주 문

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고가 2018. 5. 28. 원고에게 한 별지 목록 기재 법인세(가산세포함) 부과처분 중 2015 사업연도 법인세 53,000,000원, 2016 사업연도 법인세 62,000,000원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 60%는 원고, 40%는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 5. 28. 원고에게 한 별지 목록 기재 법인세(가산세포함) 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 12. 3. 우레탄 등 화학제품의 중계무역을 목적으로 설립되어 2018. 4. 12. 폐업한 법인으로, 위 폐업 당시까지 원고의 대표자는 권XX이었다.

나. 원고는 2013 내지 2016 사업연도에 홍콩 법인인 AA(AA, 이하 ‘이 사건 거래처’라 한다)에 수수료 등 명목으로 아래 [표1] 기재와 같이 지급한 총 1,175,035,370원(이하 ‘이 사건 지급금원’이라 한다)을 손금에 산입한 뒤, 위 각 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

[표1] 생략

다. 피고는 2018년경 원고에 대한 법인세 세무조사를 실시하였는데(이하 '이 사건 세무조사‘라 한다), 그 결과 원고가 당초 이 사건 거래처에 송금한 이 사건 지급금원 중 약 71%에 해당하는 8억 3,300만 원(이하 ‘이 사건 반환금원’이라 한다) 상당이 다시 원고의 대표자인 권XX과 그 배우자 등의 계좌로 입금되었다고 판단한 뒤, 이 사건 지급금원 전부를 가공경비로 보아 이를 손금불산입 및 대표자 상여로 소득처분하고, 2018. 5. 28. 원고에게 별지 목록 기재와 같이 법인세(가산세 포함)를 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 한편 이 사건 거래처는 권XX이 그 지분 100%를 보유하는 업체로, 권XX이 대표자로서 위 회사를 운영하여 왔다. 피고는 이 사건 세무조사 당시 아래 [표2] 기재와 같이 권XX과 그 배우자 등의 계좌로 이 사건 반환금원이 송금된 사실을 파악하였는데, 그 송금 주체는 이 사건 거래처였다.

[표2]

(단위 : 백만 원)

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 8. 31. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2019. 6. 26. 이를 기각하였다.¹⁾

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장과 쟁점

가. 원고의 주장

1) 이 사건 지급금원은 모두 원고가 이 사건 거래처에 지급한 실제 알선수수료 내지 물품구매대금이고, 가공경비가 아니다. 이 사건 지급금원이 가공경비라고 보아 이루어진 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

2) 이 사건 지급금원 중 특히 이 사건 거래처가 2015. 12.경부터 2016. 7.경까지 중국 BBBB 유한공사(이하 ‘BBBB’라고 한다)에 지급한 260,537,090원은 물품구매대금으로 지출한 것이어서, 원고가 이 사건 거래처에 지급한 위 금원에 상당하는 돈은 가공경비가 아니므로, 이 사건 처분 중 위 260,537,090원이 가공경비라고 보아 이루어진 2015, 2016 사업연도의 각 법인세 부과처분 부분은 위법하다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

나. 이 사건의 쟁점과 판단 순서

제1주장은 제2주장을 포함하고 있지만, 원고가 당심에 이르러 제2주장을 독립된 주장으로 강조하고 있고, 제1주장은 이 사건 지급금원 전반의 성격에 관한 주장인 반면, 제2주장은 그중 BBBB에 지급한 금원의 성격에 관한 주장이어서 쟁점이 다르다고 볼 수 있으며, 다음에서 보는 바와 같이 이 사건 지급금원과 그중 위 260,537,090원 부분은 그 결론이 달라, 아래에서는 제1주장에 대하여 먼저 판단하고, 이어서 제2주장에 대하여 판단한다.

3. 판단

가. 관련 법리

법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성과 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 따라서 납세의무자가 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정도 원칙적으로 과세관청이 증명해야 한다(대법원 2021. 9. 16. 선고 2017두68813 판결 참조).

그러나 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 참조).

나. 제1주장에 대한 판단

앞서 인정한 사실, 원고와 피고 사이에 다툼이 없거나 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하여 위 법리에 비추어 보면, BBBB에 지급된 260,537,090원 부분(아래 제2주장에 대한 판단에서 본다)을 제외한 이 사건 지급금원은 원고의 가공경비에 해당한다고 봄이 타당하다. 이에 반하는 제1주장은 이유 없다.

1) 위 각 증거에 의하면 원고의 대표자인 권XX이 이 사건 거래처(홍콩 법인 AA)의 대표자일 뿐만 아니라 그 지분 100%를 보유한 사실, 이 사건 지급금원을 수취한 이 사건 거래처가 특별한 이유 없이 다시 권XX과 그 배우자 등에게 위 금원의 약 71% 상당에 해당하는 이 사건 반환금원을 지급한 사실을 인정할 수 있고, 이에 비추어 보면 피고는 원고가 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정을 상당한 정도로 증명하였다고 할 것이어서, 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 지급금원이 실제 원고의 비용으로 지출되었다는 점을 입증할 책임은 다시 원고에게 돌아간다고 보아야 한다.

2) 원고의 대표자이자 이 사건 거래처의 대표자인 권XX은 별다른 어려움 없이 이 사건 거래처가 지급받은 각종 금원의 내역에 관한 사항을 과세관청에 제출할 수 있다고 보임에도 불구하고, 세무조사 당시부터 이 법원에 이르기까지 BBBB에 지급된 260,537,090원 부분을 제외하고는 원고와 이 사건 거래처 사이에 각 금원이 지급된 경위를 알 수 있을 만한 자료(계약서, 자금거래내역 등)를 제대로 제출하고 있지 못하다.

3) 원고는 권XX이 이 사건 거래처가 아닌 다른 거래업체들로부터 업무처리비용 등 명목으로 이 사건 반환금원을 지급받았다고 주장하나, ① 앞서 본 것과 같이 이 사건 지급금원의 약 71%에 해당하는 8억 3,300만 원이 권XX과 그 배우자 등에게 반환된 사정, ② 원고가 이 사건 지급금원의 성격과 지급 경위를 확인할 수 있거나 권XX이 이 사건 거래처가 아닌 다른 거래업체들에게 채권이 있다는 사실을 뒷받침할 증거를 제출하지 못하고 있는 사정, ③ 나아가 원고가 이 사건 거래처의 직원 명세 등 관련 사업 현황 자료를 제대로 제출하지 아니한 사정 등을 종합하면, 이를 받아들일 수 없다.

다. 제2주장에 대한 판단

앞서 인정한 사실, 원고와 피고 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3, 4, 5, 10, 11, 13호증의 각 기재, 이 법원의 CCC 주식회사(이하 ‘CCC’이라고 한다)에 대한 사실조회회신결과, 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하여 위 법리에 비추어 보면, BBBB에 지급된 260,537,090원은 원고가 이 사건 거래처(홍콩 법인 AA)를 통하여 BBBB에 지급한 물품구매대금으로 보이고, 이는 가공경비가 아니라 손금에 산입할 수 있는 비용으로 판단된다. 원고의 제2주장은 이유 있다.

1) 이 사건 거래처는 2015. 12.경부터 2016. 3.경까지 사이에 BBBB와 화학물질을 구매하는 계약을 체결하고(갑 제4호증), 그 무렵부터 2016. 7.경까지 BBBB에 판매대금에 상당하는 금액을 송금하였으며(갑 제5호증), 원고는 그 무렵 DD로지스틱스(DD Logistics)로부터 난징에서 파라과이로 운송하는 물품에 대한 선하증권을 받았다(갑 제11호증).

가) 이 사건 거래처는 2015. 12. 23. BBBB로부터 화학물질인 폴리올(KGF 3010) 32톤을 미화 44,800달러(이하 ‘미화’를 생략한다)에 구매하는 계약을 체결하고, 2015. 12. 29. EE은행을 통하여 BBBB에 44,800달러를 송금하였으며, 원고는 2015. 12. 31. DD로지스틱스로부터 난징에서 파라과이로 운송하는 48,000CBM²⁾의 물품(KGF 3010)에 대한 선하증권을 받았다.

나) 이 사건 거래처는 2016. 1. 26. BBBB와 위 화학물질을 19,200달러, 23,625달러에 구매하는 각 계약을 체결하였고, 2016. 2. 29. EE은행을 통하여 BBBB에 19,200달러, 23,625달러를 송금하였으며, 원고는 2016. 2. 29. DD로지스틱스로부터 난징에서 파라과이로 운송하는 24,000CBM의 물품(KGF 3010)에 대한 선하증권을 받았다.

다) 이 사건 거래처는 2016. 2. 4. BBBB와 위 화학물질을 19,200달러, 94,520달러에 구매하는 각 계약을 체결하였고, 2016. 2. 29. EE은행을 통하여 BBBB에 19,200달러를 송금하였으며(갑 제5호증의4), 2016. 3. 1. EE은행에서 94,500달러를 인출하였고(갑 제12호증의2), 원고는 2016. 3. 9. DD로지스틱스로부터 난징에서 파라과이로 운송하는 합계 48,000CBM의 물품에 대한 선하증권을 받았으며, 2016. 3. 21. 24,000CBM의 물품에 대한 선하증권을 받았다.

라) 이 사건 거래처는 2016. 3. 8. BBBB와 위 화학물질을 23,625달러에 구매하는 계약을 체결하였고, 2016. 7. 2. EE은행을 통하여 BBBB에 23,625달러를 송금하였으며, 원고는 2016. 6. 13. DD로지스틱스로부터 난징에서 파라과이로 운송하는 24,000CBM의 물품(폴리올)에 대한 선하증권을 받았다.

2) 위 1)항 기재 각 거래를 진정한 거래로 볼 여러 정황이 있다.

가) 원고는 위 각 거래 전인 2015. 11. 11. 이 사건 거래처에 제품 및 사양을 폴리올(KGF 3010), 전체가격을 224,950달러, 선적 예정일을 2016. 3. 10.로 기재한 구매요청서를 발송하였다(갑 제3호증). 위 각 거래로 인하여 이 사건 거래처가 BBBB에 송금한 금액은 합계 224,950달러로 위 구매요청서와 부합하고, 그 대상물품도 같은 것으로 보이며, 선적일시도 선화증권 발행일시와 큰 차이가 없는 것으로 보인다.

나) 이 사건 거래처와 계약을 체결한 BBBB는 CCC의 자회사인 CCFF 유한회사(홍콩 법인으로 보인다)가 지분을 보유하던 실존 업체로, BBBB에 파견되었던 직원 이GG은 BBBB와 이 사건 거래처의 거래 및 대금수령 사실이 확인된다는 확인서(갑 제10호증)를 작성하여 주었고, BBBB의 내부전산망에는 이 사건 거래처로부터 대금을 수령하였다는 기록이 있으며(갑 제13호증), CCC은 이GG이 관련 자료를 확인한 다음 확인서를 작성한 사실이 있음을 확인하여 주었다(이 법원의 사실조회회신). 이에 비추어 보면, BBBB는 실제로 이 사건 거래처로부터 224,950달러를 지급받은 것으로 보인다.

다) 이 사건 거래처와 물품구매계약을 체결한 BBBB, 이 사건 거래처가 BBBB에 금원을 송금할 때 이용한 EE 은행, 원고에게 선하증권을 발행한 DD로지스틱스(DD Logistics)는 모두 실존하는 업체이고 허무업체가 아니다.

라) 원고가 이 사건 거래처에 송금한 이 사건 지급금원은 2013년에는 약 1억 9,000만 원, 2014년에는 약 5억 원, 2015년에는 약 2억 2,000만 원, 2016년에는 약 2억 5,000만 원인데, 이 사건 거래처에서 권XX과 그 배우자 등에게 송금한 이 사건 반환금원은 2013년에는 약 3억 6,000만원, 2014년에는 약 3억 2,000만 원, 2015년에는 약 1억 2,000만원, 2016년에는 약 1,400만원으로, 그 전과 비교하여 2015년에는 권XX과 그 배우자 등에게 송금한 이 사건 반환금원이 줄어들었고, 2016년에는 현저히 줄어들었다(앞서 본 [표1], [표2] 참조). 이에 비추어 보면, 이 사건 거래처는 2014년까지는 권XX과 그 배우자 등에게 이 사건 반환금원을 송금하였으나, 2015년의 일정한 시점부터는 권XX과 그 배우자 등에게 이 사건 지급금원을 거의 반환하지 아니한 것으로 보인다. 이는 2015. 12.경부터 2016. 7.경에는 이 사건 거래처가 BBBB에 물품대금으로 260,537,090원을 지급하였기 때문으로 보인다.

3) 피고는 원고가 난징세관의 통관내역, 원고가 제출한 선하증권의 인계·인수증빙, DD로지스틱스에 대한 운송비 지급내역, 파라과이 거래처로부터의 대금수금 내역 등을 제출하여야 함에도 이를 제출하지 못하였으므로 이 사건 거래처가 BBBB에 물품대금으로 지급하였다는 260,537,090원은 가공경비라고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같은 사정과 원고가 폐업한 상태에서 폐업 전의 자료를 최대한 수집하여 증거로 제출한 사정, 앞서 본 것과 같이 이 사건 거래처에서 BBBB에 260,537,090원을 지급하였고, 이러한 정황이 BBBB의 내부전산망에도 남아있는 사정 등을 종합하면, 이 사건 거래처가 BBBB에 지급한 위 260,537,090원은 물품구매대금으로 지출된 것으로 봄이 타당하므로, 피고의 위 주장을 받아들이기 어렵다.

라. 소결론(취소의 범위)

앞서 본 것과 같이 원고의 제1주장은 이유 없고, 제2주장은 이유 있어, 이 사건 거래처가 2015. 12.경부터 2016. 7.경까지 BBBB에 지급한 260,537,090원은 물품구매대금으로 지출한 것이고, 가공경비가 아니라고 판단된다.

그에 따라 이 사건 처분 중 위 260,537,090원이 가공경비라고 보아 이루어진 처분 부분은 위법하여 이를 취소하여야 하는데, 피고가 관련 정당세액을 산출할 만한 과세자료를 제출하고 있지 아니하여 이를 산출할 수 없는 이상, 이 사건 처분 중 위 260,537,090원이 지출된 2015, 2016 각 사업연도의 각 법인세 부과처분 부분을 전부 취소하여야 한다. 한편 이 사건 처분 중 2013, 2014 각 사업연도 법인세 부과처분 부분은 적법하다.

4. 결론

따라서 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리 하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위에서 취소를 명한 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.