주 문

1. 이 사건 소 중 피고가 2020. 8. 1. 원고에게 한 2017년 2기 귀속 부가가치세 46,875,500원(가산세 포함)의 부과처분 중 41,005,759원(가산세 포함)을 초과하는 부분에 대한 취소청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 8. 1. 원고에게 한 2017년 1기 귀속 부가가치세 12,300,310원(가산세 포함), 2017년 2기 귀속 부가가치세 46,875,500원(가산세 포함), 2018년 1기 귀속 부가가치세 5,844,590원(가산세)의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 2015. 3. 1.부터 2020. 9. 1.까지 CCC이 운영하는 oo시 oo면 oo로 0000번길 00 소재 공장에서 ‘DDDD’라는 상호로 금속 열처리업 등을 영위한 사업자이다(이하 위 사업을 ‘이 사건 사업’이라고 하고, 이에 관한 사업장을 ‘이 사건 사업장’이라고 한다). CCC은 2010. 4. 1.부터 2018. 2. 8.까지 OO시 OO면 OO로 0000번길 00 소재 공장에서 ‘EEEEE’라는 상호로 금속 열처리업을 영위하였다.

나. 원고는 2017. 1. 25.부터 2019. 8. 14.까지 CCC으로부터 별지1 목록 기재 세금계산서 및 수정세금계산서(피고가 제출한 답변서 제4 내지 6면에 표시한 순번을 ‘피고순번’, 원고가 제출한 2023. 1. 30. 자 준비서면 제2, 3면에 표시한 순번을 ‘원고 순번’란에 각 표시한다)를 포함한 세금계산서 및 수정세금계산서를 발급받고 2017년 1기 내지 2018년 1기 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고·납부하면서 CCC으로부터 발급받은 세금계산서 및 수정세금계산서에 기재된 부가가치세액을 매입세액에 산입하였다.

원고가 2017년 1기 내지 2018년 1기 부가가치세 과세표준 및 세액신고를 한 후 피고가 CCC이 원고에게 발급한 수정세금계산서의 내역을 반영하여 2017년 1기 내지 2018년 1기 부가가치세액을 경정한 내역은 아래 표 기재와 같다.

다. 피고는 2020. 5. 6.부터 2020. 7. 15.까지 원고를 상대로 2017년 1기 내지 2018년 1기를 대상으로 한 거래질서 조사를 실시한 결과 원고가 CCC으로부터 재화 또는용역을 공급받지 아니하고 별지1 목록 기재 세금계산서 및 수정세금계산서를 발급받았다고 보아 위 세금계산서 및 수정세금계산서의 기재에 따른 매입세액 계산을 부인하고 2017년 1기 내지 2018년 1기 부가가치세액을 아래 표 기재와 같이 재경정하여 2020. 8. 1. 원고에게 아래 표 부과세액 란 기재 금액을 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 하고, 과세기간 별로 ‘이 사건 ○○○○년 ○기 부가가치세 부과처분’이라고 한다).

라. 원고는 2020. 10. 12. OO지방국세청장에게 이 사건 각 처분에 대한 이의를 신청하였고, OO지방국세청장은 2020. 11. 26. 원고가 CCC으로부터 발급받은 2017. 11. 30. 자 전기료 관련 세금계산서(별지1 순번 제22번) 기재 공급가액 15,266,890원 중 14,341,377원, 2017. 12. 31. 자 전기료 관련 세금계산서(별지1 순번 제23번) 기재 공급가액 18,331,540원 중 17,406,705원은 각각 매입세액 공제 대상 금액으로 하여 원고의 2017년 2기 부가가치세 및 가산세를 경정하게 하고 원고의 나머지 이의신청은 기각하는 결정을 하였다.

마. 이에 피고는 2020. 12.경 이 사건 2017년 2기 부가가치세(가산세 포함)를 아래 표 기재와 같이 재경정하였다(이하 ‘이 사건 추가 재경정 결정’이라고 한다).

바. 원고는 2021. 2. 19. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 조세심판을 청구하였으나 조세심판원은 2022. 2. 28. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 갑 제1, 2, 4, 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 재화 또는 용역을 공급받지 않고 별지1 목록 기재 세금계산서 및 수정세금계산서를 발급받았다는 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 피고는 OO지방검찰청 2021형제14101호로 이 사건 사업을 실제로 경영한 원고의 아버지 FFF이 CCC으로부터 별지1 목록 기재 세금계산서 및 수정세금계산서를 발급받아 구 조세범 처벌법(2018. 12. 31. 법률 제16108호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세범 처벌법’이라고 한다) 제10조 제3항을 위반하였다고 FFF을 고발하였으나 (이하 위 고발로 수사가 개시된 사건을 ‘이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건’이라고 한다), 검사는 별지1 목록 순번 제4, 9, 13, 16, 21, 22, 23, 25, 26, 28, 35, 37, 39, 41번 기재 세금계산서 및 수정세금계산서 수취로 인한 조세범 처벌법 위반의 점에 대하여 혐의없음 불기소처분을 하였다.

나. 별지1 목록 순번 제25번 기재 발급일 2018. 1. 3., 작성일자 2017. 9. 20., 품목 ‘PIT로 외 치구‘인 세금계산서(원고 순번 제11번, 피고 순번 제2-1번) 관련, 원고는 2017. 9. 20. CCC으로부터 150,000,000원 상당의 설비를 매수하였고, 2017. 9. 25. CCC과 CCC의 채무 110,000,000원을 대위변제하는 방법으로 위 설비대금을 지급하기로 합의하였으며, 2017. 11. 1. CCC, GGG, FFF과 CCC이 GGG에 대하여 부담하는 채무 110,000,000원을 원고가 대위변제하고 FFF이 이를 보증한다는 내용의 약정서를 작성하고, 2017. 11. 14. CCC에게 같은 내용의 각서를 작성해 주었으며, 2019. 9. 30. GGG에게 110,000,000원을 지급하였는바, 원고와 CCC 사이에서 별지1 목록 순번 제25번 기재 세금계산서에 관한 실제 거래가 있었다.

다. 별지1 목록 순번 제21, 22, 23번 기재 각 발급일 2018. 1. 2. 작성일자 2017. 10.31. 내지 2017. 12. 31., 품목 ’전기료‘인 세금계산서(원고 순번 제17 내지 19번, 피고 순번 제3-11, 13, 14번) 관련, 위 각 세금계산서는 원고가 CCC이 운영하던 이 사건 사업장에서 사용한 2017년 10월 내지 12월 분 전기요금에 관하여 발급받은 것으로, 원고는 2017년 10월부터 단독으로 이 사건 사업장에서 전기를 사용하였으므로, 위 각 세금계산서에 관하여는 실제 거래가 있었다.

라. 원고는 별지1 목록 순번 제21 22, 23, 25번 기재 각 세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서가 거짓임을 알지 못하였는바, 이 사건 각 처분 중 별지1 목록 순번 제21, 22, 23, 25번 기재 각 세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서 및 수정세금계산서가 허위라고 하더라도 원고가 부당한 방법으로 부가가치세 과세표준 및 매입세액을 과소신고하였다고 볼 수는 없으므로 이와 다른 전제에서 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 및 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제1항 제1호에 정한 부당과소신고 가산세를 부과한 부분은 위법하다[원고는 이 부분 주장에 관하여 ’부당한 방법으로 과세표준을 과소신고 한 경우를 전제한 이 사건 처분은 위법하다‘라고 기재하였으나, 위 주장에 관하여 부당과소신고 가산세 부과 요건에 관한 대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결을 원용하고 있는바, 이 사건 2017년 1기 및 2017년 2기 부가가치세 부과처분 중 부당과소신고 가산세 부분의 적법 여부를 다투는 것으로 본다. 한편 원고는 2023. 1. 30. 자 준비서면 제3, 4면 및 2023. 4. 11. 자 준비서면 제4 내지 6면에서 위 주장을 별지1 목록 순번 제4, 9, 13, 16, 26, 28, 35, 37, 39, 41번 기재 각 세금계산서(원고 순번 제2, 6, 7, 8, 10, 12, 13, 14, 15, 16번, 피고 순번 제1-2, 8, 10, 11, 12, 14번, 제2-2, 4, 5, 8, 10번)에 관한 것으로 기재하는 한편 2023. 4. 11. 자 준비서면 제7면에서는 같은 취지의 주장을 이 사건 처분 전체에 관한 것으로 기재하였는바, 원고가 실제 거래가 있었다고 주장하는 별지1 목록 순번 제21, 22, 23, 25번 기재 세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서에 관하여 위 주장을 한 것으로 본다].

3. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 소 중 감액 경정된 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

직권으로 본다.

가. 조세부과처분 중 경정 또는 재경정 결정에 의하여 이미 적법하게 취소된 부분에 대하여는 다시 취소를 구할 소의 이익이 없고, 오직 감액된 당초의 부과처분의 취소를 소구함으로써 족하다고 할 것이므로 당초의 부과처분 전부의 취소를 구할 소의 이익이없다(대법원 1982. 11. 23. 선고 81누393 판결 등 참조).

나. 앞서 본 바와 같이 피고는 이 사건 추가 재경정 결정으로 이 사건 2017년 2기 부과처분 중 본세 3,174,807원, 가산세 2,694,934원 합계 5,869,741원(= 3,174,807원 ＋ 2,694,934원) 부분을 감액하였는바, 위 재경정 결정에 따라 이 사건 2017년 2기 부가가치세 부과처분 중 5,869,741원 부분은 적법하게 취소되었다.

다. 따라서 이 사건 소 중 피고가 2020. 8. 1. 원고에게 한 2017년 2기 귀속 부가가치세 46,875,500원(가산세 포함)의 부과처분 중 41,005,759원(= 46,875,500원 － 5,869,741원)을 초과하는 부분에 대한 취소청구 부분은 이미 적법하게 취소된 처분의취소를 구하는 것이어서 소의 이익이 없어 부적법하다(이하 ’이 사건 각 처분‘, ’이 사건 2017년 2기 부가가치세 부과처분‘은 위와 같이 감액 경정된 것으로 본다).

5. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 참조). 그러나 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다.

나. 원고가 CCC으로부터 150,000,000원 상당의 설비를 매수하였는지 여부

살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제3, 6, 9 내지 16호증, 을 제4 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 별지1 목록 순번 제25번 기재 세금계산서가 재화의 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되는 반면, 원고가 주장하는 사정들 및 제출한 증거들만으로는 원고가 2017. 9. 20. CCC으로부터 150,000,000원 상당의 설비를 매수하였다고 인정하기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1) CCC은 OO지방법원 2020고단2555호로 재화 또는 용역을 공급하지 아니고 별지1 목록 순번 제1, 2, 4 내지 9, 11, 13, 15, 16, 18 내지 26, 28, 34, 35, 37, 39, 41번 기재 각 세금계산서를 발급하여 구 조세범 처벌법 제10조 제3항 제1호를 위반하였다는 공소사실로 기소되어(이하 위 공소제기로 계속된 사건을 ‘이 사건 관련 CCC에 대한 형사사건’이라고 한다) 2020. 11. 17. 위 법원으로부터 징역 1년, 집행유예 2년, 사회봉사 160시간을 선고받고, 양형부당을 이유로 OO지방법원 2020노3024호로 항소하여 2021. 10. 1. 항소심 법원으로부터 제1심과 같은 형을 선고받았으며, 위 판결은 그대로 확정되었다.

2) 원고가 CCC으로부터 150,000,000원 상당의 설비를 매수하면서 작성하였다고 주장하는 2017. 9. 20. 자 설비 매매계약서(갑 제10호증의 1)에 첨부된 목록(을 제3호증 제22면)에는 유조설비 및 기름 1set, PIT로 Ø770*2500L 1set, 지게차 2.5ton 1대, 실험장비 4set, 대형쟁반 2500W*500T*2500L 1set, 편심교정기 850ton 1set 합계 161,000,000원(nego: 150,000,000원)이라고 기재되어 있고, 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서(갑 제10호증의 2)에 첨부된 2017. 10. 7. 자 목록(을 제3호증 제23면)에는 2017. 9. 20. 자 설비 매매계약서 목록 중 ‘유조설비 및 기름 1set’ 부분이 ‘PIT로Ø1300*2500L 1set’로, ‘PIT로 Ø770*2500L 1set’ 부분이 ‘PIT로 Ø770*2500L 2set’로, ‘대형쟁반 2500W*500T*2500L 1set’ 부분이 ‘대형쟁반 2000W*500T*2500L 1set’로 각 변경되어 있다. 그런데 2017. 9. 20. 자 설비 매매계약서에 기재된 품목 중 유조설비, 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서에 기재된 ‘PIT로 Ø1300*2500L 1set’는 이 사건 사업장에 있는 CCC 소유 공장에 대하여 OO지방법원 2015타경12006 부동산임의경매절차에서 원고에게 일괄 매각된 것이고, 지게차는 2020. 5. 25. CCC 소유로 남아있으며, 그 밖의 품목을 원고가 취득하여 보유하고 있다고 인정할 만한 객관적인 자료가 없다. FFF은 세무조사 시 원고가 2017. 9. 20. 및 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서에 기재된 품목 중 일부를 위 부동산임의경매절차를 통해 매수한 사실을 지적하자 2017. 9. 20. 자 설비 매매계약서가 진정한 것이고, 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서는 CCC이 임의로 작성한 것이며, ‘유조설비 및 기름 1set’ 중 기름 부분만을 CCC으로 부터 매수한 것이라고 진술하였으나, 위 진술은 스스로 작성한 계약서에 부합하지 않아 그대로 믿기 어렵다.

3) CCC은 2017. 10. 23. 원고에게 품목을 ‘설비물품대’로, 공급가액을 ‘150,000,000원’으로 기재한 세금계산서(별지1 목록 순번 제9번)를 발급하였다가 2017. 10. 27. 위 세금계산서의 품목을 ‘PIT로 1350*2500 1set 중고’로 변경하는 수정세금계산서(별지1 목록 순번 제12, 13번)를 발급하고, 같은 날 다시 계약 해제를 이유로 품목을 ‘치공구 및 전기로 1350*2500 1set’로, 공급가액을 ‘-150,000,000원’으로 기재한 수정(별지1 목록 순번 제14번)를 발급하여 최초로 발급한 세금계산서를 취소하였다. CCC은 2018. 1. 3. 다시 원고에게 작성일자를 ‘2017. 9. 20.’로, 품목을 ‘PIT로 외 치구’로, 공급가액을 ‘150,000,000원’으로 기재한 세금계산서 2매를 발급하였다가(별지1 목록 순번 제25, 26번), 같은 날 위 세금계산서 중 1매에 대해서는 공급가액을 ‘-150,000,000원’으로 기재한 수정세금계산서(별지1 목록 순번 제27번), 나머지 1매에 대해서는 작성일자를 ‘2017. 9. 20.’에서 ‘2018. 1. 3.’로 변경한 수정세금계산서(별지1목록 순번 제28번)를 각 발급하였으며, 같은 날 다시 계약해제를 이유로 작성일자를 ‘2018. 1. 3.’로 수정한 세금계산서를 취소하는 수정세금계산서(별지1 목록 순번 제29번)을 발급하였다. CCC은 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건 수사과정에서 2017. 9. 20. 및 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서는 FFF의 지시로 작성한 것이라고 진술하였고, 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건 공판절차에 증인으로 출석하여 FFF으로부터 대가를 받는 조건으로 허위세금계산서를 발급해달라는 부탁을 받아 2017년 70 내지 80여 건의 허위세금계산서를 발급하였고, 2017. 9. 25. EEEEE의 폐업 신고를 하자 FFF이 부가가치세 보전 명목으로 3,000,000원을 주면서 폐업을 하지 말라고 하여 폐업 신고를 철회하였으며, 그때부터 2018. 2. 폐업할 때까지 허위세금계산서를 많이 발급하였다고 증언하였다.

4) FFF은 물품 공급 관련 세금계산서 중 위 3)항의 세금계산서를 제외한 별지1 목록 순번 제1, 2, 5, 6번 기재 각 세금계산서 수취에 관하여 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건에서 구 조세범 처벌법 제10조 제3항 제1호 위반의 점으로 유죄 판결을 받았고, 원고는 위 각 세금계산서가 허위로 발급되었다고 인정하고 있는 점, 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서에는 작성일자가 2017. 10. 7.인 목록이 첨부되어 있고, 수기로 작성된 부분에는 ‘2017년 제2003호 OOOO OOOO 인증서’라고 기재되어 있는데, 위 인증서는 적어도 2017. 11. 1. 이후 작성된 것으로 보이는바, 해당 부분은 사후적으로 가필된 것임이 분명한 점, CCC이 세무조사 및 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건 수사과정에서 일부 진술을 변경하기는 하였으나 FFF으로부터 대가를 받기로 하고 허위세금계산서를 발급하였다는 진술의 주요한 부분은 일관되게 유지되고 있고, 발급한 세금계산서, 수정세금계산의 수량과 발급 빈도를 고려하면 일부 진술을 변경한 것은 기억력의 한계로 인한 것으로 봄이 타당한 점, 앞서 본 ‘설비물품대’ 또는 ‘PIT로 외 치구’ 공급 관련 세금계산서의 발급 및 수정 경위, 발급 당시 CCC은 폐업을 앞두고 있었고, FFF도 이를 알고 있었던 점에 비추어 보면 CCC이 세무조사, 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건의 수사 및 공판절차에서 한 진술은 신빙성이 있다.

5) 검사는 FFF의 진술이 2017. 9. 20. 및 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서, 채무대리변제에 대한 조건계약서(갑 제11호증), 대위변제 지불각서(갑 제12호증), 문자메시지(갑 제13호증), 기계 사진, CCC이 FFF에게 발송한 내용증명에 부합하고, CCC이 검찰 조사 시 위 각 설비 매매계약서에 기재한 품목을 FFF에게 매도한 것이 맞다는 취지로 종전의 진술을 번복한 점을 들어 피고가 고발한 별지1 목록 순번 제25번 기재 세금계산서 수취로 인한 조세범 처벌법 위반의 점에 관하여 혐의없음 불기소 처분을 하였다. 그러나 검찰의 무혐의결정에 대해 확정된 형사판결과 동일한 증거가치를 부여할 수는 없고(대법원 1995. 12. 26. 선고 95다21884 판결 등 참조), 행정재판은 반드시 검사의 불기소처분사실에 구속되는 것은 아니며 법원은 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있다(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 참조). ① 앞서 본 바와 같이 원고 또는 FFF이 2017. 9. 20. 및 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서에 기재된 품목을 취득하였다고 볼 만한 객관적인 자료가 없는 점, ② CCC은 검찰 조사시 위 각 설비 매매계약서에 기재된 품목이 부동산임의경매절차에서 매각된 기계기구에 포함되었는지 여부, CCC 소유의 물건이었는지 제3자 소유의 물건이었는지 여부에 대하여만 진술을 일부 변경하였을 뿐이고, FFF의 요청으로 대가를 받기로 하고 허위세금계산서를 발급하였다는 진술은 그대로 유지한 점, ③ 2017. 9. 20. 및 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서에 기재된 품목 중 일부는 부동산임의경매 절차에서 매각되었고, 위 각 설비 매매계약서에 기재된 품목도 변경되었던 점, ④ 채무대리변제에 대한 조건계약서(갑 제11호증), 대위변제 지불각서(갑 제12호증), 문자메시지(갑 제13호증) 등은 원고와 FFF이 CCC의 채무를 대위변제하였다는 점을 뒷받침하는 자료일 뿐이고, 물품대금 지급에 갈음하여 원고와 FFF이 CCC의 채무를 대위변제한다는 내용으로 2017. 9. 25. 자 설비 매매계약서에 수기로 기재된 부분은 사후적으로 가필되었음이 분명하며, 달리 위 채무의 대위변제가 설비 매매대금 지급을 위한 것이었다고 인정할 만한 증거는 없는 점에 비추어 보면, 별지1 목록 순번 제25번 기재 세금계산서 수취로 인한 조세범 처벌법 위반의 점에 대한 불기소처분의 이유는 그대로 받아들이기 어렵다.

다. 전기료 관련 세금계산서에 관하여

살피건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 별지1 목록 순번 제21번 기재 세금계산서, 제22번 기재 세금계산서 중 14,341,377원4)을 초과하는 부분, 제23번 기재 세금계산서 중 17,406,705원을 초과하는 부분이 각각 재화의 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었고, 원고가 주장하는 사정들 및 제출한 증거들만으로는 ① 원고가 이 사건 사업장에서 2017년 10월 전기요금 부과 대상 기간에 11,566,727원 상당의 전기를 사용한 점, ③ 2017년 11월 전기요금 부과 대상 기간에 14,341,377원을 초과하는 금액 상당의 전기를 사용한 점, ④ 2017년 12월 전기요금 부과 대상 기간에 17,406,705원을 초과하는 금액 상당의 전기를 사용한 점을 인정하기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1) 별지1 목록 순번 제21번 기재 세금계산서에 관하여

가) 원고는 2017. 10.경부터 이 사건 사업장에서 단독으로 전기를 사용하였으므로 작성일자를 ‘2017. 10. 31.’로, 품목을 ‘전기료’로 기재하여 발급받은 별지1 목록 순번 제21번 기재 세금계산서에 관하여 원고가 재화의 공급을 받았다고 주장한다.

나) 그러나 아래와 같은 사정들을 종합하면, 별지1 목록 순번 제21번 기재 세금계산서가 원고가 실제로 공급받은 전기요금에 관한 것이라고 볼 수 없다.

(1) 별지1 목록 순번 제21번 기재 세금계산서는 2017년 10월 분 전기요금에 관한 것인데, 2017년 10월 분 전기요금의 부과대상 기간은 2017. 9. 9.부터 2017. 10. 8.까지이다.

(2) 원고 스스로 2017. 10.경부터 이 사건 사업장에서 단독으로 전기를 사용하였다고 주장하고 있고, CCC도 이 사건 관련 FFF에 대하 형사사건 공판절차에 증인으로 출석하여 FFF이 이 사건 사업장의 전기를 단독으로 사용한 시점은 2017. 10.경부터라고 증언하였다. 원고는 2017. 11. 28. 이 사건 사업장에 있는 공장 및 기계 기구의 소유권을 취득하였고, 2017. 9.말 내지 2017. 10.경 직원들을 고용한 것으로 보이는 점에 비추어 보면, CCC의 위 증언은 신빙성이 있다.

(3) 검사는 FFF이 해당 기간에 이 사건 사업장에서 공장을 가동하고 전기를 사용하였다는 이유로 별지1 목록 순번 제21번 기재 세금계산서 수취로 인한 조세범처벌법 위반의 점에 대하여 혐의없음 불기소처분을 하였으나, 위 불기소처분의 이유는 2017년 10월 분 전기요금의 부과대상 기간이 2017. 9. 9.부터 2017. 10. 8.까지인 사실을 간과한 것으로 보인다.

(4) 원고는, 2017. 10.경 전에도 CCC과 이 사건 사업장에서 공동으로 전기를 사용하였다고 주장하나, 원고가 CCC과 공동으로 전기를 사용하였음에도 CCC으로부터 전기요금 전부를 공급가액으로 기재한 세금계산서를 발급받았다면 해당 세금계산서는 그 자체로 허위세금계산서에 해당한다. FFF은 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건에서 원고가 CCC과 공동으로 전기를 사용하였다고 주장한 별지1 목록 순번 제18, 19, 20번 기재 세금계산서 수취로 인한 구 조세범 처벌법 제10조 제2항 제 1호 위반의 범죄사실에 관하여 유죄의 확정판결을 받았다.

2) 별지1 목록 순번 제22, 23번 기재 세금계산서에 관하여

별지1 목록 순번 제22번 세금계산서는 2017년 11월(부과대상 기간 2017. 10.), 제23번 세금계산서는 2017년 12월(부과대상 기간 2017. 11.) 전기요금에 대하여 발급된 것인데, 한국전력공사가 CCC에게 발급한 2017년 11월 전기요금 관련 세금계산서의 공급가액은 14,341,377원, 2017년 12월 전기요금 관련 세금계산서의 공급가액은 17,406,705원이므로, 원고가 위 전기요금 부과대상 기간 중 위 각 전기요금을 초과하는 전기를 사용하였다고 볼 수 없다. 검사는 별지1 목록 순번 제22, 23번 기재 각 세금계산서 수취로 인한 조세범 처벌법 위반의 점에 대하여 FFF이 해당 기간에 이 사건 사업장에서 전기를 사용하였다는 이유로 혐의없음 불기소처분을 하였으나, 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건 수사절차에서 위 각 세금계산서에 기재된 공급가액과 CCC이 한국전력공사로부터 공급받은 전기요금의 가액, 전기사용량을 비교·대조하는 수사가 이루어졌다고 볼 수 없어 위 불기소처분의 이유는 그대로 받아들이기 어렵다. 따라서 별지1 목록 순번 제22번 기재 세금계산서 중 14,341,377원을 초과하는 부분, 제23번 세금계산서 중 17,406,705원을 초과하는 부분은 재화의 거래 없이 허위로 작성되었다고 보아야 한다.

라. 부당과소신고 가산세 부과의 적법 여부

1) 살피건대, 앞서 든 증거들에 의하면, 이 사건 각 처분 중 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 및 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제1항 제1호에 따른 부당과소신고 가산세 부과 대상이 된 행위는 ① 2017년 1기 부가가치세 과세표준에서 별지1 목록 순번 제1, 2, 5번 기재 세금계산서의 매입세액 6,250,000원[= 공급가액 합계 62,500,000원(15,000,000원 ＋ 20,000,000원 ＋ 27,500,000원) × 10%]을 제외하고 과세표준 및 세액 신고를 한 행위(을 제1호증의 1 매입세액 증감액 부분 참조), ② 2017년 2기 부가가치세 과세표준에서 별지1 목록 순번 제6, 15, 20, 21, 24번 기재 세금계산서의 매입세액과 별지1 목록 순번 제22, 23번 기재 세금계산서의 매입세액 중 이 사건 추가 재경정 결정에 의하여 매입세액으로 인정된 부분을 제외한 금액 합계 12,654,915원[= 공급가액 합계 126,549,157원 23,000,000원 ＋ 41,628,010원 ＋ 14,689,072원 ＋ 11,566,727원 ＋ (15,266,890원 － 14,341,377원) ＋ (18,331,540원 － 17,406,705원) ＋ 33,815,000원 × 10%, 원 미만은 버림]을 제외하고 과세표준 및 세액 신고를 한 행위[을 제1호증의 2, 3 매입세액 증감액 부분 합계 12,654,916원(= 15,829,723원 － 3,174,807원) 참조, 추가 공제할 매입세액을 별도로 계산하는 과정에서 1원의 차이가 발생한 것으로 보인다]이다. 따라서 위 각 세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서, 수정세금계산서 수취에 관하여 원고에게 세금계산서 상의 부가가치세 납부의무를 면탈하거나 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있었는지 여부는 이 사건 각 처분 중 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 및 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제1항 제1호에 따른 부당과소신고 가산세 부과처분과 아무런 관련이 없다.

2) 원고는 별지1 목록 순번 제1, 2, 5, 6, 24번 기재 세금계산서를 허위로 발급받은 사실을 인정하고 있다. FFF은 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건에서 별지1 목록 순번 제20번 기재 세금계산서 수취로 인한 구 조세범 처벌법 제10조 제2항 제1호 위반의 범죄사실에 관하여 유죄의 확정판결을 받았다. 또한 CCC은 별지1 목록 순번 제1, 2, 4 내지 9, 11, 13, 15, 16, 18 내지 26, 28, 34, 35, 37, 39, 41번 세금계산서 발급으로 인한 구 조세범 처벌법 제10조 제3항 제1호 위반의 범죄사실에 관하여 유죄의 확정판결을 받았다. 여기에 ① CCC이 세무조사 및 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건 수사 및 공판절차에서 FFF으로부터 대가를 받기로 하고 허위세금계산서를 발급하였다고 일관되게 진술하고 있고, 이 사건 관련 FFF에 대한 형사사건 공판절차에 증인으로 출석하여서는 FFF으로부터 허위세금계산서 발급을 요청받을 당시 허위세금계산서를 발급하더라도 5년 뒤에는 납세의무가 소멸한다는 설명을 들었다고 증언한 점, ② FFF은 CCC이 운영하던 EEEEE의 재무상황이 어렵고, CCC이 아들 명의로 상호를 사업자등록을 한 후 그 업체를 통하여 사업을 영위하려고 한 사실을 알고 있었던 점, ③ CCC이 FFF으로부터 부탁을 받지 않고 허위의 매출세금계산서를 발급하여 스스로의 조세 부담을 가중시킬 동기가 있다고 보기 어려운 점, ④ 별지1 목록 순번 제1, 2, 5, 6, 15, 20 내지 23번 기재 세금계산서의 발급 경위와 당시 CCC이 경영하고 있던 EEEEE의 재무상태에 비추어 보면, 위 각 세금계산서는 FFF이 2017년 1기 및 2기 부가가치세 납부의무를 자력이 부족한 CCC에게 전가하기 위하여 그 발급을 요청한 것이라고 봄이 타당하다.

3) 원고가 자신의 명의로 이 사건 사업에 대한 사업자등록을 마치고 아버지인 FFF으로 하여금 자신의 명의로 세금계산서를 발급받는 행위를 담당하게 한 점, 부가가치세 과세표준 및 세액 신고는 모두 원고 명의로 이루어진 점을 고려하면, 원고는 FFF이 부가가치세 납부의무를 면탈할 의도로 위 각 세금계산서를 발급받았음을 알면서 2017년 1기 및 2기 부가가치세 과세표준 및 세액 신고 시 위 각 세금계산서의 매입세액을 제외하였고 이로써 국가의 조세수입 감소가 초래된다는 사실을 인식하고 있었다고 보아야 한다.

4) 앞서 제5의 다항에서 본 사정들에 비추어 보면, 검사가 FFF의 별지1 목록 순번 제21, 22, 23번 기재 세금계산서 수취로 인한 조세범 처벌법 위반의 점에 대하여 한 불기소처분의 이유는 그대로 받아들이기 어렵다.

6. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2017년 2기 귀속 부가가치세 46,875,500원(가산세 포함) 중 41,005,759원(가산세 포함)을 초과하는 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.