[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2006.7.18. ㈜AAA으로부터 OOO 소재 토지와 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 부동산임대업 및 매매업으로 사업자등록을 하고, 청구인의 2012∼2013년 귀속 종합소득세 신고 시 쟁점부동산과 관련하여 부동산임대업 외의 사업소득에서 이월결손금 잔액이 2012년 OOO원, 2013년 OOO원이 발생한 것으로 신고하였다.

나. 청구인은 2021.6.29. 부동산임대업 외의 사업소득의 이월결손금 잔액인 OOO원(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)을 청구인의 2015년 금융소득 및 근로소득에서 공제하여 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 2021.8.23. 쟁점이월결손금이 부동산임대업의 사업소득에서 발생한 것으로 보아 이를 거부하였다.

다. 이후 처분청은 2019∼2020년 귀속 결손금의 소득구분을 부동산임대업의 사업소득으로 변경하고 2022.7.7. 청구인에게 종합소득세 합계 OOO원(2019년 귀속 OOO원, 2020년 귀속 OOO원)을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2022.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 청구인은 쟁점부동산과 관련하여 부동산매매업의 사업활동(토지의 개발)과 매각활동을 하고 사업자등록 및 세무회계처리를 하였으므로 사업의 실질내용에 의거하여 2012년∼2013년 귀속 종합소득세 신고 시 쟁점부동산과 관련한 사업에서 발생한 결손금을 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 결손금으로 신고하였는데, 과세관청은 청구인에 대한 2016년 귀속 종합소득세 세무조사를 실시하였음에도 쟁점이월결손금의 소득구분에 대한 변경도 없었던바, 처분청이 쟁점부동산과 관련한 사업에 대해 별다른 확인·조사도 없이 쟁점부동산과 관련한 소득의 구분을 임의로 변경하여 청구인에게 2019∼2020년 귀속 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인의 심판청구 사건(OOO)에 근거하여 쟁점이월결손금을 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 결손금으로 보는데 이견은 없다.

 (2) 다만 대법원 판례에 따르면, 이월결손금은 법정 공제기간 내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것인 데다가 어느 사업연도에 이월결손금을 공제할 것인가를 납세자의 선택에 맡길 경우 소득발생 여부에 따라 자의로 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 왜곡시킬 가능성이 있어 사업연도의 과세표준 등을 산출함에 있어서는 전의 사업연도에 공제가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 당해 연도에 공제할 결손금을 계산하여야 하는 것이다(OOO 판결).

 (3) 아울러「소득세법」에서도 과세기간을 명문화하고 있고 기간과세에 대한 특별한 예외사항으로 이월결손금에 대한 조건 및 사용방법을 규정하고 있는바, 이는 이월결손금을 납세자가 자의로 사용하여 과세표준과 세액을 왜곡하는 것을 배제하여야 하고 객관적으로 순차로 사용하여야 한다는 대법원의 판례를 명확히 하고 있는 것이다.

 (4) 청구인은 2014년 귀속 종합소득금액이 OOO원이 있음에도 이월결손금을 순차로 공제하지 않고 청구인이 임의대로 2012년 귀속 이월결손금을 2019∼2020년 귀속 종합소득금액에 공제하는 것은 이월결손금을 자의로 사용하여 과세표준과 세액을 왜곡하는 것이므로 부당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구인의 2019∼2020년 귀속 종합소득금액에서 2012년 귀속 이월결손금 공제를 부인한 처분의 당부

나. 관련 법률

 (1) 소득세법

  제45조(결손금 및 이월결손금의 공제) ① 사업자가 비치·기록한 장부에 의하여 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 발생한 결손금은 그 과세기간의 종합소득과세표준을 계산할 때 근로소득금액·연금소득금액·기타소득금액·이자소득금액·배당소득금액에서 순서대로 공제한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "부동산임대업"이라 한다)에서 발생한 결손금은 종합소득 과세표준을 계산할 때 공제하지 아니한다. 다만, 주거용 건물 임대업의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 부동산 또는 부동산상의 권리를 대여하는 사업

2. 공장재단 또는 광업재단을 대여하는 사업

3. 채굴에 관한 권리를 대여하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업

③ 부동산임대업에서 발생한 결손금과 제1항 및 제2항 단서에 따라 공제하고 남은 결손금(이하 "이월결손금"이라 한다)은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 다음 각 호의 구분에 따라 공제한다. 다만,「국세기본법」제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다.

1. 제1항 및 제2항 단서에 따라 공제하고 남은 이월결손금은 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순서대로 공제한다.

2. 부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 부동산임대업의 소득금액에서 공제한다.

 (2) 국세기본법

  제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

③ 제1항 및 제2항 제1호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의과세기간에「소득세법」제45조제3항,「법인세법」제13조제1항 제1호, 제76조의13 제1항 제1호 또는 제91조 제1항 제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세의 부과제척기간은 제1항 및 제2항 제1호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구 또는「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

  제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. (단서 생략)

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

  제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실 등이 나타난다.

  (가) 쟁점부동산과 관련한 청구인의 종합소득세 신고내역과 이월결손금 명세는 아래 <표1>·<표2>와 같고, 청구인은 2021.6.29. 아래 <표3>과 같이 청구인의 2012년∼2013년 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 쟁점이월결손금을 청구인의 2015년 금융소득 및 근로소득에서 공제하여 줄 것을 처분청에 경정청구를 하였다.

<표1> 쟁점부동산 관련 신고내역

◯◯◯

<표2> 청구인의 종합소득세 신고서 상 이월결손금 명세

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<표3> 청구인의 2015년 귀속 종합소득세 경정청구 내용

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  (나) 처분청은 2021.8.23. 2012년∼2013년에 발생한 쟁점이월결손금이 부동산임대업의 사업소득에서 발생한 것으로 보아 2015년의 금융소득 및 근로소득에서 공제할 수 없다며 청구인의 경정청구를 거부하였다.

  (다) 이후 처분청은 2022.5.18. 청구인에게 아래 <표4>의 과세예고 통지서(소득세과-42285)를 발송한 후, 2022.6.8. 2012년 귀속 결손금의 소득구분을 변경하여 청구인의 2012년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였고, 2012년 이월결손금을 공제한 2019·2020년 귀속 종합소득세도 해당 이월결손금 공제를 부인하여 2022.7.7. 종합소득세 합계 OOO원(2019년 귀속 OOO원, 2020년 귀속 OOO원)을 경정·고지하였다.

<표4> 과세예고 통지서 내용

◯◯◯

  (라) 우리원이 2022.11.14. 청구인이 2021.6.29. 제기한 경정청구를 처분청이 2021.8.23. 거부한 처분에 대해 쟁점부동산과 관련한 쟁점이월결손금을 부동산임대업 외의 사업소득에서 발생한 것으로 보아 처분청의 경정청구 거부처분을 취소한다는 결정(조심 2021서7014, 2022.11.14.)을 하자, 처분청은 2022.11.30. 청구인의 2012년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 취소하였으나, 2019·2020년 귀속 종합소득세 부과처분은 2012년 귀속 이월결손금을 청구인의 2014년 소득금액에서 순차적으로 공제하지 않고 임의대로 2019∼2020년 소득금액에서 공제하였다며 처분을 유지한 것으로 나타난다.

  (마) 2012년 이월결손금 공제와 관련한 사실관계는 다음과 같다.

   1) 청구인은 2014년 귀속 종합소득세 신고 시, 청구인의 2012년 귀속 이월결손금을 아래 <표5>와 같이 공제하지 않았다.

<표5> 청구인의 2014년 귀속 종합소득세 신고내용

◯◯◯

   2) 청구인은 2019∼2020년 귀속 종합소득세 신고 시, 청구인의 2012년 귀속 이월결손금 OOO원(2019년 귀속 OOO원, 2020년 귀속 OOO원)을 아래 <표6>·<표7>과 같이 청구인의 2019∼2020년 귀속 종합소득금액에서 공제하였다.

<표6> 청구인의 2019년 귀속 종합소득세 신고내용

◯◯◯

<표7> 청구인의 2020년 귀속 종합소득세 신고내용

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 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 청구인의 2019∼2020년 종합소득금액에서 2012년 귀속 이월결손금 공제를 부인하여 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,「소득세법」제45조 제1항 및 제3항은 사업소득이 있는 자가 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 발생한 이월결손금은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서로 사업소득금액 등에서 이를 공제할 수 있다고 규정하고 있는바, 이월결손금은 소득이 발생한 연도의 소득에서 먼저 공제하여야 하며 임의로 공제대상 사업연도를 선택할 수는 없는 점, 청구인의 2019∼2020년 귀속 종합소득금액에서 공제한 2012년 귀속 이월결손금이 OOO원으로 확인되고, 동 이월결손금은 소득이 발생한 연도의 소득에서 먼저 공제하여야 하므로 2014년 귀속 소득금액에서 해당 이월결손금을 공제한다면 2019∼2020년 귀속 소득금액에서 공제할 이월결손금은 없는 점, 처분청은 청구인에게「국세기본법」제81조의15 제1항에 따라 과세예고 통지서를 적법하게 발송한 것으로 확인되는바, 청구인에 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.