1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 20**. 4. *. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 100,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. **. **. 서울 00구 00동 000-00, 000-01, 000-02 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 벽돌조 시멘기와지붕 2층 주택(이하 ‘이 사건 ①주택’이라 한다)과 벽돌조 슬래브지붕 단층주택(이하 ‘이 사건 ②주택’이라 한다)을 취득하였다(이하 통칭시 ‘이 사건 부동산’이라 한다).

나. 원고는 2007. *. **. 서울 00구 00동 100 소재 000아파트 100동 101호의 조합원입주권(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)을 취득하였고, 이후 이 사건 부동산은 2012. *. *. 이CC에게 임의경매를 통해 양도되었다.

다. 피고는 원고가 이 사건 부동산의 양도에 대해 양도소득세를 신고․납부하지 아니한 것을 확인하고, 20**. *. **. 원고에게 다음과 같은 내용의 양도소득세 해명자료 제출 안내를 하였으나 원고로부터 아무런 회신도 받지 못하였다.

라. 피고는 이에 20**. *. **. 서울중앙지방법원에 이 사건 부동산에 관한 경매사건에서의 매각액 확인 요청을 하였고, 20**. *. **. 서울중앙지방법원에 배당표등본 발급의 뢰를 하였으며, 이후 20**. *. **. 원고에게 과세예고통지서를 등기우편으로 발송하였으나 폐문부재로 송달되지 아니하였다.

마. 이후 피고는 20**. 4. *. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세 100,000,000원(가산세 포함)을 결정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 20**. *. **. 00지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 20**. *. **. 기각 결정을 받았고, 20**. *. **. 조세심판원에 20**. *. **. 심판청구를 하였으나 20**. *. **. 기각 결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 6호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 취소되어야 한다.

1) 피고는 과세예고 통지 없이 20**. 4. *. 원고에게 이 사건 처분을 하였고, 피고가 보낸 20**. *. **.자 양도소득세 해명자료 제출 안내서, 이 사건 처분서, 20**. **. **자 독촉장 및 20**. **. **자 서울특별시 00구청장 명의의 지방소득세 납세고지서가 원고에게 송달된 바 있는 점, 피고는 이 사건 부동산이 경매로 양도된 사실을 경매 무렵 인지할 수 있었던 점 등을 고려하면, 피고는 고의 내지 업무를 태만히 하여 과세예고통지의 시기를 늦추어서 국세부과의 제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하가 되도록 하였는바, 피고가 과세예고통지를 생략함으로써 원고의 과세전적부심 청구권을 박탈한 채 한 이 사건 처분은 절차적 하자가 중대하고 명백하여 무효이다.

2) 이 사건 ①, ②주택이 각각 등기가 되어 있으나 위 각 주택은 이 사건 토지상에 지하 1층 지상 2층으로 구성된 다가구주택으로서 분리하여 매매하기 어렵고 하나의 매매단위로 양도된 점, 위 각 주택의 2012년 경매 당시의 자료에는 이 사건 토지상에 주택 1동만 있을 뿐 별도의 주택이 1동 더 있다는 내용은 없고 하나의 건물의 일부분만을 별도의 주택으로 볼 수는 없는 점, 피고가 다가구주택의 지하층 중 70㎡ 부분은 이 사건 ①주택의 지하층으로 인정하면서, 나머지 지하층 60㎡ 부분(이 사건 ②주택)만을 별도의 주택 1동이라고 주장하는 것은 이치에 맞지 아니한 점, 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제15항은 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보도록 규정하고 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 ①, ②주택은 실질과세의 원칙상 1동의 건물로 된 다가구주택이라 할 것인바, 원고는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에서 정한 일시적 2주택자로 볼 수 있음에도 이와 다른 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 건축물 대장에 나타난 이 사건 ①, ②주택의 공부상 현황은 다음과 같고, 위 각 주택은 별개로 소유권이전등기가 마쳐져 있다.

2) 이 사건 ①, ②주택은 출입구가 별도로 설치되어 있고 내부에 서로 왕래할 수 있는 통로가 없는 것으로 확인되는데, 그 구조 등은 다음과 같다.

[그림 생략]

3) 이 사건 ①, ②주택을 양도받은 이CC은 00지방국세청 소속 세무공무원과의 통화시 위 각 주택의 현황에 관하여 다음과 같이 진술하였다.

4) 이 사건 ①, ②주택은 다음과 같이 공시가격이 별도로 나타나고, 재산세도 별도

로 부과되어 왔다.

5) 전입세대의 열람 내역에 의하면, 이 사건 부동산이 양도될 무렵 이 사건 ①주택이 위치한 서울 00구 00동 000-01에는 이DD, 김EE의 각 세대가 거주하다가 2012. **. *., 2013. **. **. 각 전출하였고, 이 사건 ②주택이 위치한 서울 00구 00동 000-02에는 고FF의 세대가 거주하다가 2014. *. *. 전출한 것으로 나타난다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 9호증, 을 제5 내지 9, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫째 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제1항 본문은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 이 조에서 ‘과세전적부심사’라고 한다)를 청구할 수 있다.”라고 하면서, ‘그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지’(제2호)를 들고 있다. 또한 같은 조 제2항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.”라고 하면서, ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호) 등을 들고 있다. 따라서 국세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세예고통지를 받더라도 과세전적부심사를 청구할 수 없다.

한편 구 국세기본법 시행령(2013. 6. 11. 대통령령 제24573호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의14 제2항은 “법 제81조의15 제1항 제2호에서 ‘대통령령으로 정하는 과세예고 통지’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.”라고 하면서, ‘납세고지하려는 세액이 3백만 원 이상인 과세예고 통지’(제3호) 등을 들고 있는데, 같은 조 제4항은 “법 제81조의15 제1항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장·지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제3항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다. 다만, 법 제81조의 15 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제7항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있다.

사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 원칙적으로 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다. 그러나 구 국세기본법 및 같은 법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세관청이 과세예고 통지를 생략하고 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결, 대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 취지 참조).

나) 구체적 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 피고가 원고에게 과세예고통지 없이 이 사건 처분을 하였다고 하더라도, 여기에 구 국세기본법 제81조의15에 따른 절차적 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(1) 원고의 2012년 귀속 양도소득세 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호에 따라 이를 ‘부과할 수 있는 날부터 7년’으로 그 종기는 2020. 5. 31.이다.

(2) 피고는 이 사건 처분에 앞서 2019. *. **. 원고에게 양도소득세 해명자료제출 안내를 하였으나 원고로부터 아무런 회신도 받지 못하였다. 또한 피고는 2020. *. **. 서울중앙지방법원에 이 사건 부동산에 관한 경매사건에서의 매각액 확인 요청을 하였고, 2020. *. **. 서울중앙지방법원에 배당표등본 발급의뢰를 하였다. 이후 2020. *. **. 원고에게 과세예고통지서를 등기우편으로 발송하였으나 폐문부재로 송달되지 아니하였다.

(3) 피고가 원고에게 과세예고통지서를 발송할 무렵은 원고의 2012년 양도소득세 부과제척기간인 2020. 5. 31.로부터 2개월이 채 남지 않은 시점인바, 이는 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유인 ‘국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당한다고 봄이 타당하고, 이 사건 처분이 이루어진 경위에 비추어 보면, 피고가 이 사건 처분 절차의 진행을 게을리하였다거나 고의로 장기간 방치하였다고 보기 어렵다.

(4) 과세예고통지는 그 주된 기능이 납세자가 앞으로 있을 과세처분의 내용을 파악하여 과세처분이 있기 이전에 과세관청에게 그 적법성에 관한 심사를 청구함으로써 위법한 과세처분을 사전에 예방하고자 함에 있으므로, 과세전적부심사청구를 할 수 없는 경우에는 과세예고통지가 갖는 절차적 의미가 크지 않다. 또한 국세 부과제척기간의 만료일이 임박한 경우에는 과세예고통지를 하더라도 단기간 내에 과세처분을 할 수밖에 없어 과세예고통지를 하지 않고 과세처분을 한 경우와 비교했을 때 납세자의 권리보호에 유의미한 차이가 있다고 보기 어렵다. 앞서 본 이 사건 처분이 이루어진 경위에 비추어 보면, 피고가 과세예고통지를 발송할 무렵 이미 원고는 과세전적부심사청구의 예외 사유에 해당하였는바, 과세예고통지가 제대로 송달되지 아니하였더라도 그 자체만으로 위법하다고 보기 어렵다.

(5) 또한 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없으며, 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있기도 하다.

2) 둘째 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

소득세법이 1세대 1주택의 양도로 인한 소득세를 비과세하는 취지는, 주택은 국민의 주거생활 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하기 위한 것이다(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 전원합의체 판결 등 참조)

한편 주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고 있는 경우, 그 다른 건물이 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제154조 제1항에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14970 판결, 대법원 1987. 9. 8. 선고 87누584 판결 등 참조), 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 비과세, 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두17095 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 ①, ②주택은 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 각각의 독립적인 건물로 봄이 타당하고, 위 각 주택이 하나의 다가구주택이라 보기 어려우며, 달리 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기에 부족하다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

(1) 공부상 이 사건 ①, ②주택은 별개의 독립된 주택으로 되어 있고, 또한 각각 소유권이전등기가 마쳐져 있으며, 위 각 주택은 공시가격이 별도로 나타나고, 재산세도 별도로 부과되어 왔다.

(2) 이 사건 ①, ②주택은 출입구가 별도로 설치되어 있고 내부에 서로 왕래할 수 있는 통로는 없으며, 이 사건 ①주택 1층은 거실, 부엌, 욕실로만 구성되어 있고, 2층에 방 4개가 있으며, 이 사건 ②주택은 단층으로 거실, 방2개, 욕실로 구성되어 있고, 위 각 주택에는 전기, 가스, 수도 계량기 및 보일러가 따로 설치되어 있었던 것으로 보이는바, 독립된 주거가 가능한 구조를 갖추고 있다.

(3) 전입세대의 열람 내역에 의하더라도 이 사건 부동산이 양도될 무렵 이 사건 ①주택이 위치한 서울 00구 00동 000-01에는 이DD, 김EE의 각 세대가 거주하다가 2012. **. *., 2013. **. **. 각 전출하였고, 이 사건 ②주택이 위치한 서울 00구 00동 000-02에는 고FF의 세대가 거주하다가 2014. *. *. 전출한 것으로 나타나는바, 실제로도 독립된 주거로 영위되었다.

(4) 한편 구 소득세법 제89조 제1항은 대통령령으로 정하는 1세대 1주택과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 발생하는 소득(제3호)에 대해서는 양도소득에 대한 소득세를 과세하지 아니한다고 규정하면서, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항은 법 제89조 제1항 제3호에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다고 규정하고, 제155조 제15항은 제154조 제1항을 적용할 때 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보고, 다만 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다고 규정하고, 구 건축법 시행령(2012. 12. 12. 대통령령 제24229호로 개정되기 전의 것) 별표 1 제1호 다목은 ‘다가구주택은 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다. 1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것(단서 생략) 2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 670㎡ 이하일 것 3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것’이라고 규정하고 있다.

그런데 ‘1세대 1주택의 양도’ 중 ‘주택’은 세법 고유의 개념으로서 반드시 건축법령의 규정에 구속될 것은 아니고 어디까지나 세법의 독자적인 입장에서 그 입법 취지에 비추어 개념을 정하여야 할 것이므로, 대지 및 건물의 벽, 복도, 계단 기타 설비 등의 전부 또는 일부를 공동으로 사용하는 각 세대가 하나의 건축물 안에서 각각 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 주택으로서 사회관념상 독립한 거래의 객체가 될 정도가 되어 그 실질에 있어 공동주택에 해당한다면, 비록 단독주택으로 건축허가를 받아 건축물관리대장상 단독주택으로 등재되었다거나 건축주 한 사람 앞으로 소유권보존등기가 경료되었다 하더라도 공동주택으로 봄이 상당하다(대법원 1993. 8. 24. 선고 92누15994 전원합의체 판결 참조).

따라서 1세대 1주택 비과세규정의 주택 수 산정에서 하나의 건축물 안에서 구획된 부분이 각각 독립되어 그 실질에 있어 공동주택에 해당하는 경우에는 원칙적으로 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 주택 수를 산정하여야 한다. 다가구주택이나 다세대주택이나 소유자가 실제로 거주하는 부분 외의 부분은 임대를 통하여 수익하는 부분이므로 그 수익 부분의 양도는 주거생활의 안정 및 거주이전의 자유와 직접적인 관련이 없다는 측면을 고려해 보아도 위와 같이 해석함이 타당하다.

(5) 한편 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우 1주택으로 보는 구 소득세법 시행령 제155조 제15항 단서 조항은 소득세법 시행령이 1995. 12. 30. 대통령령 제14870호로 개정되면서 신설된 것인데, 이는 다가구주택은 원칙적으로 소득세법상 공동주택에 해당하나, 다가구주택이 무주택영세민의 주거안정을 위해 건축되고 있는 점을 감안하고 일반단독주택을 부분 임대하다가 양도시 1주택으로 비과세하는 것과 형평을 유지하기 위해 도입된 예외적인 규정인바, 위 다가구주택 비과세 조항은 법 문언에 따라 엄격하게 해석함이 타당하고, 명시적인 예외 규정을 두고 있지 않은 이상 위 규정을 확대해서 적용할 수는 없다.

(6) 이 사건 ①, ②주택은 공부상 별도의 독립된 주택으로 각각 소유권이전등기가 마쳐져 있고, 그 구조를 고려하더라도 각각의 독립된 주택으로서 다가구주택으로 보기 어려우며, 그 실질에 있어서도 각각의 세대가 독립된 주거생활을 영위한 것으로 보이는바, 위 각 주택을 하나의 다가구주택으로 보기 어렵다. 결국 원고의 주장과 같이 위 각 주택 전체를 하나의 다가구주택으로 보아 1세대 1주택 비과세규정을 적용할 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.