1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.5.24. 도소매업(냉동수산물 도소매업)을 주업종으로 하여 사업자등록을 한 법인으로 2019.5.24.∼2019.12.31.사업연도(이하 “2019사업연도”라 한다)에 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다) 등과 합계 OOO원의 매입계산서 및 합계 OOO원의 매출계산서를 수수한 것으로 하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.9.3.부터 2020.11.25.까지 청구법인에 대한 법인통합조사(이하 “이 사건 조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구법인이 실물거래 없이 AAA 등과 합계 OOO원의 매입계산서(이하 “쟁점매입계산서”라 한다) 및 합계 OOO원의 매출계산서(이하 “쟁점매출계산서”라 한다)를 수수하였다고 보아 관련 조사결과를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점매입ㆍ매출계산서상 금액을 각 익금ㆍ손금산입하는 등 하여 2020.12.7. 청구법인에 2019사업연도 법인세 OOO원(이하 “이 사건 처분”이라 한다)을 경정ㆍ고지하는 한편, 같은 날 OOO원(쟁점매입계산서 금액과 쟁점매출계산서 금액의 차액)을 대표이사 BBB에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지(이하 “이 사건 소득금액변동통지”라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 냉동(냉장)수산물의 구매자와 판매자를 연결해주는 중개업을 영위한 사업자이므로 냉동창고에 청구법인 명의로 화주등록을 할 필요가 없고, 거래의 특성 및 관행상 구매대금과 판매대금의 이체가 동시에 일어난다.

  (가) 일반적인 재화와 달리 냉동(냉장)수산물의 경우 선도유지가 중요하기 때문에 재화를 냉동창고에 그대로 보관된 상태에서 화주만 판매자에서 매수자로 변경하는 식으로 거래가 이루어진다.

  (나) 청구법인은 사업이력이 얼마 안 되고 자본도 없다 보니 냉동수산물을 직접 대량 구매하여 냉동창고에 보관하고 있다가 가격이 오르면 재판매하는 식의 거래를 할 수 없어 냉동(냉장)수산물 구매(판매)자로부터 의뢰를 받으면 거래상대방을 물색하고 구매자로부터 청구법인 명의 통장으로 물품대금을 입금받아 수수료를 제외한 금액을 즉시 판매자에게 송금해 주는 형식으로 거래를 하였다[청구법인은 수산물 도소매업으로 사업자등록을 하였지만 실제로는 중개업(위수탁 알선판매 및 구매업)을 하였다].

  (다) 청구법인이 구매자와 판매자를 물색하여 매매를 하면 판매자는 냉동창고업자에게 청구법인이 아닌 구매자 명의로 화주변경을 해줄 것을 신청하기 때문에 청구법인 명의로 화주등록이 되어 있지 않은 것(냉동창고업자도 동시에 화주를 두 번 바꿔야 하는 것을 싫어하기 때문에 판매자에서 구매자로 바로 화주를 변경하는 것이 일반적인 상관행이다)이고, 화주로 등록된 사실이 없기 때문에 당연히 청구법인이 냉동보관료 및 운반비를 지급할 이유가 없으며(화주변경신청완료 이전에는 이전 화주가, 화주변경이 된 이후부터는 새로운 화주가 보관료를 부담한다), 판매자가 물품대금을 지급받은 후에 냉동창고업자에 화주변경신청을 하기 때문에 구매자로부터 대금을 지급받자마자 판매자에게 이체해주는 형태로 거래가 이루어져 판매대금과 구매대금이 동시에 이체되는 것뿐이다.

 (2) 청구법인은 실제 냉동(냉장)수산물을 중개매매하였고, 이에 따라 정당하게 계산서를 수수하였음에도 처분청이 명확한 근거도 없이 쟁점매입ㆍ매출계산서의 거래를 전부 가공이라고 보아 과세한 처분은 근거과세원칙에 반하는 처분이다.

  (가) 처분청은 청구법인의 대표이사 BBB의 진술을 무시한 채 단순히 일부 계산서의 순환거래, 단시간내 대금결제의 수수형태, 증빙을 조기에 제시하지 못한 점 등을 근거로 쟁점매입ㆍ매출계산서의 거래를 전부 가공거래라고 단정하였다.

  (나) 그러나 청구법인의 매입ㆍ매출현황표를 보면 매입한 물품이 곧바로 매출로 연결되는 것을 볼 수 있어 매출과 연계되지 아니한 가공매입이 없음을 확인할 수 있고, 중개업의 경우 중개 당시 이미 거래 상대방들의 확인을 거쳐 실물이 인도되고 대금수수가 완료되다보니 청구법인이 관련 서류를 보관할 필요가 없었으며, 사업 초기 거래금액이 많은 거래처를 확보하기 위하여 중개수수료를 낮게 받았던 것이고, 청구법인의 대표이사 BBB는 이 사건 조사 당시부터 이러한 사정을 설명하고 거래처로부터 자료를 수집하였으나 경리직원을 제외하고 BBB가 혼자 사업을 영위하다 보니 자료제출이 늦어질 수밖에 없었다.

  (다) 처분청은 청구법인과 AAA 등 간에 일부 자금순환거래가 있다고 하여 쟁점매입ㆍ매출계산서의 거래가 가공거래라고 하나, 모든 거래가 실물거래인지 여부는 실물의 존재유무로 판단하는 것이고 대금결제는 부수적 판단근거로 보아야 할 것인데, 냉동창고업자가 청구법인의 냉동(냉장)수산물 거래를 확인해주고 있음에도 단지 대금수수방법의 차이를 가지고 가공거래라고 단정하는 것은 부당하다.

  (라) 대법원은 조세소송에서 과세요건사실의 입증책임은 과세관청에게 있다OOO는 입장인데, 조사청은 질문검사권을 통하여 냉동창고업체 등에게 쟁점매입ㆍ매출계산서 관련 거래의 실거래 여부를 확인하지도 않고, 청구법인과 거래업체들로부터 가공거래를 시인하는 내용의 진술을 받은 사실도 없이 단순히 청구법인의 입증이 미비하다는 이유로 이 사건 처분을 하였는바, 이는 「국세기본법」제16조 근거과세원칙에도 위반되는 것이다.

  (마) 구체적으로 처분청이 가공거래로 확정한 거래를 살펴보면, 처분청은 청구법인과 AAA의 매입ㆍ매출계산서 수수금액을 잘못 산정하였고, 처분청은 청구법인과 주식회사 CCC(이하 “CCC”라 한다) 간 거래 중 일부만 가공거래로 보았는데 그 구체적인 구분기준을 제시하지 못하고 있으며, 청구법인이 주식회사 DDD인터내셔널(이하 “DDD”이라고 한다)로부터 상품을 매입하여 그대로 AAA로 판매하기 때문에 가공거래에 해당하지 않고, 처분청은 청구법인과 주식회사 EEE(이하 “EEE”이라 한다)과의 거래의 경우 EEE으로부터 매입거래를 가공으로 보았는데 해당 거래가 가공거래라는 구체적 이유를 제시하지 못하였고 만약 해당 거래가 가공이라면 이미 매출로 실현된 부분도 가공매출로 보아 매입과 매출이 동시에 차감되어야 함에도 매입거래만 가공으로 보아 과세처분에 활용하는 것은 잘못된 것이다.

 (3) 처분청은 쟁점매입계산서 관련 거래금액과 쟁점매출계산서 관련 거래금액의 차액OOO을 청구법인 대표자에 대한 상여로 소득처분하였는데, 청구법인의 매입ㆍ매출장을 보면 매출에 대응되는 매입내역이 확인되므로 가공매입ㆍ매출거래가 없고, 설령 가공매입이 있다고 한다면 그에 대응되는 매출도 가공으로 보아 차감하여야 함에도 매입과다금액만 손금불산입하고 이를 BBB에 대한 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인과 AAA 등과의 은행계좌이체내역을 보면 단 몇 시간 안에 동일금액이 입ㆍ출금되는 전형적인 순환거래가 확인되고, 청구법인은 실제 냉동수산물을 거래한 것으로 보이는 거래에서는 5∼10%의 마진율로 거래를 하고 있으나 위 순환거래에서는 마진이 없거나 오히려 손해를 보면서 고액의 거래를 하는데, 이를 보면 쟁점매입ㆍ매출계산서 관련 거래는 가공거래이다.

  (가) 청구법인은 실물거래를 하고 이에 대하여 쟁점매입ㆍ매출계산서를 수수하였다고 하나, 이 사건 조사 당시 청구법인의 사업장을 확인한 결과 통상적인 물품판매자라면 당연히 비치ㆍ보관하고 있어야 할 거래관련 중요서류를 전혀 보관하고 있지 않았고, 운송장, 화주등록이력, 냉장보관료 지급내역 등 물품거래를 입증할만한 객관적인 자료를 제시하고 못하고 있다.

  (나) 반면, 청구법인과 AAA 등간 자금이체내역을 보면 매출부풀리기를 위하여 가공거래를 하였음이 나타나는데, 구체적으로 AAA는 2019년 11월부터 청구법인에 총 33회에 걸쳐 합계 OOO원을 이체하고, 청구법인은 이체받는 즉시 이를 다시 AAA에 재이체하면서 각각 계산서를 수수하였고, 유한회사 FFF(이하 “FFF”라 한다)가 CCC에 이체한 금액이 단시간내에 청구법인, DDD을 거쳐 다시 FFF로 입급되거나(총23회, 합계 OOO원), AAA에서 청구법인에 입금된 금액이 EEE과 AAA 대표이사 GGG의 계좌를 거쳐 다시 AAA로 입금(총5회, 합계 OOO원)되었으며, 그 외 청구법인과 AAA 관련 기업들이 상호 단시간 내에 자금이체를 한 사실이 나타난다.

  (다) 또한, 청구법인은 실물 중개거래를 하였다고 주장하나, 자금이체내역을 보면 마진이 없거나 오히려 손해를 보는 경우가 많고, 거래규모에 비하여 잉여금도 없는 상태이다.

  (라) 쟁점매입ㆍ매출계산서에 관련된 기업인 FFF, DDD, EEE의 주주가 AAA 주주이거나 상당부분 상호 중복되는 것을 보면 AAA가 위 업체들에 상당한 영향을 행사하고 있는 것으로 판단되고(일례로 AAA의 직원 JJJ가 2019.5.23. EEE의 상호 및 대표자 변경을 위한 사업자등록정정신청을 하였다), AAA는 2017년 8월경 OOO에 상장된 기업인데, 2014년부터 2017년까지 OOO원∼OOO원대의 매출을 유지하다가 2018년부터 갑자기 OOO원대로 급증한 사실과 OOO세무서가 2019년 8월경 주식회사 HHH(이하 “HHH”라 한다)에 대한 조사에서 HHH와 AAA가 가공계산서를 수수하였다고 보아 HHH 대표이사를 검찰에 고발하였고 검찰이 이를 인정하여 HHH 대표이사를 기소한 점 등을 종합하면 AAA는 외형을 부풀려 투자자들을 유치하고 주가를 상승시키기 위하여 CCC 등 관련 법인들과 공모하여 가공거래를 해 온 것으로 보인다.

 (2) 처분청은 청구법인과 일부업체들의 거래내용만 발췌하여 부인한 것이 아니라 청구법인과 순환거래를 공모한 업체들을 파악하여 그들간의 거래를 부인한 것이고, 쟁점매입ㆍ매출계산서 관련 거래가 가공거래로 확인된 이상 이들 매입ㆍ매출거래를 부인하고 그 차이부분에 대하여 대표이사 상여로 소득처분하는 것은 지극히 상식적인 결정이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점매입ㆍ매출계산서의 거래를 가공거래라고 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것)

제75조의8(계산서 등 제출 불성실 가산세) ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

2. 제121조 제1항 또는 제2항에 따라 발급한 계산서에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우(제3호가 적용되는 분은 제외한다) : 공급가액의 100분의 1

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 : 공급가액의 100분의 2(가목을 적용할 때 제121조 제1항 후단에 따른 전자계산서를 발급하지 아니하였으나 전자계산서 외의 계산서를 발급한 경우와 같은 조 제8항에 따른 계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 사업연도 말의 다음 달 25일까지 같은 조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 발급한 경우는 100분의 1로 한다)

 가. 재화 또는 용역을 공급한 자가 제121조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 같은 조 제8항에 따른 발급시기에 발급하지 아니한 경우

 나. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 제116조 제2항 제1호에 따른 신용카드 매출전표, 같은 항 제2호에 따른 현금영수증 및 제121조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서(이하 이 호에서 “계산서등”이라 한다)를 발급한 경우

 다. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 계산서등을 발급받은 경우

③ 제1항에 따른 가산세는 산출세액이 없는 경우에도 적용한다.

제121조(계산서의 작성·발급 등) ① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 “전자계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

② 「부가가치세법」 제26조 제1항 제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자(受託者)나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 (2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것)

제164조(계산서의 작성·교부 등) ①「소득세법 시행령」 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용한다.

② 법 제121조 제1항 후단에서 “대통령령으로 정하는 전자적 방법”이란 「부가가치세법 시행령」 제68조 제5항에 따른 방법으로 발급하는 것을 말하며, 법 제121조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우”란 위탁자 또는 본인의 명의로 「소득세법 시행령」 제212조 제2항의 규정에 의하여 계산서등을 교부하는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 및 AAA 등의 자금이체내역, AAA 등의 주식등변동상황명세서, 국세청통합전산망(NTIS) 상 청구법인의 기본정보 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

  (가) 청구법인은 2019.5.24. 도소매ㆍ냉동수산물업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로 BBB가 발행주식의 100%를 보유하고 있고, BBB 외 소속 직원은 없다.

  (나) AAA(2017.8.24. OOO에 상장되었음)는 2012년 설립된 수산 IT벤처기업으로 직접 가공공장을 운영하면서 신선 수산물을 30분 이내에 집까지 배송하는 사업을 영위하고 있고, AAA 및 관련 기업들의 2019사업연도 주주현황은 아래 <표1>과 같다.

<표1> AAA 등의 주요 주주현황 및 보유지분

OOO

  (다) 조사청은 이 사건 조사를 실시한 결과, 청구법인의 2019사업연도 매입ㆍ매출거래 중 순환거래의 정황이 나타나고, 순환거래업체들간 마진 없이 자금의 입출금이 동시에 일어나는 아래 <표2>∼<표3>의 거래금액을 가공거래로 보아 청구법인에 이 사건 처분 및 소득금액변동통지를 하는 한편, 청구법인의 대표이사 BBB를 「조세범 처벌법」제10조 제3항 등의 위반 혐의로 고발하였다.

<표2> 청구법인의 매출액 중 가공매출확정금액

OOO

<표3> 청구법인의 매입액 중 가공매입확정금액

OOO

  (라) 조사청은 AAA가 허위로 매출을 부풀리기 위한 목적에서 청구법인 및 관련 업체들과 공모하여 순환거래를 한 것이라고 주장하며 순환거래가 나타나는 금융거래증빙을 제출하였는데, 거래유형별 상세내역은 다음과 같다.

   1) 청구법인과 AAA는 총 33회(이 중 32회의 거래가 2019년 12월경에 일어났음)에 걸쳐 합계 OOO원을 상호이체하였는데, AAA가 청구법인 명의 계좌로 일정금액을 이체하면, 청구법인이 5분 이내에 AAA 명의 계좌로 위 금액을 재이체하거나, OOO은행 계좌(853910****8107)로 위 금액을 재이체한 것으로 나타나고, 몇몇 거래에서 청구법인은 AAA로부터 지급받은 금액을 AAA 명의 법인계좌로 재이체하면서 적요란에 ‘III수산’이라고 기재하였는데, BBB는 이에 대하여 AAA의 요청에 따른 것이라고 진술하였다.

   2) 청구법인과 3개 법인(DDD, FFF, CCC) 사이에 23회에 걸쳐서 합계 OOO원의 순환거래(대부분 10분안에 순환거래가 이루어짐)가 있었던 것으로 나타나는데, 구체적으로 CCC에서 청구법인으로 이체된 금액이 DDD, FFF를 거쳐 다시 CCC로 이체되는 순환거래가 6회, DDD에서 FFF로 이체된 금액이 CCC, 청구법인을 거쳐 다시 DDD으로 이체되는 순환거래가 5회, FFF에서 CCC로 이체된 금액이 청구법인, DDD을 거쳐 다시 CCC로 이체되는 순환거래가 12회 발생하였다.

   3) 2019.12.12.과 12.13.에 AAA에서 청구법인 명의 계좌로 이체된 금액이 EEE, OOO은행 OOO계좌를 거쳐 AAA로 이체되는 순환거래가 5회(합계 OOO원) 발생하였는데, OOO은행 OOO계좌에서 AAA 명의 계좌로 이체되는 거래는 ‘GGG’, ‘JJJ’, ‘III수산’, ‘OOO’ 등으로 이름으로 이체액이 분산입금되기도 하였다(아래 <표4> 참조).

<표4> 2019.12.13.자 순환거래내역

OOO

   4) EEE은 2019.7.26. DDD 명의의 계좌로 OOO원을 입금한 이후 1시간 사이에 DDD에서 청구법인으로, 청구법인에서 AAA로 위 금액 상당액이 이체되었는데, EEE은 DDD으로 위 금액을 이체하기 직전 OOO으로부터 OOO원을 입금받은 것(아래 <표5> 참조)으로 나타난다.

<표5> EEE 명의 계좌의 2019.12.13.자 거래내역

OOO

   5) 아래 <표6>과 같이 AAA에서 청구법인을 거쳐 EEE 명의 계좌로 OOO원이 이체되었는데, AAA가 청구법인 명의 계좌로 일정금액을 이체하면, 청구법인은 5분 내에 OOO 명의 법인 계좌로 동일한 금액을 이체하여 손익이 0인 것으로 나타난다.

<표6> AAA에서 시작되는 자금거래

OOO

   6) 아래 <표7>과 같이 CCC에서 청구법인으로 OOO원이 이체되었고, 청구법인에서 DDD으로 OOO원이 이체되었는데, CCC가 청구법인 명의 계좌로 일정금액을 이체한 후 5분 내에 청구법인이 DDD 명의 계좌로 위 금액 상당액을 이체하였고 그 과정에서 청구법인의 손실을 본 경우도 있는 것으로 나타난다.

<표7> CCC에서 시작되는 자금거래

OOO

  (마) 청구법인의 대표이사 BBB는 이 사건 조사 당시 쟁점매입ㆍ매출계산서의 거래가 가공거래가 아니고 수산물 중개업 특성상 매출대금과 매입대금이 동시에 입출금 된 것이라고 진술하였고, 이 건 심판청구를 하면서 위 진술에 대한 증빙으로 상품의 매입ㆍ매출내역, 거래처명 등이 기재된 매입ㆍ매출장(아래 <표8> 참조), 판매자가 냉동창고업자에게 제출한 화주변경신청서(청구법인이 매매당사자로 기재되어 있음) 등을 제출하였다.

<표8> 청구법인의 매입ㆍ매출장(일부발췌)

OOO

  (바) 한편, 조사청은 AAA 등 관할세무서장에게 이 사건 조사 결과를 통보하였으나, 심리일 현재까지 관할세무서장이 AAA 등에 대한 조사 또는 과세를 한 사실은 없는 것으로 나타난다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 처분청은 AAA가 매출을 부풀리기 위한 목적에서 청구법인을 비롯한 EEE, DDD, FFF, CCC와 가공거래를 하였다고 하면서 청구법인과 AAA가 실물거래 없이 쟁점매입ㆍ매출계산서를 수수하였다는 의견이고, 청구법인은 수산물 중개업의 특성상 일부 순환거래 형태를 띤 것일 뿐 실물거래가 있었다고 주장한다.

  (나) 그런데, 원칙적으로 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있고 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다OOO고 할 것이다.

  (다) 이 건의 경우 청구법인과 AAA 등 사이에 단시간 내에 자금의 순환거래가 발생하고 있고 그 과정에서 청구법인은 오히려 손해가 발생한 경우도 나타나므로 쟁점매입ㆍ매출계산서에 상응하는 거래가 실제로 있었는지 여부에 대한 의구심이 있는 것이 사실이나, 처분청은 AAA가 위 순환거래를 주도하였다고 추정하면서도 AAA에 대한 실지조사를 통해 이를 확인하지 않았고, 청구법인의 대표이사 BBB가 이 사건 조사 당시부터 가공거래 사실을 강하게 부인하면서 실물거래내역이 기재된 매입·매출장을 제출하였는바, 청구법인이 제출한 증빙에 대한 검토, AAA 관계자에 대한 문답 등의 방법으로 쟁점매입·매출계산서가 가공계산서인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 이 사건 처분의 과세표준 및 세액을 경정하고 이 사건 소득금액변동통지의 소득금액을 재산정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.