1. 이 사건 소 중 별지 1 기재 부과처분 가운데 2016년 내지 2020년 종합부동산세, 농어촌특별세, 가산금 부분을 모두 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한 별지 1 기재 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

 가. 원고의 지위 등

   원고는 2000. 12. 22. 장애인 아동 지원사업 등을 목적으로 설립된 사회복지법인으로, 2015. 12. 23. OO OOO OOO OOO 200-1 등 33필지 토지 합계 면적 00,000.00㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건축물 00.00㎡(해당 건물과 이 사건 토지를 통틀어서 이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 관하여 증여를 원인으로 소유권을 취득하였다(일부 부동산에 관하여는 일부 지분에 관하여만 소유권을 취득하였다).

 나. 원고의 이 사건 각 부동산에 관한 세금 감면

   원고는 이 사건 각 부동산에 대하여 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1항에 따라 취득세 00,000,000원 등 00,000,000원을 면제받았고, OO군수는 이 사건 각 부동산에 대한 2016년도부터 2018년도까지의 재산세, 지역자원시설세 및 지방교육세도 감면하였다.

다. OO군수의 원고에 대한 취득세, 재산세, 지방교육세, 지역자원시설세 등 부과처분

   1) OO군수는 2019. 3. 7.부터 2019. 3. 8.까지 이 사건 각 부동산에 관하여 현지조사를 한 뒤 ‘토지는 잡풀이 자라나 있고, 토지와 건물 모두 방치상태’임을 확인하고, 원고가 이 사건 각 부동산을 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않는다는 이유로 이 사건 각 부동산과 관련하여 위 구 지방세특례제한법 제22조 제1항 단서에 따라 2019. 5. 22. 원고에게 2016년부터 2018년까지 감면한 취득세 00,000,000원, 농어촌특별세 0,000,000원, 지방교육세 0,000,000원 합계 00,000,000원(가산세 0,000,000원 포함)을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘취득세 등 부과처분’이라 한다).

   2) OO군수는 같은 날 원고에게 앞서 본 구 지방세특례제한법 제22조 제2항에 따라 별지 2 제1항 기재와 같이 2016년부터 2018년까지의 재산세, 지방교육세, 지역자원시설세를 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘관련 사건 제1처분’이라 한다).

   3) OO군수는 관련 사건 제1처분과는 별도로 원고에게 별지 2 제2항 기재와 같이 2019년부터 2021년까지의 재산세, 지방교육세, 지역자원시설세를 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘관련 사건 제2처분’이라 한다).

   4) 원고는 ‘취득세 등 부과처분’과 ‘관련 사건 제1처분’에 불복하여 2019. 8. 20. 감사원에 심사청구를 하였는데, 감사원은 2021. 9. 16. (i) ‘취득세 등 부과처분’의 경우 앞서 본 구 지방세특례제한법 제22조 제1항 제2호에 ‘정당한 사유 없이 부동산의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’ 면제된 취득세를 추징한다고 규정되어 있고, □□구청장의 정관변경 인가 절차 지연과 같은 행정관청의 귀책 사유 등으로 인하여 원고가 이 사건 각 부동산을 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보아 해당 처분을 취소하고, (ii) ‘관련 사건 제1처분’의 경우 위 구 지방세특례제한법 제22조 제2항이 같은 조 제1항과 달리 정당한 사유의 존부를 가리지 않고 부동산이 그 목적에 직접 사용되는지 여부만을 과세요건으로 삼고 있는데, 원고가 재산세 과세기준일 이 사건 각 부동산을 해당 사회복지사업에 직접 사용하지 않고 있다는 이유로 해당 처분의 취소청구는 기각하는 결정을 하였다.

   한편 원고는 관련 사건 제2처분 중 2021년분 재산세(토지) 부과분의 경우 2021. 12. 15. 이의신청을 하였다가 2022. 4. 19. 기각결정을 받았으나 그 후 심사청구나 심판청구를 하지는 아니하였고, 관련 사건 제2처분 중 위 이의신청 부분을 제외한 나머지 처분에 대하여도 심사청구나 심판청구를 하지 않았다.

라. 피고의 원고에 대한 종합부동산세, 농어촌특별세 부과처분

   1) 피고는 OO군수가 원고에 대하여 재산세 과세기준일 현재 해당 사회복지사업에 이 사건 각 부동산을 직접 사용하지 않는다는 이유로 앞서 본 바와 같이 행한 재산세 관련 과세자료를 통보받았다.

   2) 피고는 위 과세자료에 따라 원고가 종합부동산세 과세기준일 현재 이 사건 토지의 재산세 납세의무자로서 종합부동산세법상 종합합산과세대상 토지 소유자라고 보아 다음 표와 같이 원고에게, 2019. 11. 18. 2019년 귀속 종합소득세 및 농어촌특별세(이하 ‘종합소득세 등’이라 한다), 2019. 12. 2. 2016년 내지 2018년 귀속 종합부동산세 등, 2020. 11. 18. 2020년 귀속 종합부동산세 등, 2021. 11. 19. 2021년 귀속 종합부동산세 등의 각 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

 마. 원고의 소송제기를 통한 불복

   원고는 이 사건 각 부동산에 대한 2016년 내지 2021년 귀속 재산세 등의 부과처분(‘관련 사건 제1처분’, ‘관련 사건 제2처분’, ‘이 사건 처분’을 의미한다)에 불복하여 OO군수 및 피고를 상대로 재산세등부과처분취소 소송을 제기하였다(춘천지방법원 2021구합32963). 위 법원은 2022. 6. 28. 해당 사건의 소 중 일부[(i) 가산금 부과처분 취소청구 부분, (ii) 전심절차를 거치지 않은 2019~2021년 귀속 재산세 부과처분 취소청구 부분(관련 사건 제1처분 부분)]를 각하하고, 나머지 청구[(iii) 2016~2018년 귀속 재산세 부과처분 취소청구 부분(관련 사건 제2처분 부분)]를 기각하는 내용의 판결을 선고하였고, 위 판결은 2022. 7. 14. 확정되었다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 2016년 내지 2020년 종합부동산세 등 부과처분의 취소를 구하는 부분에 관한 판단

 가. 피고의 본안전항변

   원고는 이 사건 처분 중 2016년 내지 2020년 종합부동산세 등 부과처분 부분의 경우 국세기본법에 의한 심사·심판청구 또는 감사원법에 의한 심사청구 절차를 거치지 않았고, 전심절차를 거치지 아니하고도 위 처분의 취소를 구할 수 있는 정당한 사유도 존재하지 아니하므로, 이 사건 소 중 해당 처분의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 것으로서 부적법하다.

 나. 관련 법리

   1) 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조 제1항 본문은 ‘이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다’고 규정하면서, 같은 법 제56조 제2항은 ‘제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 「행정소송법」 제18조 제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다’고 규정하여 필요적 전치주의를 선언하고 있다. 같은 법 제56조 제5항은 ‘이 법 또는 세법에 따른 처분에 대하여 감사원법에 따른 심사청구를 거친 경우에도 위 제56조 제2항을 준용한다’고 규정하고 있다.

   2) 조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 것이다(대법원 1991. 5. 24. 선고 91누247 판결, 1992. 9. 8. 선고 92누4383 판결, 2000. 9. 26. 선고 99두1557 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두10170 판결 등 참조). 그러나 그와 같은 정당한 사유가 없는 경우에는 전심절차를 거치지 아니한 채 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기하는 것은 부적법하다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 등 참조).

 다. 구체적 판단

   앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 처분 중 2016년 내지 2020년 종합부동산세 등 부과처분 부분은 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 것으로서 부적법하다. 피고의 본안전항변은 이유 있다.

   1) 이 사건 처분 중 2016년 내지 2020년 종합부동산세 등 부과처분은 종합부동산세법, 농어촌특별세법에 근거한 것으로 구 국세기본법 제55조 제1항 본문에서 정한 ‘세법에 따른 처분’에 해당하므로, 원고는 국세청장에 대한 심사청구 또는 조세심판원장에 대한 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구와 같은 전심절차를 거친 후에야 해당 처분의 취소를 구하는 소송을 제기할 수 있다.

   2) 그런데 원고는 관련 사건 제1처분(2016년부터 2018년까지의 3년분 재산세, 지방교육세, 지역자원시설세 부과처분)에 대하여만 감사원에 심사청구를 하였을 뿐, 피고의 위 종합부동산세 등의 부과처분에 대하여는 구 국세기본법에 의한 심사·심판청구 또는 감사원법에 의한 심사청구 절차를 거치지 않았다.

   3) 재산세와 종합부동산세는 보유하는 재산에 담세력을 인정하여 과세하는 수익세적 성격을 지닌 보유세로서 그 납세의무는 당해 재산을 보유하는 동안 매년 독립적으로 발생하는 것이고 그에 대한 종전 부과처분과 후행 부과처분은 각각 별개의 처분에 해당하고, 납세의무자와 과세대상물건이 동일하다고 하더라도, 매년 과세대상물건의 가액의 변동에 따라 그 과세표준 등이 달라질 가능성이 있으므로, 매년의 재산세 또는 종합부동산세에 대하여는 각각 별도의 전심절차를 거쳐야 한다(대법원 1994. 11. 8. 선고 94누4653 판결의 취지 참조). 따라서 원고가 관련 사건 제1처분에 대하여 감사원에 심사청구를 하였다고 하더라도 그와 같은 사정만으로 전심절차를 거치지 아니하고도 이 사건 처분 중 2016년 내지 2020년 종합부동산세 등 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기할 수 있는 정당한 사유가 존재한다고 보기 어렵다.

3. 2021년 종합부동산세 등 부과처분의 취소를 구하는 부분에 관한 판단

 가. 원고의 주장 요지

   이 사건 처분 중 2021년 종합부동산세 등 부과처분의 취소를 구하는 부분은 아래와 같은 이유에서 위법하다.

     1) 해당 처분은 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제2항에 따라 재산세를 추징할 수 있다는 법령상 근거가 없이 감면 재산세를 추징한 것으로서 위법하다(이하 ‘원고의 주장 ①’이라 한다).

     2) 가사 추징에 대한 법령상 근거가 있다고 하더라도, 원고는 □□구청장에게 이 사건 각 부동산의 기본재산 편입에 대한 정관변경인가신청서를 제출하였으나 □□구청장이 정관변경 인가업무를 해태하여 원고로서는 이 사건 토지를 사회복지사업에 사용하지 못한 것이므로, 원고가 위 토지를 해당 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에는 원고의 책임으로 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다(이하 ‘원고의 주장 ②’라 한다).

     3) 위 처분이 추징처분이 아니라고 하더라도, 원고가 이 사건 토지를 사회복지사업에 사용하지 못한 것은 위에서 본 바와 같이 원고에게는 아무런 잘못이 없으므로 명문의 규정이 없더라도 원고에 대하여는 2021년 종합부동산세 등을 부과할 수 없고 면제하여야 하는 것으로 해석되어야 한다(이하 ‘원고의 주장 ③’이라 한다).

 나. 관계 법령

   별지 3 기재와 같다.

 다. 원고의 주장 ①, ②에 관한 판단

   원고의 해당 주장은 이 사건 처분 중 2021년 종합부동산세 등 부과처분의 취소를 구하는 부분이 감면된 재산세에 대한 추징처분임을 전제로 한다. 법률에 추징에 관한 명문 규정이 없다면 감면한 세액을 추징할 수 없음이 원칙이나, 다음과 같은 사정을 고려하면 위 처분은 종합부동산세법 제16조에 따라 이루어진 부과처분으로 보이고, 해당 처분을 들어 원고의 주장과 같이 법령상 근거 없이 감면된 재산세를 추징한 처분이 라고 볼 수 없으므로 원고의 ①, ② 주장은 이유 없다.

   구 지방세특례제한법 제22조 제1항 본문은 사회복지법인이 사회복지사업에 ‘직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 대하여 2022. 12. 31.까지 취득세를 면제하도록 하면서, 그 단서 제2호에서는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징하도록 정하고 있다. 반면 제2항은 사회복지법인 등이 과세기준일 현재 ‘해당 사회복지사업에 직접 사용하는 부동산’에 대하여만 재산세 및 지방세법 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세(소방분)를 각각 2022. 12. 31.까지 면제하고 있다. 토지에 관한 재산세의 납세의무자는 종합부동산세법 제12조 제1항에 의하여 종합부동산세의 납세의무자가 되고, 농어촌특별세법 제3조 제6호에 의하면 종합부동산세의 납세의무자는 농어촌특별세의 납세의무자가 되므로, 위 규정에 따라 재산세가 면제되는 경우 종합부동산세, 농어촌특별세 역시 함께 면제된다.

   이처럼 구 지방세특례제한법 제22조 제1항은 취득세가 신고납부방식의 조세임을 고려하여 사회복지사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 경우 취득일로부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않으면 이를 추징하도록 정하고 있는 반면, 재산세에 관한 제2항은 추징에 관한 규정을 두지 않고 있는데, 이는 재산세가 취득세와 달리 과세관청이 매년 보통징수 방식으로 부과하는 조세로 과세관청의 부과처분에 의하여 조세채무가 확정되고, 납세의무자의 신고의무가 문제될 여지는 원칙적으로 없다는 점을 고려한 입법으로 보인다. 종합부동산세 및 농어촌특별세는 부과과세방식 이외에 신고납부방식을 선택할 수 있기는 하나,2) 기본적으로 과세관청은 국세기본법에서 정한 부과 제척기간 내에 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과할 수 있다(종합부동산세법 제16조, 제17조 제1항, 농어촌특별세법 제8조 제2항 제1호).

   ‘취득세 등 부과처분’의 경우 가산세(무신고)가 포함되어 부과되었던 반면, 이 사건 처분 중 2021년 종합부동산세 등 부과처분의 취소를 구하는 부분은 각 본세에 대하여 부과처분이 이루어졌고, 그에 대한 가산세는 부과되지 아니하였는바, 이러한 점을 보더라도 위 처분은 감면 종합부동산세 등에 대한 추징처분이라고 보기 어렵다.

 라. 원고의 주장 ③에 관한 판단

   1) 지방세법 제107조 제1항 본문은 ‘재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다’라고, 제114조는 ‘재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다’라고 각 규정하고 있으므로, 매년 6월 1일 현재 토지 및 건물을 사실상 소유하고 있는 자는 토지 및 건물에 대한 재산세를 납부할 의무가 있다. 한편, 구 지방세특례제한법 제22조 제2항은 ‘사회복지법인등이 과세기준일 현재 해당 사회복지사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 각각 2022.12. 31.까지 면제하되, 해당 부동산 및 그 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다’고 규정하고 있다.

   그런데 종합부동산세법 제3조는 ‘종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다’라고 규정하고, 같은 법 제12조는 ‘과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서, 종합합산과세대상의 경우 국내에 소재하는 해당 과세대상 토지의 공시가격을 합한 가격이 5억원을 초과하는 자(제1호)는 해당토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다’고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 토지에 대한 종합부동산세 등 납부의무 유무를 다투는 이 사건에서는 과세기준일 현재 구 지방세특례제한법 제22조 제2항 소정의 ‘해당 재산이 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우’에 해당하여 재산세 면제대상에서 제외되는지 여부가 쟁점이 된다.

   2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결).

   재산세 면제요건을 규정한 구 조세감면규제법(1981. 12. 31. 법률 제3481호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항 및 지방세법(1986. 12. 31. 법률 제3878호로 개정되기 전의 것) 제184조의2 제1항에서 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용한다 함은 토지가 현실적으로 그 고유의 사무에 직접 사용되고 있는 경우만을 지칭하는 것이고, 고유업무에 직접 사용하기 위한 준비를 위하여 사용되었음에 불과한 경우는 여기에 포함될 수 없으며, 현실적으로 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 법인 자체의 귀책사유로 인한 것이 아니고 정당한 이유에 기인되었다 하더라도 달리 해석할 이유가 되지 못한다(대법원 1985. 11. 26. 선고 85누209 판결 참조). 이러한 법리는 같은 형식으로 규정된 구 지방세특례제한법 제22조 제2항에도 그대로 적용된다.

   3) 앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 본 관계 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 2021년 종합부동산세 과세기준일에 이 사건 토지를 해당 사회복지사업에 직접 사용하지 않았으므로, 이 사건 처분 중 2021년 종합부동산세 등 부과처분에 위법이 있다고 보기 어렵다. 원고의 주장 ③도 받아들이지 아니한다.

     가) 과세기준일 현재 이 사건 토지가 원고의 고유 목적사업인 사회복지사업에 직접 사용되지 않고 있음은 원･피고 간에 다툼이 없다. 앞에서 본 바와 같이 구 지방세특례제한법 제22조 제2항은 ‘과세기준일 현재 해당 사회복지사업에 직접 사용하는 경우’에만 재산세를 면제하도록 규정하고 있고 별도로 귀책사유가 있는지 여부를 묻지않은 채 ‘해당 사회복지사업에 직접 사용하는지’를 과세감면요건으로 정하고 있으므로, 그 문언으로 볼 때 이 사건 토지는 위 구 지방세특례제한법 제22조 제2항의 요건에 부합되는 토지가 아니다.

     나) 또한, 앞서 본 법리에 의하면 부동산을 사회복지사업에 직접 사용하기 위한‘준비’를 위하여 사용하였을 경우, 해당 사업에 직접 사용하지 못한 것이 법인 자체의 귀책사유로 인한 것이 아니고 정당한 이유에 기인되었다 하더라도 이를 ‘직접 사용한 경우’라고 평가할 수 없어 재산세 감면규정이 적용되기 어렵다. 원고가 사회복지사업을 위한 직접사용의 준비 단계에 이르지도 못한 채 이 사건 토지를 방치하게 된 것에 원고의 책임으로 돌리기 어려운 사정이 있다고 하더라도 구 지방세특례제한법 제22조 제2항의 재산세 감면규정이 적용된다고 볼 수 없다.

     다) 원고는, 감사원이 이 사건 토지에 대하여 고유 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 인정하면서 취득세에 대하여 구 지방세특례제한법 제22조 제1항의 감면규정이 적용된다고 판단하였으므로, 재산세에 대해서도 구 지방세특례제한법 제22조 제2항의 감면규정이 적용된다고 주장한다. 그러나 이 사건 토지에 대하여 구 지방세특례제한법 제22조 제1항의 취득세 감면규정의 경우는 ‘정당한 사유’의 입증이 있는 경우 같은 법 제22조 제1항 제2호에 의하여 사회복지사업 용도로 직접 사용하지 않는 경우에도 취득세를 면제받을 수 있으나, 같은 법 제22조 제2항의 재산세 감면규정의 경우는 위와 같은 예외 규정이 존재하지 않는 이상, 구 지방세특례제한법에 따라 취득세에 대하여 면제된다고 하여 2021년 종합부동산세 등도 면제되어야 한다고 보기 어렵다.

4. 결론

 그렇다면 이 사건 소 중 별지 1 기재 부과처분 가운데 2016년 내지 2020년 종합부동산세, 농어촌특별세, 가산금 부분은 부적법하므로 이를 모두 각하하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.