주 문

1. 피고가 2022. 4. 21. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 987,615,172원(가산세 포함)의 부과처분 중 238,815,546원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 4. 21. 원고에게 한 2015년 귀속 양도소득세 987,615,172원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다¹⁾.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 00구 00동 111-1 대 131.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 소유자였고, 소외 BB상사 주식회사(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)는 원고의 형인 JJJ이 대표이사이고 원고 및 친족들이 주식 지분 100%를 보유한 법인으로, 1994. 12. 31.경 이 사건 토지 지상에 건물을 신축하여 임대업을 영위해 왔다.

나. 원고는 1995. 1. 10. 이 사건 법인과 이 사건 토지를 임대보증금 6,000만 원, 월 임료 250만 원, 임대기간 1995. 1. 1.부터 12년으로 정하여 임대하는 내용으로 임대차 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다).

다. 한편 원고는 2002. 9. 10. 이 사건 법인과 이 사건 토지를 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다). 이 사건 매매계약의 주요 내용은 아래와 같다.

제2조(매매대금 및 대금지급방법) 매매대금은 총 팔억일천육백만원( 816,000,000원)으로 하되 150개월 균등분할(매월 5,440,000원) 하여 매월 10일에 지급한다. 단, 토지임대보증금은 매매대금과 최종적으로 상계한다.

제3조(토지사용에 대한 임대료) 토지임대료는 매매대금 수수 정도를 감안 계약일 현재 임대료의 7%를 매년 추가감액하여 ‘갑’(원고을 의미한다)에게 지급한다.

제4조(소유권 이전시기)　매매물건의 소유권은 매매대금 최종원본 수수와 동시에 ‘을’에게 이전한다.

라. 원고와 이 사건 법인은 2003. 9. 1. 이 사건 매매계약 중 제2조 단서를 “매도인과 매수인이 합의하여 기간을 조정할 수 있으며, 토지임대보증금은 매매대금과 최종적으로 상계한다.”라고 수정하고, 제3조를 삭제하였다.

마. 원고는 2018. 5. 4. 이 사건 법인에 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었고, 이후 2018. 5. 31. 이 사건 토지의 양도일을 2018. 3. 8., 양도가액을 816,000,000원, 취득가액(환산가액) 40,895,160원, 산출세액 190,037,628원으로 하여 2018년 귀속 양도소득세 예정신고를 하고 이를 납부하였다.

바. 그런데 서울지방국세청장은 2019. 12. 27.부터 2020. 4. 19.까지 원고와 동일하게 본인 소유의 토지를 이 사건 법인에 양도한 원고의 형이자 이 사건 법인의 대표이사 JJJ에 대하여 양도소득세 조사를 실시한 후 원고 역시 특수관계법인인 이 사건 법인에 이 사건 토지를 저가양도한 것으로 보았고, 2018년 기준 개별공시시가 3,151,820,000원과 이 사건 매매계약상 대금 816,000,000원과의 차액 2,335,820,000원 상당을 부당행위로 계산부인하고 원고에 대하여 양도소득세를 부과할 것을 피고에게 통보하였다(원고에 관한 부분만을 특정하여 기재하였다). 그에 따라 피고는 2020. 6. 10. 원고에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 837,834,280원(가산세 포함)을 부과․고지하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2020. 9. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2022. 2. 10. ‘이 사건 토지 양도일을 분할납입대금이 입금완료된 2015. 2. 10.로 보고 이 사건 매매계약이 소득세법 제101조에 따라 부당행위 계산부인 대상인지 여부를 판단함에 있어 현재가치 할인율을 적용하여 계산한 매매가액과 시가를 비교하되, 적용할 이자율은 세법이 규정하고 있는 이자율 중 합리적인 것을 재조사하여 그 결과에 따라 부당행위계산부인의 대상인지 여부를 포함하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 내용의 결정을 하였다.

아. 위 재결에 따라 피고는 원고에게 2022. 4. 18. 2018년 귀속 양도소득세 전부를 직권취소하고 과세표준을 1,657,078,965원으로 하여 2015년 1월 귀속 양도소득세 987,636,148원을 부과할 것이라는 내용의 ‘심판청구 결정에 따른 처분결과 통지’를 하였고, 그 직후 양도소득세 610,290,006원, 무신고가산세 42,025,239원, 납부불성실가산세 355,299,927원 합계 987,615,172원으로 결정한 뒤 2022. 4. 21. 원고에게 양도소득세 987,615,160원(가산세 포함, 합계액이 다른 것은 원 단위 미만 조정에 따른 것이다)을 부과․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 4, 6호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 부과제척기간 도과 주장

이 사건 매매계약은 소득세법 시행규칙 제78조 제3항의 장기할부매매에 해당하고, 위 매매계약에 따라 원고가 이 사건 법인에 이 사건 토지를 사용수익하게 하였던것이므로, 그 양도시기는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제3호에 따라 매매계약일인 2002. 9. 10.로 보아야 한다. 그런데 이 사건 처분은 그 양도소득세 확정신고일인 2003. 5. 31.부터 7년이 되는 2010. 5. 31.이 훨씬 지난 이후에 이루어졌는바, 부과제척기간을 경과하여 이루어진 것으로서 위법하다.

2) 부당행위계산부인의 대상이 아니라는 주장

이 사건 매매계약 체결 후 이 사건 법인으로부터 수취한 임대료는 그 실질이 매매대금 분할지급에 대한 이자라고 보아야 한다. 이와 달리 피고는 원고가 매매대금 원금만을 장기로 분할하여 회수하였다고 판단한 후 해당 금액에 이자율을 임의로 적용하여 중간이자를 공제한 뒤 매매계약일 현재가치로 평가한 금액을 산출하여 저가양도라고 보았는바, 부당하다. 즉 이 사건 매매계약 당시 시가라고 볼 수 있는 이 사건 토지의 공시지가는 851,452,000원인데, 이 사건 매매계약상 대금 816,000,000원과는 그 차액이 3억 원 이하, 5% 이하이므로 소득세법 시행령 제167조 제3항에 따르더라도 부당행위계산 적용대상에 해당하지 않는다. 더구나 이 사건 토지가 지상건물의 부속토지에 불과하여 별도로 거래되기 어려운 점이나, 지상권의 제한이 있음도 대가 산정에 감안되어야 한다. 장기 분할납부에 따른 지연이자도 별도의 임대료를 통해 사실상 지급받았던 것이므로, 거래에 충분한 경제적 합리성이 있다.

3) 가산세 부과처분 부당 주장

원고는 당초 소유권이전등기일을 감안하여 2018. 3. 8. 이 사건 토지가 양도되었다고 신고하였다. 그런데 조세심판원의 심판결정에 따라 재조사를 거쳐 이 사건 토지 양도시기가 2015. 2. 10.로 변경되었던 것인바, 원고로서는 도저히 이를 미리 예측할수 없었다. 따라서 이 부분 2015년 귀속 양도소득세로 신고·납부할 수 없는 정당한 이유가 있었으므로 가산세 부과처분은 위법하다고 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고가 이 사건 법인으로부터 지급받은 이 사건 토지의 임대료 명목의 금원에 대하여 부가가치세를 신고한 내역은 아래와 같다.

2) 한편 원고의 농협 계좌에 2015. 2. 10. 위 매매계약상 대금 분할액에 해당하는

5,440,000원이 입금되었는데, 그 적요란에 ‘부일(150)’이라고 기재되어 있었다.

3) 이 사건 토지의 ㎡당 개별공시지가는 2002년도에 6,470,000원, 2015년도21,140,000원, 2018년도 26,190,000원으로, 전체 면적으로 환산하면 2002년도851,425,000원, 2015년도 2,782,024,000원, 2018년도 3,434,760,000원이 된다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 을 제5호증의 기재, 변론 전체의 취지

라. 부과제척기간 도과 여부

1) 관련 규정

국세기본법 제26조의2는 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년을 부과제척기간으로 하면서(제1항), 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 이를 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 하고 있다(제2항 제1호). 한편 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제1항은 납세자가 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5. 1.부터 5. 31.까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

구 소득세법 제98조는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 ‘해당 자산의 대금을 청산한 날’로 하도록 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항은 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 접수일 또는 명의개서일(제1호), 대금을 청산하기 전 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일(제2호), 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날(제3호) 등으로 규정하고 있다. 나아가 소득세법 시행규칙 제78조 제2항은 장기할부조건에 관하여, ‘법 제94조 제1항 각 호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입하고, 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것을 말한다’고 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

원고는 이 사건 토지의 양도가 소득세법 시행규칙에 따른 장기할부조건 매매에 해당한다고 주장한다. 또한 이 경우 이 사건 토지의 양도시기는 매매계약일인 2002. 9. 10.(이 사건 토지를 이 사건 법인이 계약 전부터 점유, 사용하고 있는 상태였으므로, 매매계약일을 구 소득세법 시행령상의 인도일 내지 사용수익일로 간주하여야 한다는 주장이다)로 보아야 한다고도 주장하고 있다.

그러나 앞서 본 인정사실을 통해 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 고려하면, 원고가 이 사건 매매계약일에 이 사건 토지를 양도하였다거나 해당 매매계약의 이행으로 이를 인도하였다고 보기 어렵다. 오히려 이 사건 매매계약의 내용에 따라 보더라도 원고가 이 사건 매매계약 이후에도 토지의 소유권을 여전히 유보하고 있었음은 명확하고, 향후 이 사건 법인이 약정한 금액을 모두 완납하는 것을 조건으로 그 때에 비로소 이 사건 토지를 양도하기로 하였던 것으로 보일 뿐이다. 결국 이 사건 매매계약을 전형적인 장기할부조건 매매로 볼 수 없으므로(쌍방의 의사가 양도 후 대금의 분할납부가 아니라 대금 완불 후 양도이다), 이 사건 토지의 양도시기는 다시 원칙으로 돌아가 소득세법 제98조에 따라 대금을 청산한 날로 봄이 타당하고, 2015. 2. 10. 원고의 계좌에 이 사건 매매대금 150회분이 입금되어 완납되었으므로, 위 일자가 이 사건 토지의 양도시기가 된다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 법인은 1995. 1. 10. 원고와 임대차계약을 체결하고 그때부터 이 사건 토지를 인도받아 점유·사용하고 있었다. 원고와 이 사건 법인은 위 임대차기간 중인 2002. 9. 10. 이 사건 매매계약을 체결하였는데, 그 이후에도 원고는 이 사건 법인으로부터 계속하여 임대료를 지급받았고, 피고 역시 이 사건 임대차계약에 기하여 이 사건 토지를 점유·사용하여 왔다.

나) 이 사건 매매계약서에는 ‘임대차보증금은 매매대금과 최종적으로 상계한다’(제2조 단서)고 기재되어 있을 뿐 이 사건 임대차계약의 종료에 관하여 아무런 언급이 없다. 나아가 이 사건 임대차 및 매매계약서는 처분문서로서 그 성립의 진정함이 인정되는 이상 기재된 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 하는바(대법원 2021. 4. 29. 선고 2021다202309 판결 등 참조), 원고가 이 사건 매매계약을 체결한 이후에도 이 사건 법인으로부터의 임대수익에 대해 부가가치세 및 임대사업소득세를 신고하여 온 점 등을 보태어 보더라도, 이 사건 매매계약 체결 이후에도 이 사건 임대차 계약은 그와 별개로 유효하게 존속하였다고 봄이 타당하다.

다) 결국 이 사건 법인은 이 사건 임대차계약에 따라 이 사건 토지를 인도받았고 이후 줄곧 임대료를 지급하며 그에 기한 사용수익을 하였던 것으로 보일 뿐이므로, 원고가 이 사건 매매계약의 이행으로 이 사건 토지를 인도하였다거나, 매매계약의 효력에 따라 사용수익을 하도록 하였다고 보기는 어려울 따름이다.

마. 부당행위계산부인 대상 여부

1) 관련 법리

구 소득세법 제101조 제1항에 정한 부당행위계산부인이란 거주자가 특수관계인과의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 소득세법 시행령 제167조 제3항 각 호에 열거된 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정한 방법에 의하여 객관적으로 타당해 보이는 양도소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 처지에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용된다. 그리고 경제적 합리성의 유무를 판단할 때에는 해당 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 보아서는 아니 되며, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지 여부를 판단하여야 한다(대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두50686 판결 등 참조). 따라서 구 소득세법 제101조 소정의 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위하여는 특수관계인간의 거래일뿐만 아니라, 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 제반거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰을 것이 요구된다.

2) 구체적 판단

앞서 본 인정사실로 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 매매계약이 특수관계인 간의 거래이기는 하나 나아가 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하였다고 단정할 수 없어 소득세법상 부당행위계산부인 규정의 적용대상이 된다고 보기 어렵다.

가) 피고는, 이 사건 매매계약이 150개월 동안 대금을 나누어 수수하기로 한 장기계약임에도 원고가 그 지연이자를 부당하게 수취하지 않았다고 보아 매매계약일 기준으로 한국은행 정기예금이자율(4.25%)에 따라 현가 할인하여 산정한 금액을 실제 ‘거래가액’이라고 본 뒤 이것이 매매계약일 당시 시가에 현저히 미치지 못한다는 이유로 이 사건 처분을 하였다. 그런데 이 사건 매매계약은 그 자체로 보더라도 대금 지급의 기한이 정하여져 있는 상황이었고, 이 사건 법인이 매매계약의 이행에 따른 인도를 받았던 것도 아닌바, 민법 제587조(매수인은 매매계약의 이행으로 인도를 받은 날부터 대금의 이자를 지급할 의무가 생긴다)에 따라 보더라도 이 사건 법인에게 약정한 기한전에 매매대금의 이자를 미리 지급할 의무는 없었던 것으로 보일 따름이다.

나) 특히 원고는 이 사건 매매계약 기간 동안 이 사건 법인으로부터 이 사건 토지에 관한 과실인 임대료를 별도로 계속 지급받는 상황이었고, 해당 소득이 매매대금의 통상적인 이자에 충분히 상응하는 수준이었는바, 원고가 위와 같은 거래 방식을 취한 것 자체가 경제적으로 합리적이지 않다고 단정하기도 어렵다. 즉 이 사건 임대차계약상 1년 임대료 상당액은 30,000,000원(= 월 임대료 2,500,000원 × 12개월, 부가가치세 별도)이었는바, 이는 이 사건 매매계약상 매매대금 816,000,000원의 3.67%(=30,000,000원 ÷ 816,000,000원, 소수점 둘째 미만 버림)에 해당하여 이것이 매매대금의 이자만을 받을 경우와 비교하여 특별히 적다고 보이지도 않을 따름이다.

다) 나아가 이 사건 토지 지상에 건물이 존재함에 따라 원고가 이 사건 토지를 제3자에게 매각하거나 기타의 방법으로 자유롭게 활용할 가능성은 거의 없는 상태였고, 그 지상 건물만을 소유한 이 사건 법인 역시 당장 토지를 매수할 만큼의 여유자금은 부족하나 이 사건 토지의 취득이 꼭 필요한 상황이었음도 고려되어야 한다. 결국 원고와 이 사건 법인은 당시 상황을 고려하여 쌍방 합리적인 경제적 선택에 따라 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하고 그 조건을 협상하였던 것으로 보이며, 이에 이 사건 매매계약 당시 이 사건 토지의 공시지가인 851,000,000원을 참작하여 816,000,000원으로 그 매매대금을 정하되 이를 장기에 분할하여 지급할 수 있도록 하였는바, 이것이 부당한 저가양도라고 쉽게 단정하기 어렵다.

라) 원고는 이 사건 법인으로부터 이미 약정한 매매대금의 통상적인 이자에 상응하는 임대료 소득을 지급받고 있었으므로, 그와 별도로 매매대금 분할지급에 대한이자까지 수취하였다면 오히려 이것이 이중의 이익을 부여하는 결과를 초래할 수 있었을 것으로 보인다. 원고가 이 사건 법인에게 이 사건 토지의 매매대금을 장기간에 걸쳐 분할지급할 수 있도록 편의를 제공하기는 하였으나, 제반 사정에 비추어 보면 그것만으로 이 사건 매매계약이 경제적 합리성이 없다거나, 비정상적인 것으로서 오로지 조세회피 내지 경감을 위한 것이라고는 볼 수 없다.

바. 이 사건 처분의 취소 범위

1) 이 사건 토지의 양도시기는 매매대금 청산일인 2015. 2. 10.이고, 이 사건 토지의 양도금액은 이 사건 매매계약의 매매대금인 816,000,000원으로 봄이 타당함은 앞서 살펴본 바와 같다.

2) 나아가 가산세에 관하여 본다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이다(대법원 1997. 5. 16. 선고 95누14602 판결 등 참조). 그런데 통상 매매대금을 모두 수령한 시점을 양도시기로 보는 것은 소득세법령상 명백한데, 원고가 스스로 그와 달리 2018년 귀속 양도소득세로 신고하였다가 세무조사 및 조세심판원을 거쳐 양도시기가 다시 대금청산일인 2015. 2. 10.로 수정되었는바, 원고가 이 사건 토지 양도시기를 도저히 알 수 없었다거나 2015년 귀속 양도소득을 신고하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 가산세가 부과됨은 타당하다.

그에 따라 이 사건 토지 양도에 따른 2015년 귀속 양도소득세 및 가산세를 다시 계산하면, 양도소득세 176,824,938원, 가산세 61,990,608원 합계 238,815,546원이

되므로(2023. 3. 7.자 피고의 참고서면 첨부 참고자료 1 참조), 결국 이 사건 처분 중 위 금원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.