[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.10.24. OOO 단독주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 배우자 OOO와 각각 2분의 1 지분으로 취득하였다가, 2018.10.30. 양도가액 OOO원에 양도하였고, 2018.11.30. 쟁점주택을 1세대 1주택인 고가주택에 해당하는 것으로 보아 청구인의 지분에 해당하는 양도차익 OOO원에 대하여 장기보유특별공제율 80%를 적용한 OOO원을 공제하고 일반세율을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 2020.9.10.부터 2020.9.29.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 청구인의 배우자가 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 보유하고, OOO, 주택(이하 “쟁점대체주택”이라 한다)을 보유하여 양도 당시 3주택 이상에 해당한 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(일반세율+20%p)을 적용하여 2020.10.6. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 과세하겠다는 내용의 세무조사 결과를 통지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2020.11.4. 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.12.11. 이를 불채택하고 2020.12.14. 청구인에게 위 통지와 같이 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.2.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인 OOO 소유의 임대주택은 1975년부터 거주해온 미아동 단독주택 지역이 재개발됨에 따라 2010.7.12. 취득한 직후부터 실제 임대를 개시하였고 2017.08.24. 처분청과 지방자치단체OOO에 임대사업자 등록을 하였으며, 그 배우자인 OOO는 임대주택을 소유하지 않았을 뿐만 아니라, 쟁점주택 양도 당시 거주이전을 위한 일시적 2주택의 요건을 충족하였음에도 불구하고 청구인 및 배우자에게 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 과세한 것은 부당하다.

  또한 처분청은 거주주택 비과세 특례를 적용받지 아니하는 OOO원 초과부분에 대해서는 중과세율을 적용하여야 한다는 의견이나, 비과세가 적용되는 OOO원 미만에 대하여는 1주택 장기보유특별공제 특례가 적용되어야 한다.

 (2) 청구인과 청구인의 배우자는 쟁점주택을 2003.10.23. 취득하였고, 2018.6.13. 매매계약을 체결한 후 3달 이상 대체주택을 물색하였으며, 2018.8.9. 쟁점주택 중도금을 받은 후인 2018.9.23. 쟁점대체주택 매매 계약을 체결하고 2018.10.26. 잔금지불을 완료하였다. 청구인은 2018.10.27.부터 이틀 간 쟁점대체주택으로 이사하였고, 2018.10.29 쟁점주택의 매매 잔금을 받고 소유권이전등기를 마쳐주었는바, 청구인이 15년 간 거주한 쟁점주택을 팔고 쟁점대체주택으로 거주이전을 하는 과정에서 일시적으로 3∼4일이 겹쳤다고 하여 1세대 3주택으로 보고 장기보유특별공제도 제외하는 것은 주택의 실제 사용 용도와 취득 경위 등을 무시하고 세법의 기본 개정 취지에도 어긋나는 해석으로서 위법하다.

  판례(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)는 “장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다.”라고 판시하였다.

 (3) 청구인이 쟁점주택을 양도하기 전 OOO 회계사무소OOO에 양도소득세에 대한 자문을 구할 당시 세무대리인은 임대주택외에 1세대 1주택자로서 15년 거주에 대한 장기보유특별공제를 포함한 비과세 혜택을 받는다고 하였고, 쟁점주택 양도 후 위 세무대리인에게 양도소득세 신고를 위임하고 2018.11.19. 세무대리비용으로 OOO원을 지급하였다. 이와 같이, 세무대리인을 통하여 1세대 1주택 고가주택에 대한 양도소득세를 신고하였음에도 세법에 대한 전문지식이 없는 청구인에게 양도소득세 신고일로부터 2년이 지나 과소신고 가산세와 납부불성실 가산세까지 부과한 것은 위법․부당하다.

  따라서 청구인들이 쟁점주택을 양도하고 대체주택을 취득할 당시 거주이전 과정의 전후 사정을 심리하지 않고, 쟁점주택 양도일 기준만으로 부부 중 한 사람이 임대사업자인 청구인들을 1세대 3주택자로 보아 각각의 지분에 대해 3주택자 중과세를 일괄적으로 부과하는 것은 법리의 해석과 적용의 오류이고, 조정지역내 고가주택 양도시 거주주택 비과세 특례를 적용받지 아니하는 OOO원 초과부분에 대해서는 중과세율을 적용하더라도 적어도 OOO원 미만부분에 대하여는 1세대 1주택 장기보유특별공제 특례가 적용되는 것이 장기임대주택을 제외한 일시적 2주택자의 거주주택 비과세 특례와 중과세율 적용에 있어서 현실적 상황을 충분히 참작하여 혼란을 최소화함과 동시에, 주거 안정 지원이라는 입법취지에도 부합한다.

나. 처분청 의견

 (1) 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항에서 장기임대주택을 주택수 계산에서 제외한다는 규정이 없으므로, 일시적 2주택자로 임대주택이 있는 청구인의 경우 1세대 3주택자에 해당하여 거주주택 비과세 특례를 적용받지 아니하는 OOO원 초과 부분에 대한 3주택 중과세율은 적정하며, 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택의 범위를 규정하고 있는 「소득세법 시행령」 제167의4에 해당하지 아니한 경우 「소득세법」 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하고, 장기보유특별공제는 적용하지 아니한 이 건 과세처분은 정당하다.

  또한 청구인이 제시한 판례(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)는 “주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 양도소득세를 중과할 수 없다.”라는 것으로 일시적 1세대 2주택자의 1세대 1주택 비과세 특례와 장기임대주택자의 거주주택 특례의 중첩적용에 대한 것이고, 전심사건인 조세심판원 결정(조심 2009서2961, 2009.9.23.)을 보더라도 일시적 2주택자에 대한 1세대 1주택 비과세를 적용받은 청구인이 OOO원 미만부분에 대해서도 1세대 1주택 장기보유 특례가 적용되어야 한다는 청구주장과는 상관이 없는 판례이므로 이 건에 적용할 수 없다.

 (2) 청구인은 쟁점임대주택은 청구인 단독 명의인데도 청구인의 배우자에게도 1세대 3주택 중과세율을 적용한 것은 부당하다고 주장하나, 「소득세법」 제104조 제7항 제3호에 조정대상 지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라고 규정하고 있고, 주택 수 산정은 세대원을 기준으로 하는 것이 아니라 세대별로 산정하는 것이므로 청구인 및 청구인의 배우자에게 각각 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

 (3) 청구인은 세무대리인의 자문을 받아 양도소득세를 신고하였으므로 가산세까지 부과한 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하나, 세무대리인의 과실이 있었다고 하여 이를 청구인에게 가산세를 감면하여야 할 정당한 사유라고 보기 어려우므로 청구주장은 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 3주택으로 보아 OOO원 초과분에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분의 당부

 ② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산((제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(괄호 생략)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 (2) 소득세법 시행령

 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 바목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것

 제156조(고가주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.

③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

 제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.

 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항·제4항에 따른 읍·면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조 제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). (단서 생략)

 가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택규모에 해당하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

 다. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택에 한한다.

 라. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택[미분양주택(「주택법」 제54조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장·군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

  1) 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것

  2) 5년 이상 임대하는 것일 것

  3) 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것

  4) 수도권 밖의 지역에 소재할 것

  5) 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시·군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시·군에 있는 경우에 한정한다)}

 마. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 중 같은 조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 8년 이상 임대하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택

 바. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 8년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택

3. 「조세특례제한법」 제97조·제97조의2 및 제98조에 따라 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 "감면대상장기임대주택"이라 한다)

4. 종업원(사용자의 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 특수관계인을 제외한다)에게 무상으로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 당해 무상제공기간이 10년 이상(이하 이 조에서 "의무무상기간"이라 한다)인 주택(이하 이 조에서 "장기사원용주택"이라 한다)

5. 「조세특례제한법」 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택

6. 제155조 제6항 제1호에 해당하는 문화재주택

7. 제155조 제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

8. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택

8의2. 1세대의 구성원이 「영유아보육법」 제13조 1항에 따라 특별자치도지사·시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)의 인가를 받고 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 후 5년 이상(이하 이 조에서 "의무사용기간"이라 한다) 가정어린이집으로 사용하고, 가정어린이집으로 사용하지 아니하게 된 날부터 6월이 경과하지 아니한 주택

9. 삭제

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

 (3) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 일부개정되기 전의 것)

 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 (4) 국세기본법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28644호로 일부개정되기 전의 것)

 제28조(가산세의 감면 등 신청) ① 법 제48조 제1항 또는 제2항에 따라 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 관할 세무서장(세관장 또는 지방자치단체의 장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다.

1. 감면을 받으려는 가산세와 관계되는 국세의 세목 및 부과연도와 가산세의 종류 및 금액

2. 해당 의무를 이행할 수 없었던 사유(법 제48조제1항의 경우만 해당한다)

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다.

  (가) 쟁점주택의 양도 당시 청구인은 위 ＜표1＞과 같이 쟁점주택을 포함한 총 3개의 주택을 보유하고 있다.

<표1> 청구인의 주택 보유 내역

  (나) 청구인은 2017.8.24. 쟁점임대주택에 관하여 OOO에게 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 하였고, 또한 같은 날을 개업일로 하여 처분청에 사업자등록을 하였다.

  (다) 쟁점주택의 양도와 관련하여 청구인 및 청구인 배우자의 당초 신고한 내역과 처분청이 경정ㆍ고지한 내역을 비교하면 아래 ＜표2＞와 같다.

<표2> 양도소득세 경정 내역

  (라) 쟁점주택의 양도 당시 OOO 25개구 전역이 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역으로 지정되어 있었다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「소득세법」 제95조 제2항 및 같은 법 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우, 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 「소득세법」 제55조 제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있으며, 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항에서 “법 제104조 제7항 제3호에서 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다”라고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 ‘1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 각 들고 있다.

   청구인은 쟁점주택을 일시적 2주택(1세대 1주택)에 해당한다고 주장하나, 청구인 및 배우자는 쟁점주택을 양도할 당시 장기임대주택 1채 및 대체주택을 소유하고 있었던 점, 1세대 3주택이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하고 있지 아니하는 점, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없고, 해당 조문상 대체주택 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없어 같은 항 제10호를 적용하기도 어려운 점(조심 2020서2295, 2020.11.23. 같은 뜻임),

   쟁점주택과 쟁점대체주택을 일시적 2주택으로 보아 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하는 경우, 조정대상지역 외 다주택과 세효과가 동일한바, 청구주장과 같이 해석하는 것은 조정대상지역에 있는 다주택의 양도에 한하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하는 현행 법령상 중과규정의 입법취지에 부합하지 않는다고 할 것인 점 등에 비추어 쟁점주택을 조정대상지역내 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로 봄이 타당하다 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것인바(대법원 1995.11.7. 선고 95누92 판결 등 참조),

   청구인이 이 건 부과처분과 관련하여「국세기본법」제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나, 납세자의 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어려운 점, 청구인이 세무대리인의 자문을 받아 쟁점주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는 것으로 보아 양도소득세를 신고하였다는 사실이 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 가산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.