주 문

1. 피고가 2020. 10. 6. 원고에 대하여 소득자를 소외 이○○로 한 2018년 귀속 원천징수분소득세 378,918,050원(가산세 포함)의 (부과)징수처분이 무효임을 확인한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로 주문 제1항과 같고, 예비적으로 주문 제1항 기재 (부과)징수처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 7. 5. 토목, 건축공사업 등을 목적으로 설립된 회사이고, 이○○는2008. 3. 4.부터 원고의 이사로 취임하였고, 2011. 3. 31. 사내이사로 중임한 후, 2013.3. 6. 사임하였으며, 같은 날 사내이사로 취임하여 2021. 9. 28. 사임하였고, 같은 날 사내이사로 취임하여 현재 원고의 사내이사이다.

나. 원고는 2018. 12. 19. 이○○로부터 아래 표와 같은 특허권(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다)을 9억 원(이하 ‘이 사건 대금’이라 한다)에 양수하기로 하는 특허권 양수도계약을 체결하면서, 이 사건 대금 중 840,600,000원은 이한희에 대한 가지급금과 상계하는 방식으로 지급하였다.

다. ○○지방국세청은 2019. 11. 11.부터 같은 달 29.까지 종합감사를 하였고, 2020.6. 2. 피고에게 ‘귀 기관에서는 특허권을 대표자 또는 특수관계자 명의로 출원을 한 후 법인이 이를 다시 취득하는 방법으로 거액의 자금을 부당유출한 혐의가 있음에도 세원관리를 소홀히 한 잘못이 있습니다.’라는 내용의 소제목 ‘검토내용’ 및 ‘원고의 특허권 취득에 대한 과세적정 여부를 면밀히 검토하여 과세대상인 경우 수정신고 권장 또는 경정고지 등 적법하게 후속처분할 수 있도록 조치하시고, ...(중략)... 처리 결과를 법인세과에서 2020. 7. 31.(금)까지 대내포털시스템(화면명 : IC16, “감사결과에 대한 처리전말 입력”)에 입력할 수 있도록 조치하여 주시기 바랍니다. ＊ 처분지시사항을 처리기한내 불이행한 경우, 국세청공무원 상벌규정에 따라 엄중하게 처벌됨을 알려드리니 유의하시기 바랍니다.’라는 내용의 소제목 ‘권고사항’이 있는 주제목이 ‘권고사항’인 서면을 보냈다.

라. 이에 피고는 이 사건 특허권의 실질적인 소유권이 이○○가 아닌 원고의 것으로 보고, 2020. 7. 7. 이 사건 대금이 이○○에게 사외유출된 것으로 보아 소득자를 이○○로 하는 2018년 귀속 소득금액 9억 원의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였는데, 이 사건 소득금액변동통지에 앞서 따로 과세예고통지를 하지는 아니하였다.

마. 원고는 이 사건 소득금액변동통지에 따른 원천징수분 소득세를 신고납부하지 않았고, 피고는 2020. 8. 14. 원천징수분 소득세에 관한 과세예고통지를 한 뒤, 2020. 10.6. 원고에게 소득자를 이○○로 한 2018년 귀속 원천징수분 소득세 378,918,050원(가산세 포함)의 납세고지를 하였다(이하 ‘이 사건 징수처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 징수처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021.12. 15. 이를 기각하는 재결이 내려졌다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9, 15 내지 18, 25호증, 을 제5 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 절차상 하자

피고는 이 사건 소득금액변동통지를 하기에 앞서 과세예고통지를 누락하여 원고가 과세관청으로부터 과세전적부심사를 받을 기회를 침해하였는바, 이 사건 소득금액변동통지는 원고의 절차적 권리를 침해한 것으로서 그 하자가 중대, 명백하여 무효이다. 선행 부과처분인 이 사건 소득금액변동통지가 무효인 이상, 그에 기초하여 이루어진 후행 징수처분인 이 사건 징수처분 역시 무효이다(예비적으로, 설령 무효가 아니라도 취소되어야 한다).

2) 실체상 하자

이 사건 특허권은 원고의 사내이사인 이○○가 직접 발명한 것으로서, 실질적인 가치가 있는 이○○ 개인의 재산권에 해당하고, 원고는 이사회 결의, 임시주주총회를 거쳐 이 사건 특허권 양수도계약을 적법하게 체결 및 이행하였다. 이 사건 대금은 감정평가법인이 이 사건 특허권에 관하여 평가한 금액을 기초로 하여 산정하였다. 따라서 이 사건 대금은 적정한 대가에 해당하고, 이를 부당한 사외유출로 볼 수 없는바, 이와 다른 전제에서 내려진 이 사건 징수처분은 위법하여 무효이다(예비적으로, 설령 무효가 아니라도 취소되어야 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

먼저 원고의 절차상 하자 주장에 관하여 본다.

1) 관련법리

가) 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적 으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다. 세금 부과처분과 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이고, 과세전적부심사를 거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청은 소득금액변동통지를 하기 전에 납세자인 해당 법인에 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한다. 이와 같은 특별한 사정이 없음에도 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하다(대법원 2020. 10.29. 선고 2017두51174 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).

나) 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되므로 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 등 참조). 그리고 원천징수의무자인 법인이 원천징수하는 소득세의 납세의무를 이행하지 아니함에 따라 과세관청이 하는 납세고지는 확정된 세액의 납부를 명하는 징수처분에 해당하므로 선행처분인 소득금액변동통지에 하자가 존재하더라도 그 하자가 당연무효 사유에 해당하지 않는 한 후행처분인 징수처분에 그대로 승계되지 아니한다. 따라서 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수하는 소득세의 납세의무에 관하여는 이를 확정하는 소득금액변동통지에 대한 항고소송에서 다투어야 하고 그 소득금액변동통지가 당연무효가 아닌 한 징수처분에 대한 항고소송에서 이를 다툴 수는 없다(대법원 2009. 7. 16. 선고 2009두14439 판결 등 참조). 결국 위 법리의 반대해석상 소득금액변동통지가 당연무효인 경우 징수처분에 대한 항고소송에서 이를 다툴 수 있고, 선행처분인 소득금액변동통지의 하자가 중대·명백하여 무효인 이상 후행처분인 징수처분에 그 하자가 승계되어 그 징수처분 또한 중대·명백한 하자가 있어 당연무효라고 보아야 한다(대법원 2022두59295로 확정된 부산고등법원 창원재판부 2022. 9. 21. 선고2021누11770 판결 등 참조).

2) 이 사건의 경우

위와 같은 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 소득금액변동통지와 이 사건 징수처분의 경위와 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고가 이 사건 소득금액변동통지에 앞서 과세예고통지를 하지 않아 원고의 이 사건 소득금액변동통지에 대한 과세전적부심사 청구의 기회를 사실상 박탈한 것은, 원고의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하고, 결국 후행처분인 이 사건 징수처분도 무효이다. 따라서 원고의 절차상 하자 주장은 이유 있다.

가) 이 사건 소득금액변동통지시 적용되던 구 국세기본법(2020. 12. 29. 법률 제17758호로 개정되기 전의 것, 이하 개정연혁을 기재하지 않고 단순히 ‘구 국세기본법’이라고만 표시한 부분은 이와 같다) 제81조의15 제1항 제1호는 ‘세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우’에 과세예고통지를 하도록 규정하고 있다.

나) 피고는 ‘종합감사를 시행한 대전지방국세청의 권고에 따라 별도의 자체조사를 거친 후 원고에게 이 사건 소득금액변동통지를 하였을 뿐 상급기관인 대전지방국세청의 구체적인 지시에 따른 것이 아니므로 위 규정이 적용되지 않는다.’는 취지로 주장한다. 그러나 ’업무감사 결과에 따라‘ 과세하는 경우를 반드시 상급기관의 지시대로 처분하는 경우로 한정하여 해석할 근거는 없고, 앞서 본 ‘권고사항(을 제5호증)’의 기재내용도 그 제목에 비하여서는 상당히 구속적이다. 더구나 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제1호는 업무감사 결과에 따라 과세하는 경우와 관련하여 현지에서 시정조치하는 경우를 포함하고 있는데,‘현지에서의 시정조치로 이루어지는 처분’과 ‘상급기관의 권고사항에 따라 하급기관에서 하는 처분’을 구분하여야 할 합리적인 근거도 없고, 일반 국민의 입장에서 이를 쉽게 구분할 수 없는 점, 납세자 입장에서는 실제 과세관청 내부에서 어떤 경위로 과세처분이 이루어지는지 알기도 어려운 점 등을 고려하면, 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제1호의 적용에 있어서 상급기관의 감사 후 권고에 따라 별도 또는 추가 조사를 거쳐 이루어지는 하급기관의 처분을 배제할 이유는 더욱 없다.

다) 한편 원천징수의무자인 법인에 대한 소득금액변동통지는 소득처분의 내용 중 법인의 원천징수의무 이행과 관련된 사항을 기재하여 원천징수의무자에게 통지하는 것으로서, 과세관청이 세금을 징수하기 위하여 세액 등 세금의 납부와 관련된 사항을 법정의 서류(납세고지서)로 납세자에게 알리는 납세고지에 해당하지 않아, 납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우라 하더라도 과세예고통지의 대상이 아니기는 하다(대법원 2021. 4 . 29. 선고 2020두52689 판결 참조). 그러나 위 2020두52689 판결은 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제1호가 아닌 동항 제3호가 문제된 사안으로, 본 사안에 그대로 적용하기 어렵다.

라) 피고는 ‘이 사건 소득금액변동통지 후, 이 사건 징수처분 전’에 과세예고통지 절차를 이행하였고, 원고는 이러한 과세예고통지에 따라 과세전적부심사청구를 할 수 있었다는 취지로도 주장한다. 그러나 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 이 사건 소득금액변동통지와 이 사건 징수처분은 별개의 처분이라고 볼 것이고, 무효인 행정행위의 치유는 인정될 수 없기에(대법원 1997. 5. 28. 선고 96누5308 판결 등 참조), 피고가 위와 같이 과세예고통지 절차를 이행하였다고 하더라도 무효인 이 사건 소득금액변동통지의 하자가 치유된다고 볼 수 없다.

3) 소결

결국 원고의 나머지 실체상 하자 주장에 관하여는 더 나아가 살필 필요 없이 이 사건 징수처분은 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다(원고의 주위적 청구를 인용하므로, 예비적 청구에 관하여는 따로 판단하지 않는다).