[주 문]

 OOO서장이 2021.9.28. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 전 1,901㎡ 및 같은 리 718 전 1,983㎡(이하 714 전 1,901㎡와 합하여 “쟁점농지①”이라 한다)와 OOO 전 1,745㎡ 및 719 전 1,957㎡(이하 715 전 1,745㎡와 합하여 “쟁점농지②”이라 하고 쟁점농지①과 합하여 “쟁점농지들”이라 한다)를 1984.3.16. 매매를 원인으로하여 취득하였다.

나. 청구인은 2019.10.29. 쟁점농지①를 ㈜AAA(이하 “양수법인”이라 한다)에게 양도한 후 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로, 2020.1.8. 쟁점농지②를 동일 법인에게 양도한 후, 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 자경농지에 대한 감면세액을 각 OOO원씩 적용하여 2020.3.31. 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 청구인이 감면한도 회피를 목적으로 쟁점농지들의 양도시기를 임의로 조정한 것으로 보고 2회에 걸친 쟁점농지들의 양도거래를 ‘양도일을 2020.1.8.로 하는 하나의 거래’로 보아 감면한도 등을 재계산하여 2021.9.28. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2021.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 조특법 상의 감면세액을 과다하게 받을 의도로 가장행위를 통해 쟁점농지①과 쟁점농지②의 과세기간을 달리하여 양도한 것이 아니다

  (가) 당시 OOO 사업은 사업시행자인 양수법인의 PF사업이 원활이 진행되지 않았고, 보상가액도 인근지역 평균보상액보다 현저히 낮아 토지수용신청 최소요구동의율(50%)도 충족되지 못한 상황에서 OOO는 양수법인의 사업자 지위를 박탈하는 소송을 진행하는 등 여러 가지로 문제점을 가지고 있었다.

 이러한 상황에서 양수법인은 토지수용신청 최소요구동의율을 확보하기 위해 당초 보상가액보다 약 15% 증액한 금액을 보상가액으로 산정하였고, 2019.12.9.부터 2019.12.31.까지 재감정을 시행하여 2019년 계약자에 대해 재감정가액이 증액된 보상가액보다 높을 경우 차액을 지급하는 방식으로 지주들의 계약을 독려하였다. 쟁점농지들의 양도는 경기도 고시(제2011-39호) 및「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 적용을 받아 OOO 사업이 이루어진 것으로 쟁점농지들의 양도시기가 다른 것은 부득이하게 수용을 당하는 처지에서 당시 청구인에게 가장 유리한 방법으로 양도하고자 하는 행위였을 뿐이다

   (나) 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결 참조), 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이며, 실질과세원칙에 따라 특정 거래행위를 조세회피행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것인데(대법원 1991.5.14. 선고 90누3027 판결, 대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결 등), 상기에서 진술한 바와 같이 청구인은 쟁점농지①을 양도한 이후 쟁점농지②의 재감정이 나오는 것을 확인한 뒤 협의매수·수용재결 등 다양한 방법으로 해당토지를 양도하고자 하였을 뿐 의도적으로 수용시기를 늦춘 것은 아니다.

 (2) 처분청은 막연하게 쟁점농지들의 양도행위를 하나의 거래로 추정하고 있다.

   (가) 실질과세의 원칙은 납세자의 행위나 계산이 사실과 다른 경우 조세회피 목적에 있는 경우에 한해 조세법률주의와 납세자의 예측가능성, 법적안정성 등을 훼손하지 않는 범위내에서 제한적으로 적용(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결 참조)되어야 하며, 그러한 사정이 있는지는 과세관청에서 증명(대법원 2014.5.16. 선고 2011두9935 판결 참조)하여야 한다.

 그런데, 처분청은 서로 다른 2개의 필지를 하나의 토지로 단정하였으며, 그마저도 매수인이 동일하다는 이유와 한 번에 양도할 수 있었다는 막연한 추정만으로 실질과세 원칙을 적용한바, 청구인이 양수법인과 쟁점농지들의 수용에 대해 일괄적으로 계약서를 작성한 뒤 보상 시기만을 달리한 것인지, 사전에 일괄적인 수용에 합의한 뒤 보상 시기만을 달리한 것인지, 이중계약서 등을 작성하여 보상시기를 달리하였는지 등 세액감면을 과다하게 받을 의도로 보상시기를 조정하였다는 입증 없이 단순히 연접한 토지와 동일한 매수자라는 사유만으로 청구인의 법률행위를 제한하는 것은 납세자의 재산권을 부당히 침해하는 것으로 실질과세원칙에 위배된다.

  (나) 쟁점농지들이 연접한 토지라 하더라도 쟁점농지들은 1984년 이전부터 구분 등기되어 있었던 별개의 재산이므로 이에 대한 보상가액·보상방법(현금수용, 대토, 수용재결 등) 및 보상시기를 달리하여 청구인에게 유리한 방법으로 양도하는 것은 헌법에 명시된 납세자의 개별적인 재산권 행사이므로 이를 부인하기 위해서는 그러한 사정과 객관적인 증빙을 처분청에서 입증하여야 한다.

 조특법은 과도한 양도소득세의 감면을 제한 할 목적으로 1개의 과세기간에 최대 OOO원의 한도를 설정하고, 이를 보완할 목적으로 5개 과세기간의 합계 감면액은 최대 OOO원으로 설정하고 있는 점 등을 고려하면 처분청에서 2개 과세기간에 과도한 세액감면이 발생하였다는 이유로 세액감면을 배제하기 위해서는 그에 부합하는 명시적인 법적인 장치 또는 근거가 필요한 것이 조세법률주의 원칙에 위배되지 않을 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 사업시행자인 양수법인의 PF사업이 원활히 진행되지 않았고 보상가액도 인근지역보다 낮아 사업시행자의 사업자지위를 박탈하는 소송을 진행하는 등 여러 가지 문제점이 있었으며, 이러한 상황에서 2019.12.9.부터 2019.12.31.까지 재감정을 시행하여 계약을 독려하여 부득이한 상황으로 수용을 당하는 처지에서 청구인에게 유리한 방법으로 양도하고자 한 행위라 주장하나, 청구인은 재감정과 관련된 서류를 제출하지 못하고 있고, 증액된 보상가액에 대한 쟁점농지①․②의 면적당 수용단가가 비슷하여 하나의 거래로 판단되며 농지 수용현황을 살펴보면 쟁점농지①과 쟁점농지②는 지목 및 공시지가가 동일하고 양수법인이 쟁점농지들을 연도를 달리하여 수용할 특별한 사유가 없는 것으로 판단된다.

 (2) 양수법인이 토지 소유자들에게 발송한 “협의보상 안내문 통지”(2019.9.9.)(이하 “1차 통지”라 한다) 및 “재감정평가 이후 제2차 손실보상 협의요청”(2020.1.21.)(이하 “2차 통지”라 한다)를 살펴보면, 1차 통지에서 기존 2017년 감정평가액에 15%를 증액한 금액을 보상금액으로 지급하고 이 기간 내(2019.9.16.∼2019.10.15.) 계약하는 토지주에 한해 추후 재감정평가액이 더 높게 정해지는 경우 그 차액을 추가 지급하기로 되어 있는바, 청구인은 쟁점농지① 양도에 대하여 증액된 손실보상금에 대하여 2019.12.31. 양도소득세 수정신고를 하였는데, 양수법인이 작성한 토지 협의매수 확인원에 따르면 쟁점농지① 중 일부토지(경기도 김포시 고촌읍 향산리 718 전 1,983㎡)와 쟁점농지②가 포함된 사실로 비추어 청구인은 쟁점농지①과 쟁점농지②를 1차 통지 기한에 따라 동일 계약기간(2019.9.16.〜2019.10.15.)에 계약을 체결한 것으로 보이고 처분청은 당초 쟁점농지①과 쟁점농지②에 대하여 2019년 귀속으로 경정하려고 하였으나 청구인의 가산세 부담을 완화해 주기 위하여 2020년 귀속으로 처분한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과세기간을 달리하여 쟁점농지들을 2회로 나누어 양도한 것을 하나의 거래로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면 한도를 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

 (1) 국세기본법

제14조[실질과세] ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 (2) 소득세법

제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

 (3) 조세특례제한법

제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <단서 생략>

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

제133조[양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료는 다음과 같다.

  (가) 청구인이 쟁점농지들을 양도한 후 신고한 내역과 처분청이 경정한 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 청구인의 신고내역과 처분청의 경정내역

OOO

  (나) 쟁점농지들의 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 쟁점농지들을 1984.3.16. 매매를 원인으로 취득한 후 쟁점농지①은 2019.10.29.(등기원인일 2019.9.27.) 공공용지의 협의 취득으로 양수법인에게 소유권을 이전하고, 쟁점농지②는 2020.1.8.(등기원인일 2020.1.2.) 동일 사유로 양수법인에게 소유권을 이전한 것으로 나타나며, 청구인이 제출한 금융거래내역 상 소유권이전과 동일 일자에 각 양도대금(토지보상대금)이 입금된 것으로 확인된다.

  (다) 쟁점농지들의 개별공시지가는 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점농지들의 개별공시지가

OOO

  (라) 청구인은 쟁점농지①에 대하여 2019.9.27. 양수법인과 손실보상협의계약서를, 쟁점농지②는 2020.1.2. 각 체결한바, 그 내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 청구인과 양수법인이 체결한 손실보상협의계약서

OOO

  (마) 양수법인이 각 토지주에게 2019.9.9. 발송한 1차 통지 내용은 아래와 같다.

OOO

  (바) 양수법인이 소유자 및 관계인에게 2020.1.21. 발송한 2차 통지내용은 아래와 같다.

OOO

  (사) 청구인이 쟁점농지①에 대한 양도소득세 수정신고 시 첨부한 양수법인이 작성(2020.2.28.)한 토지 협의매수 확인원은 아래와 같은바, 청구인은 쟁점농지① 중 OOO 토지의 보상금이 증액되어 OOO원을 양도가액에 가산하여 2019.12.31. 수정신고(납부세액 없음)를 한 것으로 확인된다.

OOO

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점농지①과 쟁점농지②토지의 거래가 일련의 단일 거래에 해당하므로 1 과세기간의 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이나, 납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이며, 실질과세원칙에 따라 특정 거래행위를 조세회피행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것이다(대법원 1991.5.14. 선고 90누3027 판결, 대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결 등 같은 뜻임).

 이 건과 같이 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 법적 실질과세원칙에 위배되어 부당하다고 보이는 점, 쟁점농지들의 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 쟁점농지①을 2019.10.29.(등기원인일 2019.9.27.) 공공용지의 협의 취득으로 양수법인에게 소유권을 이전하였고 쟁점농지②는 2020.1.18.(등기원인일 2020.1.2.) 양수법인에게 소유권을 이전한 것으로 나타나고 각각의 별도로 계약서를 작성한 점, 청구인이 쟁점농지들을 양도시점에 임박하여 분필 등 임의적 변경행위 등을 통해 분리하였다거나 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 당초부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 잔금지급 시기만 달리 정한 것으로, 이처럼 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매하면서 잔금지급일을 달리하였다는 이유로 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기는 어려운 점(조심 2022인1397, 2022.6.16. 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점농지①과 쟁점농지②의 거래형식을 부인하고 하나의 양도거래로 보아 1 과세기간 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다..