1. 피고가 2021. x. x. 원고에 대하여 한 2020년도 귀속 양도소득세 58,967,370원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

나. 판단

1) 관련 법령 및 법리

가) 소득세법 제97조 제1항 제2호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항 제3호는 위 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’의 하나로 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’을 규정하고 있었다. 그런데 위 시행령 제163조 제3항 제3호는 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’ 등 다음 각 호의 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류(소득세법 제163조 및 법인세법 제121조에 따른 계산서, 부가가치세법 제32조에 따른세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증)를 수취·보관한 경우를 말한다”는 내용으로개정되었고, 위 규정은 다시 2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’ 등 다음 각 호의 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류(소득세법 제163조 및 법인세법 제 121조에 따른 계산서, 부가가치세법 제32조에 따른 세금계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증)를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다”는 내용으로 개정되었으나, 위 대통령령 제26982호 부칙 제11조(양도자산의 필요경비에 관한 적용례)는 ‘제163조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 지출하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있고, 위 대통령령 제28637호 부칙 제19조(양도자산의 필요경비에 관한 적용례)는 ‘제163조 제3항의 개정규정은 2018. 4. 1이후 양도하는 분부터 적용한다’고 하면서도, ‘다만 자본적 지출액 등으로서 2016년 2월 16일 이전에 지출한 분은 대통령령 제26982호 소득세법 시행령 일부개정령 부칙 제24조(이 영시행 전의 자본적지출액 등에 대해서는 제163조 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다)를 적용한다’고 규정하고 있다. 이 사건 양도 토지들의 토목공사비용은 1996년경 지출되었으므로, 개정된 소득세법 시행령에도 불구하고, 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 소득세법 시행령 규정이 적용되어야 한다. 따라서 그 지출 사실이 세금계산서나 현금영수증, 신용카드매출전표 또는 금융거래 증명서류에 의해 확인되지 않더라도 필요경비로 인정될 수 있다.

나) 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로, 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증 책임을부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이지만, 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하므로,필요경비의 존재가 분명한 경우 실지조사 또는 추계조사의 방법으로 산정이 가능한 범위 내에서는 과세관청이 과세처분취소소송의 사실심 변론종결시까지 그 금액을 입증하여야 하고, 다만 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에만 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아가는 것이다(부산고등법원 2007. 6. 29. 선고 2006누5625판결, 대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 갑 제3, 4, 14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 1996. 6.경 cc와 사이에 아래와 같은 내용의 토목공사계약이 체결된 사실이 확인되고, 갑 제4호증의 1 내지 4에 의하면 원고가 1996. 6. 3., 같은 해 7. 1. 및 8. 1. 각 1억 7천만 원, 1996. 9. 30. 3억 4천만원을 cc에게 지급한 입금표가 존재한다. 또한 갑 제5호증에 의하면 원고가 1996.5.경 dd에게 토목설계를 의뢰하고 20,900,000원을 지급한 후 세금계산서를 발급받은 사실이 인정되며, 갑 제2, 6, 11 내지 13호증에 의하면 1996. 매수 당시 논이던 이 사건 토지들의 지목이 이후 잡종지, 대지, 창고용지, 도로 등으로 변경된 사실이 인정된다.

나) 비록 원고가 cc로부터 받은 세금계산서나 원고가 cc에게 토목공사 대금을 지급한 금융거래 증명서가 존재하지는 않으나, 갑 제10호증에 의하면 피고의 현장 방문조사에 의하여 이 사건 토지들에 아래와 같이 토목공사가 실제 이루어진 것으로 확인되었으므로, 갑 제3호증 공사계약서의 내용은 신빙할 수 있다고 판단된다.

다) 위와 같이 이 사건 양도 토지들에 대하여 토목공사가 이루어져 필요경비가 발생이명백함에도 위 자본적 지출이 있은 이후인 2016. 2. 17. 개정된 소득세법 시행령의 규정을 충족할 만한 증빙자료가 없다는 이유로 토목공사 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하여 위법하다.

3) 취소의 범위

가) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이다. 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야한다. 그러나 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1992. 7. 24. 선고 92누 4840 판결, 법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

나) 살피건대, 위와 같은 이유로 원고가 이 사건 양도 토지들의 용도를 변경하고 개량및 이용편의를 위해 지출한 비용은 필요경비에 포함되어야 하는데, 이 사건 양도토지들의 필요경비 금액을 계산하여 원고에게 적법하게 부과될 정당한 양도소득세액을 산출할 만한 자료가 모두 제출되었다고 볼 수 없으므로, 원고에게 부과될 정당한 양도 소득세액을 계산할 수 없어 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.