[주 문]

 OOO세무서장이 2019.8.16. 및 2019.8.19. 청구인에게 한 2015년 제1기 부가가치세 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO이라는 상호로 제조업 등을 영위하고 있는 사업자로, 2013년 3월 및 2014년 4월에 취득한OOO 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 아래 <표1>과 같이 2015.3.26. OOO에 OOO에 양도하면서, 건물의 공급가액을 OOO으로 하여 전자세금계산서를 발급하고 2015년 제1기 부가가치세를 신고․납부하였다.

나. 처분청은 2017.11.9.부터 2017.12.28.까지 청구인에 대한 개인통합조사를 실시한 후 청구인이 쟁점부동산을 양도하면서 토지와 건물의 가액을 구분계산하지 않았다고 보아 「부가가치세법」 제29조 제9항 및 「소득세법」 제99조의 규정에 따라 토지와 건물의 가액을 기준시가에 비례하여 안분 계산하여 2015년 제1기 부가가치세 합계 OOO을 2019.8.16. 및 2019.8.19. 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.10.25. 이의신청을 거쳐 2020.3.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 쟁점부동산 매매 당시 토지가액과 건물가액을 구분하여 거래하였다.

  처분청은 토지 및 건물가액이 매매계약서에 구분 기재되어 있지 아니하고 세무조사 과정에서 청구인이 가액 구분 없이 매매한 사실을 인정한 점 등을 감안할 때 청구인의 신고가액을 신뢰할 수 없다는 의견이나, 청구인이 이 건 세무조사 과정에서 10장 이상의 확인서에 날인하는 과정에서 구분기재 여부를 제대로 확인하지는 못하였으나, 매매계약서 별지, 관할 구청의 부동산거래계약 신고필증, 전자세금계산서 등에서 가액을 구분하여 거래한 사실을 확인할 수 있다.

 (2) 청구인이 신고한 가액은 매매 당시 주위 시세, 담보대출 목적의 감정평가서, 건물신축원가, 지방세 시가표준액 등을 고려하여 합리적으로 결정한 것이므로 인정되어야 한다.

  공급가액의 구분은 감정평가가액을 기초로 신고하는 것이 원칙이지만 그 비용이 상당하고 쟁점부동산에 대한 짧은 보유기간, 당시 부동산시장의 안정세 등을 감안하여 청구인은 지인인 감정평가사, 공인중개사, 세무대리인 등의 도움을 받아 주위 시세, 담보대출 목적으로 평가한 감정평가가액, 건물신축원가, 국세청 기준시가, 지방세 시가표준액 등의 자료를 검토하여 공급가액을 구분하였고 이러한 모든 상황을 매수법인 이사회 의사록에 기재하였다.

  특히 쟁점①부동산의 경우 취득 후 구건물을 철거하고 공장건물을 신축(2014.11.28.)하여 한 달 이내에 양도(계약일 2014.12.25.)하였는데, 실제 건축비용(판넬공장)은 총 OOO, 평당 약 OOO이 소요되었으나, 국세청 기준시가로 평가하는 경우 평당 가액이 OOO 정도로 평가되어 현실과 맞지 않아 신축소요원가를 토대로 건물가액을 산정하였다.

 (3) 일반적으로 감정평가의 원칙은 감정일 이후 양도 당시를 기준으로 감정한다면 토지가액은 상승하고 건물가액은 감가상각을 하여 낮아지는 경향이 있으므로 이를 고려하여야 하며, 설령 처분청 의견과 같이 토지와 건물의 가액이 불분명하다고 보아 청구인의 신고가액을 인정할 수 없다고 하더라도 최근 1～2년 이내의 감정평가금액이 있으므로 이에 비례하여 안분 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 쟁점부동산을 거래하면서 토지와 건물의 가액을 구분하지 않고 거래하였으므로 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하는바 이 건 처분은 적법하다.

  이 건 매매계약서에는 토지가액과 건물가액이 구분되어 있지 아니하고, 가액이 구분 기재되어 있는 별지의 경우 매매계약서와의 간인이 없어 인정하기 어려우며, 청구인 스스로 세무조사 과정에서 토지 및 건물가액을 구분하지 않고 거래한 사실을 인정하는 확인서에 날인한 점 등을 감안할 때 청구인이 신고한 가액을 신뢰하기 어렵다.

 (2) 「부가가치세법」 및 「소득세법」에 의하면 토지 및 건물 가액의 구분이 불분명한 경우에는 감정평가가액 또는 기준시가로 안분 계산한다고 규정하고 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

 「부가가치세법」 제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조에서 사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하고, 가액의 구분이 불분명한 경우에는 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가로 안분 계산하거나, 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

  이는 납세자가 세액산출의 근거가 되는 부동산에 대하여 임의로 평가하는 것을 방지하고 법령의 규정에 따라 공평하게 세액을 산출함으로써 조세법률주의와 조세평등을 구현하기 위한 것이다.

  청구인은 국세청 기준시가가 부적합하고 청구인이 평가․결정한 가액이 합리적이라고 주장하나, 이는 자의적인 판단일 뿐, 처분청은 법령에 따라 기준시가에 비례하여 가액을 결정하였으므로 이 건 처분은 잘못이 없다.

 (3) 청구인이 제시한 감정평가가액은 「소득세법」 규정에 부합하지 아니하여 적용할 수 없다.

  감정평가가액이 인정받기 위해서는 공급시기(2015.3.26.)가 속하는 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일, 즉 2014.7.1.～2015.6.30. 동안의 감정평가가액이어야 한다.

  그러나 쟁점①부동산의 건물가액 외에는 이를 충족하는 감정평가가액이 없으므로 감정평가가액에 비례하여 안분 계산을 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 토지 및 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 기준시가에 따라 안분 계산하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법

  제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

 (2) 부가가치세법 시행령

  제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

 (3) 소득세법

  제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

 가. 토지

　 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

 나. 건물

　 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

  제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구인은 아래 <표2>와 같이 쟁점①부동산을 2014.4.1., 쟁점②부동산을 2013.3.20. 매매를 원인으로 취득하였고, 쟁점①부동산의 경우 취득 당시에 구건물(1,132.78㎡)이 있었으나 철거 후 2014.11.28. 판넬건물(공장)을 신축한 것으로 확인되며, 쟁점①부동산의 구건물 취득가액은 토지 취득가액에 합산하고 신축건물 취득가액은 건축비용을 기초로 산정한 것으로 나타난다.

  (나) 쟁점①부동산 신축건물에 대한 도급계약서에 의하면 공급가액은 OOO으로 나타나고, 청구인은 설계비, 감리비 등의 비용을 더해 신축건물 취득원가를 OOO이라고 주장한다.

  (다) 청구인은 2015.3.26. 쟁점부동산을 양도하면서 지방세 시가표준액(건물)과 공시지가(토지)의 비율에 기초하여 아래 <표3>과 같이 쟁점부동산의 공급가액을 안분한 것으로 보이고, 처분청은 기준시가 비율에 따라 토지 및 건물가액을 안분 계산하여 이 건 부가가치세를 경정․고지한 것으로 나타난다.

  (라) 청구인은 쟁점부동산 양도 당시 지방세(취득세) 과세표준(토지의 경우 공시지가, 건물의 경우 시가표준액)을 아래 <표4>와 같이 계산한 것으로 확인된다.

  (마) 청구인은 쟁점부동산의 양도일(2015.3.26.)에 근접하는 감정평가 사례를 아래 <표5>와 같이 제시하면서, 청구인의 거래가액이 인정되지 않는다면 아래 <표5>의 담보대출 목적의 감정평가가액에 비례하여 안분 계산하여야 한다고 주장한다.

  (바) 청구인이 제출한 ‘부동산거래계약 신고필증(OOO구청장)’에 의하면 청구인은 양도일인 2015.3.26.에 이 건 부가가치세 신고내용과 동일하게 토지 및 건물 가액을 구분하여 관할 구청에 신고한 것으로 나타나고, 2015.4.9. 쟁점부동산의 건물분에 대하여 이 건 공급가액과 같이 전자세금계산서를 발급한 것으로 확인된다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 공급하는 당시 토지와 건물의 가액을 구분하지 않고 거래하였으므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 「부가가치세법」 제29조 제9항에서 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 하고 그 가액의 구분이 불분명한 경우 등에는 대통령령이 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있고, 세금계산서, 매매계약서, 장부 등의 증명자료에 건물의 가액과 토지의 가액이 구분 기재되어 있는 경우에는 그 기재가 허위라거나 내용에 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 “토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”에 해당한다고 볼 수 없다 할 것인바(대법원 2014.3.14. 선고 2013두25450 판결), 쟁점부동산의 공급시점에 OOO구청장이 발급한 부동산거래계약신고필증 및 전자세금계산서에서 토지 및 건물 가액을 구분하여 거래한 사실이 확인되는 점, 그 가액이 지방세 시가표준액 비율과 큰 차이가 아닌 것으로 보아 청구인이 지방세 시가표준액 등을 토대로 가액을 구분한 것으로 보여 통상의 거래관행을 벗어난 것이라고 보기 어려운 점, 청구인이 쟁점부동산을 거래함에 있어 조세회피 목적이 있었다고 볼만한 사정이 확인되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 토지 및 건물 가액의 구분이 불분명하다고 보아 기준시가의 비율로 안분 계산한 가액을 건물가액으로 하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.