주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

원고에 대하여, 피고 AA세무서장이 2020. 2. 17. 한 2019년 귀속 양도소득세1,509,390,890원의 부과처분 및 피고 ○○시 AA구청장이 2020. 5. 20. 한 2019년 귀속 지방소득세 154,143,610원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 AA구 ○○동 00대 622㎡, 같은 동 00 대 68㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물 연면적 164.43㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)의 소유자로서, 2018. 7. 27. 주식회사 BB(이하 ‘이 사건 매수인’이라 한다)에 이 사건 부동산을 매매대금 94억 원에 양도하는 부동산매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 2019. 4. 30. 이 사건 매수인으로부터 잔금을 지급받은 후 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었고, 2019. 6. 30. 이 사건 건물이 소득세법상 1세대 1주택에 해당함을 전제로 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제95조 제3항을 적용하여 산정한 양도소득세 549,807,880원 및 지방소득세 54,980,780원을 신고‧납부하였다.

다. 피고 AA세무서장은 2019. 10. 8.부터 2019. 12. 24.까지 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 하였는데(이하 ‘이 사건 조사’라 한다), 이 사건 토지 지상에 이 사건 건물 외에 상가로 사용되었던 미등기 건물 123.5㎡(이하 ‘이 사건 미등기 건물’이라 한다)가 추가로 존재하고, 이 사건 미등기 건물도 양도대상에 포함됨을 전제로, 양도소득세율 70%를 적용하는 한편 이 사건 건물 중 57.735㎡만 주택에 해당한다는 이유로 양도소득금액을 재계산하여 2020. 2. 17. 원고에게 양도소득세 1,509,390,890원을 경정‧고지하였고, 이에 따라 피고 ○○시 AA구청장은 2020. 5. 20. 원고에게 지방소득세(양도소득) 154,143,610원을 경정‧고지하였다(이하 양도소득세 부과처분과 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2020. 5. 12. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 1. 4. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다) 및 을가 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 미등기 건물은 이 사건 매매계약서에 매매 대상으로 기재되어 있지 않고, 잔금이 지급되기 전 철거되어 멸실되었으므로 이 사건 매매계약의 대상에 포함되지 않는다.

2) 과거 이 사건 건물의 일부를 임대함으로써 일부를 상가로 사용한 적이 있기는 하지만, 이 사건 건물은 오랫동안 주택으로 사용되었고 상가로 사용한 기간에도 주택으로서의 구조나 기능, 시설이 그대로 유지되었으므로 이 사건 건물 전체를 주택으로 보아야 한다.

3) 만약 이 사건 미등기 건물이 이 사건 매매계약의 대상에 포함된다면, 이 사건 건물에 인접하여 존재하고 있던 무허가 건물(이하 ‘이 사건 무허가 건물’이라 한다)도 매매계약의 대상에 포함되어야 하고, 이 사건 무허가 건물은 모두 주택으로 사용되었으므로, 양도소득금액 계산 시 적용될 주택 비율도 다시 계산되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 일반건축물대장상 이 사건 건물은 115.47㎡의 주택(이하 ‘이 사건 제1 건물’이라 한다)과 32.4㎡의 일반음식점, 16.56㎡의 소매점(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 제2 건물’이라 한다)으로 이루어져 있는데, 당초 115.47㎡의 주택 부분만 존재하다가 2000. 8. 14. 38.16㎡의 주택과 10.8㎡의 소매점을 증축하였고, 2005. 3. 18. 주택 중 38.16㎡를 소매점으로 표시변경하였으며, 2007. 5. 4. 소매점 48.96㎡를 일반음식점으로 표시변경 하였고, 2009. 5. 8. 일반음식점 중 16.56㎡를 다시 소매점으로 표시변경하면서 현재와 같은 상태에 이르렀다.

2) 원고는 2005. 2. 23. 이 사건 토지 지상에 존치기간이 2005. 2. 23.부터 2008. 2. 22.까지인 연면적 117.5㎡의 가설건축물을 축조하였는데(이하 ‘이 사건 가설건축물’이라 한다), 가설건축물 존치기간이 경과한 후에도 위 가설건축물을 철거하지 않았다.

3) 이 사건 건물의 일반건축물대장에는 2009. 7. 6. 1층 판넬 영업점 30㎡가 위법건축물로 표기되었다가 2010. 12. 3. 일부 시정되어 표기해제되고 무단증축 6㎡에 관하여만 위반건축물 표기가 남게 되었다. 이 사건 미등기 건물은 이 사건 가설건축물과 이 부분 무단증축 위반건축물(이하 ‘이 사건 무단증축 부분’이라 한다)을 합한 부분을 말한다.

4) 이 사건 건물과 이 사건 미등기 건물의 배치도를 도면으로 나타내면 다음과 같다. 이 사건 미등기 건물 중 무단증축된 6㎡ 부분은 배치도에 표시되어 있지 않은데, 이 사건 가설건축물과 이 사건 제2 건물이 접하는 부분에 위치하고 있다.

5) 이 사건 제1 건물의 뒤쪽으로 이 사건 제1 건물과 인접한 위치에 면적 56㎡, 63㎡의 각 무허가 건물이 존재하고 있었다.

6) 이 사건 매매계약서는 매매대상인 부동산을 이 사건 토지 면적 622.68㎡와 1층 주택 및 상가(1층 주택 153.63㎡, 1층 상가 10.8㎡)라고 표시하고 있다.

7) CC건설 주식회사는 2019. 4. 18. 이 사건 매수인의 의뢰에 따라 이 사건 가설건축물을 철거하였고, 이 사건 무단증축 부분도 같은 날 철거되었다. 이 사건 제2 건물은 이 사건 매매계약에 따른 잔금지급일 이후인 2019. 6. 18. 철거되었고, 이 사건 제1 건물은 2019. 6. 26. 철거되었다.

8) 이 사건 매수인은 2019. 5. 31. 이 사건 토지 지상 건물 철거공사와 관련하여 CC건설 주식회사로부터 공급가액 2,500만 원의 세금계산서를 수취하였다.

9) 원고는 이 사건 조사 당시 ‘양도소득세 신고 시 이 사건 가설건축물의 면적계산을 누락하였고, 이 사건 제1 건물은 실제로 상가 1/2과 주택 1/2로 구성되어 있다’는 취지의 확인서를 작성하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 8, 10, 17호증 및 을가 제5, 6, 7, 11, 12호증의 각 기재, 감정인 윤DD에 대한 감정촉탁 결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 매매계약서에는 매매대상 건물이 1층 주택 153.63㎡와 상가 10.8㎡라고 기재되어 있기는 하나, 이 사건 매매계약 당시 이 사건 건물의 일반건축물대장에는 115.47㎡의 주택과 48.96㎡의 상가로 구성된 것으로 기재되어 있었는바, 이 사건 매매계약서 표시는 그 자체로 매매 당시의 건물 현황을 그대로 반영하고 있지 않은 점(이 사건 매매계약서에 따른 건물 구성은 2000. 8. 14.부터 2005. 3. 18.까지의 일반건축물대장 내용과 일치한다), ② 이 사건 미등기 건물은 이 사건 매매계약 체결 후 잔금 지급 전인 2019. 4. 18. 모두 철거되었는데, 원고가 아닌 이 사건 매수인이 자신의 비용으로 이를 철거한 점, ③ 이 사건 미등기 건물이 매매 대상에 포함되어 있지 않다면 원고가 자신의 비용으로 이를 철거한 후 이 사건 매수인에게 이 사건 부동산을 인도하는 것이 보다 자연스러운 점, ④ 원고는 이 사건 조사 당시 이 사건 미등기 건물을 누락한 채 양도소득세를 계산하였음을 자인한 점 등을 종합하면, 이 사건 미등기 건물은 이 사건 매매계약의 매매대상에 포함된다고 봄이 상당하고, 갑 제18호증의 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

갑 제11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, ① 원고는 2014. 8. 경부터 2017. 11.경까지 이 사건 제1 건물의 일부를 임대하였고 임차인이 이를 상가로 사용하였음을 인정하고 있는 사실, ② 이 사건 제1 건물의 외관은 2012. 5.경까지 출입문과 창문, 벽돌로 이루어져 있어 전체가 하나의 주택처럼 보이나, 2014. 10.경 이후부터는 그중 절반 부분의 벽면이 유리 새시로 대체된 사실 등을 인정할 수 있는바, 적어도 이 사건 제1 건물의 절반이 상가로 사용되기 시작한 2014. 10.경 이후부터는 이 사건 제1 건물 중 1/2 부분은 주택으로서의 구조와 기능 등을 상실하였다고 봄이 상당하고, 갑 제19, 20호증의 각 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 원고의 세 번째 주장에 관한 판단

위 인정 사실에 의하면, 이 사건 제1 건물 뒤쪽에 이 사건 무허가 건물이 존재하였음을 인정할 수 있다. 그러나 해당 건물이 이 사건 매매계약 당시까지 존재하였음을 인정할 만한 자료가 없고, 가사 이 사건 매매계약 당시 이 사건 무허가 건물이 존재하였다고 하더라도 갑 제20 내지 24호증의 각 기재 및 형상, 감정인 윤DD에 대한 감정촉탁 결과만으로는 해당 부분이 주택으로 사용되었다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.