완제품에 대한 매출실적이 확인되지 아니하며, 고정거래처 없이 12개월 동안 11회 반복하여 계속 생산한다는 것은 정상적인 거래형태로 보이지 않는다.

  (마) 상기 내용과 같이 청구법인은 매출을 부풀리기 위하여 실물 거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 확인되며, 실제 거래로 가장할 목적으로 계약서, 발주서 등 형식적으로 서류를 작성하고 청구법인과 쟁점거래처 간 금융거래를 조작한 것으로 확인된다.

 (2) 쟁점②거래와 관련한 처분의 적법성 및 청구주장에 대한 반박

  (가) 쟁점②거래와 관련된 금융거래 내역을 보면, 정상적인 상거래의 자금 흐름으로 인정하기 어렵다.

   1) 쟁점②거래와 관련하여, 청구법인은 OOO부가가치세를 포함한 총 OOO입금받았고 부가가치세 상당액을 제외한 금액을 현금 출금하였다.

   2) 출금시 거래상대방을 OOO등 청구법인의 매입처 상호를 기재하였으나 거래상대방 계좌의 실 계좌주는 청구법인의 OOO대표자 또는 청구법인의 직원인 것으로 확인되었고, OOO및 직원 명의 계좌로 이체된 자금은 ATM을 통하여 현금 출금되는 등 금융거래 조작을 통해 해당 자금을 현금화한 사실을 확인하였다.

   3) 처분청은 현금 출금 이후 자금의 흐름을 구체적으로 확인할 수 없었으나 2017년 6월 OOO대표자인 OOO개인 계좌에 출처가 확인되지 아니한 현금 OOO입금된 사실을 확인하였다.

   4) 조사청은 청구법인 대표자인 OOO상기와 같이 금융거래를 한 이유에 대해 질문하였으나 답변하지 못하였고, OOO현금 출금한 이유에 대해서도 영업비로 사용하였다고 진술할 뿐 구체적인 답변을 하지 못하였다.

  (나) 쟁점②거래에 대응되는 거래처의 신고내용을 확인할 수 없고, 청구법인이 제출한 서류와 진술 내용에 모순된 부분이 있다.

   1) 청구법인의 OOO대표는 쟁점②거래가 2016년에 거래했던 “감염관리실”제작(총 36개소)과 관련된 것으로, 그 중 2개소가 공사하자로 인하여 완공이 지연됨에 따라 2개소를 공급한 부분만 2017년에 세금계산서를 발행한 것으로 진술하였다.

   2) 이에 쟁점②거래가 발생한 2017년의 청구법인의 세금계산서 수취내역을 검토하였으나, OOO등 청구법인의 감염관리실 사업과 관련된 매입처와의 세금계산서가 신고된 내역이 없으며, 매출처인 OOO신고내용을 검토한 바, 쟁점②거래와 대응하는 매출신고(거래처 : OOO)가 2016년까지는 발생하였으나, 쟁점②거래가 발생한 2017년 5월에는 매출신고 내역이 확인되지 않는다.

   3) 또한 청구법인의 OOO대표는 쟁점②거래에 대한 계약서를 제출하였으나 2016년에 이미 청구법인과 OOO36개소의 감염관리실 제작 계약을 체결했음에도 일부 하자로 지연된 부분에 대하여 2017년 4월에 계약서를 다시 작성할 이유는 없는 것으로 판단되며, 이는 정상 거래로 가장하기 위하여 계약서를 임의로 작성 후 제출한 것으로 판단된다.

  (다) 위와 같이 청구법인은 쟁점②거래와 관련하여 실거래를 가장하기 위해 금융거래를 조작하였으며, 청구법인의 대표자가 진술한 내용과 같이 대응되는 거래처의 신고내용이 확인되지 않으므로 쟁점②거래에 대하여 실물거래 없이 세금계산서를 수수한 것으로 확인된다.

 (3) 쟁점③거래와 관련한 처분의 적법성 및 청구주장에 대한 반박

  (가) 쟁점③거래와 관련된 금융거래 내역을 보면, 정상적인 상거래의 자금 흐름으로 인정하기 어렵다.

   1) 쟁점③거래 중 일부 거래는 청구법인이 우회 거래처인 OOO출금한 대금이 청구법인의 직원OOO거쳐 청구법인의 OOO대표 개인계좌로 되돌려 받은 사실이 확인된다.

   2) 쟁점③거래 중 금융조작 거래를 제외한 나머지 거래는 청구법인의 거래처인 OOO우회 거래처에게 세금계산서를 발행하고 우회 거래처는 청구법인에게 세금계산서를 발행하는 방법으로 우회 거래한 사실이 확인되었다.

   3) 청구법인과 우회 거래처 간 거래한 세금계산서와 우회 거래처와 OOO간 거래한 세금계산서는 발행일자가 비슷하고 총 발행금액이 동일함에도 불구하고, 세금계산서 발행품목 상 연관 관계를 확인할 수 없으며, 우회 거래를 통한 변칙거래 사실은 일시보관조사시 확보한 이메일을 통하여 확인할 수 있다.

  (나) 따라서 위와 같이 쟁점③거래에 대한 거래내용을 종합해 보면 쟁점③거래는 청구법인의 주장과 달리 실물거래 없이 세금계산서를 수수한 거래로 확인된다.

 (4) 쟁점④거래와 관련한 처분의 적법성 및 청구주장에 대한 반박

  (가) 쟁점④거래가 실제 거래가 아니라는 정황이 일시보관서류를 통해서도 확인된다.

   1) 순환거래 형태의 쟁점①거래로 인하여, 청구법인은 매입 세금계산서 대비 매출세금계산서를 과다하게 발행함으로써 부가가치세 손해를 보았고, 청구법인이 거래처인 OOO쟁점④거래의 형태로 세금계산서를 교부한 사실을 OOO대표이사의 PC를 통하여 확인하였다.

   2) 따라서 쟁점④거래는 청구법인과 관련 거래처 간의 순환거래를 진행하는 과정에서 손해를 본 부가가치세를 정산받기 위한 것으로, 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 교부한 것으로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 실물거래 없는 거짓세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

 부가가치세법

제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액 (이하 생략)

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청 심리자료 등에 나타난 조사내용은 다음과 같다.

  (가) 쟁점①거래와 관련한 내용은 다음과 같다.

   1) 쟁점①거래의 거래흐름은 다음과 같다.

(단위 : 백만원)

* 음영부분이 쟁점①거래 관련임

   2) 쟁점①거래에 대한 금융거래는 아래 <표2>와 같이 최초 발주처인 OOO시작되어 반나절만에 다시 OOO돌아오는 회전거래 흐름을 보이고 있고, 세금계산서 발행내역 또한 아래 <표3>과 같이 회전거래 형태를 보이고 있다.

<표2> 거래대금내역(쟁점①거래)

(단위 : 천원)

<표3> 세금계산서 발행 내역(쟁점①거래)

(단위 : 천원)

   3) 쟁점①거래에 대해 청구법인과 OOO대표자는 다음과 같이 거래를 최초 제안한 업체를 OOO진술하나 OOO대표자는 최초 제안자를 OOO진술하였으며, 최초 발주처는 OOO진술하나 대금은 금융거래내역과 같이 OOO시작되고, 차액은 대표자 개인 계좌 또는 제3의 거래처 계좌를 통해 정산한 사실이 확인된다.

※ OOO사업장 무단 전출하였으며 OOO대표는 연락이 두절된 상태임

<쟁점①거래 관련 심문조서 일부>

  (나) 쟁점②거래와 관련한 내용은 다음과 같다.

   1) 쟁점②거래 흐름은 다음과 같다.

(단위 : 백만원)

* 음영부분이 쟁점②거래 관련임

   2) 청구법인 OOO대표와의 문답내용(2019.4.2.) 중 일부는 다음과 같다.

   3) 쟁점②거래와 관련한 물품제작 구매계약서의 주요내용은 다음과 같다.

  (다) 쟁점③거래와 관련한 내용은 다음과 같다.

   1) 쟁점③거래의 거래 흐름은 다음과 같다

(단위 : 백만원)

*음영부분이 쟁점③거래 관련임

   2) 쟁점③거래와 관련한 거래내역 요약내용은 다음과 같다.

(단위 : 천원)

   3) 처분청이 제시한 쟁점③거래에 대한 금융조작 거래 흐름도는 다음과 같다.

(단위 : 백만원)

   4) 처분청이 제시한 쟁점③거래에 대한 우회거래 내역은 다음과 같다.

(단위 : 천원)

   5) 처분청이 제시한 쟁점③거래에 대한 우회거래 관련 이메일내역은 다음과 같다.

  (라) 쟁점④거래와 관련한 내용은 다음과 같다.

   1) 쟁점④거래 흐름은 다음과 같다.

(단위 : 백만원)

* 음영부분이 쟁점④거래 관련임

   2) 처분청은 OOO대표이사 컴퓨터에서 확인된 부가세정산엑셀파일, OOO부가세건 엑셀파일 OOO청구법인 등 3개 업체에게 발송한 이메일 일부 등을 제시하였다.

  (마) 청구법인의 대표인 OOO대한 고발은 경찰기소 의견을 거쳐 현재 검찰조사중이고, 거래처인 OOO은 검찰에 기소된 것으로 나타난다.

 (2) 청구법인이 제시한 주요 항변내용은 다음과 같다.

   청구법인은 쟁점세금계산서와 관련한 거래가 정상거래라고 주장하면서 2017년 제1기 매출처 OOO거래 관련 증거 자료[세금계산서ㆍ입금내역ㆍ발주서(감염관리실 2건 OOO), 계약서(OOO2016.3.15.-7.25. 기간동안 감염관리실 36개소에 대한 OOO관련), 유지보수 이행촉구 및 손실보전 청구예정통보(주식회사 OOO대한 유지보수를 하지 않아 청구법인이 외부디자인교체 등을 요청한다는 통보공문), 서울중앙지방법원 이행권고결정서(피고 청구법인과 원고 OOO사이에 공사대금 분쟁)], 2017년 제1기 매입처 OOO거래 관련 증거 자료[(3D프린터 임대, pointgrey camera 등 매입관련) 세금계산서, 거래명세서, 입출거래내역, 지출결의서, 계약서, 견적서, 물품검수조서(사진포함), 반납확인서], 2017년 제1기 매입처 OOO거래 관련 증거자료[(스캐너모듈조작 매입관련) 세금계산서, 거래명세서, 입금증, 계약서, 물품검수조서, 택배영수증], 2017년 제2기 매출처 OOO거래 관련 증거 자료[(감염관리실용 lot제어솔류션개발, 서비스플랫폼개발용역, 환경제어모니터링 서비스개발용역, 감염관리실용 환경제어시스템 및 모듈 매입관련)세금계산서, 거래명세서, 입출내역서, 납품확인서, 계약서, 견적서, 계약서], 2017년 제2기 매입처 OOO거래 관련 증거 자료[(시스템모듈 관련 매입관련) 세금계산서, 거래명세서, 발주서, 입출내역서], 2017년 제2기 OOO거래 관련 증거 자료[(3D스캐너렌탈, 레이져모듈, 그래픽모듈 등 매입관련)세금계산서, 거래명세서, 지출결의서, 계약서, 이체내역서, 견적서, 물품검수조서(사진포함), 자산관리대장], 2017년 제2기 매입처 OOO거래 관련 증거 자료[(스캐너본체 설계 및 제작 매입관련)세금계산서, 입출내역서, 지출결의서, 계약서, 거래명세서, 견적서, 물품검수조서(사진포함), 자산관리대장], 2018년 제1기 매출처 OOO거래 관련 증거 자료[(다중시설 및 환경제어플랫폼용역, 모듈형 통합제어시스템개발 관련)세금계산서, 거래명세서, 납품확인서(사진포함), 입출내역서, 계약서, 택배영수증], 2018년 제1기 매출처 OOO거래 관련 증거 자료[(에스컬레이터핸드레일조명 PCB설계 및 SW용역 관련)세금계산서, 거래명세서, 입출내역서], 2018년 제1기 매입처 OOO거래관련 증거 자료[(스캐너모듈설계제작, 시스템모듈 매입 관련)세금계산서, 발주서, 거래명세서, 지출결의서, 물품검수조서, 거래명세서, 계약서], 2018년 제1기 매입처 OOO관련 증거 자료[(3D프린터렌탈, 토너 및 드럼, 스캐너모듈, 센서모듈 등 관련)세금계산서, 입출내역서, 거래명세서, 지출결의서, 견적서, 물품검수조서(사진포함), 자산관리대장], 2018년 제1기 매입처 OOO거래 관련 증거 자료[(스캐너본체 시제품제작 관련)세금계산서, 입출내역서, 지출결의서, 계약서, 거래명세서, 물품검수조서(사진포함), 등기영수증]를 제시하였다.

 (3) 처분청의 항변의 주요내용은 다음과 같다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서와 관련한 거래가 관련 금융거래내역 등을 보면 회전거래 등으로 실물거래 없이 세금계산서를 수수하였다는 의견이나, 청구법인이 쟁점①거래와 관련하여 추가 제출한 검수확인서 및 운송장을 통해 실질적으로 물품과 용역의 대가가 오고 갔다고 주장하고 있는 점, 쟁점②거래와 관련하여 OOO36개소의 감염관리실 제작계약을 체결하였음에도 일부 하자로 지연된 부분에 대하여 양당사자가 하자가 발생한 2곳에 대한 법적 분쟁의 소지가 발생할 수 있다고 생각되어 관련 계약서를 추가 작성한 것이라고 주장하고 있는 점, 쟁점③거래와 관련하여 거래명세서, 계약서, 검수확인서, 사진, 자산관리대장 등을 통하여 거래사실이 확인된다고 주장하고 있는 점, 쟁점④거래에 대하여 보관된 거래명세서, 계약서, 검수확인서 등을 통하여 정상거래라 확인된다고 주장하면서 위와 같은 증빙을 제시하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 위 쟁점①～④거래에 대한 정상거래 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.