1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2020. 11. 4. 원고에게 한 2018년 귀속 법인세 1,302,440원, 2019년 귀속 법인세 11,842,140원의 각 부과처분과 2020. 11. 2. 소득자를 AAA으로 한 2018년 귀속 476,301,019원, 2019년 귀속 23,698,981원의 각 소득금액변동통지를 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 3. 28. 자동차 부품 제조업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인이고, AAA은 그 무렵부터 이 사건 변론종결일 현재까지 원고의 대표이사로 재직 중인 사람이다.

나. 원고는 2018. 12. 14. AAA으로부터 다음과 같은 3건의 특허권·디자인권(이하 ‘이 사건 특허권 등’이라 한다)을 500,000,000원(이하 ‘이 사건 양도대금’이라 한다)에양수하는 내용의 산업재산권 양수계약(이하 ‘이 사건 양수계약’이라 한다)을 체결하면서, 이 사건 양도대금에서 원천징수세액 33,000,000원을 제외한 467,000,000원 중 ①10,000,000원은 2018. 12. 14. AAA 명의의 계좌로 이체하고, ② 433,000,000원은2018. 12. 31. 원고의 AAA에 대한 가지급금과 상계하였으며, ③ 나머지 24,000,000원은 2019. 4. 19. AAA 명의의 계좌로 이체하였다.

(표 생략)

다. 이후 원고는 이 사건 특허권 등을 무형자산으로, 이 사건 특허권 등의 2018년 감가상각비 5,916,666원, 2019년 감가상각비 71,000,000원을 비용으로 각 계상하여 회계처리를 하였다.

라. 피고는 이 사건 특허권 등의 실질적인 소유권이 원고에게 있음을 전제로 원고가 이 사건 특허권 등을 AAA에게 이전한 뒤 다시 권리를 취득하는 거래 형식을 가장하여 법인자금을 부당하게 유출하였음을 사유로 원고에게 ① 2020. 11. 4. 2018년 귀속 법인세 1,302,440원, 2019년 귀속 법인세 11,842,140원을 각 경정·고지하고, ② 2020. 11. 2. AAA의 소득금액을 2018년 귀속 476,301,019원으로, 2019년 귀속 23,698,981원으로, 소득종류를 각 ‘상여’로 하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

마. 이에 불복하여 원고는 2021. 2. 2. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 8. 2. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 9호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 각 처분은 다음과 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

 1) 이 사건 특허권 등은 원고의 대표이사인 AAA이 오랜 기간 본업에 종사하면서 체득한 노하우를 바탕으로 직접 발명한 것으로서, 실질적인 가치가 있는 AAA 개인의 재산권에 해당하고 원고의 인적·물적 자원을 이용한 것이 아니다. 따라서 AAA이 이 사건 특허권 등의 발명자가 아니라는 사실을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

 2) 설령 이 사건 특허권 등의 실질적인 소유권이 원고에게 있다고 보더라도, 그 소유 여부와는 별개로 이 사건 특허권 등의 감가상각은 인정되어야 한다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령¹⁾ 기재와 같다.

다. 판단

 1) 관련 법리

 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

법인세법 제52조에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성 을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조).

 2) 이 사건 발명이 개인발명인지 여부

  위 제1항의 [인정근거]에서 든 증거들, 갑 제4 내지 8호증, 제11호증의 1, 제15호증의 1, 을 제2 내지 12호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 증인BBB의 증언과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 특허권 등의 발명(이하 ‘이 사건 발명’이라 한다)이 발명진흥법 제2조 제2호가 정하는 직무발명에 해당한다고 볼 여지는 없지아니하나, AAA이 원고와는 무관하게 개인발명으로써 이 사건 특허권 등을 개발한 것으로 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

 ① 원고는 자동차 부품 제조업 등을 영위하는 법인으로, 자동차 부품인 브레이크 캘리퍼 등을 해외시장에 수출하는 사업을 영위하여 왔다. 나아가 이 사건 특허권등의 발명목적은 ‘불량품 생산량이 줄어들고, 작업시간을 단축하여 비용을 절감할 수있는 주차브레이크용 스터드 하우징 제작방법 등을 제공하고자 하는 것’으로 원고가 영위하는 주된 사업 내용과 직접적인 관련이 있다.

 ② 또한 AAA은 원고의 대표이사이자 원고의 주식 90%를 소유한 지배주주로서 원고가 1996. 3. 28. 설립된 이래 회사 전체를 경영·지휘하는 역할을 해왔고, AAA이 원고의 대표이사와는 별개의 지위에서 자동차 부품 제조업 내지 이와 유사한 사업을 영위하였다고 볼 만한 자료는 찾을 수 없다.

사정이 이러하다면, AAA이 이 사건 발명에 기여한 바가 있다고 하더라도 이는 특별한 사정이 없는 한 원고의 대표이사의 지위에서 그 업무의 일부로서 한 것으로 봄이 타당하다.

 ③ 이 사건 특허권 등의 청구(갑 제4호증의 1 내지 4) 내용을 살펴보면, 특히 주차브레이크용 XXX 하우징 제작방법은 ㉠ 스터드 하우징 소재(10)를 절단하는 1단계, ㉡ 상기 XXX 하우징 소재(10)를 컵 형상으로 형성하는 1차 냉각단조를 하는 2단계, ㉢ 상기 XXX 하우징 소재(10)의 내부에 베어링홈(11), 키홈(12)을 형성하며 외부에 돌출부(13)를 형성하는 2차 냉각단조를 하는 3단계, ㉣ 상기 스터드 하우징 소재(10)에 홀(14)을 가공하는 4단계로 구성되어 있다. 이러한 제작방법을 살펴보면, 이는 단순한 구상만으로는 개발이 어렵고, 기술의 실현 가능성․효율성․안전성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 내지 다양한 실험이 필요하며, 그 과정에서 상당한 설비와 비용도 필요할 것으로 보여, AAA 개인이 이를 모두 고안해 내는 것은 상당히 어려울 것으로 보인다. 그럼에도 AAA이 이 사건 발명 과정에서 지출한 비용 등에 관하여는 이를 인정할 만한 자료를 전혀 찾을 수 없다.

 ④ 원고는 2009. 5. 21. 최초로 기업부설연구소를 설립한 이래 현재까지 3명의 연구전담요원(박사 1명, 학사 2명)을 배치하여 2009년부터 2017년까지 연구개발비용으로 합계 약 1,183,520,567원에 달하는 돈을 지출하면서 합계 430,102,487원에 달하는 금액에 관하여 세액공제를 받아왔다. 이러한 사정에다가 현재 원고 기업부설연구소에근무하고 있는 BBB이 이 법정에서 ‘저희가 생산하고 있는 제품 종류가 캘리퍼로만 한정해도 300가지가 넘는다’는 취지로 증언한 점까지 더하여 보면, 원고는 이 사건 특허권 등의 개발에 필요한 인적·물적 자원을 충분히 구비하고 있는 것으로 보인다.

 ⑤ 원고의 개발 LIST에 따르면, 이 사건 특허권 등과 유사한 ‘OOOO OOO 하우징’이 2016. 1. 3.부터 같은 해 3. 11.까지의 기간 동안 원고의 개발내용으로 기재되어 있다. 그리고 요청일자가 ‘2015. 12. 18’, 요청인이 ‘원고 영업부’로 되어있는 개발/개선 요청서에는 그 요청사항으로 ‘변화하는 자동차 부품 개발 추이에 발맞추어 OOOO OOO 개발 진행 요청’이라는 내용이 명시되어 있고, 이에 대응하는 원고의 개발완료보고서에도 위 기간 동안 원고 기업부설연구소에서 ‘OOOO OOO 개발’을 완료한 것으로 기재되어 있다. 이에 대하여 원고는, 앞서 본 ‘OOOO OOO 하우징’ 등의 기재는 BBB이 착오로 기재한 것이라고 주장하나, 그 당시 원고 내부에서 작성된 다수의 문서에 공통된 기재가 있는 점, 위 개발완료보고서에 첨부된 도면 또한 OOOO OOO의 도면과 매우 유사한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 부분 착오 주장은 쉽사리 받아들이기 어렵다.

 ⑥ 원고는 AAA이 원고와는 무관하게 이 사건 특허권 등을 개발하였다고 주장하면서, 그 근거로 AAA이 작성하였다는 연구일지(갑 제7호증)를 제출하였다. 그러나 위 연구일지는 전체 12면에 불과하고, 그 내용이 연구개발 과정을 적은 것으로 보기에는 다소 부실할 뿐만 아니라 AAA이 연구과정을 설명하기 위하여 사후에 기재한 내용 이외에는 이 사건 특허권 등의 개발을 완성하기까지 그 오류나 시행착오에 관한 내용은 발견할 수 없다. 이에 비추어 보면 원고가 제출한 위 연구일지만으로 AAA이 단독으로 이 사건 특허권 등을 개발하였다고 인정하기는 어렵다.

 ⑦ 나아가 원고는, CCCC, DDDD으로부터 AAA이 이메일을 수신 받았다는 점을 근거로 AAA이 이 사건 특허권 등의 시제품 제작을 위 협력업체에 의뢰하였다는 취지로 주장한다. 그러나 위 이메일만으로는 시제품 제작을 의뢰한 주체가 원고와는 무관한 AAA 개인이라는 사실을 명확히 확인할 수 없는 점, 오히려 위 이메일은 최초 원고 회사 메일주소로 수신되었고, AAA은 이를 전달받은 것에 불과한 것으로 보이는 점, 해당 이메일 이외에 AAA이 이 사건 특허권 등의 시제품 제작을 협력업체에게 요청하였다고 볼 만한 객관적인 자료는 찾을 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고의 주장하는 위 사정만으로 AAA이 단독으로 이 사건 특허권 등을 개발하였다고 보기도 어렵다.

 3) 이 사건 양도대금이 ‘정당한 보상금’에 해당하는지 여부

  가) 관련 법리

발명진흥법 제2조 제2호, 제15조 등이 직무발명을 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ‘종업원 등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ‘사용자 등’이라 한다)의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명으로 규정하고, 그 보상액을 그 발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자 등 및 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여 산정하도록 규정하고 있으므로, 그러한 요건을 갖춘 직무발명에 관하여 위와 같은 점을 감안하여 산정된 직무발명보상금일 경우에 한하여 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항이 허용하는 한도 내의 금액은 특별한 사정이 없는 한 연구·인력개발비 세액공제 대상이 된다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2013두2655 판결 등 참조).

 구체적으로 발명진흥법은 종업원 등의 직무발명보상금에 관한 정당한 보상을 받을 권리를 규정하면서(제15조 제1항), 이를 심의하기 위한 직무발명심의위원회의 구성· 운영절차, 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법을 구체적으로 정하고 있으며(동조 제2 내지 4항), 위 절차규정을 준수할 뿐만 아니라 보상액에 있어 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려한 경우에 한하여 ‘정당한 보상을 한 것’으로 보고 있다(동조 제6항). 한편 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의하면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제43조 제1항은 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다. 법인이 임원에게 지급한 직무발명에 따른 보상금은 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 법인세법 제26조, 제52조, 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 직무발명에 따른 보상금을 지급하였더라도, 그 보상금이 발명진흥법이 정한 요건, 절차와 고려 사항을 감안하여 산정된 직무발명보상금이 아니라면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다.

  나) 구체적 판단

이 사건 발명이 AAA의 개인발명이 아닌 직무발명이어서 이 사건 양도대금의 성격을 직무발명보상금으로 볼 수 있다 하더라도, 위 제1항의 [인정근거]에서 든 증거들, 을 제9호증의 2, 3의 각 기재와 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① AAA은 이 사건 특허권 등의 양도 당시 원고의 대표이사이자 원고의 주식 90%를 소유한 지배주주였던 점, ② 원고는 이 사건 양수계약과 관련하여 2018. 12. 13. 임시주주총회를 개최한 것으로 보이는데, 위 총회 의사록에는 원고의 주주인 AAA과 AAA의 배우자인 EEE만이 참석한 상태에서 ‘이 사건 특허권 등의 양수에 관한 내용 및 양수금액 5억 원을 설명하고 그 가부를 물은바, 전원 이의 없이 찬성하여해당 내용을 승인·가결한다’는 등의 내용만이 기재되어 있을 뿐, 나아가 원고가 직무발명금의 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법이 명시된 보상규정을 작성하고 이를 AAA에게 문서로 알렸다고 볼 만한 자료는 찾을 수 없는 점, ③ 원고가 이 사건 양도대금을 정하면서 직무발명에 의하여 원고가 얻을 구체적인 이익과 그 발 명의 완성에 AAA이 개별적으로 공헌한 정도를 고려하였다고 볼 만한 자료도 찾을 수 없는 점, ④ 나아가 AAA이 이 사건 특허권 등을 개발하였다고 주장하는 시기와 겹치는 2016년경 AAA이 원고로부터 직무발명보상금으로 155,316,000원을 지급받은 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 AAA에게 지급한 이 사건 양도대금은 발명진흥법에서 정한 ‘정당한 보상금’에 해당한다고 보기 어려우므로, 이 사건 양도대금은 대표이사인 AAA에게 사외 유출된 것이라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 2018년, 2019년 각 사업연도에서 이 사건 양도대금을 손금으로 산입한 부분은 부인되어야 하고 AAA에 대하여는 이 사건 양도대금이 ‘상여’로 소득처분되어야 하므로, 이러한 점에서도 이 사건 각 처분이 위법하다고 볼 수는 없다.

 4) 이 사건 특허권과 관련하여 감가자산으로 산정할 수 있는지 여부

  가) 살피건대, 감가자산이란 사용기간의 경과에 따른 시가의 감소분을 평가하는 것이 아니라 수익에 대한 비용의 적절한 대응을 위하여 그 취득가액을 사용기간 동안 비용으로 배분하는 것이라고 보아야 한다(대법원 2012. 8. 20. 선고 2012도5220 판결 등 참조). 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 특허권 등의 양도는 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 행위로서 부당행위계산부인 대상이라고 보아야 해서 그 양도대금을 원고의 손금(비용)으로 처리할 수 없으므로, 이 사건 특허권 등에 관하여는 감가자산으로 산정할 수 없다(다만, 원고가 이 사건 특허권 등과 관련하여 AAA에게 발명진흥법 제15조에 따른 정당한 직무발명보상금을 지급하고 그것이 원고의 손금으로 보아야 할 경우에 이 사건 특허권 등이 감가상각의 대상이 되는 것은 별개의 문제이다).

 나) 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

라. 소결론

 결국 이 사건 발명은 AAA의 개인발명으로 보기 어렵고, 이 사건 발명이 AAA의 직무발명이어서 이 사건 양도대금의 성격을 직무발명보상금으로 볼 수 있다 하더라도, 원고가 대표이사인 AAA에게 발명진흥법에서 정한 ‘정당한 보상금’을 지급하였다고 할 수 없으므로, 이러한 점을 전제로 한 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.