주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고들이 원고에게 한 별지 1 목록 기재 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 의료기관(노인전문요양병원) 설치운영 등을 목적으로 설립된 AA의료재단(이하 '이 사건 재단'이라 한다)의 대표권 있는 이사로, BBB시 OOO로 aaa번길 대 1,640㎡ 및 그 지상 건물(이하 이를 통들어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 사업장으로 하여 'oo개발'이라는 상호로 부동산임대업을 하여 왔다.

 나. 피고 △△세무서장은 2019. 3. 25.부터 2019. 4. 13.까지 원고에 대하여 개인 통합조사를 실시하였고, 조사결과 '원고가 이 사건 재단에게 이 사건 부동산을임대차보증금 000,000,000원, 차임 월 00,000,000원으로 정하여 임대하였음에도 월 차임 중 일부에 대하여만 종합소득세 및 부가가치세를 신고․납부한 사실'을 확인하고, 그 무렵 피고 △△△세무서장에게 관련 과세자료를 통보하였다.

 다. 피고 △△세무서장은 2019. 8. 6. 원고에게 2014년부터 2017년까지의 종합소득세 합계 000,000,000원(이하 ‘이 사건 종합소득세'라 한다)을 경정․고지하였고, 피고 △△△세무서장은 2019. 8. 7. 위 과세기간 동안의 부가가치세 합계 000,000.000원(이하 '이 사건 부가가치세'라 한다)을 경정․고지하였다(위 종합소득세 및 부가가치세를 모두 합하여 '이 사건 과세처분'이라 한다).

 라. 원고는 2019. 10. 83. 이 사건 과세처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2020. 11. 12. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 6, 12, 14호증, 을 All, 2호증의 각 기재(가지번호가 있는 경우 가지번호를 포함한다, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

  원고가 이 사건 재단과 사이에 체결한 임대차계약은 통정허위표시로서 무효이고, 원고는 이 사건 재단으로부터 임대차보증금 및 차임을 수수한 사실이 없다. 원고는 이 사건 재단으로부터 대가를 지급받지 않고 이 사건 부동산에 관한 임대 용역을 제공하였고 이는 구 부가가치세법(2015. 8. 11. 법률 제13474호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항 제20호에서 정하는 '공익단체에 무상으로 공급하는 용역'에 해당하여 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당하지 않으므로, 이 사건 부가가치세 처분은 위법하다. 또한 원고가 이 사건 부동산에 관하여 아무런 임대수입을 얻은 바 없음에도 유상으로

임대거래한 것으로 보고 행하여진 이 사건 종합소득세 처분은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다.

 나. 관계 법령

 별지 2 기재와 같다

다. 인정사실

 갑 제3 내지 11, 20, 22, 23호증, 을 제3, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 아래의 사실을 인정할 수 있다.

   1) 원고의 이 사건 부동산 취득 및 임대차계약 체결

    가) 원고는 이 사건 부동산에서 의료법인 AA의료재단 AA병원(이하 '이 사건 병원'이라 한다)을 개설운영하기 위하여 2011. 10. 31. 보건복지부장관에게 이 사건 재단이 부동산을 임차하여 분사무소를 설치하는 것이 가능한지 여부를 질의하였고, 2011. 11. 4. 보건복지부장관으로부터 '부동산 임차에 의한 설치가 가능하다'는 취지의 회신을 받았다.

    나) 원고는 2011. 11. 21. 이 사건 부동산의 임의경매절차에서 낙찰허가결정을 받았다.

    다) 원고는 2011. 12. 9. 'oo개발'이라는 상호로 이 사건 부동산을 사업장소재지로 하는 부동산임대업의 사업자등록을 하였고, 2011. 12. 14. 이 사건 재단과 사이에 이 사건 부동산을 임대차보증금 000,000,000원, 차임 월 00,000,000원, 임대기간 2012. 6. 14.부터 2015. 6. 13.까지 3년으로 정하여 임대하기로 하는 임대차계약서(이하 '이 사건 계약서'라 한다)를 작성하였다. 이 사건 재단은 이 사건 계약 체결 전날인 2011. 12. 13. 농협은행으로부터 000,000,000원을 대출받았고, 위 계약일 당일 원고에게 위 돈을 지급하였다.

    라) 원고는 이 사건 재단으로부터 지급받은 000,000,000원과 금융기관에서 대출받은 돈 등을 합하여 2011. 12. 20. 이 사건 부동산의 경락대금 0,000,000,000을 납부하고 그 소유권을 취득하였다.

   2) 이 사건 재단의 정관변경 및 이 사건 병원의 개설ㆍ운영

    가) 이 사건 재단은 이 사건 부동산에 분사무소를 설치하여 이 사건 병원을 개설․운영하기 위하여 2012. 3. 15. 주무관청인 포천시장에 재단의 기본재산 편입에 관한 정관변경 인가 신청을 하였고, 00시장은 2012. 5. 8. '분사무소 설치 예산 현금 00억 및 분사무소 설치 건물 기부에 대한 재산기부 승낙서, 인감증명'의 제출을 요구하는 회신을 하였다.

   나) 이에 원고는 2012. 5. 12. '이 사건 재단에 현금 00억 원을 이 사건 병원을 개원할 때까지의 필요비용으로 기부함을 승낙한다'는 내용의 보통재산 기부 승낙서와 '이 사건 부동산을 이 사건 병원 개원일부터 3년 이내에 기본재산으로 기부함을 승낙한다'는 내용의 기본재산 기부 승낙서를 각 작성하여 이를 00시장에 제출하였다.

    다) 00시장은 2012. 5. 29. 준수사항(① 분사무소 설치 운영을 위한 현금 12억을 이 사건 병원 개원 전까지 기부할 것, ② 이 사건 부동산을 이 사건 병원 개원일부터 3년 이내에 기부할 것)의 이행을 조건으로 하여 이 사건 재단의 정관변경을 인가하였다.

    라) 이 사건 재단은 2012. 7. 17. △△△시장으로부터 의료기관의 개설 허가를 받았고, 2012. 7. 18. △△△세무서장에 법인설립신고 및 사업자등록을 하였는데, 이 사건 재단은 위 각 신청을 하면서 이 사건 계약서를 제출하였다. 이 사건 재단은 2012.7.경부터 이 사건 병원을 운영하였다.

    마) 원고는 2016. 12. 13. 이 사건 재단에 000,000,000원을 지급하였고, 이 사건 재단은 같은 날 위 돈으로 농협은행에 대한 2011. 12. 13.자 대출금 채무를 변제하였다.

   3) 이 사건 병원의 폐업

    가) 00시장은 2017. 5. 26.경 '원고가 이 사건 부동산을 개원일부터 3년 이내에 기본재산으로 기부한다'는 정관변경 인가 조건을 이행하지 않았음을 이유로 정관변경 인가를 취소하였고, 이 사건 병원은 2017. 6.경 폐원하였다.

    나) 원고는 2017. 10. 30. 이 사건 재단에 대한 미수임대료 000,000,000원을 포기한다는 내용의 채권포기 승낙서를 작성하였고, 이 사건 재단은 같은 날 이사회를 개최하여 이 사건 병원의 미지급 차임 0.000,000,000원[= 월 차임 00,000,000원 × 60개월(2012. 6.부터 2017. 5.까지 60개월)]에서 임대차보증금 000,000,000원을 공제한 나머지 000,000,000원을 원고가 포기하는 방식으로 임대료를 정산하기로 결의하였다.

 라. 판단

   1) 이 사건 부가가치세 처분의 적법 여부

   앞서 인정한 사실에다가 갑 제2, 16, 29호증, 을 제6, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사정을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 재단으로부터 이 사건 계약에 따라 대가를 지급받기로 하고 임대 용역을 제공하였다고 봄이 타당하고, 달리 이 사건 계약이 통정허위표시에 해당하여 무효라고 보기 어렵다. 따라서 원고가 이 사건 재단에게 무상으로 임대 용역을 제공하였음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

    가) 원고는 보건복지부장관으로부터 이 사건 재단이 부동산을 임차하여 병원을 개설․운영하는 것이 가능하다는 회신을 받고, 그에 따라 이 사건 재단에게 이 사건 부동산을 유상 임대할 의사로 부동산임대업의 사업자등록을 한 다음 이 사건 계약서를 작성한 것으로 보인다. 이 사건 계약서에서 정한 임대차보증금 000,000,000원, 차임 월 00,000,000원의 조건은, 원고가 이 사건 계약의 종료 이후 이 사건 부동산에 관하여 다른 임차인들과 사이에 체결한 임대차계약의 조건[2017. 4. 28. 김oo과 체결한 임대차 계약(임대차보증금 000,000,000원, 차임 월 00,000,000원 내지 00,000,000원¹⁾), 2023. 3. 11, 박oo와 체결한 임대차계약(임대차보증금 000,000,000원, 차임 월 00,000,000원)]과 비교해 보더라도, 시세에 부합하는 적정 수준으로 책정된 것으로 보인다. 이 사건 재단 역시 원고에게 경제적 대가를 지급하고 임차할 의사로 이 사건 계약서를 작성하였고 의료기관 개설허가와 법인설립신고 및 사업자등록신청을 하면서 위 계약서를 첨부하였다. 결국 이 사건 계약은 원고와 이 사건 재단의 의사에 따라 유효하게 체결된 것으로 봄이 타당하다. 만약 원고 주장과 같이 oo시이 원고에게 무상 임차의 분사무소 개설운영만을 요구함에 따라 원고가 이 사건 부동산을 무상으로 임대할 수 밖에 없었다면, 원고는 임대차보증금과 차임이 기재된 임대차계약서가 아니라 무상의 사용대차계약서를 작성했을 것으로 보인다.

    나) oo시장은 의료재단법인이 부동산을 유상으로 임차하는 방식으로 병원을 개설하는 것을 원칙적으로 허용하지 않는 입장이었던 것으로 보인다. 그러나 이 사건 재단이 정관변경 인가 신청을 하면서 임대차보증금과 차임이 기재된 이 사건 계약서를 첨부하였고, oo시장이 '원고가 현금 00억 원을 분사무소 개원 전까지 기부할 것' 등의 조건으로 이 사건 재단의 정관변경을 인가한 점에 비추어 보면, oo시장은 이 사건 계약을 무효로 하겠다는 취지라기보다는, 이 사건 계약이 유효함을 전제로 원고가 이 사건 재단에 임대차보증금 000,000,000원을 포함한 현금 00억 원을 기부함으로써 무상 임차와 같은 경제적 효과가 발생하게 하여 이 사건 재단의 재정 건전성을 확보하려는 취지였던 것으로 보인다. 이에 대하여 원고는 이 사건 재단으로부터 임대차보증금을 지급받지 않겠다는 의미로 현금 00억 원을 기부하겠다는 보통재산 기부 승낙서를 작성한 것이라고 주장하나, 보통재산 기부 승낙서에는 임대차보증금에 관한 별도의 언급 없이 '현금 00억 원을 기부한다'고만 되어 있는 점, 보통재산 기부 승낙서가 작성된 시점은 이 사건 재단이 원고에게 이미 임대차보증금 000,000,000원을 지급한 이후였고 달리 원고가 이 사건 병원의 개원 전에 위 돈을 이 사건 재단에 반환하였다고 볼 만한 사정이 없는 점 등을 고려할 때 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

    다) 원고는 정관변경 인가가 취소된 이후 원고에게 이 사건 계약에 따른 임대차보증금 반환채무가 존재함을 전제로 이 사건 재단에 대한 미수임대료 채권 0,000,000,000원 중에서 임대차보증금 000,000,000원을 공제한 나머지 000,000,000원을 포기한다는 채권포기 승낙서를 작성하였고, 이 사건 재단도 위와 같은 취지로 이사회 결의를 하였다.

    라) 한편, 원고는 이 사건 재단에 대하여 가지는 대여금 채권의 변제를 위하여 이 사건 재단으로부터 000,000,000원을 지급받은 것이고, 이 사건 계약에 따른 임대차보증금으로 위 돈을 받은 것이 아니라고 주장한다. 갑 제17 내지 19호증의 각 기재에 의하면, 원고가 2011. 2. 9.부터 같은 달 10.까지 이 사건 재단에게 합계 000,000,000원을 지급한 사실, 이 사건 재단의 회계장부에는 위 돈이 원고의 가수금으로 처리되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 그러나 ① 가수금이란 실질적으로 현금의 수입은 있지만 거래 내용이 불분명하거나 거래가 완전히 종결되지 않아 계정과목이나 금액이 미확정인 경우에 현금의 수입 내역을 일시적으로 처리하기 위하여 사용하는 계정과목을 의미하는 것으로, 회사의 대표이사가 회사에 송금한 금원을 회사의 회계장부에 가수금으로 처리하였다고 하여 곧바로 위 금원이 회사에 대하여 대여금의 성질을 가진다고 단정할 수는 없는 점, ② 원고의 가수금으로 기재된 위 000,000,000원이 어떤 성질의 금원인지를 뒷받침할 수 있는 차용증 등의 처분문서가 없는 점, ③ 원고는 이 사건 재단과 위 금원에 대한 이자 지급 유무나 그 지급시기, 변제기 등에 관하여도 따로 정하지 아니한 것으로 보이는 점, ④ 설령 원고가 이 사건 재단에 대하여 000,000,000원의 대여금 채권을 가지고 있다 하더라도, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 계약에 따른 임대차보증금을 지급받았음을 전제로 보통재산 기부 승낙서, 채권포기 승낙서를 작성하였고 이 사건 재단 역시 그와 같은 전제에서 앞서 본 것과 같은 이사회 결의를 한 것에 비추어 볼 때 이 사건 재단이 2011. 12. 14. 원고에게 지급한 000,000,000원은 이 사건 계약에 따른 임대차보증금 지급을 위한 것으로 봄이 타당하므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

    마) 원고는 이 사건 부동산의 임대차계약 기간 동안 이 사건 재단으로부터 차임을 지급받은 사실이 없음에도, 월 0,000,000원의 임대소득에 대한 세금계산서를 발행하고 그에 관한 종합소득세 신고ㆍ납부를 하였다. 원고의 세무대리인 진oo이 피고 △△세무서장에 제출한 진술서에는 '이 사건 병원의 적자 운영으로 임대료를 정상적으로 받지 못하자, 원고가 이 사건 부동산을 취득하면서 대출받은 돈에 대한 은행이자 상당액인 월 0,000,000원을 임대료로 세금 신고하였다.'는 취지가 기재되어 있다. 이와 같은 세금계산서 발행 및 세금 신고 경위 등에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 병원의 운영난으로 인해 차임을 지급받지 못하게 되었던 것일 뿐 당초부터 차임을 받지 않으려는 의사는 아니었던 것으로 보인다.

   2) 이 사건 종합소득세 처분의 적법 여부

   소득세의 과세대상이 되는 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지 필요 없고, 소득이 발생할 권리의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되면 족하다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결 등 참조).

    앞서 본 바와 같이 이 사건 종합소득세 처분의 과세대상인 이 사건 재단에 대한 임대소득은 원고가 이 사건 재단에 이 사건 부동산을 임대하면서 매월 00,000,000원의 차임을 지급받기로 약정함으로써 그 차임채권의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 확정되어 차임 상당의 수입이 그 약정 지급일에 원고에게 귀속되었다고 봄이 상당하다. 그 후 원고가 이 사건 재단으로부터 실제로 차임을 지급받지 못하였고 이후 차임채권을 포기하였다는 등의 사정만으로는 과세대상인 부동산임대소득의 수입시기에 그 임대소득의 실현 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

 그렇다면, 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 김00

       판사 김00

       판사 손00

별지 2

관계법령

▣ 구 부가가치세법(2015. 8. 11. 법률 제13474호로 개정되기 전의 것)

제12조(용역 공급의 특례)

② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 *특수관계인" 이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

제29초(과세표준)

⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우

▣ 부가가치세법 시행령

제47조(공익단체의 범위)

① 법 제26조제1항제20호에서 “대통령령으로 정하는 공익단체” 란 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 [상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 단체를 말한다.

제65조(부동산 임대용역의 공급가액 계산)

① 법 제29조제10항제1호에 따라 전세금이나 임대보증금을 받는 경우에는 법 제29조제3항제2호에 따른 금전 외의 대가를 받는 것으로 보아 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 이 경우 국가나 지방자치단체의 소유로 귀속되는 지하도의 건설비를 전액 부담한 자가 지하도로 점용허가(1차 무상점용기간으로 한정한다)를 받아 대여하는 경우에 기획재정부령으로 정하는 건설비상당액은 전세금이나 임대보증금으로 보지 아니한다

계막기간 1년의 점기메금 이자율

▣ 구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것)

제12조(공익법인등의 범위)

4. 「의료법」 에 따른 의료법인이 운영하는 사업. 끝.