[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에 사업장을 두고 있으며, 2000.2.3.부터 유아동용 의류 제조 및 판매업을 영위하고 있는 법인사업자이다.

나.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2010.12.7.부터 2011.3.31.까지 청구법인에 대한 법인통합조사(2007～2009사업연도 대상, 이하 “1차 세무조사”라 한다)를 실시하고, 청구법인이 백화점 등 판매점에 재고반품(특정매입) 조건으로 납품한 상품의 경우 그 손익의 귀속시기를 ‘판매점에 인도하는 날이 속하는 사업연도’(이하 “판매점 인도시점”이라 한다)로 하여 소득금액을 경정하였고, 2018.10.15.부터 2018.11.27.까지 실시한 법인통합조사(2013～2017사업연도 대상, 이하 “2차 세무조사”라 한다)에서는 기획재정부의 예규변경(법인세제과-384, 2016.5.2.)을 사유로 손익의 귀속시기를 ‘판매점이 최종 소비자에게 판매하는 날이 속하는 사업연도’(이하 “소비자 판매시점”이라 한다)로 하여 과세소득을 경정하였다.

다. 청구법인은 2018.12.3. <표1>과 같이 2007∼2009, 2011사업연도 법인세에 대한 경정청구를 제기하였고, 처분청은 ｢국세기본법｣ 제45조의2 제2항 제4호에 따른 후발적 경정청구 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2020.5.25. 이를 거부하였다.

<표1> 경정청구 세액

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 ｢국세기본법｣ 제45조의2에서 부여한 정당한 권리에 의하여 2007～2009, 2011사업연도의 과세표준과 세액에 대한 경정을 청구하였으나 처분청은 법령상 근거 없이 이를 거부하였다.

  (가) 청구법인은 유아동용 의류 등을 판매하는 법인으로 2010년 조사청의 1차 세무조사(2007～2009사업연도 대상) 결과, 청구법인이 상품을 백화점 등 판매점에 인도한 시점을 손익의 귀속시기로 하여 법인세 과세소득이 경정됨에 따라, 2010사업연도부터는 손익의 귀속시기를 판매점 인도시점으로 하여 각 사업연도에 대한 법인세를 신고･납부하였으나, 조사청은 2018년에 실시한 2차 세무조사(2013～2017사업연도 대상)에서 기획재정부의 예규변경(법인세제과-384, 2016.5.2.)을 사유로 소비자 판매시점을 손익귀속시기로 하여 과세소득을 경정하였다.

  (나) 청구법인은 이에 구 ｢국세기본법｣(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것) 제45조의2 제2항 제4호(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 후발적 경정청구 사유가 발생한 것으로 판단하여 2007∼2009, 2011사업연도 법인세의 과세표준과 세액에 대한 경정청구를 한바, 처분청은 과세소득이 경정된 사업연도(2013사업연도)의 직전 사업연도(2012사업연도)에 환급할 세액이 발생하여야 2011 및 그 이전 사업연도의 경정청구가 가능한데, 청구법인의 경우 2012사업연도에 납부할 세액이 발생하므로 경정청구 대상이 아니라고 보아 이를 거부하였다.

  (다) 후발적 경정청구제도의 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우에 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있고(대법원 2011.7.28. 선고 2009두22379 판결 등 참조),

  쟁점규정은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세관청의 경정으로 인하여 그 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다’라고 규정하고 있을 뿐, 처분청 의견과 같이 경정대상이 되는 과세기간의 직전 과세기간에 환급할 세액이 있는 경우로 동 규정의 적용대상을 한정하고 있지 아니한바,

  만일 처분청의 주장대로 과세소득이 경정된 사업연도(2013사업연도)의 직전 사업연도(2012사업연도)에 환급할 세액이 있는 납세자로 경정청구 허용대상을 제한한다면, 동일한 사업을 영위함에도 직전 사업연도에 납부할 세액이 있는 납세자와 합리적 이유 없이 과세상 차별하게 되어 과세형평을 침해하게 된다.

  (라) 따라서, 청구법인의 과세소득이 경정된 2007사업연도까지 거슬러 후발적 사유에 의한 경정청구를 적용함이 납세자의 진정한 과세표준과 세액을 구하는 길인 동시에 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 한 경정청구 제도의 취지에 부합한다.

  (마) 아울러, 청구법인은 조사청의 1차 세무조사로 과세소득이 경정된 후 경정된 소득금액 산정방식에 따라 법인세를 정상 신고･납부하던 중 기획재정부의 예규변경 및 조사청의 2차 세무조사로 재차 과세소득 산정방식이 변경되어 법적안정성이 현저히 침해된바, 그 침해된 권리의 보호를 위해서는 변경된 예규와 관련된 모든 사업연도의 과세표준과 세액이 경정되어야 한다.

 (2) 처분청은 2007∼2009, 2011사업연도에 대한 경정을 허용하게 된다면 조세법률 관계를 조속히 안정시키려는 부과제척기간 제도의 취지가 몰각될 우려가 있다고 주장하나 이는 부과제척기간에 대한 법리를 오해한 것이다.

  부과제척기간 규정은 ｢국세기본법｣ 제4절에 따른 ‘납부의무의 소멸사유’의 하나로서 ‘납부’, ‘충당’, ‘부과취소’, ‘국세징수권의 소멸시효 완성’과 함께 열거되어 있는바, 이는 국세부과 제척기간 내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 종료된 경우 납세자의 납부의무를 소멸시켜 납세자의 법정안정성을 보호하려는 제도이지 후발적 사유에 의한 납세자의 경정청구의 권리를 제한하려는 제도가 아니다.

 (3) 2007∼2009, 2011사업연도의 경우 부과제척기간이 경과하여 국세의 부과는 불가하나 후발적 사유의 경정청구로 인한 환급은 가능하다.

  (가) ｢국세기본법｣ 제26조의2[국세 부과의 제척기간] 제1항은 “국세는 다음 각 호에 규정된 기간(5년)이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다”고 규정하고 있으며, 여기서 ‘국세의 부과’의 의미는 과세관청이 이미 성립한 납세의무를 확정하기 위하여 납세고지 또는 납부통지를 하는 것을 말한다.

  (나) 따라서 2007∼2011사업연도의 경우 부과제척기간 5년이 경과하여 납세고지는 불가능하나, 과세표준과 세액에 대한 경정행위 자체는 그 경정으로 인하여 납부할 세액이 발생하는지 또는 환급할 세액이 발생하는지 여부와 관계없이 가능하고, 후발적 사유에 의한 경정청구에 따른 환급결정이 가능하다.

나. 처분청 의견

 (1) 손익귀속시기를 변경시키는 경정․결정이 된 과세기간과 직접 연동되지 않은 과세기간(2007～2009, 2011사업연도)에 대한 후발적 경정청구는 관계 법령상 근거가 없다.

 ｢국세기본법｣ 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구는 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우를 그 사유로 한다.

  그러나 청구법인의 경우 2013사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 경정(2차 세무조사)으로 인해 2012사업연도 과세표준 및 세액이 당초 신고한 과세표준 및 세액보다 증가하는바, 2012사업연도는 부과제척기간 만료로 경정되지 않았고, 경정청구 대상 과세기간(2007～2009, 2011사업연도)은 경정된 과세기간과 직접 연동되지 아니하여 후발적 경정청구 요건에 해당되지 않는다.

 (2) 청구법인은 손익귀속시기가 변경되는 과세기간 중 일부가 증액경정이 필요하다는 우연한 사정으로 인하여 그 외의 과세기간에 대한 후발적 경정청구를 할 수 있는지 여부가 달라지는 것은 납세자 사이의 형평을 침해하므로, 경정한 과세기간(2013사업연도)의 파급효과가 미치는 모든 과세기간(2007～2009, 2011사업연도)에 대하여 후발적 경정청구를 할 수 있다고 주장하나,

  이 경우 법률관계를 조속히 안정시키기 위해 부과제척기간을 두고 그에 대한 예외로 후발적 경정청구를 두고 있는 취지가 몰각될 우려가 있고, 2018.1.1. 시행된 ｢국세기본법｣ 제26조의2 제2항 제4호에 의하면 경정 결정을 하는 과세기간과 연동된 과세기간의 부과제척기간이 종료된 경우 특례부과제척기간을 인정하여 증액경정이 가능한바, 경정과 연동되지 않은 모든 과세기간에 대한 경정청구가 가능한 것으로 해석되는 경우 하나의 경정이 있음으로 인해 그 밖의 모든 과세기간에 대하여 특례부과제척기간으로서 과세처분을 할 수 있다는 결과가 되어 납세자의 법적안정성이 침해될 것이다.

 (3) ｢국세기본법｣ 제26조의2 제1항에서 정한 부과제척기간이 일단 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것인바(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657, 서울행정법원 2016.6.17. 선고 2015구단22656 판결 등 참조), 경정된 2013사업연도와 연동된 2012사업연도의 경우 경정 시 오히려 과세표준이 증가하나 부과제척기간 만료로 증액경정이 불가하여 그 이전 사업연도는 후발적 경정청구의 사유에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2013사업연도에 대한 경정처분이 2011사업연도 이전 과세기간에 대한 후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것)

 제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.

 3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

3. 제45조의2 제1항 및 제2항 또는 ｢국제조세조정에 관한 법률｣ 제10조의2 제1항 및 제19조 제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의 3 제1항에 따른 조정권고가 있는 경우 : 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월

4. 제3호에 따른 경정청구 또는 조정권고가 있는 경우 그 경정청구 또는 조정권고의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 : 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월<2017.12.19. 신설>

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 : 판결이 확정된 날부터 1년

 제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

 1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(괄호 생략)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

 2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

 3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

 4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

 ※ 부칙<법률 제15220호, 2017.12.19. 개정>

 제1조[시행일] 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

 제2조[국세부과의 제척기간에 관한 적용례 등] ① 제26조의2 제2항 제4호 및 제5호의 개정규정은 이 법 시행 이후 제26조의2 제2항 제3호에 따른 경정청구 또는 조정권고가 있거나 판결이 확정되는 경우부터 적용한다.

②이 법 시행 전에 제26조의2 제1항에 따라 제척기간이 만료된 경우에는 제26조의2 제2항 제4호 및 제5호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

 (2) 국세기본법 시행령(2019.2.12. 법률29534호로 개정된 것)

 제25조의2[후발적 사유] 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

 2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

 3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

 4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

 (3) 법인세법

 제40조[손익의 귀속사업연도] ①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

②제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (4) 법인세법 시행령

 제68조[자산의 판매손익 등의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

 1. 상품(부동산을 제외한다)·제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매 : 그 상품 등을 인도한 날

다. 사실관계 및 판단

 (1) 특정매입계약에 대한 청구법인의 회계처리 및 세무조정은 다음과 같다.

  (가) 청구법인의 주요한 거래형태인 재고반품조건부 재화의 공급(특정매입계약)은 청구법인이 백화점 등의 판매점에 재고자산을 반출하고, 판매점은 최종소비자에게 해당 제품을 판매한 후, 판매대금에서 일정율의 금액을 공제한 후 청구법인에게 제품 매입대금을 지급하는 거래구조이다.

  (나) 청구법인은 1차 세무조사 이후 재고반품조건부 재화공급분 손익의 귀속시기를 회계상 소비자 판매시점으로, 세무상 판매점 인도시점으로 하여 <표2>와 같이 각 방식에 따른 차이금액인 당기매출 조정분을 법인세 신고시 익금산입(유보)하였다가 다음 해 전기매출 조정분을 익금불산입(△유보)하여 추인하는 세무조정을 하여왔다.

<표2> 청구법인의 회계와 세무상 수익인식시기 차이

 (2) 당초 국세청(서이46012-11779, 2003.10.15. 등)은 재고반품조건부 재화공급의 손익귀속시기를 “재화를 판매점에 인도하는 날이 속하는 사업연도”로 보았으나, 2016.5.2. 기획재정부(법인세제과-384, 2016.5.2.)는 제조법인이 조건을 결정하는 거래의 경우 “대리점사업자가 제품을 최종소비자에게 판매하는 시점”을 귀속시기로 해석하였다.

 (3) 처분청에서 제출한 ‘청구법인에 대한 특정매입 경정내역’에 의하면, OOO의 2007～2009사업연도에 대한 1차 세무조사 경정내역(재고반품조건부 재화공급분 손익귀속시기 경정)은 <표3>과 같다.

<표3> 1차 세무조사 시 재고반품조건부 재화공급분 경정내역

 (4) 처분청의 전산자료(징수결정 내역조회)에 의하면, 조사청의 1차 세무조사 결과에 의한 납세고지서는 2011.4.15.(2007사업연도분)과 2011.4.16.(2008･2009사업연도분)에 청구법인에 전자송달된 것으로 나타난다.

 (5) 청구법인은 조사청에서 2차 세무조사(2013∼2017사업연도) 시 재고반품조건부 재화공급의 손익귀속시기를 1차 세무조사와 달리 “소비자 판매시점”으로 하여 과세소득을 경정하자, 2007∼2012사업연도분 법인세 과세표준 및 세액을 <표4>와 같이 “소비자 판매시점”으로 조정한 후, 법인세 환급이 발생하는 2007∼2009, 2011사업연도분에 대하여 2018.12.3. 경정청구서를 제출하였다.

<표4> 청구법인의 세무조정 내역

 (6) 처분청이 2019.5.25. 청구법인에 통지한 이 건 경정청구의 처리결과(거부)의 요지는 다음과 같다.

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여

  (가) 먼저, 2011사업연도에 대한 경정청구에 대하여 살피건대, ｢국세기본법｣ 제45조의2 제2항 제4호의 후발적 경정청구의 취지는 경정청구기간이 경과한 과세기간에 이미 익금산입되었던 “특정한 금액”을 과세관청이 그 귀속시기를 달리하여 다른 과세기간의 과세소득으로 경정하여 과세함으로써 결과적으로 이중으로 세금이 부과되는 경우 납세의무자가 본래 익금산입한 과세기간에 경정을 구할 수 있게 한 것인바, 처분청이 2차 세무조사의 결과로 청구법인의 2013∼2017사업연도에 대한 경정을 하면서 2012사업연도에 이미 익금산입되었던 당기매출 조정분OOO을 2013사업연도로 그 귀속시기를 달리하여 경정함으로써 2012사업연도의 당기매출 조정분이 이중과세되는 측면이 있으나, 청구법인이 이 건과 별개로 제기하였던 2012사업연도 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 이 건 심리일 전에 취하한 것으로 나타나는 점, 경정청구과정 중에 과세표준의 증액사유를 발견하였다고 하더라도 이미 부과제척기간이 만료된 이상 새로운 처분을 하거나 증액경정처분을 할 수 없는 것인바, 2012사업연도의 올바른 세액을 산정하면 2012사업연도의 전기매출 조정분OOO에 대한 익금산입을 하게 되고, 이에 따라 경정 후의 과세표준 및 세액이 신고할 과세표준 및 세액을 초과하지 아니하여 2012사업연도 당기매출 조정분의 감액경정을 넘어서 2012사업연도 전기매출 조정분까지 경정하여야 한다고 보기 어려운 점, 따라서 2011사업연도 당기매출 조정분(2012사업연도의 전기매출 조정분)은 2차 세무조사의 결과로 경정된 2013사업연도 과세소득과 무관한 점 등에 비추어 2011사업연도에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (나) 마지막으로, 2007～2009사업연도에 대한 경정청구에 대하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 처분청이 2013사업연도에 전기매출 조정분을 경정함으로써 이중과세되는 과세소득은 2012사업연도의 당기매출 조정분에 해당하여 2007～2009사업연도 과세표준 및 세액과 무관한 점, 조사청은 청구법인의 2007～2009사업연도에 대한 1차 세무조사 과정에서 재고반품조건부 재화공급의 손익귀속시기를 판매점 인도시점으로 보아 법인세 과세소득을 경정하였고, 이와 관련한 납세고지서는 2011.4.15. 및 2011.4.16. 청구법인에 전자송달되어 불복 청구기간이 도과된 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.