[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.10.5. AAA 및 BBB(합하여 이하 “매수인”이라 한다)에게 OOO 공장용지 1,655㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도가액 OOO원에 양도하고 2018.12.31. 처분청에 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 2019.8.12. 쟁점토지상의 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 취득가액을 필요경비로 인정해달라는 취지로 처분청에 경정청구를 제기하여, 처분청으로부터 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급받았다.

나. 처분청은 이후 OOO청장으로부터 청구인이 쟁점토지만을 양도한 것으로 보아 쟁점건물의 취득가액을 부인하라는 감사지적을 통보받고, 2021.1.8. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.3.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 건물과 토지를 양도함에 있어 매수인이 토지만을 이용할 목적인 경우라도 그 양도가액에 건물가액도 포함되는 것이 통상적인 관행이고, 기획재정부 예규도 건물과 토지를 취득하여 상당기간 사용한 후 계약조건에 따라 건물을 멸실한 경우 건물의 취득가액을 필요경비로 인정하여야 하는 것으로 해석하고 있는바, 청구인의 경우도 쟁점건물을 취득하여 상당기간 사용한 이후 매수인의 요구 및 계약조건에 따라 쟁점건물을 철거하여 쟁점토지만을 매수인에게 양도하였으므로 쟁점건물에 대한 취득가액을 필요경비로 인정받아야 한다.

 (2) 매수인이 쟁점토지를 주차장으로 사용할 목적으로 이를 양수하는 것인바, 청구인은 쟁점부동산 매매계약의 특약사항에 따라 쟁점건물을 청구인이 비용을 부담하여 쟁점건물을 철거하였으나 실질적으로 쟁점토지만이 아닌 쟁점건물을 포함한 쟁점부동산을 매수인에게 양도하였으므로, 그 양도가액에 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액이 모두 포함된 것으로 보아야 하고, 따라서 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정받아야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 처음부터 토지만을 사용할 목적으로 토지 및 건물을 취득한 경우 이를 양도시 건물의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 있으나, 청구인은 쟁점부동산을 취득하여 상당기간 동안 쟁점건물을 타인에게 임대하여 사용한 것으로 나타나 토지만을 사용할 목적으로 쟁점부동산을 취득한 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 청구인의 경우와 같이 쟁점건물을 사용하다 철거한 후 쟁점토지만을 양도하였다면 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 없다.

 (2) 부동산매매계약서상 총 매매가액에 건물의 가액을 포함된 사실이 명백하고 건물을 매매계약조건에 따라 멸실한 경우 건물의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 있으나, 청구인의 경우 부동산매매계약서상 쟁점토지만을 매매하는 것으로 매매목적물을 기재하였고, 매매가액에 쟁점건물의 가액이 포함된 사실이 나타나지 않으므로, 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 산입할 수 없다.

 (3) 또한 청구인은 쟁점건물의 공급과 관련된 부가가치세를 신고․납부한 사실이 없고, 당초 쟁점토지의 취득가액만을 계산하여 관련 양도소득세 신고․납부하였으므로, 쟁점건물을 함께 양도하였다는 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점부동산 중 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 청구인은 아래 <표>와 같이 쟁점부동산을 취득하였고, OOO 공장용지 1,562㎡, 공장 및 창고 1,993.07㎡를 취득시 작성된 부동산매매계약서(공장매매계약서)상 특약사항으로 ‘매매가액(OOO원)은 토지 OOO원과 건물 OOO원으로 구성되며, 건물에 대한 부가가치세는 별도임’이라고 기재되어있는 것으로 나타난다.

<표> 청구인의 쟁점부동산 취득 관련 상세내역

OOO

※ 위 토지 3필지는 2018.9.11. OOO(쟁점토지)로 합병

  (나) 청구인은 매수인과 쟁점토지만을 양도하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 동 매매계약서상 총 매매대금 OOO원으로서 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액이 구분․기재되어 있지 않으며, 특약사항으로 쟁점토지 지상의 건물(쟁점건물)을 청구인이 잔금수령 전(2018.10.5.)까지 철거하기로 하는 것으로 기재되어 있다.

  (다) 청구인은 쟁점건물의 양도와 관련된 부가가치세를 신고․납부한 사실이 없고, 당초 양도소득세 신고시 쟁점토지의 취득가액만 계산하여 신고․납부하였다가, 2019.8.12. 쟁점건물의 취득가액(OOO원)을 필요경비에 산입하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급해달라는 취지로 경정청구 제기하였다.

  (라) 처분청은 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 산입하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원 환급하였다가, OOO청장의 감사지적에 따라 쟁점건물의 취득가액을 배제하여 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

 (2) 청구인은 실제 쟁점건물을 청구인의 비용과 책임하에 철거하였다고 주장하며 쟁점건물의 철거와 관련된 세금계산서(2매, 공급가액 등 합계 OOO원)를 제출하였고, 현재 매수인이 쟁점토지를 주차장으로 사용하고 있음을 확인할 수 있는 쟁점토지 현장사진 및 개발행위 준공검사필증(토지형질변경 공장용지 → 주차장, 준공검사일 2019.1.30.) 제출하며, 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정해달라고 주장한다.

 (3) 처분청은 청구인이 쟁점건물을 취득하여 제3자에게 임대하였던 사실이 임차인의 명도확인각서 등을 통해 확인되므로 이를 장기간 사용한 후 철거하고 나대지 상태로 쟁점토지만 양도한 경우에 해당하여 소득세법 집행기준 97-163-41에 따라 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 없는 것이라는 입장이다.

<표> 임차인 명도확인각서

OOO

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 공제하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제97조 제1항에서 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 ‘해당 토지와 관련된 취득가액, 자본적 지출액, 양도비 등’을 규정하고 있어서 토지와 별개의 자산인 건물의 취득가액은 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 아니하는 것이나 예외적으로 토지와 건물을 함께 취득한 것이 토지만의 이용을 위한 것인 경우 등의 특별한 사정이 있다면, 건물의 취득가액을 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비로 볼 수 있을 것인데, 이러한 특별한 사정은 ‘토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용(매각)하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도’하거나 ‘취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수’하는 등 토지와 건물을 함께 취득한 것이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우이어야 인정되는바(대법원 1992.9.8. 선고 92누7399 판결, 같은 뜻), 청구인은 당초 쟁점건물을 취득하여 제3자에게 임대해주는 등 쟁점건물을 계속하여 사용한 사실이 확인되는 반면, 당초부터 쟁점토지만을 이용하기 위해 취득하였다거나 쟁점건물이 취득 당시부터 효용가치가 없어서 이를 사용할 목적이 없었다는 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙자료가 나타나지 않는바, 쟁점건물의 취득가액 등을 쟁점토지의 필요경비로 인정할 수 없는 점, 청구인과 매수인이 작성한 토지매매계약서상 매매목적물로 쟁점토지만을 기재하여 양도자산에서 쟁점건물이 제외되었다고 볼 수 있는 점, 청구인이 쟁점건물의 양도와 관련된 부가가치세를 신고․납부한 사실도 없는 점 등에 비추어 청구인의 위 주장을 인정하기는 어렵고, 따라서 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 공제하지 않은 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

 (1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)

 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

  나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것)

 제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가가치세법 시행령」 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

 ※ 소득세법 집행기준

 97-163-40【철거되는 건물의 취득가액이 필요경비에 산입되는 경우】토지만을 이용하기 위하여 토지와 건물을 함께 취득한 후 해당 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우 철거된 건물의 취득가액과 철거비용의 합계액에서 철거 후 남아있는 시설물을 처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요경비로 산입한다.

 97-163-41【철거되는 건물의 취득가액이 필요경비에 산입되지 않는 경우】토지와 건물을 함께 취득하여 장기간 사용 후 건물을 철거하고 나대지 상태로 양도하는 경우에는 건물의 취득가액과 철거비용 등은 토지의 취득가액에 산입하지 아니한다.

 97-163-42【건물을 매매계약조건에 따라 멸실한 경우로서 건물가액이 양도가액에 포함된 경우】건물을 취득하여 장기간 사용 후 매매계약조건에 따라 건물을 멸실하고 토지만을 양도하는 경우로서 건물가액이 양도가액에 포함된 경우에는 토지와 건물의 양도차익은 각각 계산하므로 건물취득가액을 필요경비로 산입할 수 있다.

 (3) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것)

 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

 (4) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것)

 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액