주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

 1. 처분개요

가. 청구법인은 1971.10.20. 설립되어 서민과 소규모기업의 금융편의를 위한 여‧수신업무를 영위하고 있는 OOO에 소재하는 법인으로 2010사업연도부터 2015사업연도까지 매년 결손이 발생(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)하였다. 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된「법인세법」(이하 “개정 법인세법”이라 하고, 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것을 “구 법인세법”이라 한다)에서 이월결손금을 각 사업연도 소득의 100%에서 80%만 공제하도록 함에 따라 청구법인은 2016사업연도 이후부터는 개정 법인세법을 적용하여 이월결손금을 공제하여 법인세를 신고‧납부하였다.

나. 그러나 청구법인은 2020.5.21. 개정 법인세법 시행 이전 구 법인세법에 따라 발생한 이월결손금은 구 법인세법에 따라 한도 없이 전액 공제되어야 한다고 보아 2016사업연도부터 2018사업연도의 법인세 합계 OOO을 경정하는 청구를 하였다.

다. 처분청은 2020.7.30. 청구법인의 경정청구에 대하여 개정 법인세법에 따른 공제율을 적용되므로 이를 거부한다는 통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.10.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  청구법인의 신뢰보호 및 예측가능성, 개정 법인세법의 입법취지 및 부칙 규정의 합리적 해석을 고려할 때 개정 법인세법의 공제한도는 개정 법 시행 이후 발생하는 결손금부터 적용되는 것이고, 개정 법인세법 시행 이전에 이미 발생하여 확정된 쟁점이월결손금액에 대하여는 적용할 수 없음이 분명한바, 공제한도를 적용하여 신고한 청구법인의 2016사업연도부터 2018사업연도의 법인세액 과다납분은 경정‧환급됨이 타당하다.

 (1) 개정 법인세법은 부칙규정의 해석상 2016.1.1. 이후 사업연도에 발생하는 결손금분부터 적용되어야 한다.

  (가) 구 법인세법 제13조는 과세표준을 규정하면서 이월결손금은 향후 10년간 한도 없이 전액 공제할 수 있도록 규정하고 있다.

    그런데 2015.12.15. 개정된 개정 법인세법 제13조는 단서규정을 신설하여 중소기업과 회생법인 등 일부 법인을 제외하고는 결손금 공제를 각 사업연도 소득의 80%로 제한하였다.

    이에 따라 청구법인은 법인세 신고시 개정 법인세법을 적용하여 쟁점이월결손금 공제에 한도를 두는 것으로 신고하였다.

  (나) 다만 개정 법인세법 부칙은 개정 법률의 적용시기에 관하여 명확한 규정을 두고 있지 아니한바, 개정 법인세법 시행 전 발생‧확정되었으나 공제시기만 이월된 청구법인의 쟁점이월결손금에 대해서도 개정 법인세법을 적용할 수 있는지 여부가 쟁점이 되는 부분이다.

  (다) 개정 법인세법 부칙 제2조는 개정 법인세법의 시행 및 적용에 관한 일반적 적용례(이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용한다)만을 두고 있을 뿐, 이 법 시행 전에 발생한 쟁점이월결손금이 개정 법인세법에 따라 공제한도를 적용받는지 여부에 대하여 구체적 적용례를 두고 있지 아니하다.

    이로 인해 부칙 제2조의 ‘이 법 시행 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용한다’는 규정의 의미가 이 법 시행 이전에 발생하여 신고‧확정되었으나, 단지 공제시기만 이월된 쟁점이월결손금에 대해서도 적용되는지 여부가 불분명하다.

  (라)「국세기본법」제18조 제1항에는 “세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다”고 규정하고 있고, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서는 입법 취지와 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것이 불가피하다는 법원 판단이 있다(대법원 2009.2.12. 선고 2004두10289판결 등 참조).

    그러므로 법 개정 부칙에 일반적 적용례 외에 구체적 적용례가 없는 경우에는 해석을 통해 그 의미를 이해할 수 밖에 없고, 그 법률 개정의 입법취지, 관련 법률과의 유기적 해석 등을 고려하여 합목적적으로 해석하여야 한다.

 (2)청구법인의 쟁점이월결손금은 2015사업연도 이전에 이미 발생하여 신고·확정된 금액으로 청구법인의 자산에 해당하는바, 소급하여 박탈될 수 없으므로 구 법인세법에 따라 쟁점이월결손금은 한도 없이 전액 공제되어야 한다.

  (가) 이월결손금은 장차 일정기간 내의 소득에 대한 법인세를 덜 낼 수 있는 권리가 있음을 뜻하는 것으로 이는 납세자가 국가에 대하여 가지는 장래의 채권으로서 자산적 성격을 갖는다.

   1)「법인세법」이 이월결손금 공제를 인정하는 취지가 법인세는 전체 소득을 기준으로 과세하는 것이 타당하나, 이는 기술적으로 불가능하므로 과세기간 단위로 구획하여 세액을 산정한다고 하여도, 그 법인의 생애소득은 과세기간 단위의 소득금액 또는 결손금을 모두 합산한 금액이므로 어떤 과세기간에 발생한 결손금은 그 이전 또는 그 이후의 과세기간의 소득금액으로 보전하여 주는 것이 타당하다는 취지에서 비롯되었다.

   2) 이에 따라「법인세법」은 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 종료하는 과세기간의 법인 소득금액을 계산함에 있어 이월결손금을 공제할 수 있도록 하였고, 이러한 이월결손금 공제를 받을 수 있는 권리의 성격은 ‘이월결손금은 장차 일정기간 안의 소득에 대한 법인세를 덜 낼 수 있는 권리가 있음을 뜻하는 것으로 이는 납세자가 국가에 대하여 가지는 장래의 채권으로서 자산적 성격을 갖고 있다’고 해석하는 것이 일반적이며, 회계상으로도 결손금은 자산으로 계상되고 있다.

  (나) 청구법인은 2015사업연도 이전 각 사업연도 법인세 신고시 쟁점이월결손금에 대하여 이미 향후 10년간 제한 없이 사용할 완전한 권리를 취득하였다.

   1) 청구법인은 2010사업연도부터 2015사업연도까지 매년 법인세 신고시 쟁점이월결손금은 결손금으로 신고하였고, 이 금액은 향후 10년간 이월되는 것으로 확정되었다.

   2)「법인세법 시행규칙」제50호의 결손금 공제 서식에도 당해 사업연도에 공제되는 이월된 결손금 공제액과 이월되는 결손금액, 당해 사업연도에 발생하는 결손금액을 각각 구분하여 신고하도록 하고 있다.

   3) 이에 따라 청구법인도 2010사업연도부터 2015사업연도까지 매년 결손금 신고시 당해 사업연도에 공제되는 금액, 이월되는 금액, 해당 사업연도에 새로이 발생하는 결손금액을 구분하여 법인세 신고를 하였고 신고내용대로 확정되었는바, 이는 이미 확정된 청구법인의 권리이고, 청구법인은 당연히 쟁점이월결손금을 향후 10년간 전액 공제될 수 있을 것이라 신뢰하였다.

  (다) 이미 확정된 권리에 대하여 개정 세법을 적용하여 공제한도를 제한하는 것은 소급과세금지원칙 및 신뢰보호원칙에 반하는 것이다.

   1) 재산권의 소급박탈 금지 및 조세법률주의에 따른 소급과세금지원칙에 반한다.

    가) 청구법인은 이러한 권리를 결손금 발생 당시인 2015년 이전 사업연도에 적용되던 구 법인세법에 따라 확정적으로 취득하였는바, 이는 청구법인의 자산으로서 보호되어야 하고, 이를 소급적으로 박탈할 수는 없다.

    나) 조세법률주의를 규정한 헌법 제59조 및「국세기본법」제18조 제2항은 납세의무 성립 후에 새로운 법률에 따라 소급하여 과세하여서는 아니 된다고 하며 소급과세금지원칙을 명시하고 있다. 이에 따라 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 부과하는 규정의 소급적용은 허용되지 않는다(대법원 2011.9.2. 선고 2008두17363판결). 이러한 소급과세금지 원칙은 비과세, 세액감면, 세액공제 등과 같은 조세우대조치가 축소‧폐지되는 경우에도 적용된다.

    다) 조세법률주의 원칙상 세법의 개정이 있는 경우 특별한 사정이 없는 한 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 하는데, 쟁점이월결손금은 구 법인세법이 적용되던 2010사업연도부터 2015사업연도까지 이미 발생하여 신고까지 마침으로써 확정된 세액이고 단지 공제시기만 이월된 것으로 구 법인세법을 적용하여야 하며 개정 법인세법을 적용할 수 없다.

   2) 쟁점이월결손금은 구 법인세법에 따라 발생하여 이월될 것이 확정되어, 청구법인은 향후 10년간 공제한도의 제한 없이 쟁점이월결손금을 전액 공제 받을 수 있다는 정당한 신뢰를 가지고 있었다.

    가) 청구법인은 결손금 발생 사업연도 법인세 신고 당시 구 법인세법 제13조에 따라 쟁점이월결손금을 이월하는 것으로 신고하였고 청구법인은 이에 따라 향후 10년간 공제한도의 제한없이 확정적으로 전액을 결손공제 받을 수 있다는 신뢰를 갖게 되었다.

    나) 당시 구 법인세법은 명문으로 향후 10년간 제한 없이 이월결손금을 공제할 수 있다는 규정을 두고 있었고 이 규정은 최초「법인세법」이 제정된 이후 개정 법인세법 개정 이전까지 약 45년간 단 한 번도 공제한도 없이 전액 공제되는 것으로 규정되어 왔는바, 청구법인의 이러한 신뢰가 정당한 것임에는 이론의 여지가 없고, 이러한 신뢰는 결손금 이월공제제도의 입법취지에 비추어 보더라도 충분히 보호가치가 있는 신뢰이다.

    다) 이월결손금 공제제도는 결손을 막 회복한 법인이 스스로 존립할 수 있는 기반을 만들어주고자 결손금을 이월하여 공제하도록 하는 것으로 장기간 결손상태에 있던 법인이 정상영업을 영위할 수 있도록 허용하되, 기간과세인 법인세의 특성상 일정 기간으로 나누어 세액을 계산하게 되는데, 그 경우 결손법인이 직전 사업연도에 많은 결손금이 발생하였음에도 기간과세의 특성상 자본유지도 못한 채 조세를 부담하는 결과가 생기므로 예외적으로 발생한 결손금을 이월하여 공제할 수 있도록 하는 것이다. 즉 이는 기간과세의 한계상 납세자의 권리침해가 발생하므로 이를 보완해 주는 것일 뿐 특혜를 주는 규정이 아니다.

    라) 반면 결손금 공제에 한도를 신설한 것은 세수 확보라는 정책적 목적에서 비롯된 것으로 결손금 공제는 혜택의 부여가 아니라 권리의 박탈이라는 점, 장기간의 결손을 회복한 법인에게 그 결손금을 활용할 기회를 부여하여 스스로 사업을 잘 수행할 수 있도록 하는 것이 더 중요한 법익인 점 등을 고려한다면 신설된 공제한도 규정은 제한적으로 적용되어야 한다.

  (라) 세법이 불리하게 개정된 경우에도 소급과세금지원칙 및 납세자 신뢰보호원칙에 따라 종전 규정을 적용하도록 하는 것이 판례의 확립된 태도이다.

    석·박사 인건비 세액공제시 최저한세 제한규정을 소급하여 적용하는 것이 가능한지에 관한 사안에서 개정「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 부칙규정이 이 건 개정 법인세법 부칙규정과 동일하게 일반적 경과규정만을 두고 개별적 경과규정을 두고 있지 않았음에도 개정 법을 적용하여 세액공제에 최저한세를 적용하는 것은 위법하다고 판단하였다(OOO고등법원 2018.11.28. 선고 2018누52817판결 참고).

   1) 이 사안은 청구법인이 연구‧인력개발에 투자를 한 시점의 구 조특법상으로는 석‧박사 인건비가 최저한세의 적용대상이 아니었는데, 이후 개정법상 최저한세 적용대상이 된 경우로 구 조특법에 의하여 이미 발생한 연구‧인력세액공제액에 개정된 조특법을 적용할 수 있는지가 쟁점이 된 사안으로 관련 조특법 부칙 규정은 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다”는 일반적 적용례만을 두고 있었고 구체적 적용례는 두고 있지 아니하여 그 구조 및 쟁점이 이 건과 유사하다.

   2) 법원은 조특법 부칙 규정의 의미가 이 법 시행 이전에 이미 발생‧확정되었으나, 그 시행 이후로 이월된 세액공제액도 적용대상이 되는지 여부에 관하여, 이 법 시행 이후 신고하는 세액공제분을 의미하는 것인지 아니면 이 법 시행 이후 발생하는 세액공제분을 의미하는 것인지는 합목적적으로 해석하여야 하므로 세액공제에 관한 최저한세 규정은 개정된 법 시행 이후 발생하는 석‧박사 인건비 세액공제분부터 적용되는 것이라 판단하였다.

   3) 이러한 판결의 취지에 비추어 볼 때 이 건의 경우에도 동일하게 부칙 규정을 해석하여야 하므로 개정 법인세법 부칙 규정의 ‘이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분’이란 개정 법 시행 이후 개시하는 사업연도에서 발생하는 결손금을 의미하는 것이고, 개정 법 이전에 발생하여 신고‧확정된 쟁점이월결손금에 대해서는 구 법인세법이 적용되어야 한다.

   4) 특히 세액공제는 혜택을 부여하는 조항이나, 이 건의 결손금 공제는 기간과세 특성상 당연히 인정되어야 하는 권리를 인정해주는 것인바, 이러한 권리에 대한 제한은 더욱 엄격한 요건 하에서만 적용되어야 한다.

 (3) 청구법인이 항변으로 추가 주장하는 내용은 다음과 같다.

  (가) 처분청은 결손금을 전액 공제받지 못하는 것이 아니고 잔여공제기간동안 공제받을 수 있으므로 사익침해가 크지 않다는 의견이나, 이는 타당하지 않다.

   1) 처분청 의견대로라면(공제한도 축소 규정이 이미 발생한 결손금에도 적용된다는 입장) 2017년부터는 공제한도가 70%로, 2018년부터는 공제한도가 60%로 개정되었기 때문에 청구법인의 쟁점이월결손금 공제한도는 60%까지 낮아지게 되므로 청구법인은 장기간 누적된 결손금의 약 절반 가까이를 사용하지 못하는 심한 불이익을 받게 된다.

   2) 최근 이월결손금 공제한도 축소로 인한 기업의 세부담 완화를 위하여 이월결손금의 공제기간을 10년에서 15년으로 늘리기로 개정하였지만, 이는 개정법 이후 발생하는 이월결손금에만 적용된다(개정법 이전에 발생한 이월결손금에는 공제기한 연장 규정이 적용되지 아니함).

  (나) 법규의 통일적 해석원칙 및 조화로운 해석원칙에 따라 개정 법인세법 역시 ‘발생하는’ 사업연도부터 적용하는 것으로 해석함이 타당하다.

   1) 2021.1.1.부터 시행되는「법인세법」제13조는 이월결손금의 공제기간을 10년에서 15년으로 연장하도록 개정하였다.

   2) 개정법은 이월결손금 공제기간 연장은 개정법 이후 ‘발생하는 결손금’부터 적용하도록 하여 이미 발생한 결손금에 대해서는 적용할 수 없도록 하였다. 이는 이월결손금 공제제도와 같이 장래 일정기간동안 조세감면을 부여한다는 내용이 명시된 경우 그 개정법 시행이후 발생하는 결손금부터 적용하는 것임을 명문으로 분명히 밝힌 것이다. 이는 연구‧인력개발비 이월세액공제 관련 법원 판결과도 일치하는 것으로 법률규정은 조세법률주의에 따라 일관되게 해석되어야 하고 일방 당사자인 처분청에게만 유리하게 해석된다면 이는 조세평등 원칙 및 법률 규정의 중립성에 반하게 된다.

   3) 처분청이 인용한 서울행정법원 판결은 상급심에서 다투어지지 않은 하급심 판결로 상급심에서는 기존 법원 판례들을 고려하여 달리 판단할 가능성이 있고, 이 건에 까지 기판력이나 기속력이 미치지 아니하므로 이를 그대로 적용할 수는 없다.

  (다) 법원 판결 및 심판원 결정례에서는 구 조세법령상 장래의 일정기간동안 조세감면을 부여한다는 내용이 명시되어 있었던 경우에는 그 신뢰에 대한 기득권이 있으므로 개정 전 법률에 따라야 함을 명확히 하고 있다.

    법원은 불리하게 개정된 조세법령에서 일반적 경과규정만을 두고 있다면 납세자의 신뢰보호를 위하여 납세자에게 유리한 구 조세법령상의 감면규정을 적용하여야 한다고 하였고(대법원 2011.1.17. 선고 2008두15039 판결), 심판결정레도 이와 같다(조심 2018지0967, 2018.12.11. 등 참조).

나. 처분청 의견

  개정 법인세법을 적용함에 있어 2015사업연도 이전에 발생한 쟁점이월결손금을 2016사업연도 이후 발생한 소득금액에서 공제시 개정 법인세법에 따라 공제한도 범위 내에서 공제하는 것이 타당하고 이는 ‘소급과세 금지 원칙’ 및 ‘신뢰보호 원칙’에 위배되지 않는다.

  (1) 쟁점이월결손금에 대하여 개정 법인세법을 적용하는 것은「국세기본법」상 ‘소급과세 금지 원칙’ 및 헌법상 ‘신뢰보호 원칙’에 위배되지 않는다.

  (가) 청구법인은 개정 법인세법 적용이 청구법인에게 형성되어 있는 자산(이월결손금)에 대하여 소급해서 제한하게 되므로, 이는 헌법 제13조 제2항에서 규정하고 있는 소급입법에 의한 재산권 박탈로서 ｢국세기본법｣ 제18조 제2항에서 규정하고 있는 ‘소급과세 금지 원칙’에 위배되는 것이라고 주장한다.

  (나) 그러나 조세의 부과는 기간단위 과세의 원칙상 납세의무 성립 시 유효한 법령의 규정에 따르는 것인바, 법인세의 납세의무 성립시기는 각 과세기간이 종료한 때로서 개정 법인세법 규정은 청구 대상 사업연도(2016～2018)의 납세의무 성립일 이전인 2016.1.1.에 시행되었으므로 이미 종료된 사실관계에 작용하는 진정소급입법에 해당되지 않음은 물론 현재 진행 중인 사실관계에 작용하는 부진정소급입법에도 해당되지 않으므로 국세기본법상 ‘소급과세 금지 원칙’에 위배되지 않는다(서울행정법원 2020.4.2. 선고, 2019구합68978 판결 참조).

  (다) 청구법인은 쟁점이월결손금 발생 당시 향후 10년간 각 사업연도 소득의 범위 내에서 결손금을 공제받을 권리가 있음을 신뢰하여 온 점을 볼 때 개정 법인세법 적용은 헌법상 원칙인 ‘신뢰보호 원칙’에 위배되는 것이라고 주장하면서, 특히 최저한세 적용을 배제하였던 대기업의 연구‧인력개발비 세액공제 적용대상 석‧박사 인건비(구 조특법 제132조 제1항 제3호)를 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 최저한세 적용 대상으로 개정한데 대하여 2012년 이후에 발생하는 석‧박사 인건비 세액공제분부터 최저한세를 적용해야 한다고 판결한 판례(대법원 2019.4.11. 선고 2018두66685 판결)를 근거로 이 건 거부처분이 ‘신뢰보호 원칙’에 위배된다고 주장하나, ‘신뢰보호 원칙’의 위배 여부를 판단하기 위해서는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 새 법률을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교‧형량하여야 한다(대법원 2007.10.12. 선고, 2006두14476 판결 참조).

  (라) 개정 법인세법 적용으로 인해 공제한도에서 제외되는 비율이 각 사업연도 소득의 20%에 그칠 뿐만 아니라 해당 사업연도에서 공제받지 못한 이월결손금은 소멸하지 않고 다시 이월되어 잔여 공제기간 내에 추가로 공제받을 수 있어 기업의 실질적인 세부담이 크게 증가하지 않은 점, 이월결손금 공제한도 규정은 안정된 세수 확보와 조세부담의 공평을 실현하고자 도입된 것으로서 법률 개정 시 경과규정을 어떻게 규정할지는 입법자가 합리적 재량의 범위 내에서 정책적 판단에 따라 결정할 문제인 점, 경과규정을 마련하지 않았다 하여 입법자의 결단이 언제나 합리적 재량의 범위를 현저히 벗어난 자의적 조치에 해당한다거나 불합리하다고 할 수 없는 점, 조세 법규‧제도는 신축적으로 변할 수밖에 없으므로 납세자는 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수 없는 점, 조세정책의 변화에 따라 입법자가 현재는 이월결손금 공제 한도에서 제외되는 비율을 40%까지 상향 조정하는 것으로 입법형성권을 행사한 점, 개정 전 조항의 존속에 대한 납세자의 신뢰가 쟁점규정 적용에 관한 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고 할 수 없고 납세자의 신뢰가 중대하게 침해되었다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때 개정 법인세법 적용은 ‘신뢰보호 원칙’에 위배되지 않는다(서울행정법원 2020.4.2. 선고 2019구합68978 판결 참조).

 (2) 개정 법인세법 적용에 대하여 조세심판원 및 법원에서는 ‘소급과세 금지 원칙’ 및 ‘신뢰보호 원칙’에 위배되지 않는다고 결정(판결)한바 있다.

   청구법인 외 다른 법인이 2016사업연도 법인세 신고 시 2015사업연도 이전에 발생한 이월결손금을 해당 사업연도 소득의 범위 내에서 전액 공제한데 대하여 과세관청이 개정 법인세법을 적용하여 법인세를 과세한 사건에 대하여 조세심판원은 “2016사업연도 소득금액의 100분의 80을 초과하는 이월결손금 공제를 부인하여 법인세를 과세한 처분은 적법하다”고 결정한바 있고(조심 2019서0063, 2019.3.18. 등 참조), 법원에서도 “과세관청의 처분이 소급과세 금지 및 신뢰보호 원칙에 위배되지 않는다”고 판결한바 있다(서울행정법원 2020.4.2. 선고, 2019구합68978 판결 등 참조).

 (3) 청구법인의 항변과 관련하여 개정 법인세법 적용은 국세기본법상 ‘부진정 소급과세’에 해당하지 않는다.

  (가) 법원은 세법해석의 기본원칙들 중의 하나인 소급과세금지의 원칙은 조세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대하여 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다는 원칙을 의미하는 것이므로 세법이 제정되거나 개정된 후에 조세를 납부할 의무가 성립하는 경우에는 이 원칙이 적용될 여지가 없다고 하였다(대법원 1989.9.29. 선고 88누11957 판결 참고).

  (나) 법인세 납부의무 성립과 관련하여 법인세의 과세기간, 즉 사업연도는 법인세 과세표준과 세액을 산정함에 있어서 기초가 되는 시간적 단위로서 각 사업연도의 소득에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 공제한 금액이 법인세 과세표준이 되고 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 하는데, 이와 같이 과세표준을 구성하는 일부 손익항목은 거래시기마다 확정되는 것이 아니라 사업연도가 종료된 시점에 구체적으로 그 금액의 확정이 가능하므로 과세기간인 사업연도 종료 당시에 과세표준이 확정되면서 이를 내용으로 하는 과세요건이 완성되고 그 때 조세채무가 성립한다는 판단도 있다[헌법재판소 2004.7.15. 선고 2003헌바45, 56, 82(병합)].

   (다) 따라서 개정 법인세법은 이 건 대상 사업연도(2016∼2018)의 납세의무 성립일(각 사업연도의 12.31.) 이전인 2016.1.1. 시행되었는바, 청구법인은 개정 법인세법 제13조의 이월결손금 공제한도가 신설된 후에 법인세를 납부할 의무가 성립되었으므로 소급과세금지의 원칙이 적용될 여지가 없다.

  (라) 청구법인은 최저한세 적용을 배제한 대기업의 연구‧인력개발비 세액공제 적용대상 석‧박사 인건비를 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 최저한세 적용 대상으로 개정한데 대하여 2012년 이후에 발생하는 석‧박사 인건비 세액공제 분부터 최저한세를 적용해야 한다는 법원 판례(대법원 2019.4.11. 선고 2018두66685 판결)를 들어 개정 법인세법을 적용하는 것은 부진정 소급과세에 해당한다는 주장이나, 위 판례의 사실관계에 따르면 연구‧인력개발비 세액공제는 해당 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세기간까지의 각 과세연도에 이월하여 법인세에서 공제 가능한 것으로 위 판례의 원고는 세액공제 대상 금액이 발생한 사업연도(2011)에 결손금이 발생하여 2014사업연도까지 이월하였으나 2015∼2016사업연도에 최저한세 적용으로 세액공제를 받지 못하게 되는 경우 세액공제 대상 금액이 소멸하게 되므로 원고가 세액공제 대상 금액을 지출할 당시 예측하지 못했던 상황(법령개정)으로 세액공제를 받지 못하는 것은 납세의무자의 신뢰가 침해된다고 볼 수 있다.

     그러나 2009.1.1. 이후 발생한 결손금부터는 결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 내에 공제(종전 5년)할 수 있고, 공제기간이 경과한 이월결손금이라도 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액 중 해당 이월결손금(발생연도 제한 없음)의 보전에 충당하는 방법으로 소득금액에서 공제받을 수 있으며(「법인세법」제18조 제6호), 각 사업연도 소득금액 계산 시 해산법인이 해산등기일 현재 이월결손금이 있는 경우에는 이월결손금은 그 법인의 자기자본 총액에서 그에 상당하는 금액과 상계할 수 있는바(「법인세법」제79조 제4항), 최저한세 적용으로 인해 5년 내에 세액공제 받지 못하면 소멸되어 버리는 대기업의 석‧박사 인건비와 공제기간이 10년일 뿐만 아니라 10년 내에 공제받지 못하더라도 공제받을 방법이 남아있는 이월결손금을 서로 비교하는 것은 다소 무리가 있어 이를 개정 법인세법 적용에 연관시켜 부진정 소급과세를 판단할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  이월결손금을 각 사업연도 소득의 80%까지만 공제하는 개정 법인세법 규정은 법 개정전 발생한 쟁점이월결손금이 아닌 개정 이후 발생하는 결손금부터 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

 (1) 법인세법

제13조(과세표준)(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

제13조(과세표준)(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만,「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

※ 부칙(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정)

제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제13조(과세표준)(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정된 것) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

※ 부칙(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정)

제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제13조(과세표준)(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정된 것) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액

※ 부칙(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정)

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제4조(이월결손금 공제에 관한 적용례) 제13조 제1항 제1호 가목 및 제76조의13 제1항 제1호의 개정규정은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 적용한다.

 (2) 국세기본법

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인의 2016사업연도 법인세 신고시 이전 사업연도에 발생하여 이월된 결손금액인 쟁점이월결손금 금액은 OOO으로 나타나고, 이에 대한 2016～2018사업연도의 추가 공제액 및 2020.5.12자 경정청구세액은 다음 <표1>과 같으며, 처분청은 청구법인의 경정청구를 2020.7.30. 거부하였다.

OOO

 (2) 청구법인이 청구주장의 근거로 제시한「법인세법 시행규칙」별제 제50호 서식의 이월결손금 공제부분 서식은 다음 <표2>와 같다.

OOO

 (3) 처분청이 근거로 제시하는 자료는 다음과 같다.

  (가) 기획재정부의 2015.8.6. 2015년 세법개정안 보도자료(요약본)에서 세부담 수준 합리화 기타제도 개선 부분 중 대기업의 이월결손금 공제한도 신설 관련 내용은 다음과 같다.

OOO

  (나) 기획재정부의 2015.8.6. 2015년 세법개정안 보도자료인 ‘주요 정책 10선’에서 8번째인 대기업의 이월결손금 공제한도 신설 관련 내용 중 도입취지와 관련된 부분은 다음과 같다.

OOO

 (다) 기획재정부의 2015.8.6. 2015년 세법개정안 보도자료인 ‘2015년 세법개정안 문답 자료’에서 이월결손금 공제한도 신설 관련 내용 중 개정내용 및 세부담 변화사례는 다음과 같다.

OOO

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 신뢰보호 및 예측가능성, 개정 법인세법의 입법취지, 부칙 규정을 합리적으로 해석하면 개정 법인세법 시행 이후 발생하는 결손금부터 각 사업연도의 소득에서 공제하는 한도를 두어야 한다는 주장이나, 개정 법인세법 부칙 제2조에는 일반적 적용례만을 두어 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있을 뿐 쟁점이월결손금과 같은 사항에 대하여 별도의 적용례를 두고 있지 않으므로 개정규정은 쟁점이월결손금에 대하여도 적용된다고 봄이 타당한 점, 개정 법인세법 규정은 청구대상 사업연도(2016～2018)의 납세의무 성립일 이전인 2016.1.1.에 시행되었으므로 이미 종료된 사실관계에 작용하는 진정소급입법에 해당되지 않는 점, 개정 법인세법 적용으로 공제한도에서 제외되는 비율이 각 사업연도 소득의 20%에 그칠 뿐 해당 사업연도에서 공제받지 못한 이월결손금은 소멸되지 아니하고 잔여 공제기간 내의 다른 사업연도에서 추가로 공제받을 수 있어 개정 법인세법 규정이 단순히 쟁점이월결손금의 공제를 배제한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점이월결손금에 대하여 공제한도없이 각 사업연도 소득에서 공제하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.