피고가 2020. 5. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 643,228,670원(가산세 125,393,730원 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 8. 9. 고가주택이자 주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역에 위치한 서울 용산구 B에 있는 C아파트 D호(이하 '이 사건 주택')를 2018. 8. 9. E에게 양도가액 2,510,000,000원에 양도하였다.

나. 원고는 2018. 8. 27. 이 사건 주택을 1세대 1주택인 고가주택으로 보아 전체 양도차익 1,531,594,470원 중 비과세 양도차익 549,177,300원을 제외한 나머지 양도차익982,417,170원에 대하여 장기보유특별공제율 80%를 적용한 785,933,736원을 공제하고 일반세율을 적용하여 양도소득세 54,313,700원을 신고 · 납부하였다.

다. 원고는 이 사건 주택을 양도할 당시에, 서울 마포구 F에 있는 G 오피스텔 H호(이하 '이 사건 임대주택') 및 서울 용산구 I에 있는 J아파트 K호(이하 '이 사건 대체주택')를 소유하고 있었다. 원고의 당시 주택 소유 현황을 표로 정리하면 아래와 같다.

라. 피고는 원고가 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상 보유자에 해당한다고 보아, 2020. 5. 1. 이 사건 주택 양도에 관하여 비과세 양도차익을 제외한 나머지 양도차익982,417,170원에 대하여 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항 및 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 643,228,670원을 경정 · 고지하였다(이하 '이 사건 처분').

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 6. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 11. 23. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 임대주택은 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항 제2호 가목에 따라 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 수를 계산할 때 산입되지 아니한다. 그리고 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 비과세특례는 원고와 같이 이 사건 주택과 대체주택 외에 장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 적용되어야 하므로, 주거이전을 목적으로 이 사건 대체주택을 취득하여 일시적 2주택자에 불과하였던 원고가 이 사건 주택을 양도한 것은 '대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도'에 해당하지 않는다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 중과한 것은 위법하다.

2) 장기임대주택과 일반주택 1채를 소유하는 자가 그 일반주택을 양도하기 전에 일시적으로 대체주택을 취득하는 경우에는 장기임대주택을 주택 수 산정에서 제외하여 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에서 정한 1세대 1주택 특례규정을 적용하는 비과세관행이 있었고, 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 또한 같은 취지이다.

3) 2021. 1. 기획재정부는 '거주주택을 소유한 등록임대사업자가 대체주택을 취득하여 1세대 3주택이 된 상태에서 거주주택을 양도하는 경우를 1세대 3주택 중과대상 제외 주택에 추가하는 내용'으로 개정하는 내용의 입법 예고를 하였고, 이에 따라 2021. 2. 17. 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서 제13호를 신설하였다. 위와 같은 개정 입법의 취지가 양도소득세 중과세율이 적용되는 주택 범위의 합리화를 도모하는 것이고, 이는 개정 전 법령 규정이 부당하다는 반성적 고려에 따른 것이므로, 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호는 이 사건 주택의 양도에 대하여도 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따르면 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우, 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 '구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다'고 규정하면서 제1호에서 수도권 및 광역시 · 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 들고 있다.

위와 같은 관련 규정의 문언에 의하면, 1세대가 3주택 이상을 소유하였는지 여부를 판단하기 위해서는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 포함하여 주택의 수를 계산하여야 하고, 다만 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 해당하는 주택만이 주택의 수를 계산할 때 산입되지 아니하는 것일 뿐이며, 나머지 각 호에 해당하는 주택에 관하여는 주택 수의 계산에 있어서 이를 제외하는 규정이 없는 이상, 그 해당 주택이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율을 적용하지 않는다는 것일 뿐 주택 수 산정에는 포함되어야 한다. 또한 구 소득세법 시행령 제168조의3 제1항 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 '1개의 주택'만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택만을 중과세율이 적용되지 아니하는 주택으로 규정하고 있는 이상, 장기임대주택을 제외하고 2개의 주택을 소유하고 있는 경우에는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호가 적용될 수 없다. 그리고 위 조문에는 장기임대주택을 제외하고 1개의 주택을 소유하고 있던 자가 대체주택의 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 이를 1개의 주택으로 본다거나 중과세율의 적용을 배제한다는 등의 특례규정 또한 없다.

따라서 위와 같은 관련 법령의 규정 내용에 비추어 이 사건을 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 주택은 조정대상지역에 있는 주택에 해당하고, 이 사건 주택의 양도 당시 원고가 이 사건 주택 외에도 이 사건 임대주택과 이 사건 대체주택을 소유하고 있었던 이상, 이 사건 주택의 양도는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당한다. 따라서 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하는 것이 타당하다.

2) 국세기본법 제18조 제3항이 규정하고 있는 '일반적으로 납세자에게 받아들여진세법의 해석 또는 국세행정의 관행'이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있는바(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 등 참조), 제출된 증거만으로는 원고 주장의 비과세관행이 있다는 점이 증명되었다고 볼 수 없으므로, 위와 같은 비과세관행이 있음을 전제로 한 원고의 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

3) 한편, 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호는 '제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택'을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

그런데 위 개정 규정의 소급적용에 관한 부칙 규정은 따로 마련되어 있지 아니할 뿐만 아니라, 국가의 조세정책은 탄력적 · 합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정 규정이 구 소득세법 시행령 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보게 되는 경우를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당하지 않도록 한 것은, 그 부작위가 위법하다는 인식 하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법형성 재량권 행사에 따라 이루어진 것으로 보일 뿐이다. 따라서 위 개정 규정이 2018. 8. 9. 이루어진 이 사건 주택의 양도에 관하여도 적용됨을 전제로 한 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

4) 결국 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호의 규정을 적용하여 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하여 이 사건 주택의 양도에 따른 양도소득세를 부과한 이 사건 처분을 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.