[주 문]

OOO서장이 2021.9.29. 청구법인에게 한 2016년 제1기 부가가치세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업 및 부동산매매ㆍ임대업을 주업으로 영위하는 법인으로, 2014년 6월 등 주식회사 AAA 등의 신탁회사들과 ‘신탁회사들(수탁자)이 청구법인(위탁자)으로부터 신탁토지를 인수하여 그 지상에 건물을 신축한 후, 이들을 신탁재산으로 하여 분양(처분)’하는 내용의 관리형 토지신탁 계약(총 4개사와 4건의 계약으로, 이하 합하여 “쟁점신탁계약”이라 한다)을 체결하였고, 사업이 진행됨에 따라 청구법인(위탁자)의 명의로 신탁재산 처분과 관련한 매출세금계산서를 발급하고 이를 매출세액의 과세표준으로 하는 한편, 관련 매입세액을 공제하는 등 하여, 아래 <표1>과 같이 2016년 제1기 부가가치세 OOO원(2016년 제1기 예정분 부가가치세 OOO원, 2016년 제1기 확정분 부가가치세 OOO원)을 신고ㆍ납부하였다.

<표1> 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 신고내역

OOO

나. 청구법인은 대법원이 2017.5.18. 전원합의체 판결(2012두22485, 이하 “전합판결”이라 한다)로 신탁재산 처분 시의 부가가치세 납세의무자를 위탁자가 아닌 수탁자라고 하자, 2021.7.26. 처분청에게 2016년 제1기 과세기간 당시 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자는 위탁자인 청구법인이 아닌 수탁자인 신탁사라는 이유로 2016년 제1기 부가가치세(매출세액) OOO원(4개 신탁회사들에 대한 매출세액 합계액으로, 관련 매입세액 불공제분은 반영되지 않은 금액)을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.9.29. 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 전합판결 및 조세심판원의 선결정례 등에 따라, 부가가치세 납세의무자는 재화 공급이라는 거래행위를 통해 거래상대방에게 재화의 사용ㆍ소비 권한을 이전한 수탁자로 보아야 한다.

  (가) 대법원은 신탁과 관련한 부가가치세 납세의무자를 자익신탁ㆍ타익신탁 구분법에 따라 위탁자 내지 수익자로 보던 해석을 변경하여 수탁자를 부가가치세 납세의무자로 판단하였다. 즉, 대법원은 「부가가치세법」이 ‘영리목적의 유무와 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’인 사업자를 부가가치세의 납세의무자라고 정하고 있고, 재화의 공급을 ‘계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것’으로 정하고 있으며, 우리나라 부가가치세 과세체계는 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접 과세대상으로 삼고 있지 않는 즉, 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띄고 있는 점 등을 고려할 때, 위탁매매나 대리와 같이 「부가가치세법」에서 별도의 규정을 두고 있지 않은 한 재화를 공급하는 자는 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 그 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자이고, 이에 따라 신탁에 있어서는 신탁재산에 대한 권리ㆍ의무의 귀속주체로서 계약 당사자가 되어 신탁업무를 처리하는 수탁자가 부가가치세의 납세의무자가 되어야 한다고 판단한 것이다. 더욱이 다단계 거래세인 부가가치세의 특성상 납세의무자를 수탁자로 보아야만 거래당사자를 쉽게 인식할 수 있고, 과세의 계기나 공급가액의 산정 등에서도 혼란을 방지할 수 있다고 보았다. 이후 대법원은 일관되게 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자가 아닌 수탁자로 보고 있다(대법원 2017.6.15. 선고 2015두57604 판결 등).

  (나) 현재 조세심판원도 전합판결의 취지에 따라, 신탁재산 처분 시 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 보고 있다(조심 2017부4592, 2018.5.29., 조심 2020서1148, 2020.9.3. 등 다수).

 (2) 신탁재산 양도에서 부가가치세 납세의무자를 원칙적으로 위탁자로 한다는 내용의 「부가가치세법」 개정규정은 2017.12.17. 신설되었는데, 이는 2018.1.1. 이후 적용되는 것이므로 그 이전 신탁재산 처분의 경우 부가가치세 납세의무자는 수탁자이다.

  전합판결 이후 2017.12.19. 법개정 시 「부가가치세법」 제10조 제8항을 신설하여 신탁재산 양도에서 부가가치세 납세의무자를 원칙적으로 「신탁법」 제2조에 따른 위탁자로 규정하였고, 다만 부가가치세 체납 방지를 위해 신탁재산을 한도로 보충적으로 수탁자에게 물적납세의무를 부과하는 조항을 신설하였으며, 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 부동산 등을 수탁 운용하는 신탁계약을 체결한 경우로서 수탁자가 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우에는 특별히 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 규정 하였는데, 동 개정법령의 내용과 부칙(2017.12.19. 법률 제15223호)을 보면 2018.1.1.이후 재화를 공급하는 분부터 적용됨을 알 수 있다.

 (3) 처분청의 답변은 아래와 같은 이유로 부당하다.

  (가) 처분청의 이 건 거부처분은 전합판결 이후 일관된 조세심판원의 해석에 반하는 것으로 위법·부당하다.

   처분청은 대법원이 종전의 해석을 변경하여 기획재정부도 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 하도록 기존의 예규를 변경(기획재정부 부가가치세과-447, 2017.9.1.)하였으나 이를 질의회신일 이후 공급하는 분부터 적용하도록 한 점을 들어, 이 건과 같이 2017.9.1. 이전에 신탁재산의 공급시기가 도래한 경우 위탁자가 부가가치세 납세의무자에 해당한다는 의견이나, 조세심판원(조심 2020서1148, 2020.9.3.)은 “신탁재산의 공급에 따른 부가가치세에 대하여 그 회신일 전후를 기준으로 부가가치세 납세의무자에 대한 판단을 달리 하기는 어려워 보인다”며 처분청이 수탁자에게 2014년 제2기 부가가치세를 경정·고지한 처분은 잘못이 없다고 결정하였다.

   또한 조세심판원(조심 2017중1106, 2018.11.5.)은 이 건과 같이 한국자산신탁이 부동산에 대한 권리와 의무의 귀속 주체로서 계약당사자가 되어 부동산을 매각하였으므로 전합판결의 취지에 따라 “수탁자인 한국자산신탁을 부가가치세 납세의무자로 보는 것이 타당하다”고 결정하였다(전합판결 이전 공급분에 대하여도 수탁자를 납세의무자로 결정한 조심 2020서1148, 2020.9.3., 조심 2019중353·313·356, 2019.4.26., 조심 2018서973, 2018.12.11., 조심 2017서3356, 2018.12.11., 조심 2017서2279, 2018.12.05., 조심 2017서4307, 2018.11.19., 조심 2017서1078, 2018.10.30., 조심 2017부4592, 2018.5.29. 등 참조).

  (나) 조세심판원 결정의 효력은 불복한 당해 처분에 대하여만 기속력이 있는 것이므로 심판 결정의 당사자가 아닌 제3자의 과세 여부를 고려하는 것은 타당하지 아니하다.

   처분청은 청구법인의 주장에 대하여 부가가치세 납세의무가 소급하여 수탁자에게 있다고 볼 경우, 수탁자는 부가가치세 납부 및 가산세 부담이 발생하고, 매수자는 매입세액 불공제와 수정신고에 따른 가산세 부담이 발생하게 되기 때문에 이 건 청구법인의 경정청구는 기각되어야 한다는 의견이나, 심판청구 인용결정의 효력은 심판청구를 제기한 해당 청구인에게만 미치는 것이므로 심판결정의 당사자가 아닌 제3자의 과세 여부를 고려하는 것은 타당하지 아니하다(국세청 심사1담당관-44, 2010.1.20., 국세청 징세46101-2542, 등 참조).

   이는 법원의 확정판결의 기판력은 그 판결의 주문에 포함된 것, 즉 소송물로서 주장된 법률관계의 존부에 관한 판단의 결론에만 미치는 것과 같은 맥락이라 하겠다(대법원 2008.10.23. 선고 2008다48742 판결 참조).

  (다) 납세자에게 유리하게 변경된 세법 해석 견해를 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되지 않으므로, 소급과세금지의 원칙에 따라 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 주장은 잘못된 해석이다.

  「국세기본법」 제18조 제3항에 따르면 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 법원과 관계부처는 「국세기본법」 제18조 제3항을 해석할 때 “과세”라는 법문을 감액 경정과 증액 경정을 포괄하는 광의의 과세가 아니라 납세자에게 불이익이 발생하는 증액 경정만을 의미하는 협의의 과세로 해석하고 있다(대법원 1995.7.28. 선고 94누3629 판결, 대법원 2005.5.13. 선고 2004다8630 판결, 조심 2013구합11460 2015.7.14. 참조).

   또한 국세청과 법제처는 기존의 예규에서 일관되게 납세자에게 유리하게 변경된 세법 해석 견해를 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되지 않는다고 밝히고 있다(국세청 징세과-467, 2009.5.20., 법제처 법령해석사례 06-0032 참조).

   따라서 본 심판청구는 납세자가 조세의 감액 경정을 청구한 것으로 「국세기본법」 제18조 제3항의 성립요건대로 과세관청이 증액 경정을 하여 납세자에게 불이익이 발생하는 상황이 아니므로 과세관청이 「국세기본법」 제18조 제3항을 근거로 들어 감액 경정을 거부할 수 없는 것이라 하겠다.

나. 처분청 의견

 (1) 기획재정부는 전합판결 이후 신탁 유형에 관계없이 납세의무자는 수탁자라는 내용의 질의회신(기획재정부 부가가치세제과-447, 2017.9.1.)을 하였으나, 이 건 경정청구 대상인 2016년 제1기는 기획재정부의 질의회신 적용대상 기간(2017.9.1. 이후 공급분)에도 해당하지 않으므로, 위탁자인 청구법인을 납세의무자로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

 (2) 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있고(「국세기본법」제18조 제3항), 여기에서 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라고 함은 특정납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 그와 같은 해석 또는 관행이 이의 없이 받아들여지고 납세자가 그 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다(대법원 1985.4.23. 선고 84누593 판결, 같은 뜻임)고 할 것이다.

  전합판결에 따라 소급하여 수탁자에게 납세의무가 있다고 볼 경우, 수탁자는 부가가치세 납부 및 가산세 부담의 위험이 있으며, 매수자의 경우에는 매입세액 불공제에 대한 수정신고 및 가산세 부담의 위험이 발생하게 되어 그동안 기획재정부 및 과세관청 예규 등을 신뢰한 위탁자(우선수익자) 및 수탁자의 재산권을 부당히 침해, 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위반될 여지가 크므로 부가가치세 납세의무자를 수탁자로 보아야 한다는 변경된 대법원 전합판결은 판결 이후 거래분부터 적용된다고 봄이 타당하다.

  또한 조세심판원도 전합판결 이전에는 신탁재산의 처분에 따른 부가가치세법상 납세의무자를 신탁재산 처분으로 인한 신탁 수익이 최종적으로 귀속되는 자에게 납세의무가 있다고 판단하여, 위탁자에게 신탁의 수익이 귀속되는 자익신탁의 경우 위탁자가 부가가치세 납세의무를 부담하고, 수익자가 별도로 있는 타익신탁의 경우에는 수익자가 부가가치세 납세의무를 부담한다고 보았다(조심 2016서654, 2016.12.27., 조심 2015중3288, 2015.8.25., 조심 2015서3358, 2016.3.25., 조심 2014서4807, 2015.10.7., 조심 2013서3611, 2015.11.4. 결정 등 참조).

  따라서, 대법원에서 2017.5.18. 신탁계약에 따라 신탁재산을 처분한 경우 부가가치세 납세의무자는 수탁자라고 판시하였다 하여 이를 이 건에 소급적용하여 수탁자에게 납세의무가 있다고 보는 것은 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙상 타당하지 아니하다.

 (3) 청구법인의 주장과 같이 변경된 대법원 판례에 따라 해당 판례 이전 과세기간에 대한 부가가치세 납세의무가 수탁자에게 있다면, 처분청은 신탁재산 처분에 따른 2016년 제1기 부가가치세를 위탁자인 청구법인에 대하여 취소결정 후, 수탁자에게 부가가치세를 부과하려 하여도, 수탁자의 2016년 제1기 부가가치세에 대한 부과제척기간이 경과되어 부가가치세를 부과할 수 없는 불합리한 상황에 처하게 된다.

  또한 청구법인의 주장과 같이 변경된 대법원 판례에 따라 해당 판례 이전 과세기간에 대한 부가가치세 납세의무가 소급하여 수탁자에게 있다고 본다면, 신탁에 있어 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속 주체로서 계약 당사자가 되어 신탁 업무를 처리한 것은 위탁자가 아닌 수탁자이므로, 청구법인의 주장처럼 위탁자인 청구법인의 매출세액이 감액되는 것뿐만 아니라 해당 매출과 관련하여 공제받은 매입세액에 대한 권리와 의무의 귀속 주체도 위탁자가 아닌 것이 되므로 공제받은 매입세액도 부인되어야 하는 것이 타당하다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 신탁재산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자를 위탁자인 청구법인으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법

 제3조【납세의무자】다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

② 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 신탁재산(이하 “신탁재산”이라 한다)과 관련된 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 「신탁법」 제2조에 따른 수탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제8조, 제10조 제9항 제4호, 제29조 제4항, 제52조의2 및 제58조의2에서 “수탁자”라 한다)가 신탁재산별로 각각 별도의 납세의무자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「신탁법」 제2조에 따른 위탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제10조 제8항, 같은 조 제9항 제4호, 제29조 제4항 및 제52조의2에서 “위탁자”라 한다)가 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우

2. 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배ㆍ통제하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

3. 그 밖에 신탁의 유형, 신탁설정의 내용, 수탁자의 임무 및 신탁사무 범위 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우

 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

 제10조(2017.12.19. 법률 제15223호로 일부개정된 것)【재화 공급의 특례】⑧ 신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에는 「신탁법」 제2조에 따른 위탁자(이하 “위탁자”라 한다)가 직접 재화를 공급하는 것으로 본다. 다만, 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 경우로서 수탁자가 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 본다.

 부칙(2017.12.19. 법률 제15223호)

 제1조【시행일】이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

 제10조(2019.12.31. 법률 제16845호로 일부개정된 것)【재화 공급의 특례】⑧ 신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에는 「신탁법」 제2조에 따른 위탁자(이하 "위탁자"라 한다)가 직접 재화를 공급하는 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 본다.

1. 수탁자가 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을 체결한 경우로서 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우

 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

 (2) 부가가치세법 시행령

 제21조의2(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 일부개정된 것)【수탁자가 재화를 공급하는 것으로 보는 경우】법 제10조 제8항 단서에서 "대통령령으로 정하는 신탁계약"이란 수탁자가 위탁자로부터「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제103조 제1항 제5호 또는 제6호의 재산을 위탁자의 채무이행을 담보하기 위하여 수탁으로 운용하는 내용으로 체결되는 신탁계약을 말한다.

 제21조의2 삭제(2021.2.17. 대통령령 제31445호로 일부개정된 것)

 제21조의2(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정된 것)【위탁자 지위의 이전을 신탁재산의 공급으로 보지 않는 경우】법 제10조 제8항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구의 집합투자업자가 다른 집합투자업자에게 위탁자의 지위를 이전하는 경우

2. 신탁재산의 실질적인 소유권이 위탁자가 아닌 제3자에게 있는 경우 등 위탁자의 지위 이전에도 불구하고 신탁재산에 대한 실질적인 소유권의 변동이 있다고 보기 어려운 경우

 (3) 신탁법

 제2조【신탁의 정의】이 법에서 "신탁"이란 신탁을 설정하는 자(이하 "위탁자"라 한다)와 신탁을 인수하는 자(이하 "수탁자"라 한다) 간의 신임관계에 기하여 위탁자가 수탁자에게 특정의 재산(영업이나 저작재산권의 일부를 포함한다)을 이전하거나 담보권의 설정 또는 그 밖의 처분을 하고 수탁자로 하여금 일정한 자(이하 "수익자"라 한다)의 이익 또는 특정의 목적을 위하여 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 그 밖에 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말한다.

 (4) 국세기본법

 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구이유서, 쟁점신탁계약의 계약서, 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인은 2014년∼2015년 기간 동안 OOO택지지구(2014년 6월), OOO지구(2015년 3월), OOO 역세권(2015년 4월), OOO지구(2014년 3월) 일대의 각 개발사업을 위하여 BBB 주식회사, CCC 주식회사, DDD 주식회사 및 AAA 주식회사와 각각 위탁자를 청구법인으로, 수탁자를 신탁회사들로, 수익자를 금융기관으로 정한 ‘관리형 토지신탁 계약(쟁점신탁계약)’을 체결하였고, 쟁점신탁계약의 목적은 “신탁토지상에 신탁건물을 건축하고 위 신탁재산을 임대·처분하는 등 관리·운영하여 신탁이익을 수익자에게 지급함에 있어, 위탁자가 사업비 조달의무를 지고 수탁자는 신탁재산의 범위 내에서 사업주체로서의 권리, 의무의 주체가 되는 형태로서 사업을 진행하는데 있고”, “위탁자는 본 계약을 체결한 후 지체 없이 신탁토지에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기 및 신탁등기절차를 이행하여야 하며”, “수탁자는 신탁건물의 사용검사(사용승인) 후 지체 없이 시공사로부터 신탁건물을 인도받아 소유권보존등기 및 신탁등기절차를 이행하고”, “수탁자는 사업손실 발생 등 정산 결과에 대하여 일체의 책임이 없고, 이에 대하여 위탁자, 수익자 및 우선수익자 등 이 본 계약의 이해당사자는 수탁자에게 이의를 제기하지 아니한다”는 내용으로 되어 있다.

  (나) 「신탁법」상 신탁의 종류에 관하여 별도로 규정하고 있지는 않으나, 실무상 부동산신탁을 아래 <표2>와 같이 구분하여 사용하고 있는 것으로 나타난다(쟁점신탁계약 역시 계약서의 제목이 ‘관리형 토지신탁계약서’라고 되어 있음).

<표2> 실무상 사용되고 있는 신탁의 유형

OOO

  (다) 신탁재산의 처분시 부가가치세 납세의무자를 누구로 볼 것인지에 관한 「부가가치세법」상 규정, 대법원의 입장 등을 살펴보면 다음과 같다.

   1) 종래 신탁재산의 공급과 관련하여 공급자를 누구로 볼 것인지에 관하여 「부가가치세법」은 별도의 규정을 두고 있지 않았고, 대법원은 신탁재산의 처분 등으로 발생한 이익과 비용이 최종적으로 누구에게 귀속되는지를 기준으로 위탁자와 수익자가 동일한 자익신탁의 경우 위탁자를, 위탁자와 수익자가 다른 타익신탁의 경우 수익자를 부가가치세 납세의무자로 한다고 판단하였으며, 과세관청 또한 동일한 입장에서 부가가치세를 부과하였다.

   2) 그러나, 대법원은 2017.5.18. 이른바 담보신탁계약에서 신탁재산의 처분시 부가가치세 납세의무자를 누구로 볼 것인지가 문제된 사건에서 전원합의체 판결로 기존 입장을 변경하여 ‘신탁유형에 관계 없이 수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리ㆍ처분하면서 재화를 공급하는 경우 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자’라는 취지로 판단(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 판결, 이하 “이 사건 대법원판결”이라 한다)하였다.

  3) 기획재정부는 대법원이 기존 입장을 변경하자 2017.9.1. 기존유권해석을 변경하여 ‘수탁자가 이 사건 대법원판결일(2017.5.18.) 이후 신탁재산을 매각하는 경우 신탁유형에 관계없이 부가가치세 납세의무자는 수탁자’라고 해석(아래 참조)하였다.

< 기획재정부 부가가치세과-447(2017.9.1.)의 주요 내용 >

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   4) 2017.12.19. 법률 제15223호로 개정된 「부가가치세법」에서는 신탁재산의 공급과 관련하여 부가가치세 납세의무자를 누구로 볼 것인지를 명확하기 위하여 관련 조항 본문ㆍ단서와 같은 내용의 조항이 신설되었는데, 위 조항은 수탁자가 자신의 명의로 신탁재산을 공급(매매)한 경우 원칙적으로 위탁자가 재화를 공급한 것으로 하되, 예외적으로 수탁자가 위탁자의 채무이행을 목적으로 체결한 신탁계약에 따라 위탁자에 대한 채무이행을 위해 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁자가 공급한 것으로 본다고 규정하고 있다.

  5) 위 조항의 신설 및 개정에 관하여 기획재정부가 2017.8.2. 작성한 세법개정안 자료(아래 참조)에는 “담보신탁으로서 위탁자에 대한 채무이행을 위해 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁자가 공급한 것으로 봄”이라고 기재되어 있다.

< 기획재정부의 2017.8.2.자 세법개정안 자료 >

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  (라) 청구법인은 우리 원 결정례(조심 2017서1078, 2018.10.30. 조세심판관합동회의 등)를 들어 신탁에 따른 우선수익자에게 신탁부동산에 대한 실질적인 통제권이 이전되었는지 여부를 불문하고 수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁부동산을 계약당사자가 되어 매각한 경우, 수탁자를 그에 따른 부가가치세의 납세의무자로 보는 것이 타당하다고 결정하고 있다고 주장하는 반면, 처분청은 전합판결 이전에는 조세심판원(조심 2016서654, 2016.12.27. 결정 등 다수)은 신탁재산의 처분에 따른 「부가가치세법」상 납세의무자를 신탁재산 처분으로 인한 신탁 수익이 최종적으로 귀속되는 자에게 납세의무가 있다고 판단하여, 위탁자에게 신탁의 수익이 귀속되는 자익신탁의 경우 위탁자가 부가가치세 납세의무를, 수익자가 별도로 있는 타익신탁의 경우에는 수익자가 납세의무를 부담하였다고 반박한다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점신탁계약의 경우 실질적인 사업의 주체가 위탁자이므로 납세의무자는 위탁자인 청구법인으로 보아야 한다는 의견이나, 「부가가치세법」은 재화나 용역의 공급이라는 거래 자체를 과세대상으로 삼고 있으므로 납세의무자 또한 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 재화나 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 하고, 다만 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서 인도 또는 양도는 재화를 사용ㆍ소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는 ‘계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자’이어야 할 것인데, 신탁계약에 따라 수탁자가 위탁자로부터 신탁재산의 소유권을 이전받은 다음, 그 신탁재산을 관리ㆍ처분하면서 재화를 공급하는 경우에는 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 봄이 타당한 점(조심 2017서1078, 2018.10.30. 조세심판관합동회의 등, 같은 뜻임) 등에 비추어, 쟁점신탁계약과 관련하여 청구법인이 공제받은 매입세액 불공제와 관련한 과세는 별론으로 하더라도 처분청이 위탁자인 청구법인을 부가가치세 납세의무자로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.