[주 문] OOO서장이 2021.4.16. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 OOO원을 익금불산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. | |||
[이 유] | |||
1. 처분개요 가. 청구법인은 2012.2.8.부터 OOO에서 건설/주택신축판매업을 영위하는 법인사업자로, 2015년 3월부터 2018년 8월까지 OOO블럭(이하 “OOO”이라 한다)의 OOO 아파트와 2016년 4월부터 2019년 1월까지 OOO블럭(이하 “OOO”이라 한다)의 OOO 아파트(OOO과 OOO의 OOO아파트를 이하 “쟁점아파트”라 통칭한다)의 분양을 시행하였으며, 쟁점아파트의 건설 도급용역은 모두 AAA(주)(이하 “주-AAA”라 한다)로부터 공급받았다. 나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.11.26.부터 2021.1.8.까지 청구법인에 대하여 2016사업연도 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점아파트의 분양매출 및 분양원가 산정시 적용한 시공사 주-AAA의 작업진행률을 부인하고 감리단의 공정확인서상 공정률을 적용하여 각 사업연도 수입금액을 재계산하도록 하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고 처분청은 이에 따라 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 2016사업연도 소득금액에 익금산입 등을 하여 2021.4.16. 청구법인에 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 시행사인 청구법인의 작업진행률은 시공사인 주-AAA의 총 도급계약금액에서 실제 공사비 발생 누적액을 근거로 하여 산정된 것이므로「법인세법 시행령」제69조 제1항에 의한 작업진행률의 정의에 부합하는 바, 감리단의 공정확인서상 공정률을 시공사의 작업진행률에 우선하여 적용할 수 없다. (가)「법인세법 시행령」제69조 제1항은 도급공사 및 예약매출을 포함한 용역제공에 따른 각 사업연도의 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도, 즉 작업진행률을 기준으로 하여 계산하도록 규정하고, 그 위임에 따른 같은 법 시행규칙 제34조는 작업진행률은 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액 ÷ 총공사예정비’의 산식에 의하여 계산하되, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 “작업시간등”이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있도록 규정하고 있다. 상기 규정의 문언내용과 공사 등의 진행정도에 맞추어 손익을 배분함으로써 기간손익의 왜곡을 방지하려는 입법 취지 등을 종합하여 보면, 원칙적인 작업진행률은 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 총공사원가 대비 실제 당해 사업연도 말까지 목적물의 건설 등을 위하여 실제 투입된 총공사비의 누적액의 가액이 있다면 감리단 공정확인서 등에 따라 확인되는 가액보다 우선 적용하여야 하는 것이다. (나) 예약매출에 해당하는 아파트 분양사업을 하는 법인이 수급인(시공사)에게 공사의 일부 또는 전부를 도급하여 아파트를 건설하는 경우에도 법인세법 기본통칙 제40-69…1에 의하여 상기 진행률 규정을 적용하도록 되어 있으며, 이 때 도급계약과 관련하여 분자인 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액’에 포함되어야 하는 공사비는 ‘수급인의 실제 공사 진행 정도에 따라 그 법인에 사실상 지급의무가 발생한 공사비(=도급금액 × 수급인의 작업진행률)’라 할 수 있는 것이다(대법원 2014.2.27. 선고 2011두13842 판결, 참조). 청구법인이 진행률 산정시 분자에 반영한 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액’은 매달 10일 이뤄진 시공사의 청구법인에 대한 기성청구금액의 누적 합계액을 기준으로 산정하였는데, 이 때 시공사의 기성청구금액은 실제 매달 투입된 공사투입원가에 5% 이윤을 가산한 금액을 기준으로 산출한 것이다. 즉 청구법인은 매달 시공사가 제시한 인건비, 재료비 등의 공사현장별 투입원가의 금액자료를 확인하여 이를 기준으로 5%의 이윤을 가산한 금액을 기성청구금액으로 지급하였고 기성금청구 계산내역 및 시공사의 현장별 공사원가 자료와 공시 손익계산서를 대사할 경우 기성금이 실 투입원가 기준으로 청구되고 있음이 객관적으로 확인되고 있으므로 임의청구하였다는 처분청의 의견은 명백히 잘못된 것이다. (다) 조사청은 세무조사시 시공사의 실제 공사내역을 확인할 수 있는 기성청구내역을 청구법인이 제시하지 못하였다고 주장하나, 청구법인은 기성금청구서, 세부 월별 공사비용 명세서, 기성청구 공문 등의 자료를 제출(시공사는 원가발생현황을 첨부)한바 청구법인이 자료를 지연제출하여 신뢰성이 없다는 의견은 부당하고, 수분양자들의 입금은 연체이자 등의 발생을 피하기 위해 일반적으로 입주자모집공고문에 따라 미리 정해지는 계약금, 중도금(1차〜6차), 잔금 납부시기에 이루어지는 반면, 시공사의 기성금청구는 실 투입원가 기준으로 매달 이루어져서 수분양자들의 분양대금 입금시기와 기성청구시기가 일치한다는 처분청의 의견 또한 근거가 없고 단지 특수관계자 거래 등의 사유로 신뢰성 낮다는 의견만을 제시하고 있다. (2) 감리보고서에 의해 확인되는 공정률은 공정별 보할배정(가중치)에 따라서 임의성이 개입될 여지가 존재하며 동일한 건설현장에 대해서도 서로 다른 공정률이 계산될 수도 있는 등 공사투입원가 기준으로 계산한 진행률에 비하여 객관적이라 볼 수 없다. (가)「주택법」 제44조 및 같은 법 시행령 제49조는 주택 건축시 감리자는 시공자가 설계도서에 맞게 시공하였는지 여부, 설계 자재를 맞게 사용하고 있는지 여부, 시공계획․예정 공정표 및 시공도면 등을 검토하여 공정률을 산출하고 이를 사업계획승인권자 및 시행사에게 보고하도록 규정하고 있으나, 해당 공정률은 각 건축, 전기, 통신, 토목 등의 공정별로 보할을 배정하여 계산하도록 되어있으며, 감리자는 보할 공정표 상의 각 공정작업이 어느 정도 진행되었는지를 출력 인원, 장비 투입, 자재사용현황 등 전반적인 공사진척 정도를 질적 검토하여 미리 정해진 보할누계에 따라 평가하여 공정률을 산출한다. 또한, 감리단은 각 자재, 인력 별 실제 투입비용이 얼마인지에 대한 정보를 알 수 있는 위치에도 있지 않는바, 이와 같은 감리단 확인 공정률에는 누적 공사 투입원가가 반영되어 있지 않다. 이에 따라「법인세법 시행령」제69조 및 같은 법 시행규칙 제34조에서도 투입원가 기준 진행률을 감리보고서에 의한 공정률보다 우선 적용하도록 규정하고 있는 것이다. 따라서, 객관적인 자료에 의하여 공사 현장별 투입원가를 근거로 산출한 매달의 기성금청구내역을 근거로 청구법인이 진행률을 산출할 수 있음에도 감리단이 확인한 공정률을 더 객관적이고 합리적인 기준으로 보아 투입원가 기준에 우선하여 적용하여야 한다는 처분청의 의견은 투입원가 기준 진행율을 우선 적용하는 것을 규정한 법령과 배치되는 의견이다. (나) 국세청 유권해석(서면2팀-932, 2004.5.3., 법인세과-958, 2010.10.21.)에서 예약매출에 따라 시행사가 직접 부담한 누적 공사원가 이외에 시공회사의 작업진행률을 도급금액에 곱하여 산정한 금액을 합하여 계산하는 경우, 작업진행률의 의미에 대하여 동일하게 시공회사에 지급할 도급금액에 시공회사의 작업진행률을 적용하여 계산한 금액의 합계액으로 해석하여 시공사에서 산정한 작업진행률이 합리적이라면 감리단에 의한 기성고에 따른 공정률보다 먼저 적용해야 한다고 해석하고 있다. 또한, 조세심판원(조심 2011중2071, 2011.12.14.)도 납세자가 공사감리자의 감리보고서 상 공정률이 쟁점아파트 작업진행률의 가장 객관적인 근거자료이므로 이에 근거하여 분양매출 및 분양원가를 계산하였으나, 과세관청이 시공사의 작업진행률을 기준으로 재계산하여 과세한 것에 대하여 시공사의 공사비 발생액을 기준으로 산정한 작업진행률이「법인세법」상 작업진행률의 정의에 더 부합하는 방식이므로 이를 기초로 수익과 비용을 재계산하여 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단하였다. (다) 시공사의 기성청구금액 및 투입원가금액이 객관적인 자료로 입증 불가능하고 신뢰성이 없다고 판단되는 경우에는 대체적으로 감리보고서상의 공정률을 우선 적용할 수 있겠으나, 청구법인의 기성청구금액에 반영된 시공사의 공사투입원가는 객관적이며 신뢰성이 있으므로 투입원가기준 진행률을 우선 적용하는 것이 타당하다. 청구법인이 세금계산서상의 금액을 기초로 역산하여 산출한 작업진행률과 감리인 확인 공정률 간의 차이는 0.2%와 3.19%로 매우 미미하고 시공사인 주-AAA의 2016년 재무제표는 외부감사인인 OOO으로부터 ‘적정의견’을 받아 재무제표가 적정하게 작성되었음이 확인되었으며 2020년에 2015〜2016사업연도를 포함하여 OOO청장으로부터 세무조사를 받았고 그 당시 공사원가 등 진행률 산정의 왜곡을 사유로 「법인세법」상 손익귀속시기에 대한 과세처분이 발생한 바도 없다. 즉, 시공사의 공사투입원가가 기업회계기준 및 「법인세법」상 적정하게 계상되어 있다는 것에 대하여 외부회계감사 및 세무조사를 통하여 객관적인 검증절차를 거쳤다고 볼 수 있으므로 이를 기준으로 산출한 기성청구금액 및 청구법인이 반영한 누적투입원가는 객관적이고 신뢰성 있다고 볼 수 있다. 관련 법령상 공사업체가 반드시 감리인의 확인을 거쳐 세금계산서를 발행하여야 한다는 규정은 없는바, 대부분의 건설업체들이 감리단 공정에 맞는 기성청구와 청구법인과 같은 투입원가 기준 기성청구의 방식을 모두 사용하고 있으며 이는 사적자치의 원칙에 따라 각 도급인 및 수급인 간의 협의에 따라 결정할 사안이다. (3) 청구법인의 공사작업진행률 재계산에 따른 이 건 과세는 단순히 기간 귀속 차이로서 가산세 효과만 발생하고 청구법인이 인위적으로 귀속시기를 조정할만한 특별한 사유가 없었다는 사실에 비추어 처분청의 과세처분은 세금 추징을 위한 것에 해당한다. 쟁점공사의 총 공사기간은 모두 3년 이내로 2016사업연도에 과세된 분양손익금액은 기간 귀속차이로 인해 2017사업연도에 모두 손금산입되어 청구법인에게는 가산세 효과만이 발생한다. 또한, 청구법인은 주택 등 분양사업을 영위하는 회사로서 설립 이후 현재까지 쟁점공사 뿐만 아니라 다른 공사에서도 매년 동일한 방식으로 작업진행률을 산정하여 분양손익을 인식하고 있는바, 청구법인의 작업진행률 산정방식이 「법인세법」상의 규정에 맞지 않는다고 판단한다면 이는 쟁점공사만의 문제로 보기 어려운 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인과 특수관계에 있는 주-AAA의 작업진행률은 실 투입원가를 반영하였는지 여부가 불분명하고 객관적이지 않으므로 감리단의 공정률을「법인세법 시행령」제69조 제1항에 의한 객관적이고 합리적인 작업진행률로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다. (가) 청구법인과 특수관계에 있는 시공사의 작업진행률이 실 투입원가를 반영하였는지 여부는 불분명하고 객관적이지 않다.「법인세법 시행령」제69조 제1항 및「법인세법 시행규칙」제34조는 건설 착수일부터 인도일까지의 기간이 1년 이상인 경우 그 기간 동안의 손익의 귀속과 관련하여 당해 사업연도 말까지 발생한 총 공사비 누적액을 총 공사예정비로 나누어 산출한 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하고, 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 시공사가 공사원가에 작업진행률을 반영한 금액을 기성청구하였다고 주장하나, 조사 당시 확인한 바 시행사인 청구법인과 시공사의 도급계약서에 기성청구는 월 1회로 기재되어 있을 뿐 어떠한 기준에 의해 청구되어 있는지는 기재되어 있지 않아 임의청구 가능성이 있으며, 청구법인이 시공사의 기성청구 시 공정률에 의해 적절하게 계상된 금액인지 검토한 일련의 과정이 전혀 없고 청구법인과 특수관계에 있는 시공사의 기성청구금액이 작업진행률과 100% 일치한 것에 문제점이 있다고 보인다. (다) 통상적으로 시공사는 매월 기성청구 시 작업진행률이 아닌 대금청구 기준으로 세금계산서를 발행하는 것이 일반적이며 매월 작업진행률을 계상하여 기성을 청구하고 대금을 지급받는 경우가 드물어 조사 당시 청구법인에 기성청구 방식에 대해 문의한바, 발코니 확장공사의 경우 시공사의 하도급업체가 기성청구한 금액에 시공사가 일괄 마진율 5%를 더하여 청구법인에 기성청구한 것으로 진술하였으며, 기성청구 시 상대적으로 을의 위치에 있는 하도급업체가 실질 투입한 공사원가를 시공사에 청구하고 대금을 수령하였을 가능성은 매우 낮으며 시공사도 실 투입원가가 아닌 기성청구금액으로 세금계산서를 교부하였을 것이다. (라) 청구법인과 특수관계에 있는 시공사의 기성청구 시기와 기성청구금액 및 지급내역을 살펴보면 수분양자들의 분양대금 입금시기에 맞춰 기성청구가 이루어진 것으로 보여지고, 시공사의 하도급업체가 세금계산서를 발급한 시점도 용역 완료시기가 아닌 분양대금 입금시기에 맞춰진 것으로 보아 분양불공사의 형태를 띠고 있어 시공사가 작업진행률을 고려하지 않고 자의적으로 세금계산서를 발행하였다고 판단되며, 따라서 「법인세법」상 건설 등을 완료한 정도인 작업진행률이 객관적으로 반영되지 못하여 기간손익의 왜곡이 발생하는 등 합리적이지 못한 것이다. (마) 청구법인은 특수관계자인 시공사와의 일괄하도급 계약에 의해 아파트 건설을 진행하였으며 시공사의 지배력 아래에서 모든 업무가 진행되었다고 보이므로, 단순히 시공사가 발행한 세금계산서에 의해 작업진행률을 계산하고 이에 따라 실 투입원가를 산정한 것은 객관적이고 합리적이지 않다. 청구법인은 투입원가에 따라 확인된 내용으로 기성청구를 하였다며 기성청구 공문 등을 증거로 제시하고 있으나, 기성청구 공문을 보면 정상적인 공문으로 볼 수 없고(문서번호가 없고 청구법인과 시공사 공문의 담당자가 같은 사무실 옆자리 전화번호기재 등) 세무조사시 제시하지 아니하고 추후에 제출한 것은 신뢰성이 없다. (2) 감리단의 공정률은「법인세법 시행령」제69조 제1항에 의한 객관적이고 합리적인 작업진행률이다. (가) 도급공사 및 예약매출의 수익인식은 진행기준을 적용하되, 작업진행률은 공사예정원가에 대한 실제공사비의 발생비율로 하도록 규정하고 있고,「법인세법 시행령」제69조 제1항 및「법인세법 시행규칙」제34조 제1항은 작업진행률을 목적물의 건설 등을 완료한 정도로 보고, 당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액을 총 공사예정비로 나누어 작업진행률을 산정하도록 규정하고 있으므로, 시행사라 하여 위 규정과 다르게 도급약정에 따라 시공사에 대한 지급의무가 확정된 금액으로만 작업진행률을 산정할 수는 없는 것이며, 수급인의 실제 공사 진행 정도에 따라 그 법인에 사실상 지급의무가 발생한 공사비(대법원 2014.2.27. 선고 2011두13842, 참조)라 할 것이다. 이는 시공사에 지급의무가 확정된 금액(세금계산서 수취금액)이 아닌 실제 투입원가(사실상 지급의무가 발생한 공사비)를 시공사의 작업진행률로 보아야함이 타당하고, 시공사가 실제 발생한 투입원가로 매월 기성청구를 하고 대금을 수령하였는지 여부에 대해서는 조사 당시 청구법인이 협조하지 않아 확인이 불가하였으며 특수관계법인인 시공사 역시 작업진행률을 확인할 객관적인 자료 등을 제출하지 않았다. (나) 일반적인 경우 시행사는 시공사에게 공사 도급 약정을 체결할 때 세무신고에 필요한 범위 내에서 작업진행률을 통지하도록 하는 조항을 둘 수 있어 이에 따라 작업진행률을 합리적으로 산정하는 것이 가능할 뿐 아니라, 감리자를 통해 시공사의 작업진행률을 보고 받거나 감리단의 보고서를 통해 아파트의 작업진행률을 확인할 수 있다. 「주택법」제44조 및 같은법 시행령 제49조에 의하면 감리자는 시공자가 설계도서에 맞게 시공하였는지 여부, 시공계획·예정공정표 및 시공도면 등을 검토·확인하여 사업주체인 시행사에게 보고하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 시공사의 작업진행률에 대한 내역을 전혀 제시하지 못하고 있다. 또한, 기업회계기준 및「법인세법 시행규칙」제34조에서 작업진행률은 ‘당해 사업연도 말까지 발생한 총공사비 누적액 ÷ 총공사예정비’의 산식에 의하여 계산하되, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간등과 비례관계가 있고 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다고 규정하고 있다. 이 경우 기업회계기준의 실무지침에 시공주가 확인한 기성고증명은 동 기성고증명이 공사의 실제 기성부분과 부합하고, 그 기성부분에 대하여 공사대금이 청구되어 그 대금의 지급이 확정되는 등 충분히 신뢰할 수 있는 경우에 한하여 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율로 인정할 수 있음을 명시하고 있어 시공주가 확인한 기성고 증명 즉, 건설과정에서 일정기간 필요한 만큼의 원자재를 구입하고 이의 투입내용의 적정성을 검증하기 위해 존재하는 감독기관인 감리단의 공정률이 객관적인 작업진행률 산정에 적합하다고 판단된다. 조사청이 관내 건설업계의 기성청구내용과 세금계산서 발행 내역 등을 검토한 바, 99%의 업체는 공사내용에 대한 감리업체의 확인을 거쳐 확정된 내용에 따라 세금계산서를 발행하고 공사대금을 청구하고 있는바, 청구법인만 투입내역이 확정되지 않은 매입세금계산서 등을 토대로 작업진행률을 계산한 것은 작업 진행 정도에 따라 익금과 손금을 계산하고자 하는 법리를 오인한 잘못이 있다고 판단된다. (다) 청구법인이 기성지급 시 공정률 검토 및 확인 없이 실제 투입비용으로 계산하였다고 주장한 시공사의 작업진행률은 신뢰도가 낮고 자의성이 크므로 시공사나 시행사가 인정할 수 있는 보다 합리적이고 객관적인 감리단의 공정률을 작업진행률로 계산하는 것이 타당하다. 주-AAA의 2016년 재무제표가 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따라 외부감사인으로부터 적정의견을 받았다는 것은 기업회계기준에 따른 회계처리가 중요성의 원칙에 위배되지 않을 정도를 의미하는 것이고 회계의 목적은 기업외부의 정부 이용자들에게 의사결정을 하는데 유용한 정보를 제공하는 것으로 감사의견이 적정하다하여 시공사의 공사손익 관련 「법인세법」상 귀속기시에 왜곡이 없다고 단정할 수 없다. (3) 단순 기간 귀속 차이로 가산세 효과만 발생한다고 하여 세법에서 정한 손익의 귀속 시기를 무시한 결정을 할 수 없다. 「법인세법 시행령」 제82조 제5항에 의하여 세무조정계산서를 작성하는 경우 각 사업연도 소득계산에 관련한 세법의 규정에 따라 적법하게 작성하여야 하는 것으로 단순 기간 귀속 차이만 발생한다고 하여 기간귀속에 따른 세무조정을 하지 않아도 된다는 것을 의미하지 않는다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 분양매출 및 분양원가 산정 시 적용한 ‘시공사의 작업진행률’을 부인하고 ‘감리단의 공정률’을 적용하여 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 주-AAA는 BBB 주식회사의 계열사이며 각각 OOO 아파트 시행과 시공을 주업으로 하고 있는바, 사업자 기본사항내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인과 주-AAA의 기본사항내역 OOO 주」조사당시 OOO에 소재지를 두었고 2020년 10월경 현소재지로 이전함 (2) 청구법인에 대한 2016〜2017사업연도 법인세 경정내역은 아래 <표2>와 같은바, 2016사업연도에는 쟁점금액을 포함하여 증액경정하고 2017사업연도에는 쟁점금액을 감액경정하였다. <표2> 2016〜2017사업연도 법인세 경정내역 (단위 : 백만원) OOO (3) 처분청이 쟁점아파트와 관련하여 청구법인의 2016사업연도 매출액을 재계산한 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점아파트 관련 매출액 계산내역 (단위 : 백만원, %) OOO (4) 청구법인이 시공사와 체결한 쟁점아파트 관련 도급계약서의 주요내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점아파트 도급계약 주요 내용 (단위 : 백만원) OOO 주1」 OOO원 → OOO원으로 계약금액 변경 주2」 OOO원 → OOO원 →OOO원 →OOO원으로 계약금액 변경 (5) 2016년 사업연도에 대한 분양매출 및 분양원가를 산정함에 있어 분양예정가액 및 청구법인의 투입원가 등에는 청구법인과 처분청 간의 이견이 없으나, 투입원가를 계산하는 시공사의 작업진행률에 대해 이견이 있는바, 청구법인은 작업진행률에 대하여「법인세법 시행령」제69조 제1항 및「법인세법 시행규칙」제34조에 따른 시공사의 작업진행률을 적용하였다고 주장하고 처분청은「법인세법 시행령」제69조 제1항에 의한 작업진행률은 감리단의 공정확인서상 공정률을 적용하여 산정해야 한다는 의견이다.
(가) 구체적으로 청구법인과 처분청의 OOO 분양매출손익 계산 내역은 아래 <표5>와 같은바, 분양 매출액의 산정을 위한 시공사 투입원가와 관련하여 청구법인은 시공사의 누적 투입원가를 기준으로 산정한 작업진행률(19.09% = 2016사업연도 말 총공사비누적액 OOO원 / 총 공사예정액 OOO원)에 공사도급금액(OOO원)을 곱하여 산정한 반면, 처분청은 감리자[(주)CCC]의 공정확인서상 2016.12.31. 현재 누계 공정률(22.33%)에 공사도급금액을 곱하여 산정하였다. <표5> OOO 분양매출손익 산정내역 (단위 : 백만원, %) OOO (나) 청구법인과 처분청의 OOO 분양매출손익 계산 내역은 아래 <표6>과 같은바, 분양 매출액의 산정을 위한 시공사 투입원가와 관련하여 청구법인은 시공사의 누적 투입원가를 기준으로 산정한 작업진행률(53.91% = 2016사업연도 말 총공사비누적액 OOO원 / 총 공사예정액 OOO원)에 공사도급금액(OOO원)을 곱하여 산정한 반면, 처분청은 감리자[(주)DDD]의 공정확인서상 20016.12.31. 현재 누계 공정률(54.24%)에 공사도급금액을 곱하여 산정하였다. <표6> OOO 분양매출손익 산정내역 (단위 : 백만원, %) OOO (6) 처분청은 관내 건설업계의 기성청구내용과 세금계산서 발행 내역 등을 검토한 결과, 99%의 업체는 공사내용에 대한 감리업체의 확인을 거쳐 확정된 내용에 따라 세금계산서를 발행하고 공사대금을 청구하고 있다는 증빙으로 ㈜EEE, ㈜FFF, ㈜GGG 등의 기성청구내역 등을 제출하였으며, 조사청은 이 건 법인통합조사 당시 쟁점아파트 분양수익이 위 <표5>, <표6> 기재 금액과 같이 과소신고되었다는 취지의 확인서를 청구법인으로부터 제출받았다. (7) 시공사 작업진행률의 신뢰성 등과 관련한 처분청의 의견에 대하여 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 주-AAA이 청구법인에게 OOO은 2016년 7월부터 2017년 1월까지 총 7회에, OOO은 2015년 6월부터 2017년 1월까지 총 20회에 걸쳐 기성금을 청구하였고 매달의 실제 발생 공사원가에 5%의 이윤을 가산하여 기성청구를 하였다고 주장하며 기성청구내역과 쟁점공사의 실제 발생원가가 반영된 현장별공사원가 자료를 아래 <표7>과 같이 제출하였는바, 현장별공사원가는 2016년 주-AAA의 공시된 손익계산서 분양원가 금액과 일치하고 주-AAA로부터 수취한 세금계산서 및 계산서 내역과 일치하는 것으로 확인된다. <표7> 주-AAA의 기성청구내역 (단위 : 백만원) OOO 주1」실제 발생원가와 청구원가의 차이는 청구 시점(매달 10일 부근)과 매달 말의 시점 차이, 매 분기 말 매입세액 불공제 건을 정산하는 등의 사유로 일부 차이가 발생함 주2」해당 기성청구금액은 시공사 세금계산서 발행내역의 발행금액 (나) 처분청이 하도급업체가 시공사에 실제 투입원가를 기준으로 대금청구를 하지 않았을 것이라는 의견을 제시한 것에 대하여 청구법인은 시공사의 하도급업체인 ㈜HHH 및 ㈜III가 누적발생원가 기준으로 기성청구하였다는 취지의 증빙(하도급업체의 청구내역)을 제시하였으며, 시공사의 기성청구가 분양대금 입금시기에 맞춰 이루어졌고, 하도급업체가 시공사에 세금계산서를 발급한 시점도 이에 맞춰졌으므로 시공사가 작업진행률을 고려하지 않고 자의적으로 세금계산서를 발급했을 가능성이 높다는 의견에 대하여 청구법인은 아래 <표8>과 같이 2016년 쟁점공사에 대한 청구시점 비교자료를 제시하였다. <표8> 2016년 쟁점공사 기성청구와 관련 분양대금의 입금시점 비교 OOO (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 시공사의 작업진행률보다는 감리단의 공정률에 의하여 작업진행률을 재계산하여 과세한 것은 정당하다는 의견이나, 법인세 부과처분 취소를 구하는 쟁송에서 그 부과처분의 적법성과 과세표준금액 등 과세요건사실의 존재에 관하여는 과세관청이 입증책임을 부담하는 것인바, 처분청은 청구법인과 주-AAA와의 특수관계, 그에 따른 주-AAA 작업진행률의 실제 원가 반영여부의 불분명, 다른 업체의 세금계산서 발행 혹은 기성청구 현실 등 정황적 사실을 제시할 뿐 동 법인에 대한 세무조사 등을 통하여 작업진행률의 오류 시정 등 주장을 뒷받침할 객관적 증빙을 제출하지 못하고 있는 점, 오히려 청구법인이 제출한 자료에 의하면 주-AAA의 현장별공사원가는 동 법인의 공시자료나 관련 세금계산서 등 내역과 일치하는 등 달리 잘못이 있다고 보기 어려운 점, 감리자의 공정확인서는 감리자의 업무(곧, 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인 등「주택법」제44조 소정의 감리자의 업무)를 수행하기 위하여 작성된 것으로 그에 따른 공정률이「법인세법 시행령」제69조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1항 제1호 소정 작업진행률을 완벽히 대체한다고 볼 수도 없으며, 이 건의 경우 실제 양자의 차이도 크지 아니하므로 이를 이유로 청구법인이 제출한 작업진행률을 부인하기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 감리단의 공정률 등에 근거하여 쟁점아파트 관련 작업진행률 등을 재계산하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 법인세법 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. (3) 법인세법 시행규칙 제34조(작업진행률의 계산 등) ① 영 제69조 제1항 본문에서 “건설등을 완료한 정도”란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다. 1.건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 “작업시간등”이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간 등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.
2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율 ② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다. ③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 1. 익금
2. 손금 당해사업연도에 발생된 총비용 (4) 주택법 제44조(감리자의 업무 등) ① 감리자는 자기에게 소속된 자를 대통령령으로 정하는 바에 따라 감리원으로 배치하고, 다음 각 호의 업무를 수행하여야 한다. 1. 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인 2. 시공자가 사용하는 건축자재가 관계 법령에 따른 기준에 맞는 건축자재인지 여부의 확인 3. 주택건설공사에 대하여 「건설기술 진흥법」 제55조에 따른 품질시험을 하였는지 여부의 확인 4. 시공자가 사용하는 마감자재 및 제품이 제54조제3항에 따라 사업주체가 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출한 마감자재 목록표 및 영상물 등과 동일한지 여부의 확인 5. 그 밖에 주택건설공사의 시공감리에 관한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항 ② 감리자는 제1항 각 호에 따른 업무의 수행 상황을 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 사업계획승인권자(제66조 제1항 또는 제2항에 따른 리모델링의 허가만 받은 경우는 허가권자를 말한다. 이하 이 조, 제45조, 제47조 및 제48조에서 같다) 및 사업주체에게 보고하여야 한다. (5) 주택법 시행령 제49조(감리자의 업무) ① 법 제24조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 업무를 말한다. 1. 설계도서가 해당 지형 등에 적합한지에 대한 확인 2. 설계변경에 관한 적정성 확인 3. 시공계획ㆍ예정공정표 및 시공도면 등의 검토ㆍ확인 4. 국토교통부령으로 정하는 주요 공정이 예정공정표대로 완료되었는지 여부의 확인 5. 예정공정표보다 공사가 지연된 경우 대책의 검토 및 이행 여부의 확인 6. 방수ㆍ방음ㆍ단열시공의 적정성 확보, 재해의 예방, 시공상의 안전관리 및 그 밖에 건축공사의 질적 향상을 위하여 국토교통부장관이 정하여 고시하는 사항에 대한 검토ㆍ확인 ※ 참고 : 법인세법 기본통칙 40-69…1(아파트등을 분양하는 경우의 손익귀속시기) ① 주택・상가 또는 아파트 등의 예약매출로 인한 익금 또는 손금의 귀속사업연도는 영 제69조를 적용한다. 40-69…3(작업진행률을 계산하는 경우 총공사비의 범위) 규칙 제34조에 따라 작업진행률을 계산하는 경우에 있어서 “총공사비”라 함은 해당 공사원가의 구성요소가 되는 재료비, 노무비, 기타 공사경비를 말한다. 40-69…7(아파트 등을 분양하는 경우의 작업진행률 계산) ① 주택・상가 또는 아파트 등의 예약매출로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도를 영 제69조 제1항에 따른 작업진행률에 의하는 경우에 해당 아파트 등의 부지로 사용될 토지의 취득원가는 규칙 제34조에 따른 작업진행률 계산 시 산입하지 아니한다. ② 제1항의 토지 취득원가는 동항의 규정에 의하여 계산된 작업진행률에 의하여 안분하여 손금에 산입한다. |
