원심판결을 파기하고, 사건을 서울중앙지방법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제52조는 ‘세

무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부

터 지급결정을 하는 날까지의 기간과 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액

(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다’고 규정하고 있다.

그 위임에 따라 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문은 ‘착오납부, 이중납

부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제5호에 해당하는 경우

는 제외한다)하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금’의 경우 ‘국세 납부일의 다음날’

을 원칙적인 기산일로 규정하면서도, 같은 호 단서는 예외적으로 ‘그 국세가 2회 이상

분할납부된 것인 경우’에는 ‘그 마지막 납부일의 다음날’부터 국세환급가산금을 기산하

되, ‘국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우’에는 ‘그 금액이 될 때까지

납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일의 다음날’을 국세환급가산금 기산

일로 정하고 있다.

위와 같은 관련 규정의 내용과 체계 및 국세환급가산금은 국세환급금에 대한 법정이

자로서의 성질을 가진 지급금이라는 점 등을 고려하면, 납부 후 그 납부의 기초가 된

신고 또는 부과를 취소함에 따라 발생한 국세환급금의 경우 국세환급가산금의 기산일

은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서에 따라 ‘그 국세가 2회 이상 분할

납부된 경우’ 등이 아닌 이상 같은 호 본문에 따라 ‘국세 납부일의 다음날’로 봄이 타

당하다. 따라서 동일한 과세기간 및 세목의 국세에 대하여 당초 신고 또는 부과에 따

른 납부 이후에 증액경정처분 및 그에 따른 납부가 이루어진 경우 국세환급가산금의

기산일은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문에 따라 각각의 국세환급금

이 발생한 국세 납부일의 다음날로 보아야 한다. 그 이유는 다음과 같다.

첫째, 위와 같은 경우 이는 납세자가 당초의 신고 또는 부과나 각 증액경정처분마다

그에 따른 각각의 세액을 별도로 납부한 것일 뿐 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항

제1호 단서의 ‘분할납부’에 해당한다고 보기 어렵다.

둘째, 과세처분이 판결 또는 직권에 의해 취소된 경우에 취소의 효력은 그 취소된

국세 부과처분이 있었을 당시에 소급하여 발생하므로(대법원 1995. 9. 15. 선고 94다

16045 판결, 대법원 2013. 3. 14. 선고 2012다51097 판결 등 참조), 증액경정처분 이후

전체 세액 중 일부가 경정 또는 취소됨에 따라 발생한 국세환급금의 경우 그 취소사유

에 따른 환급세액이 각 신고 또는 부과에 따라 납부한 각각의 세액 중 일부로 특정된

다면 그 국세환급금은 각각의 납부일에 소급하여 발생한 것으로 보아야 한다.

셋째, 과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분이 당초 신고나 결정에서의 과세표

준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 이를 포함

하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이라 하더라도, 이로써 당

초 신고나 결정에 따라 이미 이루어진 납부 등에 관한 실체적 법률관계까지 실효된다

고 볼 수는 없다.

2. 원심판결의 이유와 기록에 의하면, 다음의 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 2009. 12. 14. 및 2010. 2. 16. 피고(소관 남대문세무서장)의 원고에 대한

2009년 귀속 종합부동산세 등 부과처분에 따른 금액을 납부하였고, 2010. 12. 14. 및

2011. 2. 15. 2010년 귀속 종합부동산세 등을 신고·납부하였다.

나. 이후 원고는 과세물건의 추가를 이유로 한 피고의 제1차 증액경정처분에 따라

증가된 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세 등을 2012. 11. 30에, 과세물건의 면적

변동 및 과세유형의 변경을 이유로 한 피고의 제2차 증액경정처분에 따라 증가된 종합

부동산세 등을 2009년 귀속분은 2014. 6. 13.에, 2010년 귀속분은 2015. 6. 15.에 각

추가로 납부하였다.

다. 원고 등이 남대문세무서장 등을 상대로 제기한 대법원 2015두4150호(제1심 서울

행정법원 2010구합32891호) 종합부동산세 부과처분 등 취소 청구의 소의 판결이 확정

됨에 따라 피고는 2016. 3. 25. 및 2016. 3. 28. 종합부동산세 세액 계산시 공제할 재

산세액이 과소 산정되었음을 이유로 원고에게 초과납부한 2009년 및 2010년 귀속 종

합부동산세 등의 금액을 환급금(이하 ‘이 사건 환급금’이라 한다)으로 결정하고 그 금

액 및 환급가산금(이하 ‘이 사건 환급가산금’이라 한다)을 지급하였다. 당시 피고는 이

사건 환급가산금을 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서에 따라 2009년 및

2010년 귀속 종합부동산세의 각 마지막 납부일 다음날부터 순차적으로 기산하여 산정

하였다.

3. 앞서 본 법리에 비추어 살펴본다. 원고는 2009년 및 2010년 귀속 종합부동산세

등을 최초의 신고 또는 부과처분과 제1, 2차 증액경정처분에 따라 각각 납부한 것일

뿐 각 증액경정처분에 따른 세액을 ‘분할납부’하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 환급

금의 환급가산금 기산일은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 본문에 따라 각

국세 납부일의 다음날로 보아야 한다. 또한 이 사건 환급금은 최초 부과처분 및 신고,

제1, 2차 증액경정처분에 따른 각 납부분 중 각 재산세액 과소공제분만큼 발생한 것이

므로, 그 각각의 금액을 납부한 다음날이 그 환급가산금의 기산일이 되어야 한다. 따라서 원심으로서는 원고가 이 사건 환급금 중 각각의 납부일에 발생하였다고 주장하는

금액이 위와 같은 각 재산세액 과소공제분에 해당하는지 여부와 그 금액을 기준으로

납부일 다음날을 기산일로 하여 계산한 국세환급가산금의 액수를 심리하여 피고가 미

지급한 국세환금가산금의 액수를 판단하였어야 한다.

그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로, 이 사건의 경우와 같이 동일한 과세연

도의 종합부동산세를 최초의 부과처분에 따라 납부 또는 신고납부한 후 제1, 2차 증액

경정처분에 따라 납부한 것은 국세기본법 시행령 제43조의3 제1항 제1호 단서의 ‘2회

이상 분할납부된 경우’에 해당하므로, 이에 따라 산정된 이 사건 환급가산금은 정당하

다고 보아 같은 호 본문을 적용하여 국세환급가산금을 계산하여야 한다는 원고의 주장

을 배척하였다. 원심의 이와 같은 판단에는 국세환급가산금의 기산일 등에 관한 법리

를 오해하고 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이

점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리․판단하게 하기 위하여 원심법

원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.