[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.3.15. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인으로서 청구법인 소유의 OOO(이하 “쟁점토지”라고 한다)를 2018.4.20.∼2018.9.12. 3차례에 걸쳐 합계 OOO원에 양도하고, 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액(취득시기는 소유권이전등기접수일인 1994.7.15.)으로 하여 처분청에 2018.6.19., 2018.8.16., 2018.11.23. 2018년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 각각 신고·납부하였으며, 처분청은 이를 신고시인 결정하였다.

나. OOO지방국세청장은 2019년 3월에 처분청에 대한 업무감사를 실시하고, 청구법인에 대한 2018년 귀속 양도소득세 재결정 지시를 하였는바, 처분청은 2019.5.7.∼2019.5.30. 청구법인에 대한 2018년 귀속 양도소득세 세무조사를 실시하여 쟁점토지의 취득일을 1985.1.10.로, 취득가액은 감정평가액으로 계산하여 2019.7.1. 청구법인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였으나, 청구법인은 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인에 해당하여 양도소득세 납세의무가 없음을 이유로 처분청의 양도소득세 조사분 부과처분에 대하여는 이의신청을, 당초 청구법인이 신고·납부한 양도소득세에 대하여는 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 이에 대해 처분청은 양도소득세 조사분에 대하여는 결정취소를, 당초 청구법인의 신고·납부분에 대하여는 환급결정을 하였다.

다. 이후 처분청은 청구법인이 2018사업연도에 OOO를 양도한 후 법인세를 무신고하였다는 사유로 2020.1.8. 청구법인에게 2018사업연도 법인세 OOO원을 결정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.7. OOO지방국세청장에게 이의신청을 제기하였는바, OOO지방국세청장은 2020.6.4. 쟁점토지의 취득시기를「법인세법」제55조의2 제6항의 단서규정에 따른 취득시기인 1991.1.1.로 보아 취득가액을 재산정하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 신청은 기각한다는 결정을 하였으며, 처분청은 당초 고지한 세액에서 OOO원을 감액하여 청구법인에게 가산세 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 포함한 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 2009년 경 쟁점토지에서 선조 묘소를 이장한 이후부터 쟁점토지를 양도할 때까지 쟁점토지를 청구법인의 종중규약(이하 “종중규약”이라 한다) 제24조에서 규정한 고유목적사업인 ‘종원의 친목’에 관한 사항으로 사용하였고, 수익사업용으로는 사용하지 아니하였다. 청구법인은 쟁점토지 및 쟁점토지와 연접한 OOO 토지(이하 “문중회관 건립 토지”라 한다)에 납골당, 문중회관을 건립하여 선조를 모시고, 종원 간 친목을 도모하기 위한 목적으로 사용하는 방안에 대하여 계속하여 협의하였고, 이러한 사실은 청구법인의 정기총회 회의록에 의하여 확인된다. 청구법인은 쟁점토지 양도 이후 실제로 문중회관 건립 토지에 문중회관을 신축하여 문중사무실을 개설하였고, 문중회관에 선조의 위패를 모시고 시제를 지냈으며, 외지 종원들이 방문하는 경우 숙소로 활용할 수 있도록 생활용품 등을 비치하는 등 고유목적사업에 사용하였는바, 쟁점토지 처분이익은 법인세 과세대상 소득에서 제외되어야 한다.

  (가) 구「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항은 “비영리내국법인의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 '고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용한 고정자산의 처분수입’을 제외하고는 수익사업에서 생긴 소득으로 본다.”라고 규정하고 있다. 여기에서 고유목적사업은 해당 비영리법인을 규율하는 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업인지 여부를 기준으로 판단하고, 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이더라도 구「법인세법」제3조 제3항 제1호의 수익사업에 해당하는 경우에는 고유목적사업이 아닌 수익사업으로 보도록 하고 있다. 이러한 규정을 고려할 때 청구법인의 쟁점토지 처분소득이「법인세법」상 과세대상 소득에 해당하는지 여부는 쟁점토지가 종중규약 상 고유목적사업에 사용되었는지를 기준으로 판단하여야 한다.

  (나) 종중의 고유목적이 무엇인지와 관련하여, 대법원은 “고유한 의미의 종중이란 공동선조의 분묘 수호와 제사 및 종원 상호간의 친목을 도모할 목적으로 하는 자연발생적인 관습상의 종족집단체로서 특별한 조직행위를 필요로 하는 것이 아니고, 공동선조의 후손 중 성년 이상의 남자는 당연히 그 구성원(종원)이 되는 것이며, 그 중 일부를 임의로 그 구성원에서 배제할 수 없으므로 특정 지역 내에 거주하는 일부 종원만을 그 구성원으로 하는 단체는 종중 유사의 단체에 불과하고, 고유의 의미의 종중은 될 수 없다.”고 판시(대법원 2002.4.12. 선고 2000다16800 판결)함으로써 종중의 고유목적이 공동선조의 분묘 수호와 제사뿐만 아니라 종원 상호간의 친목 도모에도 있음을 분명히 밝히고 있다.

  (다) 종중규약 제2조(목적)는 “본 문중은 선조의 덕업을 경모 현양하고, 종원 간의 친목을 도모하며, 종중의 재산관리와 모든 사업을 관장한다.”라고 규정하고 있고, 제24조(사업)는 “제2조 목적을 위하여 다음과 같은 사업을 한다.”라고 규정하면서 선조의 묘소 보존에 관한 사항, 위토의 관리 및 이장에 관한 사항, 묘소 설정 및 이장에 관한 사항, 종원의 친목에 관한 사항 및 기타 필요한 문중의 유익한 사업에 관한 사항을 그 목적사업으로 규정하고 있다. 따라서 쟁점토지가 종중규약 제24조(사업)에 규정된 목적으로 사용되고 있었다면 쟁점토지 처분소득은「법인세법」상 고유목적사업소득에 해당하여 법인세 납세의무가 발생하지 아니한다.

  (라) 쟁점토지의 토지분 재산세 정기과세내역서에 따르면, 쟁점토지의 지목은 묘지이고, 실지 선조의 묘소가 존재하였는데, 2009년에 사실상 지목이 대지로 변경된 점에 비추어 청구법인이 2008년 하반기부터 2009년 상반기 경 선조의 묘소를 다른 곳으로 이장한 것으로 추정된다. 이와 같이 청구법인은 묘소 이장 전까지 쟁점토지를 종중규약 제24조 제1호(선조의 묘소 보존에 관한 사항)의 고유목적으로 사용하였다.

  (마) 청구법인은 묘소 이장 후 2006.12.19.자 청구법인의 정기총회 회의록에서 확인되는 바와 같이 납골당을 건립하여 선조를 한 곳에 모시고, 쟁점토지 및 문중회관 건립 토지에 문중회관을 건립하여 종원 간 친목을 도모하기 위한 목적으로 사용하는 방안에 대하여 계속 협의하였다. 즉 청구법인은 선조의 묘소를 이장한 이후에는 쟁점토지를 종중규약 제24조 제4호(종원의 친목에 관한 사항)에 따른 고유목적으로 사용하였고, 쟁점토지를 양도할 때까지 수익사업용으로는 사용하지 아니하였다. 또한 청구법인은 쟁점토지를 양도한 이후 실제로 문중회관 건립 토지에 문중회관을 준공하고, 문중회관 내에 문중사무실을 설치하여 선조의 위패를 모시어 시제를 지내며, 외지 종원들이 방문하는 경우 숙소로 활용할 수 있도록 기타 생활용품을 비치하는 등 고유목적사업을 계속 영위하였다(2020.2.5.자 정기총회 회의록, 문중사무실 사진 참조).

  (바) 이와 같이 청구법인은 2009년 경까지는 쟁점토지를 종중규약 제24조 제1호(선조의 묘소 보존에 관한 사항)의 고유목적으로, 선조 묘소를 이장한 이후부터 양도할 때까지는 종중규약 제24조 제4호(종원의 친목에 관한 사항)의 고유목적으로 사용하였고, 수익사업용으로는 사용하지 아니하였는바, 쟁점토지 처분으로 인한 소득은 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용한 고정자산의 처분수입에 해당하므로「법인세법」상 과세대상 소득에 해당하지 아니한다.

 (2) 설령 쟁점토지의 처분소득이 법인세 과세대상 수익사업소득에 해당한다 하더라도 쟁점토지의 취득가액은 청구법인의 법인으로 보는 단체 승인일인 2012.3.15. 또는 청구법인의 결성연월일인 1993.7.7.을 기준으로 재산정되어야 한다.

  (가) 처분청은 당초 쟁점토지 처분소득에 대한 법인세 과세표준 산정 시「부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법」에 따른 등기원인일인 1985.1.10.을 쟁점토지의 취득일로 보아 1985.1.10. 기준 감정평가액의 평균액을 취득가액으로 산정하여 청구법인에게 법인세를 과세하였으나, 이의신청 결정에 따라 쟁점토지의 취득일을 1985.1.10.에서 1991.1.1.로 정정하고, 취득가액을 1991.1.1. 기준 감정평가액의 평균액으로 하여 감액경정하였다.

  (나) 그러나 1991.1.1.은 청구법인이 결성되지 아니하여 사단성을 확보하지 못한 시기였을 뿐만 아니라 청구법인이 세법 상 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전이다. 따라서 처분청이 제시한 1991.1.1. 기준 감정평가액의 평균액을 쟁점토지의 취득가액으로 볼 법적 근거가 없다할 것인바, 쟁점토지 취득가액은 청구법인의 법인으로 보는 단체 승인일 또는 청구법인의 결성일을 기준으로 재산정되어야 한다.

   1) 청구법인은 2012.3.15. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 받았으므로 원칙적으로 2012.3.14.까지는 청구법인에게「소득세법」의 규정이 적용되고, 2012.3.15.부터는「법인세법」의 규정이 적용된다.

    종중 등 승인의제법인이 법인으로 보는 단체 승인 이전에 취득한 유무형자산을 승인 이후 양도함에 따라 발생한 소득이 수익사업소득에 해당하여 법인세가 과세되는 경우 납세의무자가「법인세법」제60조 제1항에 따른 과세표준 및 세액의 신고를 하지 아니하고, 같은 법 제62조의2 제1항에 따른 자산양도소득에 대한 신고특례규정을 선택하는 경우에는 같은 조 제4항에 따라 승인의제법인이 법인으로 보는 단체 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 하는 것이나, 승인의제법인이 같은 법 제62조의2 제1항에 따른 자산양도소득에 대한 신고특례규정을 선택하지 아니하고, 같은 법 제60조 제1항에 따른 법인세 과세표준 및 세액을 신고하는 경우에는 국내법인의 자산의 취득가액을 규정하고 있는 같은 법 제41조 제1항의 규정에 따른 가액을 취득가액으로 하여야 한다. 그런데 같은 법 제62조의2 규정과는 달리, 같은 법 제41조는 “승인의제법인이 법인으로 보는 단체 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 본다.”는 명문의 규정을 두고 있지 아니하다.

    또한「법인세법」제41조는 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액을 규정하면서 그 구체적인 내용을 시행령에 위임하고 있고, 이의 위임을 받은 같은 법 시행령 제72조 제2항은 타인으로부터 매입한 자산(제1호), 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산(제2호), 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산(제3호) 등 취득 유형별로 자산의 취득가액을 규정하면서 그 밖의 방법으로 취득한 자산은 취득당시의 시가(제7호)를 취득가액으로 하도록 규정하고 있다. 이러한 입법체계를 고려할 때 같은 법 시행령 제72조 제2항 제7호는 내국법인이 제1호부터 제6호의 유형이 아닌 기타의 방법으로 자산을 취득하는 경우에 있어서 그 취득당시의 시가를 취득가액으로 보겠다는 의미로서 같은 법 제41조와 마찬가지로 “승인의제법인이 법인으로 보는 단체 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 본다.”는 명문의 규정을 두고 있지 아니하다.

    이와 같이「법인세법」제41조 및 같은 법 시행령 제72조는 승인의제법인이 법인으로 보는 단체 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 본다는 명문의 규정을 두고 있지 아니하고, 내국법인이 자산을 취득할 때 그 취득유형에 따른 취득가액을 규정하고 있을 뿐이다.

    그럼에도 불구하고 처분청은 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전인 1991.1.1. 기준 감정평가액의 평균액을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 법인세를 과세하였는데, 청구법인은 1991.1.1.에 세법상 법인이 아니었으므로, 1991.1.1. 기준 감정평가액의 평균액은 문언 상「법인세법」제41조 및 같은 법 시행령 제72조의 규정에 따른 취득가액으로 볼 수 없다. 따라서 쟁점토지의 취득가액은 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인받은 날인 2012.3.15.을 기준으로 산정되는 것이 타당하다.

   2) 청구법인은 선조의 덕업을 경모 현양하고, 종친 간의 친목을 도모하며, 종중의 재산관리와 모든 사업을 관장하기 위하여 1993.7.7. 결성되었고, 이러한 사실은 2012.3.15. 처분청의 법인으로 보는 단체의 승인여부통지서에 의하여 확인된다.

    종중은 법인으로서 설립등기를 할 수 없어 법인격이 부여되지 아니하므로 단체로서의 실질적 성립요건을 갖추는 경우에 비로소 단체로서 인정받을 수 있다. 종중의 실질적 성립요건으로 첫째, 공동의 목적을 위하여 다수의 구성원이 단체를 구성하였을 것, 둘째, 그 구성원과 별개의 독립된 주체로서 단체가 존재하여 대외적으로 단체의 이름으로 활동할 것, 셋째, 단체의 기관 등 조직이 존재하여야 하고, 사단이라고 하기 위해서는 의사결정 기관으로서 사원총회와 업무집행기관으로서 이사를 반드시 갖고 있어야 하며, 그밖에 감독기관으로서 감사가 있을 것, 넷째, 구성원의 가입·탈퇴와 관계없이 단체가 존속하여야 할 것, 즉, 단체의 계속성과 동일성이 유지되어야 할 것, 다섯째, 대표의 선출, 총회의 운영, 재산의 관리 기타 사단의 중요한 사항이 정관으로 정하여 있을 것 등의 요건을 들 수 있고, 종중은 위의 요건을 갖추어야 비로소 단체에 해당한다고 할 것이다.

    대법원도 “고유의 목적을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙에 의하여 행해지며, 구성원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 자본의 구성, 재산의 관리 기타 단체로서의 주요사항이 확정되어 있는 경우에는 비법인사단으로서의 실체를 가진다.”라고 판시(대법원 1992.7.10. 선고, 92다2431 판결)한 바 있다.

    세법은 법인 아닌 단체에 대해서 단체성의 강약을 기준으로 하여 상대적으로 단체성이 짙은 법인 아닌 단체는 법인으로 의제하고, 그 밖의 법인 아닌 단체는 개인으로 취급하도록 하고 있다. 구체적으로「국세기본법」제13조는 일정한 요건을 갖추어 단체로서의 실질을 갖추어야 비로소 법인으로 보는 단체가 될 수 있도록 규정하고 있는바, 이는 법인 아닌 단체의 경우 세법을 적용함에 있어서 최소한 사단성을 갖추어야 법인으로 취급하겠다는 의미로 해석된다. 즉 비법인사단인 종중의 특수성을 감안한다 하더라도 위와 같이 단체로서의 최소한의 사단성을 갖추어야 비로소 종중의 사단성이 인정되는 것이므로 쟁점토지의 취득가액은 청구법인의 결성연월일인 1993.7.7.을 기준으로 산정되는 것이 타당하다.

 (3) 청구법인이 쟁점토지의 양도소득을 법인세가 아닌 양도소득세로 신고·납부하였다는 사정만으로 조세행정 상 협력의무를 다하지 않았다거나 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의무를 게을리 하였다고 볼 수 없고, 이 사건에 대하여 가산세를 부과하는 것이 가산세 제도의 입법목적에 기여하게 된다고 보기도 어려우며, 청구법인이 양도소득세를 신고·납부함에 따라 결과적으로 법인세를 신고·납부하지 아니한 데에는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재한다고 보는 것이 타당하므로 쟁점가산세는 취소되어야 한다.

  (가) 가산세가「국세기본법」과 각 개별 세법에서 납세의무자에게 부여된 협력의무 위반에 대한 책임을 묻는 행정적 제재인 점을 고려할 때 과세관청이 의무위반에 대한 책임을 추궁하는 경우에는 의무위반의 정도와 가산세로 부과되는 제재 사이에 적정한 비례관계를 유지하는 것이 가산세 제도의 기본취지를 살리는 것이다.

  (나) 이 사건의 경우 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 청구법인이 쟁점토지를 양도하고 법인세가 아닌 양도소득세를 신고·납부하여 결과적으로 세법에서 정한 의무를 위반한 측면이 있기는 하나, 본래 납부하여야 할 법인세보다 많은 금액의 양도소득세를 납부하여 국가 입장에서는 과세일실이 전혀 없었고, 청구법인이 신고납세제도 하에서 납세의무자의 자발적인 신고와 납부 등을 비롯한 협력의무를 이행하지 아니하였다고도 볼 수 없다. 따라서 이 사건에 대하여 가산세를 부과하는 것은 의무위반의 정도와 가산세로 부과되는 제재 사이에 적정한 비례관계가 유지되지 아니하여 부당한 측면이 있고, 가산세 제도의 기본취지에도 부합하지 아니하므로 쟁점가산세는 취소되어야 한다.

  (다) 또한 법령의 무지 또는 오인은 가산세를 면제할 정당한 사유에 해당하지 아니한다고는 하나, 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 종중이 보유하던 토지를 양도함에 따라 발생한 소득이 수익사업소득으로서「법인세법」상 과세대상인지 여부에 대하여 납세자와 과세관청 간에 세법 해석 상 견해의 대립이 다수 있었고, 이러한 견해의 대립은 납세의무자의 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘어서는 것인바, 청구법인이 정상적으로 법인세의 신고·납부의무를 이행할 것을 기대하는 것은 무리이므로 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보아야 한다. 실제로 청구법인에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 처분청과 처분청에 대한 업무감사를 한 OOO지방국세청마저도 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인받아 양도소득세가 아닌 법인세를 신고·납부하였어야 함을 미처 파악하지 못하였다. 이러한 상황에서 청구법인이 소득세가 아닌 법인세 납세의무자이고, 쟁점토지의 양도소득이 수익사업소득에 해당하여 법인세를 신고·납부할 것으로 기대하는 것은 무리라 할 것이다.

  (라) 더욱이 청구법인이 쟁점토지를 양도하고 자발적으로 양도소득세 예정신고·납부를 이행하여 과세일실이 전혀 없었고, 처분청이 청구법인의 양도소득세 예정신고·납부에 대하여 신고시인 결정을 한 상태에서 다시 청구법인에게 2019년 3월말까지 법인세를 신고·납부할 것을 기대하는 것은 사실상 무리이므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었다고 보아야 한다. 따라서 처분청이 쟁점가산세를 부과한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

 (4) 청구법인이 제출한 항변서의 주요내용은 다음과 같다.

  (가) 처분청은「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 비영리내국법인의 과세 제외 양도소득은 처분일부터 소급하여 3년 이상 중단 없이 고유목적사업에 직접 사용된 경우를 의미하는데, 청구법인이 쟁점토지의 처분일부터 소급하여 3년 이상 기간 동안 고유목적사업에 사용하였는지를 객관적으로 확인할 수 없고, 종중규약 제24조 제1호에 따라 쟁점토지는 “선조의 묘소 보존”이 주된 고유목적 사업에 해당한다 할 것이나, 청구법인이 쟁점토지의 양도일 이후인 2018.7.13.에 수익사업 개시신청(부동산 임대)을 한 것으로 확인되고, 현재는 부동산 임대업을 영위하고 있으므로 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다는 의견이다.

   문중회관은 2018.9.1. 착공하여 2019.2.1. 준공되었는바, 청구법인은 실질적으로 쟁점토지를 양도한 다음 해인 2019년부터 부동산 임대업을 시작하였다. 청구법인이 문중회관 준공 이전인 2018.7.13. 처분청에 수익사업 개시 신청을 하고, 사업자등록증을 발급받은 이유는 문중회관 신축과 관련한 부가가치세 매입세액을 공제받기 위한 것으로서 쟁점토지에 대한 과세 제외 양도소득 여부를 판단함에 있어 고려할 사항은 아니며, 쟁점토지를 양도한 2018년까지 쟁점토지를 수익사업 목적으로 사용하지 아니하였으므로 쟁점토지의 양도소득은 법인세 과세 제외 소득에 해당한다.

  (나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 소유권 환원을 위하여 OOO군수에게 신청한 “확인서 발급신청서” 및 “보증서”에 의하면, 청구법인이 쟁점토지를 1985.1.10. 매매로 취득하여 그 때부터 사실상 소유하였던 것으로 확인되므로 쟁점토지의 취득가액은 종중원들이 최초로 쟁점토지를 취득한 1985.1.10.을 기준으로 산정하여야 할 것이나, 쟁점토지는 1990.12.31. 이전에 취득한 토지이므로「법인세법」제55조의2 제6항의 단서규정에 따라 1991.1.1.을 기준일로 하여 취득가액을 산정하여야 한다는 의견이다.

   1) 현행「법인세법」은 법인으로 보는 단체 승인 전에 취득한 자산을 승인 이후에 양도하는 경우 해당 자산의 취득가액에 대하여 명확한 규정을 두고 있지 아니하므로 청구법인이「소득세법」을 적용받을 당시 쟁점토지를 사실상 취득한 것으로 보고, 그 때를 기준으로 취득가액을 산정한 것은 법적 근거가 없는 부당한 처분이다.

   2) 처분청은「법인세법」제55조의2 제6항의 단서규정에 따라 1991.1.1.을 기준일로 하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하여야 한다는 의견이나, 이 사건은 각 사업연도 소득에 대한 법인세 부과처분에 대한 것이므로 청구법인에게 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 규정하고 있는 위 규정을 적용할 수 없다.

나. 처분청 의견

 (1) 「법인세법」제3조 제3항 제5호의 단서규정에서 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인한 수입 중 대통령령으로 정하는 수입은 과세제외한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제2항은 대통령령으로 정하는 수입이란 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다고 규정하고 있는바, ‘처분일 현재 3년 이상’이라 함은 처분일 현재에도 비영리내국법인의 고유목적사업에 사용하고 있음을 말하고, 비영리내국법인의 과세제외 양도소득은 처분일부터 소급하여 3년 이상 중단 없이 고유목적사업에 직접 사용된 경우를 의미하며, 고정자산을 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부는 현재시점을 기준으로 판단하여야 하는바, 쟁점토지의 처분일(2018.4.20.～2018.9.12.)부터 소급하여 3년 이상 기간 동안 쟁점토지의 지상에 건축된 건축물 또는 묘지가 전혀 확인되지 아니하여 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니하므로 쟁점토지의 처분수입을 과세 대상으로 보아 법인세를 부과한 처분은 적법하다.

  (가) 쟁점토지의 토지분 재산세 정기과세내역서에 의하면, 2008년에는 쟁점토지의 지목을 묘지로 하여 재산세를 과세하였다가 2009년 이후에는 대지로 변경하여 과세한 사실로 볼 때 청구법인이 묘지를 이장한 후 형질이 변경된 것으로 보이고, 묘지 이장 이후 계속하여 나대지 상태인 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업으로 사용하였다고 볼 수 없다.

  (나) 또한 청구법인은 묘지 이장 후 쟁점토지 및 문중회관 건립 토지에 납골당, 문중회관을 건립하여 선조를 모시고, 종중원들의 친목도모 등을 위하여 사용하는 방안을 계속하여 검토하였고, 쟁점토지 양도 이후 실지 문중회관 건립 토지에 문중회관을 건립하여 고유목적사업에 사용하였다고 주장하나, 종중규약 제24조 제1호에 따라 쟁점토지의 주된 고유목적 사업은 “선조의 묘소 보존”이라 할 것인데, 청구법인은 2018.7.13. 수익사업 개시신청(부동산 임대)을 하여 현재 부동산 임대업을 영위하고 있는바, 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업으로 사용하였다고 보기 어렵다.

 (2) 쟁점토지는 청구법인의 종중원 4명이 공동지분으로 소유하다「부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법」에 따라 등기원인일을 1985.1.10.로 하여 1994.7.15. 청구법인에게 공유자 지분 전체가 이전되었고, 이러한 사실은 청구법인이 쟁점토지의 소유권 환원을 위하여 1994.3.29. OOO군수에게 신청한 “확인서발급신청서” 및 “보증서”에 의하여 확인되는바, 청구법인이 최초로 쟁점토지를 취득한 1985.1.10.을 취득시기로 하여 취득가액을 산정하여야 하나,「법인세법」제55조의2 제6항의 단서규정에 따라 1991.1.1.을 기준일로 하여 쟁점토지의 취득가액을 산정한 처분은 적법하다.

 (3) 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 사용하였다고 볼 수 없는바, 청구법인은 쟁점토지의 양도소득에 대하여「법인세법」제62조의2 제1항 및 제2항의 규정에 따라 법인세를 신고·납부하여야 한다.「소득세법」에 따른 양도소득세와「법인세법」에 따른 법인세는 각각 별개의 세목이므로 청구법인이 1거주자로 신고한 양도소득금액을「법인세법」상 각 사업연도의 소득금액으로 볼 수 없으므로 세법에 따라 신고하여야할 의무를 이행하지 아니한 청구법인에게 쟁점가산세를 부과한 처분은 적법하다.

 「국세기본법」제48조 제1항에서 규정한 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것으로 법령의 무지 또는 오인은 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없는바(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결), 청구법인은 2012.3.15. 법인으로 보는 단체로 승인되어 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고 당시인 2018.6.19., 2018.8.16., 2018.11.23.에 이미 법인격을 가지고 있었고, 쟁점토지의 양도소득을 법인손익에 산입하여 법인세를 신고할 수 있었으나, 신고하지 아니하였으므로 청구법인에게 쟁점가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였는지 여부

 ② 쟁점토지의 취득가액 산정 시 취득시기를 언제로 볼 것인지

 ③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 이 사건의 주요 상황별 경과는 아래 OOO와 같다.

OOO

 (2) 쟁점토지의 양도가액, 2009년 경 쟁점토지에서 청구법인의 조상 묘소가 이장되어 양도일 현재 쟁점토지에 묘소가 존재하지 아니한 점, 쟁점토지와 함께 청구법인의 2018사업연도 법인세 과세 대상인 OOO 소재 4필지 토지는 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였다는 점에 대해서 처분청과 청구법인 간 이견은 없다.

 (3) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사항이 확인된다.

  (가) 청구법인은 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 양도일부터 3년 이상 계속하여 사용하다는 증빙으로 종중규약, 정기총회 회의록, 문중사무실 사진을 제출하였는바, 그 세부내용은 다음과 같다.

   1) 종중규약의 주요내용은 아래와 같고, 제24조(사업)에서 “청구법인은 제2조 목적을 위하여 다음과 같은 사업을 한다.”라고 규정하면서 “선조의 묘소 보존에 관한 사항, 위토의 관리 및 이장에 관한 사항, 묘소 설정 및 이장에 관한 사항, 종원의 친목에 관한 사항 및 기타 필요한 문중의 유익한 사업에 관한 사항”을 규정하고 있으며, 부칙에 종중규약은 2003년 1월부터 시행한다는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

OOO

   2) 청구법인의 2006년 및 2020년 정기총회 회의록에 의하면, 청구법인은 2006년 정기총회 시 납골당 건립, 문중회관 건립 및 문중사무실 개설에 대한 안건을 상정하였고, 2020년 정기총회 시에는 문중회관 내 제실 설치, 외지 종원들을 위한 생활용품 비치에 대한 안건을 상정한 것으로 나타난다.

OOO

OOO

   3) 청구법인이 제출한 문중회관 사진에는 종중원들이 선조의 위패를 모신 제실에서 제사를 지내는 모습과 문중회관 내에 외지 종중원들을 위한 주방설비가 비치된 모습이 확인된다.

OOO

  (나) 청구법인은 쟁점토지의 취득가액을 법인으로 보는 단체 승인일 또는 청구법인의 결성연월일을 기준으로 재산정하여야 한다고 주장하며 아래와 같이 청구법인의 ‘법인으로 보는 단체 승인여부통지서’를 제출하였는바, 단체의 명칭은 청구법인, 결성연월일은 1993.7.7., 통지서의 발급일자는 2012.3.15.인 것으로 나타난다.

OOO

 (4) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사항이 확인된다.

  (가) 처분청은 쟁점토지가 양도일부터 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용되었다는 사실이 객관적으로 확인되지 아니한다는 증빙으로 쟁점토지의 2008년∼2018년 토지분 재산세 정기과세내역서, 지적도, 로드뷰를 제출하였는바, 그 세부내용은 다음과 같다.

   1) 쟁점토지의 2008년∼2018년 토지분 재산세 정기과세내역서에 의하면, 2008년의 쟁점토지의 공부상 및 실지 지목은 묘지이고, 2009년∼2018년의 쟁점토지의 공부상 지목은 묘지이나, 실지 지목은 대지로 변경된 것으로 나타난다.

   2) 쟁점토지의 지적도 상 쟁점토지의 위치는 다음과 같고, 문중회관은 쟁점토지와 인접한 OOO에 건립된 것으로 나타난다.

OOO

   3) 쟁점토지의 로드뷰(OOO 지도 캡쳐)에 의하면, 2011년부터 2016년까지 쟁점토지 지상에 묘지나 건축물은 확인되지 아니하고, 2017년에는 모델하우스가 건립되어 있는 것으로 나타나는바, 처분청은 청구법인이 아래와 같이 2018.7.13. 처분청에 ‘비영리법인의 수익사업 개시신고(부동산 임대)’를 하여 현재 부동산 임대업을 영위하고 있다는 의견이다.

OOO

    이에 대해 청구법인은 쟁점토지의 양수인이 쟁점토지를 매수하기 전 모델하우스를 설치할 수 있도록 청구법인에게 요청하였고, 청구법인은 매매를 전제로 이를 허용하였던 것인바, 쟁점토지를 부동산임대 목적으로 사용한 것이 아니므로 수익사업에 해당하지 아니한다고 주장하고 있다.

OOO

OOO

  (나) 처분청은 1991.1.1.을 쟁점토지의 취득시기로 하여 취득가액을 산정하여야 한다는 의견으로서 쟁점토지의 토지등기사항전부증명서, 청구법인이 쟁점토지의 소유권 환원을 위하여 1994.3.29. OOO군수에게 신청한 확인서발급신청서를 제출하였는바, 그 세부내용은 다음과 같다.

   1) 쟁점토지의 토지등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 1985.1.10. 매매를 원인으로 1994.7.15. 청구법인에게 공유자 전원 지분이 전부이전된 것으로 나타난다.

  한편 국세청 내부 전산망에 따르면, 1994.7.15. 청구법인에게 쟁점토지의 소유권이 이전될 당시 쟁점토지의 공유자들이 처분청에 양도소득세를 신고한 내역은 확인되지 아니한다.

   2) 청구법인이 1994.3.29. OOO군수에게 신청한 확인서발급신청서에 따르면, 아래와 같이 신청자 성명은 청구법인이고, 신청 부동산은 쟁점토지이며, 신청내용은 “청구법인은 쟁점토지를 1985.1.10.부터 매매하여 현재 사실상 소유하고 있음을 확인하여 주시기 바랍니다.”라고 기재되어 있는 것으로 나타난다.

OOO

   3) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 1985.1.10.에 매매로 취득한 사실이 확인되므로 1985.1.10.을 쟁점토지의 취득시기로 하여 취득가액을 산정하여야 하나,「법인세법」제55조의2 제6항의 단서규정에 따라 1991.1.1.을 취득시기로 하여 취득가액을 산정하였다는 의견이다.

    한편「법인세법」제55조의2 제6항은 “토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재「상속세 및 증여세법」제60조와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였으므로 그 양도차익은 법인세 과세소득에서 제외되어야 한다고 주장하나, 쟁점토지의 2008년∼2018년 토지분 재산세 정기과세내역서에 의하면, 2008년의 쟁점토지의 공부상 및 실지 지목이 묘지였으나, 2009년∼2018년의 쟁점토지의 실지 지목이 대지로 변경되어 2009년 경 청구법인의 선조 묘소가 쟁점토지에서 이장된 것으로 추정되고, 이에 대하여 처분청과 청구법인 간 이견이 없는 점, 2011년부터 2016년까지 쟁점토지의 로드뷰 상 쟁점토지 지상에 묘지나 건축물이 확인되지 아니하고, 쟁점토지 양도일까지 나대지 상태로 나타나는 점, 청구법인이 고유목적사업 중 하나인 종원의 친목에 관한 사업의 일환으로 건립하였다고 주장하는 문중회관이 건립된 토지는 쟁점토지가 아닌 쟁점토지와 인접한 OOO에 소재한 토지로서 쟁점토지에 건립되지 아니한 문중회관을 가지고 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 사용하였다고 보기 어려운 점, 청구법인의 2006.12.19.자 정기총회 회의록에 의하면, 청구법인은 납골당을 건립하여 선조들을 한곳에 모시도록 하는 문제와 쟁점토지 또는 문중회관 건립 토지에 문중회관을 건립하고, 문중사무실을 개설하는 안건을 상정하여 향후 계속하여 협의하도록 하였는바, 쟁점토지에 문중회관을 건립하는 방안에 대하여 협의한 사실만으로 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

  다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 설령 쟁점토지의 처분소득이 법인세 과세대상 수익사업소득에 해당한다 하더라도 쟁점토지의 취득가액은 청구법인의 법인으로 보는 단체 승인일( 2012.3.15.) 또는 청구법인의 결성연월일(1993.7.7.)을 기준으로 재산정되어야 한다고 주장하나,「법인세법」제62조의2 제1항 제2호, 제2항 및 제4항은 “비영리내국법인이 수익사업소득에 해당하는 자산양도소득이 있는 경우에는「법인세법」제60조 제1항에 따른 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있고, 이러한 경우의 자산양도소득에 대하여는「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 하며, 법인으로 보는 단체의 경우에는 단체의 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.”라고 규정하고 있는데, 청구법인이 처분청에「법인세법」제60조 제1항에 따른 과세표준 신고를 하지 아니하였으므로 같은 법 제62조의2 제2항에 따라 법인세를 납부하여야 하고, 이 경우 취득가액은 청구법인이 법인으로 보는 단체의 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액으로 하여야 하는 점, 청구법인이 1994.3.29. OOO군수에게 신청한 확인서발급신청서 상 신청내용에 “청구법인은 쟁점토지를 1985.1.10.부터 매매하여 현재 사실상 소유하고 있음을 확인하여 주시기 바랍니다.”라고 기재되어 있고, 쟁점토지의 토지등기사항전부증명서 상 쟁점토지가 1985.1.10. 매매를 원인으로 1994.7.15. 청구법인에게 공유자 전원 지분이 전부이전된 것으로 나타나는바, 청구법인이 청구법인의 종중원 4명에게 명의신탁되어 있던 쟁점토지를 1985.1.10. 매매로 청구법인에게 환원시킨 것으로 볼 수 있으므로 청구법인의 쟁점토지 취득일은 1985.1.10.이라 할 것인 점,「법인세법」제55조의2 제6항은 “토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재「상속세 및 증여세법」제60조와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.”라고 규정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 법인으로 보는 단체의 승인을 받기 전의 쟁점토지의 당초 취득가액은 청구법인의 쟁점토지 취득일인 1985.1.10.을 취득시기로 하여 산정하여야 할 것이나, 처분청이「법인세법」제55조의2 제6항 단서규정에 따라 1991.1.1.을 쟁점토지의 취득시기로 하여 취득가액을 산정한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 가산세를 감면할 정당한 사유가 있었다고 주장하나,「소득세법」에 따른 양도소득세와「법인세법」에 따른 법인세는 각각 별개의 세목이므로 청구법인이 1거주자로 양도소득세를 신고하였다 하더라도 법인세를 신고한 것으로 간주하기 어려운 점, 청구법인이 2012.3.15. 법인으로 보는 단체로 승인되어 쟁점토지의 양도 당시 이미 법인격을 가지고 있었고, 쟁점토지의 양도소득을 2018사업연도의 손익에 산입하여 법인세를 신고할 수 있었으나, 이를 신고하지 아니한 점, 처분청이 청구법인의 양도소득세 신고에 대하여 신고시인한 결정은 단순히 사실관계 확인에 따른 신고내용 수리행위에 해당하므로 처분청이 신고시인을 하였다는 사실만으로 청구법인이 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세가 아닌 양도소득세의 신고·납부의무가 있다는 처분청의 공적견해 표명으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인에게 쟁점가산세를 감면할 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.