1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2020. 5. 22. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 *****원(가산세 포함)부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 **구 **동 *-* 지상 다세대주택 9세대(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 중 40*호에 관하여는 2010. 12. 17., 나머지 8세대는 2003. 5. 20. 소유권이전등기를 마치고 취득하였다. 그 후 원고는 2012. 12. 5. 이 사건 부동산을 총 대금 1,455,000,000원에 양도하였다.

나. 원고는 2013. 4. 1. 세무대리인(김AA)을 통해 피고에게 조세특례제한법에 따른 100% 감면을 적용하여 2012년 귀속 양도소득세를 0원으로 신고하였다(이하 ‘이 사건 신고’라 한다).

다. 피고는 원고가 이 사건 신고를 철회하여 양도소득세를 신고하지 않았다고 보고

2020. 5. 22. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세 244,086,900원(가산세 104,433,108원포함)으로 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 8. 11. 이의신청을 거쳐 2020. 10. 26. 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 5. 24. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1, 2, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 원고는 이 사건 신고를 철회하지 않았고, 피고는 세무대리인이 제출하였다는 취하서를 접수하면서 원고의 동의 여부를 확인한 적도 없으며, 그 취하서도 제시하지 못하고 있다. 따라서 부과제척기간은 5년이 적용되어야 하고, 이 사건 처분은 이를 도과한 것이므로 위법하다.

2) 원고는 1996년 이 사건 부동산을 신축하여 1997년에 준공하였고, 1998년경에 김BB 명의를 빌려 임대하기 시작하였으며, 이 사건 부동산은 실질적으로 건설임대주택에 해당하므로, 구 조세특례제한법 제97조 제1항 제1호 또는 같은 항 단서의 양도소득세 감면 대상에 해당한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 신고 철회 여부

을 제2, 5, 6호증, 갑 제4호증의 1의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 국세청 전산망에 2013. 4. 15. 이 사건 신고의 취하서가 방문 접수되었고, 이를 주무과에 통보한 것으로 기록되어 있는 사실, 당시 원고의 세무대리인이 현재까지도 원고의 세무대리를 하고 있는 사실, 원고는 이 사건 처분 이전인 2017년경에 피고로부터 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 신고를 하지 않았으므로 기한 후 신고를 하라는 안내문을 받은 사실이 인정되고, 위 취하서는 문서보존기간(5년)이 지나 현재 피고가 보관하고 있지 않은 것으로 보인다. 이에 의하면, 원고의 세무대리인이 원고로부터 정당하게 위임을 받아 이 사건 신고의 취하서를 제출한 것으로 봄이 타당하고, 이 사건 신고는 예정신고기한을 지나서 한 것이며 위 취하서는 확정신고기한 전에 제출된 것이므로, 위 취하서 제출로써 이 사건 신고는 철회되었다고 보아야 한다.

따라서 원고는 이 사건 부동산에 대한 양도소득신고를 하지 않은 것이 되고, 이 경우 부과제척기간은 2013. 6. 1.부터 기산하여 7년이 되므로(국세기본법 제26조의2 제2항 제1호, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호, 구 소득세법 제110조 제1항), 이 사건 처분(2020. 5. 22.)은 부과제척기간이 지나기 전에 이루어진 것으로서 적법하다.

2) 양도소득세 감면 대상 여부

구 조세특례제한법 제97조 제1항 본문에 해당하기 위해서는 2000. 12. 31. 이전에임대를 개시하여야 한다. 그런데 갑 제6호증의 기재에 의하면, 원고가 장기주택임대업으로 개업한 날은 2006. 5. 30.임을 알 수 있다. 또한 갑 제2호증의 2의 기재에 의하더라도 원고가 임대인으로서 이 사건 부동산을 2000. 12. 31. 이전부터 임대한 것이라고 보기 어렵다.

또한 이 사건 부동산이 임대주택법에 따른 건설임대주택이라거나 나아가 구 조세특례제한법 제97조 제1항 1호 또는 같은 항 단서에 해당함을 인정할 증거가 없다.

3) 따라서 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.