주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 12. 18. 원고에게 한 양도소득세 경정청구(양도소득세 195,614,981원을 환급해달라는 청구) 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 모 C는 ○○ ○○○구 ○○동 000-00 대 000㎡ 중 000/0000 지분, 같은 동 000-00 대 000㎡, 위 토지 지상 건물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다) 등을 보유하던 중 2019. 1. 3. 사망하여, 원고가 이 사건 각 부동산 등을 상속하였다.

나. 원고는 2019. 7. 30. D세무서장에게 이 사건 각 부동산 등에 관한 상속세과세가액표준신고 및 자진납부계산서를 제출하였다.

원고는 이 사건 각 부동산에 관한 평가가액을 409,000,000원(313,000,000원 + 96,000,000원)으로 기재하여 이 사건 각 부동산을 포함한 총 상속재산가액 506,256,031원에서 상속세 및 증여세법 제14조에 따른 공제금액 6,982,160원을 공제한 499,273,871원을 상속세 과세가액으로 기재한 다음, 위 금액에서 상속공제액 500,000,000원을 공제 후 납부할 상속세가 0원이라고 신고하였다.

다. 원고는 2020. 9. 7. 주식회사 E에 이 사건 각 부동산을 1,011,000,000원에 매도한 후 2020. 9. 22. 주식회사 E 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

라. 원고는 2020. 11. 2. 피고에게 이 사건 양도와 관련한 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하면서, 이 사건 각 부동산의 취득가액을 225,990,978원(매입가액 216,048,000원 + 취득세 9,942,978원), 양도가액을 1,011,000,000원으로 기재한 후, 그에 따른 양도소득세가 293,253,789원이라고 신고하였다.

마. 원고는 이 사건 각 부동산에 대해 감정평가법인으로부터 상속개시 당시의 시가로 소급하여 감정을 받은 690,960,000원을 이 사건 부동산의 취득가액으로 경정하여 양도소득세 195,614,981원을 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 12. 18. 이를 거부하는 내용의 통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 피고의 주장

피고는 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되고 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 소득세법 시행령’이라 한다) 제163조 제9항 본문(이하 ‘개정 후 규정’이라 한다)에 의해 이 사건 처분을 한 것으로 처분사유를 변경한다.

2) 원고의 주장

개정 후 규정은 모법의 위임을 벗어난 것으로 효력이 없고, 이 사건 양도와 관련하여서는 적용될 수 없다. 따라서 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제163조 제9항 본문(이하 ‘개정 전 규정’이라 한다)을 적용하여야 하므로, 위법한 이 사건 처분의 취소를 구한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 처분사유 변경의 적법 여부 (적법)

과세처분 취소소송에서의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 과세표준 및 세액의 객관적 존부이고, 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지 그 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침하기 위하여 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분사유를 교환‧변경할 수 있다(대법원 2002. 3. 12. 선고 2000두2181 판결 참조). 한편 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사‧확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적‧절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 참조).

피고는 이 사건 소송 계속 중인 2021. 7. 20.자 답변서를 통하여 처분사유를 변경하였다. 이 사건 처분은 ‘이 사건 각 부동산에 관한 양도차익을 계산함에 있어 필요경비로 공제되는 취득가액을 감정법인에 의한 감정가액으로 인정하여 양도소득세를 감액 경정해 달라’는 청구에 대한 거부처분이므로, 이 사건 소송의 심판 대상은 원고가 작성한 양도소득 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 소송 계속 중 처분사유를 변경한 것은 그 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침하기 위하여 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분사유를 변경한 것으로 적법하다.

라. 개정 후 규정의 효력 여부 (유효)

1) 구 소득세법 (2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라고 한다) 제97조 제1항 제1호 가목은 양도차익 계산에 있어서 필요경비로 공제되는 취득가액이란 그 자산 취득 당시의 실지거래가액을 의미한다고 규정하면서, 같은 조 제5항은 ‘취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있다.

개정 전 규정은 상속받은 자산에 대하여 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목을 적용할 때에는 ‘상속개시일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액’을 취득 당시의 실지거래가액으로 의제하도록 규정하고 있었다.

그런데 개정 후 규정은 상속받은 자산에 대하여 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목을 적용할 때에는 개정 전 규정과 같이 ‘상속개시일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액’을 취득 당시의 실지거래가액으로 의제하되, ‘상속세 및 증여세법 제76조에 따라 세무서장 등이 결정‧경정한 가액이 있는 경우에는 그 결정‧경정한 가액’을 취득 당시의 실지거래가액으로 의제하도록 규정을 일부 개정하였다. 소득세법 시행령 부칙(2020. 2. 11. 법률 제30395호) 제1조, 제2조 제2항에 따르면 개정 후 규정은 2020. 2. 11. 이후 양도하는 분부터 적용한다.

2) 원고는 개정 후 규정이 모범의 위임을 벗어난 것이어서 효력이 없다고 주장하나, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 개정 후 규정은 유효하다고 봄이 타당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 구 소득세법 제97조 제5항은 ‘취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있는데, 개정 후 규정은 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목에 따라 상속 또는 증여받은 자산에 대하여 양도가액에서 공제할 필요경비인 취득가액을 산정하는 구체적 기준을 정한 것으로 같은 조 제5항의 위임범위에 포함된다.

② 개정 후 규정은 구 상속세 및 증여세법 제76조에 따라 세무서장 등이 결정‧경정한 가액이 있는 경우 이를 양도차익 계산에 있어 필요경비로 공제되는 취득가액과 일치하도록 정하고 있다. 이는 상속세 및 증여세 신고‧납부시에는 상속‧증여재산의 가액을 신고하지 않거나 낮은 기준시가로 신고한 후 양도소득세 신고‧납부시에만 소급감정 등을 통하여 상속‧증여재산의 가액을 높이는 방법으로 양도소득세의 부담을 회피하는 것을 막고, 세액 산정의 일관성을 유지하기 위한 것으로 목적의 정당성을 인정할 수 있다.

마. 개정 소득세법 시행령 시행 전 상속세 신고를 한 경우에도 개정 후 규정이 적용되는지 여부 (적극)

1) 원고는 ‘개정 소득세법 시행령이 시행 후 상속인이 상속자산에 관하여 기준시가 등을 저가로 신고하여 상속세를 납부한 다음에 세무서장에 의한 상속세 가액결정이 있고, 그 후로 양도소득 산정시 소급감정평가액을 취득가액으로 신고납부하는 경우에야 비로소 적용된다고 해석하여야 하고, 그렇게 해석하지 않는다면 개정 소득세법 시행령 시행 전 상속세 신고를 한 원고의 기득이익을 침해하는 것이어서, 이 사건 양도에는 개정 전 소득세법 시행령이 적용되어야 한다’는 취지의 주장을 한다.

2) 소급과세금지의 원칙은 조세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다는 원칙을 의미하는 것이므로(국세기본법 제18조 제2항), 세법이 제정되거나 개정된 후에 조세를 납부할 의무가 성립한 경우에는 이 원칙이 적용될 여지가 없다(대법원 1989. 9. 29. 선고 88누11957 판결 등 참조).

양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건과 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 등 참조).

3) 살피건대, 소득세법 시행령 부칙(2020. 2. 11. 법률 제30395호) 제1조, 제2조 제2항에 따르면 개정 후 규정은 2020. 2. 11. 이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정되어 있고, 이 사건 양도로 인한 양도소득세는 원고가 이 사건 양도를 함으로써 비로소 성립되는 것이어서, 이 사건 양도 전 이미 시행된 개정 후 규정이 적용되는 것이 명백하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

바. 세무서장에 의한 상속세 결정·경정한 가액이 있는 경우인지 여부 (적극)

1) 원고는, ‘개정 후 규정에 의하더라도 세무서장 등이 결정·경정한 가액이 존재하여야 하고, 이를 관련 규정에 의한 통지절차를 거쳐야 위 규정이 적용되는데, 원고에게는 이러한 절차가 이루어지지 아니하였으므로, 이 사건 양도에는 개정 후 규정이 적용되지 아니한다’는 취지로 주장한다.

2) 앞서 든 증거와 을 제2, 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들을 종합하면, 이 사건 각 부동산의 취득가액과 관련하여서는 ‘세무서장이 결정·경정한 가액이 있는 경우’에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

① 원고는, 을 제2호증(상속세결정결의서)이 상속세 및 증여세 사무처리규정에 맞지 않게 작성된 점에 비추어, 이는 이 사건 소송을 위해 조작된 것이어서 이를 증거로 사용할 수 없다고 주장한다. 그러나 상속세 및 증여세 사무처리규정은 상속세와 증여세 업무 전반에 관한 사무처리의 기준에 관한 국세청장의 훈령이어서, 법규의 성질을 갖는 것으로 볼 수 없고, 국세청장이 국세청 내부의 직권행사를 지휘하고 직무에 관하여 명령하기 위하여 발하는 행정조직 내부에 있어서의 명령에 불과하다. 따라서 설령 원고의 주장대로 을 제2호증이 상속세 및 증여세 사무처리규정에 맞지 않는 방식으로 작성되었다고 하더라도, 그러한 사유만으로는 을 제2호증이 조작된 것이라고 볼 수는 없다.

② 한편 원고는 을 제2호증을 통지받지 못했기 때문에, 세무서장이 결정·경정한 가액이 있더라도 이에 관하여 외부적인 효과가 발생하지는 않는다고 주장하나, 피고는 이 사건 소송 계속 중 을 제2호증을 원고에게 등기로 송달한 사실이 인정된다. 뿐만 아니라, 원고가 2020. 11. 2. 제출한 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서의 양도소득금액계산명세서의 이 사건 각 부동산 취득가액란에 225,990,978원(매입가액 216,048,000원 + 취득세 9,942,978원)이라고 기재하였는데, 위 216,048,000원은 을 제2호증의 재산평가명세서 중 이 사건 각 부동산에 관한 평가액의 합계(153,000,000원 + 63,048,000원)와 동일하여, 원고는 2020. 11. 2. 이전에 이미 세무서장이 이 사건 각 부동산에 관한 결정·경정한 가액이 존재하였음을 알고 있었던 것으로 보인다.

사. 소결론

개정 소득세법 시행령 제163조 제9항 본문을 적용한 이 사건 처분은 정당하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.