[주 문]

OOO서장이 2021.7.7. 청구법인에게 한 2014년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.2.24.부터 OOO에서 대안학교를 운영하는 사업자로, 제공한 교육용역을 부가가치세 면제대상으로 보아 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.

나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구법인이 주무관청으로부터 인가를 받지 아니한 교육용역을 제공하였으므로 부가가치세 면제대상이 아니라고 감사지적을 하자, 이에 따라 처분청은 2021.7.7. 청구법인에게 2014년 제1기 부가가치세 OOO원(무신고가산세 OOO원과 납부불성실 가산세 OOO원 포함)을 결정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.7. 이의신청을 걸쳐 2021.12.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 주무관청으로부터 실제 지휘감독을 받고 있으므로 허가 또는 인가를 받은 것으로 보아 부가가치세 면세사업자로 보아야 한다.

  (가) 청구법인은 대표이사인 aaa이 2008.12.1.부터 부가가치세 면제 개인사업자 등록하여 사업을 영위하다가, 2012.2.24. 법인사업자로 변경하면서 체계적인 학교로 정착하기 위하여 교육청에 대안학교 설립인가 절차를 준비하기 위하여 알아 보았다.

  그러나 인가를 받기 위해서는 대안학교의 교사(교실, 도서실 등 교수ㆍ학습활동에 직ㆍ간접적으로 필요한 시설물) 및 교지(교사용 대지와 옥외체육장용 대지를 합한 용지)는 해당 대안학교를 설립․경영하는 자의 소유이어야 하나, 청구법인은 설립당시 학교시설물을 임차하고 있었고, 교사 및 옥외체육장 기준면적 요건을 충족하기 어려워 고민하던 중에 당시 교육청 담당직원이 ‘인가절차가 까다로우니 인가받지 말고 그냥 운영하는 것이 낫지 않냐’고 하여 인가절차 없이 대안학교를 운영하게 되었다

  (나) 청구법인은 정식인가를 받지 않았지만 주무관청인 교육청과 OOO청으로부터 실태조사 및 안전점검, 진로진학상담계획알림, 교육시설조사 등 설립시점부터 10여년 동안 계속하여 공문 및 지침을 하달받는 등 주무관청으로부터 실제 지휘 감독을 받고 있었다.

  청구법인이 10여년 동안 주무관청으로부터 계속 관리․감독을 받으면서 공문을 받아왔고, 현재 보관하고 있는 공문 내용은 아래 <표1>과 같으며, 이 외에도 실제 주무관청으로부터 수령한 공문이 더 있으나 보관하지 못하여 제출하지 못할 뿐이다.

<표1> 주무관청으로부터 수령한 공문서 중 보관내역 현황

◯◯◯

  (다)「부가가치세법 시행령」제36조에 따른 “주무관청의 허가 또는 인가”라 함은 관련법령에 의하여 시설, 교습과정, 정원 등에 대한 일정한 자격을 갖추어 주무관청으로부터 그 설립이 허용되는 경우로서 형식적인 허가 및 인가 등이 없었다 하더라도 실제 지휘․감독을 받은 사실이 있는 때에는 정부의 허가 또는 인가를 받은 것으로 보는 것이고(국세청 부가46015-681, 1997.3.28. 참조),「국세기본법」제14조 제2항에 따라 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

  현재 전국적으로 미인가 대안학교가 점점 증가하는 추세이고 그 중 OOO 지역의 미인가 대안학교가 96건 정도로 제일 많은 상황이며,「대안학교의 설립․운영에 관한 규정」에서 정한 대안학교의 설립․운영에 필요한 교사․교지 임대 미허용 등 설립기준, 교원, 교육과정 등의 인가요건을 맞추기 어려워 인가받지 않고 운영하는 미인가 대안학교가 대다수이다.

  (라) 학생의 다양한 교육기회보장과 학습권 보호, 대안교육기관의 내실 있는 운영을 위하여 2021.1.12. 대안교육기관에 관한 법률이 공포되어 1년 후 부터 시행되는데, 이는 현 법률의 문제점을 보완하여 현재 까다로운 인가절차에서 등록절차로 변경하는 것이다.

  결국 정부에서도 현 대안학교의 설립인가규정에 문제점이 있음을 인지하고 등록절차로 변경된 법률을 공포하였는바,「부가가치세법」상 교육용역의 부가가치세 면제대상을 판단할 때, 형식적인 인가절차가 아닌 실질적으로 주무관청으로부터 지휘․감독을 받고, 학생들에게 올바르게 교육용역을 제공하는지를 기준으로 판단하여야 한다.

 (2) 이 건 부과처분은「국세기본법」제15조에 따른 신의성실의 원칙을 위배하였다.

  (가) 청구법인은 관할세무서장으로부터 2012년 2월 개업시 면세법인 사업자등록증을 교부받았고, 현재 이 건 부가가치세 부과처분되기 전까지 단 한 번도 부가가치세 납세에 대한 안내, 지도 및 부가가치세 부과처분을 받은 사실이 없다. 더구나, 2018.2.26.부터 2018.3.27.까지 청구법인의 2012〜2015사업연도에 대한 법인통합 세무조사를 받았을 때에도 현금매출 일부누락과 경비 손금불산입에 따른 법인세와 소득세 과세만 있었을 뿐이고,「부가가치세법」상 교육용역의 면세에 해당되지 않는다는 부가가치세 과세대상여부에 대하여 언급된 내용이 전혀 없었다.

  이와 같이 청구법인의 교육용역제공에 대하여 부가가치세 과세를 하지 않은 것은 청구법인의 교육용역제공이 부가가치세 면제라는 공적인 견해를 묵시적으로 표명한 것이다.

  (나) 청구법인이 세무조사를 받고 3년이나 지난 시점에 대법원판례를 근거로 갑자기 7년 전으로 소급하여 2014년 제1기 부가가치세를 신고하지 아니하였다고 하여 과세한다는 것은 동일한 처분청에서 행하여지는 지극히 모순되고, 그 동안의 과세관청에 대한 신뢰와 신의를 저버리는 행위이다.

  (다) 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 명시적 또는 묵시적으로 이루어짐을 요하나, 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있는 것이므로, 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(OOO 판결 참조). 결국 청구법인이 그동안 신뢰한 처분청의 견해표명에 반하여 이 건 부가가치세를 과세함에 따라 청구법인의 이익이 침해되는 결과를 초래하였으므로 「국세기본법」상 신의성실의 원칙을 위배하였다.

 (3) 설령 백번 양보하여 부가가치세 과세를 하더라도 최소한 가산세 부과는 취소되어야 한다.

  (가) 이 건 부가가치세 고지내역을 보면 납부할 본세는 OOO원인데, 무신고가산세와 납부불성실가산세 합계가 OOO원이나 포함되어 있다. 이는「국세기본법」상 부과제척기간 7년이 임박한 상태에서 납부불성실가산세 OOO원을 과세한 것으로 계속 부가가치세 면제사업자임을 인지하고 있던 청구법인이 부가가치세를 신고하지 않았다는 이유로 이처럼 고액의 가산세를 포함하여 부과하는 것은 청구법인에게만 책임을 전가시키는 너무나 가혹한 처분이다.

  (나) 대법원은 일종의 행정상 제재인 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(OOO 판결 참조). 조세심판원도 과세관청이 세법의 해석에 있어서 확실한 견해를 가지지 못하고 오락가락한 경우에는 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 가산세를 부과할 수 없다고 결정(조심 2008서2978, 2010.4.16. 참조)한 바가 있다.

  (다) 청구법인은 개업부터 2018년 세무조사를 거쳐 계속 부가가치세 면제사업자로 인지하고 그 동안 처분청의 견해표명을 신뢰하면서 법인세와 원천세 등 성실하게 신고 납부하여 왔으나, 갑작스럽게 7년전인 2014년 제1기분부터 부가가치세가 부과되었는데, 이는 청구법인이 부당한 의도를 갖고 세법을 자의적으로 해석하여 납세자의 의무를 게을리하여 발생하는 의무해태를 탓할 수 없는 것이다

나. 처분청 의견

   (1) OOO에 청구법인의 대안학교 인․허가 여부를 확인한 바에 의하면, 청구법인은 대안학교로 인가받은 사실이 없다고 회신하였으므로 청구법인이 제공한 교육용역은 부가가치세 과세대상이다.

  (가) 청구법인은 대안학교로 승인을 받지 못하였다고 하더라도 실제 주무관청으로부터 지휘․감독을 받았으므로 부가가치세 면제대상이라고 주장하나, 청구법인이 제출한 공문의 내용은 OOO에서 발송한 교육 실태조사건(학생수, 교원수 등),OOO에서 발송한 진로진학 설명회, 안전점검 및 코로나19 확산 방지에 따른 방역 수칙의 공문으로, 이는 관리감독의 내용이 아닌 일반적 절차준수 및 권고 사항 등으로 실제 지휘․감독의 범위에 포함되는 것으로 볼 수 없다.

  (나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이지 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하므로(OOO 판결 참조), 부가가치세는 일반 소비세로서 모든 재화 및 용역에 과세하는 것을 원칙으로 하고 있고, 다만 이러한 원칙의 예외로서 사회․문화․공익상의 정책적 목적을 달성하기 위하여 일정한 경우에만 부가가치세를 면제하고 있으므로 면세대상 용역의 공급 등에 관하여는 일반적인 조세법상의 열거주의의 규정에서와 마찬가지로 엄격하고 제한적으로 해석되어야 한다.

   따라서 승인을 받지 아니한 교육용역은 부가가치세 면제대상으로 볼 수 없고, 청구법인이 제공한 교육용역이 면세에 해당한다는 것의 입증책임이 청구법인에게 있으나 이에 대한 입증을 하지 못하고 있으므로 이 건 부가가치세 부과처분은 잘못이 없다.

 (2) 사업자등록은 과세관청에서 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보케 하려는 데 입법취지가 있는 것으로 이는 단순한 사업사실의 신고이며 사업자가 관할세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것으로 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록 사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것으로, 과세관청이 납세의무자에게 부가가치세 면제사업자용 사업자등록증을 교부하였다고 하더라도 청구법인이 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 없다(OOO 판결 참조).

  또한 청구법인은 처분청이 2018.2.26.부터 2018.3.27.까지 실시한 청구법인에 대한 법인세 통합조사 결과 부가가치세 과세를 하지 않은 것이 청구법인의 교육용역 제공이 부가가치세 면제라는 공적인 견해를 묵시적으로 표명한 것에 해당한다고 주장하나, 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명이 있어야 하고, 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청이 그 사항에 대해 과세할 수 있음을 알면서도 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하나, 청구법인에 대한 세무조사시 부가가치세 과세를 하지 않았다는 이유로 면세 대상이라고 견해 표명을 한 것으로 볼 수 없다(OOO 판결 및 OOO 판결 참조).

  (3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되는 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 정당한 사유가 있는 경우 부과할 수 없는 것(OOO 판결)으로, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없고(OOO 판결 참조), 면세사업자 등록을 이유로 청구법인이 가산세 면제 요건인 정당한 사유가 있는 것으로도 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 청구법인이 제공한 교육용역이 부가가치세 면제대상인지 여부

 ② 이 건 부가가치세 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되었다는 청구주장의 당부

 ③ 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등

 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

 제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」, 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액(이하 “산출세액등”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 과세표준 신고(「소득세법」 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)를 하지 아니한 자가 「소득세법」 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자(이하 “복식부기의무자”라 한다) 또는 법인인 경우에는 각각 제1호 또는 제2호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 가산세로 하고, 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항, 제49조 제1항 및 제67조에 따른 신고를 하지 아니한 경우로서 같은 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 영세율이 적용되는 과세표준(이하 “영세율과세표준”이라 한다)이 있는 경우에는 제4호에 따른 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

4. 부가가치세: 「부가가치세법」에 따른 납부세액

 제47조의4(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 (2) 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 (3) 부가가치세법 시행령 제36조(면세하는 교육 용역의 범위) ① 법 제26조 제1항 제6호에 따른 교육 용역은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 등에서 학생, 수강생, 훈련생, 교습생 또는 청강생에게 지식, 기술 등을 가르치는 것으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 학교, 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 또는 그 밖의 비영리단체

2. 「청소년활동진흥법」 제10조 제1호에 따른 청소년수련시설

3. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제25조에 따른 산학협력단

4. 「사회적기업 육성법」 제7조에 따라 인증받은 사회적기업

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 학원에서 가르치는 것은 법 제26조 제1항 제6호에 따른 교육 용역에서 제외한다.

1. 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」 제10조 제1항 제2호의 무도학원

2. 「도로교통법」 제2조 제32호의 자동차운전학원

 (4) 초․중등교육법(2014.1.28. 법률 제12338호로 일부 개정된 것) 제60조의3(대안학교) ① 학업을 중단하거나 개인적 특성에 맞는 교육을 받으려는 학생을 대상으로 현장 실습 등 체험 위주의 교육, 인성 위주의 교육 또는 개인의 소질ㆍ적성 개발 위주의 교육 등 다양한 교육을 하는 학교로서 각종학교에 해당하는 학교(이하 “대안학교”라 한다)에 대하여는 제21조 제1항, 제23조 제2항ㆍ제3항, 제24조부터 제26조까지, 제29조 및 제30조의4부터 제30조의7까지를 적용하지 아니한다.

② 대안학교는 초등학교ㆍ중학교ㆍ고등학교의 과정을 통합하여 운영할 수 있다.

③ 대안학교의 설립기준, 교육과정, 수업연한, 학력인정, 그 밖에 설립ㆍ운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (5) 대안학교의 설립․운영에 관한 규정(2013.3.23. 대통령령 제24423호로 일부 개정된 것) 제3조(시설ㆍ설비기준) ① 대안학교의 설립ㆍ운영에 필요한 시설ㆍ설비기준은 다음 각 호와 같다.

1. 안전ㆍ방음ㆍ환기ㆍ채광ㆍ소방 및 배수 등의 면에서 교수ㆍ학습에 적합한 교사[교사(교실, 도서실 등 교수ㆍ학습활동에 직ㆍ간접적으로 필요한 시설물을 말한다)]

2. 배수가 잘 되는 옥외체육장

3. 학생의 통학에 지장이 없는 곳에 위치한 교지[교지(교사용 대지와 옥외체육장용 대지를 합한 용지를 말한다)]

4. 학습에 필요한 도서ㆍ기계ㆍ기구 등의 교구

5. 수질검사 결과 위생상 무해하다고 판명된 급수시설 및 온수를 공급할 수 있는 시설

② 제1항의 교사 및 옥외체육장의 기준면적은 각각 별표 1 및 별표 2와 같다.

 제3조의2(사립 대안학교 교사ㆍ교지 등의 소유주체 등) ① 사립 대안학교의 교사 및 교지는 해당 대안학교를 설립ㆍ경영하는 자의 소유이어야 한다.

② 제1항에도 불구하고 대안학교의 정원을 기준으로 특별시ㆍ광역시ㆍ도 또는 특별자치도 교육감(이하 “교육감”이라 한다)이 정하여 고시하는 비율 이상의 「북한이탈주민의 보호 및 정착지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 북한이탈주민 및 그 자녀, 「다문화가족지원법」 제2조 제1호에 따른 다문화가족의 자녀, 「재한외국인 처우 기본법」 제2조 제1호에 따른 재한외국인의 자녀 또는 「초ㆍ중등교육법」(이하 “법”이라 한다) 제28조에 따른 학습부진아등을 교육대상으로 하는 대안학교를 설립하려는 자가 다음 각 호의 건물ㆍ시설 또는 부지를 교육감이 정하여 고시하는 기간 이상 임대하는 경우 그에 해당하는 교사와 교지의 요건을 갖춘 것으로 본다.

1. 「폐교재산의 활용촉진을 위한 특별법」 제2조 제1호에 따른 폐교

2. 교육감이 안정적 사용이 가능하고 교육상 지장이 없다고 판단하는 건물이나 시설

③ 제1항에도 불구하고 대안학교를 설립하려는 자가 제3조의 기준에 적합한 국가나 지방자치단체의 일반재산을 분할 납부하는 조건으로 매입하는 경우 제1항의 요건을 갖춘 것으로 본다.

④ 제1항에도 불구하고 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 공원녹지 또는 국ㆍ공립 체육시설 등의 체육장 대용시설을 임대 등을 통하여 확보하는 경우로서 교육감이 안정적 사용이 가능하고 교육상 지장이 없다고 판단하는 때에는 제3조 제1항 제2호의 옥외체육장을 갖춘 것으로 본다.

 제4조(설립인가) ①법 제4조 제2항에 따라 사립 대안학교의 설립인가를 받으려는 자는 다음 각 호의 사항이 기재된 서류를 갖추어 교육감에게 신청하여야 한다. 이 경우 교육감은 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 교지의 지적도 및 법인 등기사항증명서(설립자가 법인인 경우로 한정한다)를 확인하여야 한다.

1. 목적

2. 명칭

3. 위치

4. 학칙

5. 학교헌장

6. 경비와 유지방법

7. 설비

8. 삭제 <2008. 12. 31.>

9. 교사(체육장을 포함한다)의 배치도ㆍ평면도

10. 개교연월일

11. 병설학교 등을 둘 때에는 그 계획서

12. 설립자가 법인인 경우에는 출연금 등에 관한 서류

13. 설립자가 사인인 경우에는 경비의 지급 및 변제능력에 관한 서류

14. 교육과정 운영계획서

15. 교직원 배치계획서

② 교육감은 제1항에 따라 대안학교를 설립인가하는 경우 해당 학교의 교육과정 운영계획을 고려하여 그 대안학교를 졸업한 자에게 인정할 수 있는 학력을 설립인가서에 표시하여야 한다.

③ 법 제4조 제2항에 따라 사립 대안학교의 설립인가를 받으려는 자가 필요한 시설ㆍ설비를 갖추기 전에 대안학교 설립계획서를 교육감에게 제출하는 경우에는 교육감은 설립인가의 가능성 등 대안학교 설립을 위한 협의에 성실히 응하여야 한다.

④ 제3항에 따른 대안학교 설립계획서에 포함하여야 할 사항 등 협의에 필요한 사항은 교육감이 정하여 고시한다.

 (6) 대안교육기관에 관한 법률(2021.1.12. 법률 제17887호로 제정되었고, 2022.1.13. 시행되는 것) 제5조(대안교육기관의 설립ㆍ운영의 등록 등) ① 대안교육기관을 설립ㆍ운영하려는 자는 대안교육에 필요한 교사(체육장을 포함한다)와 교지 등 대통령령으로 정하는 시설 및 설비와 다음 각 호의 사항이 기재된 서류를 갖추어 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도 교육감(이하 “교육감”이라 한다)에게 등록하여야 한다.

1. 목적

2. 명칭

3. 위치

4. 교육목표

5. 학칙

6. 경비와 유지방법

7. 교육과정 운영계획서

8. 교직원 배치계획서

9. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실관계가 나타난다.

  (가)청구법인의 대표이사 aaa은 OOO 소재에서 ‘OOO’란 상호로 개인사업장인 대안학교 교육서비스업을 영위하다가 2012.4.10. 폐업하였다.

  (나) 청구법인은 2012.2.24. 개업하여 위 청구법인의 대표이사 aaa 명의의 개인사업장 소재에서 대안학교 교육서비스업을 영위하였고, 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 하여 법인사업자등록을 하였다.

  (다) 청구법인은 2018.2.26.부터 2018.3.27.까지 2012〜2015사업연도 일반통합조사를 받았으나, 부가가치세 과세내역은 확인되지 않는다.

  (라) 처분청이 OOO에 청구법인의 대안학교 인가여부를 문의한바, OOO은 ‘청구법인은「초․중등교육법」제60조의3에 따른 대안학교로 인가받은 사항이 없다’고 회신(OOO)하였다.

  (마) 처분청은 청구법인이 제공한 교육용역이 부가가치세 과세대상으로 보아 2014년 제1기 부가가치세 과세기간동안 과세표준을 OOO원(매입세액 OOO원) 산정하여 이 건 부가가치세를 결정․고지하였다.

 (2) 청구법인이 제시한 증거서류는 다음과 같다.

  (가) 청구법인이 대안학교 인가없이 운영한 이유에 대한 근거자료로 ‘OOO 대안학교 운영 및 대안학교설립계획서’를 제출하고 있다.

  (나) 청구법인은 주무관청으로부터 대안학교 설립인가를 받지 않다고 하더라도 사실상 주무관청의 지도․감독을 받았다고 주장하면서 주무관청이 청구법인에게 송부한 공문서를 앞 <표1>과 같이 제출하고 있다.

  (다) 청구법인 등이 면세사업자로 사업자등록이 되었다고 주장하며 청구법인의 대표이사 aaa 명의의 개인사업자 사업자등록증 및 청구법인의 사업자등록증 등을 제시하고 있다.

  (라) 이외에도 과세자료해명안내문(2020.10.22.) 및 이에 대한 해명제출자료 등을 제시하고 있다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 주무관청(OOO 등)의 사실상 지도․감독 하에 대안학교를 운영하였으므로 이에 따른 교육용역은 부가가치세 면제대상이라고 주장하나,「부가가치세법」제26조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제36조 제1항 제1호에는 교육용역으로 부가가치세 면제대상을 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받은 학교’로 규정하고 있는데, 청구법인은 주무관청으로부터「초․중등교육법」제60조의3에 따른 대안학교로 인가받지 아니하여 위 요건을 충족하지 못한 점, 청구법인이 제시한 주무관청이 청구법인에게 송부한 공문서로는 교육용역과 관련하여 주무관청으로부터 지도․감독을 받았다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 제공한 교육용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인이 면세사업자로 사업자등록이 되었다거나 청구법인에 대한 세무조사 당시에 교육용역에 대하여 부가가치세를 과세하지 아니하였다가 입장을 바꾸어 이 건 부가가치세를 과세하였으므로 신의성실의 원칙에 위배되었다고 주장하나,「국세기본법」제15조에 규정하는 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로 과세관청의 공적인 견해표명이 있어야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 하며, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이나(1987.5.26. 선고 대법원 86누92 판결, 같은 뜻임), 사업자등록은 단순한 사업사실의 신고행위이고 이의 교부는 등록사실을 증명하는 증서를 교부하는 것에 불과한 것일 뿐이므로, 처분청이 청구법인의 신청에 따라 면세사업자로 사업자등록증을 교부한 사실만으로는 부가가치세 과·면세여부에 대한 처분청의 공적인 견해로 볼 수 없는 점, 처분청이 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인이 제공한 교육용역에 대하여 부가가치세를 과세하지 아니하였다고 하여 이를 견해표명이 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청의 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 신의성실의 원칙에 위반한 과세처분으로 볼 수 없다고 판단된다.

  (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 더하여 이 건 부가가치세를 부과하였으나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있는바(OOO 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 면세사업자로 사업자등록을 하였고, 인가를 받기 못했으나 공문서 등을 통하여 주무관청으로부터 지도․감독을 받은 것으로 알고 있었으며, 청구법인에 대한 처분청의 세무조사시에도 별도의 부가가치세 과세를 하지 아니하였는데, 처분청이 상당한 기간 내에 부가가치세의 납세에 대한 안내, 지도, 독촉이나 부과처분을 하지 아니하였다면 청구법인으로서는 자신이 면세사업자에 해당한다고 생각하고 또 이것이 옳은 것이라고 믿을 여지가 있는 점, 처분청의 이 건 과세는 부과제척기간이 임박하여 과세한 것으로 청구법인에게는 너무나 가혹한 측면이 있는 점 등에 비추어 청구법인이 정상적으로 부가가치세의 신고․납부의무를 이행하는 것이 무리여서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보이므로 이 건 부가가치세에 더하여 무신고가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.