주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 자동차의 배선시스템인 ‘OOO’ 및 ‘각종 전장 제어모듈’을 설계․개발하는 기업으로 1993.9.22. 설립되었고 OOO(이하 “협회”라 한다)가 1997.12.24. 및 2002.10.1. 기업부설연구소로 인정한 IT연구소 및 기술연구소(이하 “쟁점연구소”라 한다)를 보유하고 있다.

나. 청구법인은 2019.11.18. 처분청에 연구원에 대한 인건비와 재료비OOO원에 대하여 2014～2018사업연도 법인세 신고 시 공제를 누락한 연구인력개발비 세액공제(이하 “쟁점공제”라 한다)를 적용하여 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 위 인건비와 재료비 중 아래 <표1>의 금액에 대해서는 쟁점공제의 적용을 제외하는 내용으로 검토결과를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2020.5.21. 청구법인에게 경정청구 처리결과를 통지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.

<표1> 쟁점공제를 배제한 인건비 등의 내역

OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점연구소는 「기초연구진흥법」에 따라 등록된 연구소이고 게스트연구원은 쟁점연구소에 소속된 연구원으로서 청구법인의 제품인 OOO의 설계․개발 업무를 수행하고 있음에도 게스트연구원의 인건비에 대해 쟁점공제를 적용하지 아니한 쟁점처분은 부당하다.

OOO는 자동차의 탑재된 수많은 전장품들을 전기적으로 상호 연결하는 중간 매체물로 이를 설계․개발하기 위해서는 고객사의 차량디자인과 시스템에 대한 자료(이하 “보안자료”라 한다)가 필요하다.

고객사는 신차 개발과 관련하여 보안자료의 유출을 방지하기 위하여 고객사의 전산망을 통해서만 보안자료를 청구법인에게 제공하고 있다.

이에 따라 게스트연구원은 OOO에 소재한 고객사의 연구소에 상주하면서 보안자료를 수시로 확인하고 OOO의 설계․개발업무를 수행하고 있다.

이는 청구법인에게만 국한되는 것이 아니라 OOO를 제조하는 업체에 공통적으로 적용되는 사항이다.

관련 법령과 해석례에 의하면 연구소가 「기초연구진흥법」에 따라 등록되어 있다면 근무장소와 무관하게 사실상 연구개발 관련 업무를 수행하는 자의 인건비는 모두 쟁점공제의 대상이다.

조사청은 게스트연구원이 반드시 쟁점연구소의 소재지에서 근무하여야 한다는 의견이나 법문상 쟁점공제의 대상인 “전담부서 등에서 근무하는 직원”의 의미를 ‘전담부서 등의 소속으로 직무에 종사하는 직원’으로 해석함이 타당하다.

조사청의 의견대로라면 연구원이 장기 출장을 가거나 재택근무하는 경우에는 쟁점공제의 적용 대상에서 제외되어야 하는 불합리한 결과가 나타난다.

조사청은 「기초연구진흥법」상 전담연구요원의 정의를 근거로 내근직 연구원만을 쟁점공제의 대상이 되는 연구원이라고 유추해석하고 있으나 이는 문리해석의 원칙에 위배된다.

「기초연구진흥법」은 기업부설연구소로 인정받고 유지하기 위해서는 전담연구요원을 일정 수 이상 등록하고 유지해야 한다고 명시하여 최소한의 인원 수 기준을 정하고 있을 뿐이다.

실제 기업부설연구소 내의 모든 연구원이 「기초연구진흥법」상 전담연구요원으로 등록되어 있는 것은 아니므로 조사청의 주장대로라면 이들의 인건비는 쟁점공제의 적용 대상에서 모두 제외되어야 하므로 불합리하다.

조사청은 청구법인이 「기초연구진흥법」을 위반하였다는 의견이나 오히려 청구법인은 「기초연구진흥법」에 따라 6개월 이상 전담부서 등에 상주가 불가한 게스트연구원에 대해 전담요원의 등록을 말소하여 이를 준수하였다.

게스트연구원은 연구보조원으로 등록도 가능하다.

게스트연구원의 업무가 기술지원활동에 불과하다는 조사청의 의견은 타당하지 아니하다.

연구개발활동에는 특정 사업적 목적 없이 과학 지식의 진보를 목적으로 하는 연구활동 뿐만 아니라 기존 지식을 활용하여 새로운 제품 및 공정을 개발하는 활동이 포함된다.

청구법인은 과거부터 OOO를 개발하는 기술연구소 소속의 연구원의 인건비와 재료비에 대해 쟁점공제를 적용받고 있었고, 고객사 연구원은 기술연구소에 소속된 직원이다.

게스트연구원은 특정차량에만 적용이 가능한 OOO 및 전장 제품을 설계․개발하지만 개발에 최소 1년이 소요되고 많은 노하우가 필요하여 산업의 진입장벽이 다른 자동차 부품에 비해 높으므로 게스트연구원의 업무가 단순한 맞춤형 제품의 개발이라는 조사청의 의견은 타당하지 아니하다.

조사청의 의견처럼 기술의 범용성이 존재하지 아니하면 기술적 진전에 해당하지 아니한다든지 기술적 진전의 정도 여부에 따라 쟁점공제를 한다는 취지의 법령 또는 해석례를 찾을 수 없음에도 청구법인의 설계 계획안의 목표 등을 근거로 쟁점공제를 배제하여야 한다는 처분청의 의견을 납득하기 어렵다.

조사청은 고객사 연구소의 보안자료가 제시되지 아니하였다는 이유로 게스트연구원이 청구법인의 자체연구개발 업무를 전담한 사실을 입증하지 못하고 있다는 의견이나 이는 부당하다.

청구법인은 게스트연구원의 연구일지 등을 연구소 전산시스템으로 관리하고 있으나 그 분량이 방대하고 또한 보안이 필요하여 반출이 어렵다.

조사청은 코로나19로 고객사의 연구소를 방문하여 보안자료를 확인하지 못하였다.

청구법인은 보안자료를 제외한 인사․급여자료 및 업무 설계획서 등을 조사청에 제출하였다.

청구법인은 보안자료를 별도의 문서로 제출할 수 없어 이를 확인하기 위해서는 현장을 방문하는 방법 밖에 없다.

그럼에도 불구하고 조사청은 제출된 자료만으로는 연구개발 활동을 수행하는지 알 수 없다는 의견만 제시하고 있어 청구법인은 이를 납득할 수 없다.

청구법인은 자체연구개발 업무와 수탁과제등을 동시에 수행하고 있는 공동연구원들의 자체연구개발 부문에 대한 인건비(이하 “자체인건비”라 한다)를 산정시 공동연구원의 인건비에서 고객사가 부담한 용역대가(이하 “용역대가”라 한다)를 차감하는 합리적인 방식(이하 “쟁점방식”이라 한다)을 사용하였음에도 조사청은 쟁점방식의 적용을 배제하여 공동연구원의 자체연구개발분 인건비에 대해 쟁점공제의 적용을 부인하였으므로 쟁점처분은 부당하다.

쟁점연구소는 자체연구개발 업무 외에도 고객사에 요청에 따라 수탁과제등을 수행하고 있다.

청구법인은 수탁과제등의 연구결과물을 고객사가 단독으로 소유할 경우에는 수탁연구로 구분하고 연구결과물을 청구법인과 고객사가 공동으로 소유할 경우에는 공동연구로 구분하고 있다.

청구법인은 수탁과제등만을 전담하는 연구원이 별도로 두고 있지 아니하고 자체연구개발 과제를 수행하는 연구원에게 수탁과제등을 할당하고 있다.

이에 따라 공동연구원은 자체연구개발 과제와 수탁과제등을 동시에 수행하고 있다.

청구법인은 고객사로부터 수령한 용역대가를 잡이익으로 회계처리하고 있다.

청구법인은 공동연구원이 자체연구개발 과제와 수탁과제등을 동시에 수행하는 기간에 대한 인건비 전액을 쟁점공제의 적용대상에서 제외하였다가 이 건 경정청구를 하면서 그 적용대상에 포함하게 되었다.

「조세특례제한법」은 공동연구원의 인건비를 배분하는 방법과 관련하여 별도의 규정을 두고 있지 아니하나, 관련 해석례에 의하면 자체연구개발 과제와 수탁과제등을 동시에 수행하는 경우에도 납세자가 실제 부담한 연구비는 쟁점공제의 적용대상에 해당한다.

수탁자가 수탁과제등에 지출한 비용을 쟁점공제의 적용대상에서 배제하는 사유는 위탁자가 수탁자에게 지급한 비용에 대해서도 쟁점공제를 적용할 경우 위탁자와 수탁자 모두에게 쟁점공제가 중복지원되기 때문이다.

유사한 사례로서 국고보조금을 수령하여 수행하는 정부연구과제의 경우 해당 국고보조금 부분은 쟁점공제가 배제되므로 총 연구비에서 국고보조금을 차감하여 자체연구비를 산출한 다음 쟁점공제를 적용하고 있고, 이는 쟁점방식과 동일하다.

청구법인은 공동연구원에 대한 인건비에 대해 연구과제별로 구분경리하지 아니하고 있어 쟁점방식으로 자체인건비를 산출하였다.

조사청은 자체연구개발 과제와 수탁과제등의 연구투입시간을 구분경리하고 있지 아니하여 쟁점방식이 불합리하다는 의견하나, 「조세특례제한법」에서는 구분경리를 쟁점공제의 요건으로 두고 있지 아니하다.

조사청의 주장대로 공동연구원의 투입시간별로 안분하여 자체인건비를 산출하는 경우에는 다음의 사례1과 같은 중복공제와 사례3와 같은 과소공제의 문제가 발생한다.

OOO

공동연구원이 수탁과제등에 지출한 직접재료비 OOO원(이하 “수탁재료비”라 한다)에 상당하는 금액은 용역대가의 차감항목으로 쟁점공제의 대상이고 최초 경정청구 후 보정요구시 추가로 경정청구한 금액이므로 본안심리 대상이다.

청구법인은 최초로 경정청구를 제기할 때에 공동연구원의 재료비 OOO원(자체연구개발 과제와 수탁과제등을 구분하지 아니함)에 대해 쟁점공제의 적용을 청구하였다.

조사청은 공동연구원의 인건비를 인정할 수 없으므로 공동연구원의 재료비도 자체연구개발 과제와 수탁과제등으로 구분하여 줄 것을 청구법인에게 보정요구하였다.

이에 따라 청구법인은 경상연구비와 관련된 원장을 전수조사하여 당초 제출한 재료비 OOO원보다 증액된 자체연구개발 관련 재료비 OOO원과 수탁재료비 OOO원의 명세서를 조사청에 제출하였다.

조사청은 청구법인이 제시한 자체연구개발 과제 관련 재료비 OOO원을 쟁점공제의 대상으로 인정하였으나 수탁재료비는 인정하지 아니하였다.

쟁점공제의 대상인 공동연구원의 자체연구개발 관련 인건비와 재료비를 산정함에 있어 수탁재료비는 아래 <표2>와 같이 용역대가에서 차감하거나 아니면 자체연구개발 관련 재료비에 가산하여야 할 항목이다.

<표2> 자체연구개발 관련 인건비와 재료비 산정방식 비교

OOO

청구법인은 경정청구에 따른 보정자료를 엑셀파일 형태로 이메일을 통하여 조사청에 제출하면서 수탁재료비를 자체연구개발 관련 재료비에 가산하였으나 이 건 심판청구시에는 용역대가에서 차감하였다. 이는 쟁점공제 대상금액의 산정방식만 다를 뿐 경정청구 내용과 이 건 심판청구의 내용은 동일하다.

이에 따라 수탁재료비를 심판청구에서 신규로 쟁점공제의 대상에 추가하였다는 조사청의 의견은 타당하지 아니하다.

조사청은 청구법인과 고객사가 특수관계가 존재하지 아니하는 제3자에 해당함에도 용역대가를 고의적으로 낮추었다는 의견이나 이를 뒷받침할만한 근거가 없고 유사한 사례도 없다.

만일 청구법인과 고객사가 용역대가를 고의적으로 낮게 설정하였다면 이는 접대비에 해당하나 조사청은 이에 대해 과세하지 아니하였다.

조사청은 수탁재료비를 공동연구원의 인건비에 가산하여 쟁점공제를 한번 적용하고 심판청구시에는 이를 용역대가에서 차감하여 쟁점공제를 중복으로 적용하였다는 의견이나 청구법인은 수탁재료비에 대해 쟁점공제를 적용한 사실이 없다.

나. 처분청 의견

게스트연구원은 「기초연구진흥법」상 연구전담요원이 아니고 연구개발 전담부서의 소재지에서 근무하고 있지 아니하므로 그들의 인건비에 대해 쟁점공제를 배제한 쟁점처분은 정당하다.

청구법인에 연구개발 전담부서가 존재한다는 점에 대해서는 당사자간 이견이 없다.

다만 연구원이 다른 기업에서 연구업무를 수행하는 경우에는 연구개발 전담부서에서 근무하는 자로 볼 수 없다.

쟁점공제 대상인 연구업무에 종사하는 연구원은 「기초연구진흥법」에 따른 연구전담요원이고, 기업부설 연구기관 안에서 계속하여 6개월 이상 연구개발 활동을 수행할 수 없는 연구원은 연구수행 내역 및 타 업무를 수행한 내역을 확인하기 어렵기 때문에 쟁점공제의 적용 대상이 아니다.

협회는 2013년 청구법인에 대한 현지확인을 실시하여 쟁점연구소 안에서 6개월 이상 근무하지 아니한 게스트연구원을 연구전담요원에서 제외하도록 하였고, 「기초연구진흥법」상 연구전담요원에 해당하지 아니하는 게스트연구원에 대하여 조세지원을 하기는 어렵다.

만일 연구전담요원으로 등록되어 있지 아니한 연구원의 인건비를 쟁점공제 대상으로 인정하게 될 경우 실제 연구활동을 수행했는지 여부를 과세관청이 건건이 확인하여야 하는데 이를 위해 과도한 행정력이 소요될 뿐만 아니라 기업 간의 과세형평상에 문제가 발생할 우려가 있다.

게스트연구원이 수행하는 업무는 자체연구개발 활동이 아니라 고객사의 요청에 따라 이미 개발된 OOO 및 전장제어모듈 관련 기술 및 제품을 고객사가 개발 예정인 차종의 특정 디자인에 맞게 설계하는 기술지원활동에 불과하다.

청구법인이 제출한 ‘설계계획서’에 따르면, 게스트연구원의 업무는 ‘도면 디자인 리뷰’, ‘내구 분석’, ‘원가․중량 경량화’, ‘원가절감 활동’, ‘조기 품질 및 신뢰성 확보’, ‘과거차와 동일한 문제의 발생을 방지’와 같은 업무를 목표로 하고 있다.

청구법인은 게스트연구원으로 하여금 ‘설계변경건수 최소화’, ‘선형 차종 동일 유형 문제점 대비’, ‘원가절감 목표 100% 달성’, ‘부품삭감 목표 100% 달성’, ‘도면출도 일정 준수율 100%달성’과 같은 상세 목표를 설정한 후 구체적인 달성안을 기입하도록 하고 있다.

게스트연구원의 업무는 고객사의 차량에만 사용될 뿐 다른 차량에는 재사용이 어려워 범용성이 없고 특허권도 등록된 바 없다.

청구법인은 게스트연구원이 자체연구개발 업무를 전담한 사실을 입증하지 못하고 있다.

청구법인은 고객사의 연구소에서 근무한 게스트연구원의 연구내역, 연구 진행상황 및 결과를 청구법인의 쟁점연구소에 어떻게 보고 및 관리하였는지와 관련하여 자료를 제시하지 아니하였다.

청구법인이 제출한 설계계획서, 수당지급 품의서, 연구소 조직도만 등만으로는 게스트연구원이 자체연구개발 업무를 전담한 사실이 충분히 입증되었다고 보기 어렵다.

청구법인은 게스트연구원의 업무 결과물을 제출하기 위해서는 고객사의 승인을 받아야 하므로 자료 제출이 어렵다는 주장이나, 이는 자료의 통제권이 청구법인에게 없다는 반증이고 통제권이 없는 연구 활동은 청구법인에게 귀속된 것이 아니므로 쟁점공제의 대상이 아니다.

공동연구원의 자체인건비는 공동연구원의 투입시간을 기준으로 안분계산 함이 타당하므로 쟁점방식으로 자체인건비를 산정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

쟁점방식이 합리적이기 위해서는 청구법인이 고객사로부터 수령하는 용역대가에 공동연구원의 인건비, 재료비 등의 투입비용이 합리적으로 반영되어 있어야 한다.

그러나 용역대가는 수탁과제등의 수행기간 및 참여인원과 비례하지 아니한다. 즉 수탁과제등의 수행기간이 길고 참여인원이 많지만 용역대가가 적을 수도 있고 또 그 반대일 수도 있다.

따라서 청구법인이 지출한 연구개발비를 각 연구별 투입시간 등의 기준으로 안분하여 자체인건비를 계산하는 방식이 합리적이다.

쟁점방식으로 자체인건비를 산정한다면 다음의 예시와 같이 자체연구개발 업무에 투입되는 시간이 동일하다 하더라도 용역대가의 수령액에 따라 쟁점공제의 대상이 되는 인건비 금액이 달라지게 되어 불합리하다.

OOO

만일 용역대가가 합리적이고 정상적인 금액으로 책정된다면 청구법인의 주장과 같이 쟁점공제가 중복으로 공제되는 문제는 발생되지 아니한다.

만일 처분청이 쟁점방식을 인정하게 된다면 청구법인과 고객사가 협의하여 용역대가를 낮추는 방법 등으로 탈세가 가능하고 이 경우 청구법인의 접대성 경비에 대해 쟁점공제를 허용하는 결과를 초래한다.

고객사가 용역대가를 실제 연구비보다 작게 책정할 경우 청구법인은 손해를 보게 되고 이에 대해 쟁점공제를 적용하게 될 경우 청구법인은 쟁점공제를 통해 손실을 보전받게 되는 결과가 되어 불합리하다.

관련 해석례에서도 연구개발 전담부서에서 자체연구개발 과제와 수탁과제등을 함께 수행하는 경우 연구개발 수행기간, 시간 등 합리적인 방법으로 안분 계산하는 것으로 해석한 바 있다.

공동연구원이 전업적으로 자체연구개발을 한 기간 또는 시간이 입증되지 못한다면 공동연구원은 자체연구개발 업무를 하지 아니한 것으로 볼 수 있고 쟁점공제의 적용을 배제함이 타당하다.

청구법인은 수탁재료비에 대해 경정청구하지 아니하였으므로 이 부분에 대한 심판청구는 각하 대상이다.

청구법인은 경정청구시 수탁재료비를 쟁점공제 대상에 포함하지 아니하였다.

OOO

청구법인은 처분청이 경정청구를 심리하는 과정에서 당초 경정청구한 재료비 OOO원 외에 자체연구개발 과제 관련 재료비 OOO원을 추가하여 인정해줄 것을 요청하였고 처분청은 이를 인정해 주었다.

수탁재료비는 청구법인이 자체연구개발 과제 관련 재료비를 추가 인정해 줄 것을 요청하기 위해 스스로 확인한 것으로 위 자체연구개발 과제 관련 재료비 OOO원의 추가 명세를 제출할 당시 수탁재료비의 명세가 포함되어 있다고 하여 이를 경정청구한 것으로 볼 수 없으며 조사청은 거부처분도 하지 아니하였다.

따라서 수탁재료비는 경정청구하지 않은 금액으로 이와 관련된 법인세 OOO원 상당은 심판청구의 대상이 아니어서 결국 ‘각하’ 대상이다.

설령 수탁재료비에 대한 청구가 본안심리 대상이라 할지라도 해당 금액에 대해 쟁점공제를 허용하게 된다면 나중에 과다공제의 문제가 발생된다.

청구법인은 수탁과제등에 대한 용역대가를 산정시 직접재료비는 견적총액에 포함시키지 아니하여 용역대가를 과소하게 산정되도록 하였고 결과적으로 쟁점공제의 대상금액이 과다하게 되었다.

청구법인은 이 건 심판청구시 수탁재료비를 쟁점공제의 대상에 신규로 추가하여 쟁점공제의 대상 금액을 과대계상하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 게스트연구원에 대한 인건비가 쟁점공제의 대상이라는 청구주장의 당부

 ② 공동연구원에 대한 자체연구개발분 인건비를 쟁점방식으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

 ③ 공동연구원이 수탁과제등에 지출한 수탁재료비는 용역대가의 차감항목이자 조사청의 보정요구에 따른 경정청구 금액으로 본안심리 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 일부개정된 것)

  제9조(연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정된 것)

  제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액 (중 략)

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 일부개정된 것)

  제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

 2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

 1. 일반적인 관리 및 지원활동

 2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

 3. 반복적인 정보수집 활동

 4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

 5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

 6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

 7. 위탁받아 수행하는 연구활동

조세특례제한법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제264호로 일부개정된 것)

  제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

 1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

 2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

 3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

국세기본법

  제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

 1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

  라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

  제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항제1호가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

  제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

  제14조의3(기업부설연구소등의 인정취소) ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다.

기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

  제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 “연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관”이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

 1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관: 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」 제8조 제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

 2. 국외에 있는 기업부설 연구기관: 5명 이상

② 법 제14조의2 제1항에서 “연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서”란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다.

기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙

  제2조(기업부설연구소 등의 연구시설 및 연구전담요원에 대한 기준) ① 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제16조의2 제1항 각 호 외의 부분 전단 및 같은 조 제2항에서 “과학기술정보통신부령으로 정하는 기준”이란 다음 각 호의 기준을 말한다.

 1. 연구공간 (중 략)

 2. 연구기자재

  연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 기계, 기구, 장치 및 재료로서 제1호의 기준에 맞는 연구공간에 위치할 것

 3. 부대시설

  기업부설연구기관등의 연구개발활동을 위하여 제작한 구축물과 연구전담요원등이 전용으로 사용하는 회의실, 기숙사 등 연구개발활동에 필요한 편의시설로서 기업부설연구기관등의 주소지에 있을 것(부대시설을 두는 경우만 해당한다)

⑥ 제3항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 사람은 연구전담요원으로 할 수 없다.

 2. 해당 기업의 직원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람

  가. 일반대학원(주간) 학위과정에서 수학하는 사람(다만, 기업의 연구개발활동과 관련된 박사학위과정으로 연구개발활동에 지장이 없는 경우에는 제외한다)

  나. 기업부설 연구기관 안에서 계속하여 6개월 이상 연구개발활동을 수행할 수 없는 사람

  다. 대표이사, 감사 및 비상임이사 등 직무상 상시 연구개발활동을 전담할 수 없는 사람. 다만, 창업일부터 3년이 경과하지 아니한 「중소기업기본법 시행령」 제8조제1항에 따른 소기업의 대표이사는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

청구법인의 경정청구서를 보면, 청구법인은 아래 <표3>과 같이 환급을 청구한 것으로 나타난다.

<표3> 경정청구 세액 내역

OOO

조사청이 2019.12.19. 청구법인에게 발송한 ‘법인세 경정청구 관련 보정할 사항 제출 안내’ 공문(OOO) 등을 보면, 조사청은 청구법인의 재료비 및 외주가공비와 관련한 경상개발비 원장, 자체․공동․수탁연구별로 구분내역과 근거자료를 제출할 것을 요구한 것으로 나타난다.

청구법인이 조사청의 보정요구에 따라 조사청에 제출하였다고 주장하는 공동연구원의 수탁재료비 내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 공동연구원의 수탁재료비 내역

OOO

조사청의 경정청구 검토보고서 등을 보면, 재료비와 관련한 경정청구금액과 조사청의 검토결과는 아래 <표5>와 같다.

<표5> 재료비 관련 경정청구금액 및 검토내역

OOO

처분청이 2020.5.21. 청구법인에게 발송한 ‘법인세 경정청구 결과 통지’ 공문을 보면, 조사청은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과 경정청구를 ‘일부인용’한 것으로 기재되어 있다.

게스트연구원이 쟁점연구소의 소속으로 고객사에 상주하면서 OOO의 ‘도면 디자인 리뷰’, ‘내구 분석’, ‘원가․중량 경량화’, ‘원가절감 활동’, ‘조기 품질 및 신뢰성 확보’, ‘과거차와 동일한 문제의 발생을 방지’ 등의 업무를 한 점에 대해 당사자간 다툼이 없다.

청구법인이 2015.12.31. 작성한 회계전표 등을 보면, 청구법인은 게스트연구원 OOO명의 식대 및 유류대 OOO원을 파견지원비 명목으로 지급한 것으로 나타난다.

공동연구원이 쟁점법인의 자체연구개발과 수탁과제등을 동시에 수행하였으나 각 연구과제의 소요시간이 별도로 구분되지 아니한다는 점에 대해서는 당사자 간 다툼이 없다.

청구법인이 2018.4.4. 고객사와 체결한 ‘기술용역수행계약서(공동소유)’의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

청구법인이 2018.4.17. 고객사와 체결한 ‘기술용역수행계약서(단독소유)’의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

「조세특례제한법 시행령」(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 일부개정된 것) 별표 6 제1호 가목 1)은 자체연구개발의 경우 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비를, 같은 목 2)는 전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)를 쟁점공제를 적용받는 비용으로서 열거하고 있고, 「조세특례제한법 시행규칙」(2012.2.28. 기획재정부령 제264호로 일부개정된 것) 제7조 제3항은 “영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 기획재정부령으로 정하는 자란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다”고 규정하고 있다.

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점연구소가 「기초연구진흥법」에 따라 등록된 연구소이고 게스트연구원은 쟁점연구소에 소속된 연구원이므로 그 인건비에 대해 쟁점공제를 적용하여야 한다는 주장이나, 게스트연구원은 쟁점연구소가 위치한 장소에서 근무하지 아니한 점, 게스트연구원은 고객사에서 근무하면서 청구법인의 자체 연구개발 활동을 하였다기보다는 고객사에 대한 일반적인 지원활동을 하였다고 봄이 합리적인 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점방식을 적용하여 공동연구원들의 자체인건비를 산정하고 그 자체인건비에 대해 쟁점공제를 적용함이 타당하다는 주장이나, 공동연구원의 총 인건비에서 산출내역이 불분명한 것으로 보이는 용역대가를 차감하는 쟁점방식이 자체인건비를 산정하는 합리적인 방식에 해당한다고 보기 어려운 점, 자체인건비를 합리적으로 산정할 수 없다면 자체연구과제만을 전담하지 아니하는 공동연구원의 인건비에 대해 쟁점공제를 적용하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

마지막으로 쟁점③에 대해 살피건대, 처분청은 청구법인이 수탁재료비에 대해 경정청구하지 아니하였다는 의견이나, 감액경정청구 당시 주장하지 않았던 사항도 그 불복절차에서 새로이 주장할 수 있는 것으로서 청구법인은 당초 2014～2018사업연도 법인세 신고시 공제를 누락한 OOO원에 대하여 쟁점공제를 적용하여 줄 것을 경정청구하였고, 자체연구과제 관련 재료비 OOO원과 수탁재료비의 명세서를 조사청에 제출하였으며, 조사청은 위 자체연구과제 관련 재료비 중 OOO원을 쟁점공제의 대상으로 인정한 점, 청구법인은 쟁점방식으로 공동연구원의 자체연구개발 관련 인건비와 재료비를 산정함에 있어 수탁재료비를 용역대가에서 차감하거나 자체연구개발 관련 재료비에 가산하여야 한다고 주장하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 수탁재료비에 대한 청구는 경정청구한 법인세액의 범위 내에서 본안심리의 대상이라 하겠다.

  다만, 쟁점②에서 쟁점방식의 적용을 배제하여 공동연구원의 인건비를 쟁점공제의 적용대상이 아닌 것으로 판단한 이상 공동연구원이 지출한 수탁재료비 또한 쟁점공제의 적용대상으로 보기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.