주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.8.23. OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO(주)에게 OOO에 매매하는 계약을 체결하였고, OOO(주)는 2017.1.18. OOO(주)와 토지매수권에 대한 양수도계약을 체결하였으며, 청구인은 2019.6.14. 쟁점부동산을 OOO(주)에게 OOO에 양도한 후, 2019.7.30. 양도소득세 OOO을 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은 2019.11.11.부터 2019.11.29.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점부동산의 양도가액 배분시 기준시가 대비 30%를 초과하여 임의 배분한 것으로 보아「소득세법」제100조 제3항에 따라 기준시가로 양도가액을 안분계산하여 2020.4.3. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2020.7.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 청구인은 쟁점부동산 소재지인 OOO에서 태어나 40년 이상 쟁점부동산에서 터를 잡고 평생 영농에 종사하며 현재까지 살아왔고, 쟁점부동산 소재지 일원은 주거지역으로 변경되어 있는 상태지만 인근지역 모두 농경지로 구성된 전형적인 농촌마을이다.

 청구인은 2016년 8월경 OOO(주)와 부동산매매계약OOO을 체결하면서, 계약당시 계약금 10%를 받고 나머지 90%는 지자체의 사업승인을 득한 날로부터 1개월 이내에 지급받는 조건으로 계약하였다.

 OOO의 사업승인이 늦어지면서 계약금 지급일로부터 잔금 지급일까지 2년이 넘는 시간이 흘렀고, 계약체결 당사자인 OOO(주)는 2017.1.18. OOO(주)와 ‘토지매수권 양수도계약’을 체결하여 쟁점부동산계약을 양도하게 되었으며, 두 법인간 체결한 ‘토지매수권 양수도계약’ 제2조(양도할 토지매수권의 내용)에는 토지매수권 계약 일체와 지장물 보상계약 일체라는 내용이 명시되어 있다.

 청구인은 OOO(주)와 매매계약을 다시 체결하고 2019.6.14. 잔금 90%를 수령하였으나, OOO(주)는 ‘토지매수권 양수도계약’ 내용을 간과하고 지장물 보상금액OOO을 OOO주택가액에 포함하여 주택 OOO, 그 외 농지는 약 OOO으로 OOO에 부동산거래계약을 신고하였다.

청구인은 세무 지식이 전혀 없는 상태에서 위와 같은 사실이 어떤 결과를 가져오는지 모르고 이 부분에 대하여 특별히 이의제기를 하지 않고 부동산거래계약신고 내용대로 지장물 보상액을 주택가액에 포함하여 양도소득세를 잘못 신고하였다.

 따라서, 청구인과 OOO(주)가 최초 부동산매매계약시 포함한 지장물 보상과 관련한 내용이 있었고, 실제 지하수 관정 및 콘크리트창고, 컨테이너창고, 비닐하우스, 농기계(콤바인, 이앙기, 경운기 등), 기타 수 십년 이상된 수목 등 지장물이 있었으므로 주택가액에 포함되어 있는 지장물 보상가액 OOO을 양도가액에서 제외하여 양도소득세를 재계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

 청구인은 2016.8.23. OOO(주)와 쟁점부동산에 소재하는 지장물을 포함하여 매매계약을 체결하였다고 주장하나, OOO(주)의 지장물 보상계약 당시 담당자는 지장물에 대한 세부내역은 없고, 부동산 매수 추진을 위해 평가금액을 임의로 작성하였다고 진술하였다.

 비록 OOO(주)가 OOO(주)로부터 매수권양수시 지장물보상 계약 일체를 양수받았다 할지라도 최종 계약시에는 계약금액, 계약 내용까지 다시 작성된 것으로 볼 때 계약내용까지 그대로 승계한 것이 아니고 매수권만 인수한 것으로 최초 계약시 작성된 지장물 보상계약은 효력이 없다.

 따라서, 청구인과 OOO(주)가 2019.6.14. 작성한 최종 계약서가 확정적 효력이 발생하는 계약서이고 이 계약당시 지장물에 대한 구분없이 일괄양도 되었으므로 자산별 가액을 별도로 평가하여 구분 양도 하지 아니한 경우에 해당하고, 세무조사 당시 청구인이 작성하여 제출한 지장물 보상 리스트는 최종 계약내용에 없는 리스트로 효력이 없을 뿐 아니라 조사 당시 현지 확인한바 타인 거주지에 보관된 트랙터 등의 농기계와 타인 토지에 식재된 수목 등을 보상대상의 지장물로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 양도가액에 포함된 지장물 보상가액을 양도가액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

 제94조(양도소득의 범위) ①양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1.토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

 제95조(양도소득금액) ①양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ①거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1.취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

 가.제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

 가.제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

 나.제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2.그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

 가.제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

 나.제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우

 제100조(양도차익의 산정) ①양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

②제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

 (2)소득세법 시행령

 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과「부가가치세법」제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

 가.「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

 다. 공증비용, 인지대 및 소개비

 라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용

 마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제64조에 따라 안분계산하며 이를 적용함에 있어서 상속세 및 증여세법 제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형자산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

 (3)부가가치세법 시행령

 제64조(토지와 건물을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한「소득세법」제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구인은 2016.8.23. OOO(주)와 쟁점부동산OOO에 대하여 매매계약을 체결하면서, 매매금액은 OOO으로 하고 계약금 10%를 매매계약을 체결하면서 받고, 나머지 90%는 OOO의 공동주택 건설사업 승인을 받은 날부터 1개월 이내에 지급조건으로 계약을 체결하였다.

  (나) OOO(주)는 2017.1.18. OOO(주)와 OOO 건설사업에 대한 토지매수권 양수도계약을 체결하였고, 그 토지매수권 양수도계약 제2조(양도할 토지매수권내용)에는 토지매수 계약 일체와 지장물보상 계약 일체 등이라고 기재되어 있다.

  (다) 청구인은 2019.6.14. OOO(주)와 쟁점부동산에 대한 매매계약을 다시 체결하고 잔금 90%를 수령하였고, OOO(주)는 그 주택을 OOO, 그 외 농지는 OOO로 OOO에 부동산거래계약신고를 하였으며OOO, 청구인은 이에 따라 주택과 농지를 구분하여 양도소득세를 신고하였다.

  (라) 처분청은 청구인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 양도가액으로 신고한 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것을 확인한 후, 기준시가로 양도가액을 안분계산하여 이 건 양도소득세를 부과하였다.

<쟁점부동산 양도가액 안분계산 내역>

  (마) 처분청이 제출한 과세전적부심사결정서에 의하면, 청구인은 세무조사 당시 지장물 보상 리스트를 제출하였으나 최종 계약내용에 없는 등 이를 인정할 수 없다고 되어 있고, 지장물에 대하여 조사한 내용은 아래와 같이 나타난다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 양도가액에 포함된 지장물 가액을 제외하여야 한다고 주장하나, 청구인은 2016.8.23. OOO(주)와 쟁점부동산에 대하여 매매계약을 체결하면서 지장물에 대한 세부내역 등을 작성한 사실이 없고, 청구인과 OOO㈜가 2019.6.14. 체결한 최종 계약에서, 지장물에 대한 세부내역이나 평가금액 등의 구분 없이 부동산을 일괄 양도한 것으로 나타나는 점, 청구인이 세무조사를 받으면서 제출한 지장물 보상리스트는 최종 계약에 없는 내용으로 처분청 조사내용 등에 의할 때 그 신빙성이 의문시 되는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 양도가액에 지장물 가액이 포함되어 있으므로 이를 양도가액에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.