주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 8. 1. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 145,685,000원(가산세

포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2016. 1. 22. 서울 ○○구 △△동 214 답 6,440㎡ 중 1/2 지분(이하 ‘이

사건 토지’라 한다)을, 서울□□△△ 공공주택지구 조성사업(사업인정 고시일은 2011.

12. 8., 이하 ‘이 사건 공익사업’이라 한다)을 위한 공공용지 협의취득 절차에 의하여

사업시행자인 서울주택도시공사에 2,394,606,660원에 양도한 후, 2016. 3. 31. 구 조세

특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 조특법’

이라 한다)에 따라 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액을 2억 원으로 하여 양도소득세

343,811,170원을 신고․납부하였다.

나. 이에 대해 피고는, 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정된 조세특례제한법

(2016. 1. 1. 시행, 이하 ‘개정 후 조특법’이라 한다)이 시행된 이후 이루어진 이 사건

토지의 양도에 대해서는, 개정 후 조특법 제69조 및 제133조에 따른 8년 이상 자경농

지에 대한 양도소득세 과세기간별 감면한도(이하 ‘양도소득세 감면한도’라고만 한다) 1

억 원이 적용되어야 하고, 나아가 이 사건 토지의 양도가 개정 후 조특법 부칙 제63조

(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)에 규정된, 개정 전 조특법에 따른 양도소득세 감면

한도 2억 원을 적용받을 수 있는 경과조치의 요건에도 해당하지 않는다고 보아, 2019.

8. 1. 원고에 대해 2016년 귀속 양도소득세 145,685,000원(가산세 포함)을 경정․고지

하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 10. 30. 심판청구를 하였으나, 조세심판

원은 2020. 3. 20. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 부칙조항의 입법취지는, 공익사업용 토지의 경우 비자발적 수용에 따

른 희생을 특별히 더 고려해야 하고 납세자의 보호받을 신뢰 이익을 보호할 필요가 있

으며, 비슷한 시기에 수용당한 동일 사업지역 내 납세자 간에 양도소득세 감면한도가

달라지면 과세 형평성에 문제가 생길 수 있다는 점 등을 고려한 것인 점, 이 사건 부

칙조항의 위임에 따라 경과조치의 구체적인 적용요건을 정한 조세특례제한법 시행령

(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정된 것, 이하 ‘개정 시행령’이라 한다)이 이 사

건 토지 양도 이후인 2016. 2. 5.에야 비로소 개정․시행되었고, 위 개정 시행령이 정

한 경과조치의 적용요건 즉, ‘공익사업 시행자의 전체 사업지역 면적의 1/2 이상의 토

지 취득’이라는 요건을 충족하지 못한 것에 대해 원고에게 어떤 귀책사유가 있다고 볼

수도 없는 점, 이 사건 토지 양도 당시 원고는 이 사건 부칙조항이 이 사건 토지의 양

도에 대해서도 적용될 것이라는, 즉 양도소득세 감면한도 2억 원을 적용받을 수 있을

것이라는 신뢰를 가지고 토지를 양도하였던 점, 이 사건 공익사업은 이미 2011. 12. 8.

사업인정 고시가 이루어졌음에도 이후 사업 진행이 계속 지연되어 2015. 8. 12.에야 비

로소 지구계획변경승인 고시가 이루어졌고 그 이후에도 사업시행자 측의 사유로 협의

취득 절차가 지연되는 등 이 사건 토지의 양도가 지연된 데에 대해 원고에게 어떤 귀

책사유가 있다고 볼 수 없는 점 등의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 토지의 양도에

대해서는 개정 전 조특법이 정한 양도소득세 감면한도 2억 원이 적용되어야 한다(= 제

1주장).

2) 이 사건 토지 양도의 경우 강제수용을 전제로 한 협의취득 절차에 따라 이루어

진 것으로 개인 간의 사적 매매와는 성격이 다른 점, 위에서 본 바와 같이 이 사건 토

지의 양도가 사업시행자 측의 사유로 지연되었고, 이 사건 토지 양도 당시 개정 전 조

특법에 따라 양도소득세 감면한도 2억 원을 적용받을 수 있을 것으로 믿은 원고의 신

뢰가 보호되어야 하는 점, 이 사건 부칙조항에서 정한 경과조치의 적용요건을 규정한

개정 시행령이 이 사건 토지 양도 이후인 2016. 2. 5.에야 비로소 개정․시행된 점 등

의 사정을 종합하여 보면, 피고가 원고에 대해 가산세까지 부과한 것은 위법하다(= 제

2주장).

나. 관련 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 제1주장

개정 전 조특법은 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 2억 원으로

규정하고 있었는데(제133조 제1항 제1호), 2015. 12. 15. 개정되어 2016. 1. 1. 시행된

개정 후 조특법은 그 감면한도를 1억 원으로 축소하면서 이 사건 부칙조항에 그에 대

한 경과조치 규정을 두어, ‘개정 후 조특법 시행 전에 사업인정 고시가 된 사업지역 중

사업시행자의 토지 취득비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토

지를 2017. 12. 31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 종전 규정

에 따라 양도소득세 감면한도 2억 원을 적용한다’는 취지로 규정하였다. 한편 이 사건

부칙조항의 위임에 따라 개정 시행령이 2016. 2. 5. 개정․시행되었는데, 그 부칙 제39

조는 이 사건 부칙조항의 ‘대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역’에 관하여

‘해당 공익사업의 시행자가 2015. 12. 31. 현재 전체 사업지역 면적의 1/2 이상의 토지

를 취득한 사업지역을 말한다’고 규정하였다.

살피건대, 앞서 든 증거 등에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종

합하여 보면, 이 사건 토지의 양도에 대해 개정 후 조특법에 따라 양도소득세 감면한

도 1억 원을 적용하여 피고가 한 이 사건 처분은 정당하고, 거기에 원고가 주장하는

바와 같은 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없

다.

① 위에서 본 바와 같이 이 사건 부칙조항 및 개정 시행령 부칙 제39조에 의

하면, 원고가 이 사건 토지의 양도에 대해 개정 전 조특법에 따른 양도소득세 감면한

도 2억 원을 적용받기 위해서는 이 사건 공익사업 시행자가 2015. 12. 31. 현재 전체

사업지역 면적의 1/2 이상의 토지를 취득했어야 한다. 그런데 이 사건 공익사업 시행

자가 2015. 12. 31. 현재 취득한 토지의 비율은 전체 사업지역 면적의 27.42%(전체 사

업지역 면적 1,660,535㎡ 중 455,286㎡)에 불과하였다.

② 개정 후 조특법은 2016. 1. 1. 시행되었고 원고는 그 시행 이후인 2016. 1.

22. 이 사건 토지를 양도하였으므로 이 사건 토지의 양도에 대해서는 원칙적으로 개정

후 조특법에 따라 양도소득세 감면한도 1억 원이 적용되어야 한다. 다만 개정 후 조특

법은 이 사건 부칙조항을 두어 법 시행 전 사업인정 고시가 된 사업지역 중 사업시행

자의 토지 취득비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를

2017. 12. 31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 개정 전 조특법

에 따라 양도소득세 감면한도 2억 원을 적용하도록 하는 경과조치를 규정하였으나, 원

고가 이 사건 토지를 양도한 2016. 1. 22.에는 이 사건 부칙조항의 위임에 따라

경과조치의 구체적인 적용요건을 규정한 개정 시행령이 아직 개정․시행되지도 않은

상태이어서 이 사건 토지의 양도에 대해 이 사건 부칙조항이 적용될지 여부가

확정되지도 않은 상태이었다. 나아가 원고의 주장과 같이 이 사건 토지의 양도

당시에는 이 사건 부칙조항이 위임한 사업시행자의 토지 취득비율 등을 정한 개정

시행령이 개정․시행되지 않았다는 이유로 위 사업시행자의 토지 취득비율 요건을

제외한 나머지 이 사건 부칙조항의 경과조치 요건만 갖추어도 이 사건 부칙조항이

적용될 수 있다고 볼 수도 없다.

③ 위 ②항에서 본 사정들을 고려하면, 설령 원고가 이 사건 토지 양도 당시

이 사건 부칙조항에 따라 양도소득세 감면한도 2억 원을 적용받을 수 있다고 신뢰하였

다 하더라도, 그와 같은 신뢰가 정당하다거나 보호할 가치가 있는 신뢰라고 보기는 어

렵다.

④ 이 사건 부칙조항과 개정 시행령이 경과조치의 적용요건 중 하나로 ‘공익

사업 시행자의 전체 사업지역 면적의 1/2 이상의 토지 취득’을 규정한 것은, 해당 공익

사업의 진행 정도를 고려하지 않고 공익사업 지역 내 토지를 사업시행자에게 양도하는

모든 경우에 대해 경과조치의 혜택을 부여하는 것보다는, 공익사업이 상당 부분 진행

되어 어느 정도 구체화된 경우에 한하여 경과조치를 적용하는 것이 합리적이라는 판단

에 따른 것으로 보인다. 그런데 이 사건 공익사업은, 원고도 지적한 바와 같이, 사업인

정 고시 이후 계속적으로 지연되어 개정 후 조특법 시행 즈음 이 사건 공익사업 시행

자의 사업지역 토지 취득비율이 개정 시행령이 정한 50%에 현저히 못 미치는 27.42%

에 불과할 정도로 사업 진행이 지지부진하였다.

⑤ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적

이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2004. 5. 28. 선

고 2003두7392 판결 등 참조). 이러한 법리에 비추어 보면, 원고의 주장대로 이 사건

공익사업 시행자가 개정 시행령이 정한 위 토지 취득비율 요건을 충족하지 못한 것이

나 이 사건 토지의 양도가 지연된 것에 대해 원고에게 귀책사유가 없다 하더라도, 그

와 같은 사유만으로 이 사건 부칙조항 등이 정한 경과조치 요건의 충족 여부와 관계없

이 이 사건 토지의 양도에 대해 이 사건 부칙조항을 적용해야 한다고 해석할 수는 없

다.

2) 제2주장

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납

세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이

정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아

니하고, 법령의 부지․착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당

하지 아니한다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두10211 판결 등 참조).

살피건대, 이 사건 토지 양도 당시는 이 사건 부칙조항의 구체적인 적용요건을

정한 개정 시행령이 개정․시행되지도 않은 상태이어서 이 사건 부칙조항이 이 사건

토지의 양도에 대해 적용될지 여부가 확정되지 않은 상황이었던 점, 그러한 상황에서

원고가 이 사건 부칙조항에 따라 양도소득세 감면한도 2억 원을 적용받을 수 있다고

신뢰하였다 하더라도 그와 같은 신뢰가 정당하다거나 보호할 가치가 있는 신뢰라고 보

기는 어려운 점 등 위 1)항에서 본 사정들에다가, 원고가 이 사건 토지의 양도에 대한

양도소득세 신고를 한 것은, 이 사건 부칙조항의 위임에 따라 경과조치의 구체적인

적용요건을 규정한 개정 시행령이 개정․시행된 이후인데, 개정 시행령의 규정 내용에

의하면 이 사건 토지의 양도는 이 사건 부칙조항의 적용대상에 해당하지 않음이 명백

한 점 등까지 종합하여 보면, 원고가 위에서 주장한 여러 사정을 모두 참작하더라도

원고에게 신고 및 납부 불성실을 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재한다고 보기는 어렵

다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.