피고가 2019. 10. 1. 원고에게 한 2018년 귀속 양도소득세 272,275,850원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 7. 23. 서울 00 대지 및 주택(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 870,000,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)한 다음 2018. 9. 30. 피고에게 1세대 1주택 비과세로 2018년도 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 이 사건 양도 당시, 원고는 2018. 5. 23. 서울 00 00호(이하 ‘@@동주택’이라 한다)를 취득하여 2018. 6. 28.부터 임대하고 2018. 8. 6. **구청장에게 임대사업자 등록을 마치고 보유하고 있었고, 원고 배우자인 강BB은 2002. 8. 30. 서울 mm구 ##동 00호(이하 ‘##동주택’이라 한다)를 증여를 원인으로 취득하여 보유하고 있었다.

다. 한편, 원고는 2018. 12. 17. ss시 00 1동 00호 상가 및 00호 상가(이하 통틀어 ‘이 사건 쟁점상가’라 한다)를 양도하여 양도차손이 541,726,760원이 발생하였다며 2019. 2. 7. 피고에게 2018년 귀속 양도소득세 신고를 하였고, 2019. 7. 26. 이 사건 주택의 양도차익과 이 사건 쟁점상가의 양도차손에 대해 합산신고를 하였다.

라. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 ① 원고 세대가 3개의 주택을 보유한 상태에서 조정대상지역에 있는 이 사건 주택을 양도한 것으로 보아 이 사건 양도를 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 판단하여 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하고, ② 이 사건 쟁점상가의 대금 청산일이 불분명하여 그 양도시기를 부동산이전등기 접수일인 2019. 1. 18.로 판단한 다음 2018년 귀속 양도소득세 대상이 아니라고 보고, 2019. 10. 1. 원고에게 이 사건 양도에 대하여 2018년도 귀속 양도소득세 272,275,850원(가산세 포함)을 결정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고가 이에 불복하여 2019. 12. 9. 이의신청을 거쳐 2020. 7. 3. 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 2020. 11. 11. 그 청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8, 19호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1) 원고는 이 사건 처분과 관련하여 납세고지서 송달을 받지 못하였다. 납세고지서가 적법하게 송달되지 않았으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고 배우자인 강BB이 보유하는 ##동주택은 2002. 8. 30. 부친인 강CC(이하 ‘고인’이라 한다)으로부터 증여받은 것으로 등기되어 있으나, 당초 고인이 강BB에게 상속하기로 한 주택을 강BB이 임의로 등기한 것이므로, 증여는 원인 무효이고 실제는 상속받은 주택이다. 따라서 이 사건 양도는 상속받은 주택과 일반주택을 보유한 1세대가 다른 주택을 취득한 때로부터 3년 이내에 종전 일반주택을 양도한 경우에 해당하므로 1세대 1주택 특례에 해당한다고 보아야 한다.

3) @@동주택은 임대주택으로 등록되어 있으므로 양도세 계산시 주택수에서 제외되어야 한다. 따라서 이 사건 주택의 양도는 중과제외 주택에 해당한다.

4) 원고는 2018. 12. 17. 원고 소유의 이 사건 쟁점상가를 양도하였고, 위 양도에 따른 대금 청산이 2018년도에 이루어졌다. 원고는 위 양도로 541,726,860원의 양도차손이 발생하였는데, 이 사건 양도 및 이 사건 쟁점상가에 대한 양도가 모두 218년도에 이루어졌으므로, 이 사건 쟁점상가의 양도차손을 이 사건 양도 차익에서 공제하면 결국 원고에게 양도소득이 발생하였다고 볼 수 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 납세고지서의 송달에 위법이 있었는지 여부

가) 국세기본법 제8조 제1항은 ‘이 법 또는 세법에서 규정하는 서류는 그 명의인의 주소, 거소, 영업소 또는 사무소에 송달한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 제10조 제2항 본문은 ‘납세의 고지·독촉·체납처분 또는 세법에 따른 정부의 명령과 관계되는 서류의 송달을 우편으로 할 때에는 등기우편으로 하여야 한다.’고 규정하고 있으며, 같은 법 제12조 제1항 본문은 ‘제8조에 따라 송달하는 서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다.’고 규정하고 있다.

조세부과처분에서 납세고지서가 적법하게 송달되지 아니한 경우 조세부과처분은 당연 무효이나(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두20380 판결 등), 납세고지서가 등기우편으로 발송된 경우, 특별한 사정이 없는 한, 그 무렵 수취인에게 배달되었다고 봄이 상당하다(대법원 1992. 12. 11. 선고 92누13127 판결, 대법원 2015. 4. 9. 선고 2014두46027 판결 등 참조).

나) 앞서 인정한 사실과 을 제7 내지 17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들을 보건대, 이 사건 처분의 납세고지서는 등기우편으로 발송되었고, 실제 원고의 배우자 강BB에게 적법하게 송달되었다고 봄이 상당하고, 원고가 제출한 갑 제31 내지 35호증의 각 기재만으로 이를 뒤집기에 부족하며 달리 반증이 없으므로, 이 사건 처분의 납세고지서가 적법하게 송달되지 아니하였다는 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

① 국세청 전산시스템(NTIS)은, 우정사업본부(우체국)와 전산 연계되어 송달결과 자료를 받아 별도 가공 없이 이를 그대로 전산 입력‧관리되고 있는데, 이 사건 처분과 관련하여 2019. 10. 1.자 납부고지서가 2019. 10. 2. 등기우편으로 발송되어(등기번호“00000”) 2019. 10. 7. 원고의 주소지인 ‘서울 mm구 00호(##동,00)’에서 원고의 배우자 강BB이 수령함으로써 ‘송달완료’된 것으로 등록되어 있다.

② 우정사업본부(우체국) 등기우편배송조회서비스 화면에도, 이 사건 처분의 납세고지서가 등기번호 “00000”로 2019. 10. 2. 우체국에 접수, 발송되어 2019. 10. 7. 집배원 진EE을 통해 “수령인: 강**님-배우자”로 배달완료된 것으로 등록되어 있다.

③ 원고는 2018. 7. 2. 배우자와 함께 ‘서울 mm구 00호(##동,00)’에 전입하여 현재까지도 주민등록상 주소지가 변동된 바 없이 거주하고 있다.

④ 원고는 집배원 진EE이 위 주소지에 2019. 10. 7. 등기우편물을 배달한 사실이 없다는 취지의 확인서와 배우자 강BB이 2019. 10. 7. 등기우편물을 수령하지 않았다는 취지의 확인서를 제출하였다. 그러나 원고나 배우자가 위 송달장소에 거주하지 않았다거나 등기우편물이 반송되었음을 증명할 만한 객관적인 자료가 제출되지 않은 이상 앞서 인정한 등기우편과 관련한 송달 전산내역에 반하는 위 확인서 내용을 바로 인정하기는 어렵다.

2) ##동주택이 상속받은 주택이므로, 이 사건 양도에 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용되어야 하는지 여부

어느 부동산에 관하여 등기가 경료되어 있는 경우 특별한 사정이 없는 한 그 원인과 절차에 있어서 적법하게 경료된 것으로 추정되고, 그 절차 및 원인의 부당을 주장하는 당사자에게 이를 입증할 책임이 있다(대법원 2002. 2. 5. 선고 2001다72029 판결,대법원 2003. 2. 28.선고 2002다46256 판결 등 참조).

살피건대, 갑 제5호증, 을 제4호증의 각 기재에 의하면, 강BB이 2002. 8. 30. ##동주택에 관하여 고인으로부터 증여를 원인으로 소유권이전등기를 경료받은 사실, 고인은 2008. 6. 25. 사망한 사실이 각 인정되는바, 강BB 앞으로의 소유권이전등기는 그 원인과 절차에 있어서 적법하게 경료된 것으로 추정되고, 원고가 제출한 증거와 사정만으로는 부동산 등기부상의 원인과 달리 강BB이 이 사건 ##동주택을 상속받은 것이라는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3) @@동주택이 임대주택으로 등록되었으므로, 양도소득세 중과대상 주택 수 산정에서 제외되어야 하는지 여부

가) 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제20항과 제167조의3 제1항 제2호는 임대주택을 포함한 다주택을 보유한 1세대가 양도소득세를 감면받을 수 있는 요건을 각 규정하고 있다.

나) 먼저, 구 소득세법 시행령 제155조 제20항은, 양도일 현재 임대사업자로 사업자등록을 하고, 민간임대주택으로 등록을 마치고 임대하고 있는 ‘장기임대주택’과 ‘그 밖의 1주택(거주주택)’을 국내에 소유하고 있는 1세대가 거주기간 2년 이상인 ‘그 밖의1주택(거주주택)’을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세를 적용하도록 규정하고 있다.

그런데 갑 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 각 사정 즉, 원고는 이 사건 양도 이후인 2018. 8. 6.에서야 @@동주택에 관하여 임대사업자 등록을 마쳤으므로 @@동주택은 이 사건 양도 당시 위 규정상의 “장기임대주택”에 해당하지 아니하는 점, 원고 세대는 @@동주택 이외에 이 사건 주택과 ##동주택도 보유하고 있었으므로 장기임대주택과 “그 밖의 1주택”을 보유하고 있었던 세대에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 양도는 구 소득세법 시행령 제155조 제20항에서 정한 1세대 1주택 특례 적용대상으로 보기 어렵다.

다) 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호는, 장기임대주택을 ‘법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택’으로 규정하면서 (가)목에서 ‘민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억 원)을 초과하지 아니하는 주택으로 2018. 3. 31.까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다’고 규정하고 있다.

그런데 갑 제2호증의 기재에 의하면, 원고는 2018. 8. 6.에서야 @@동주택에 관하여 사업자등록등을 마친 사실이 인정되므로, @@동주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 (가)목 소정의 ‘장기임대주택’에 해당한다고 보기도 어렵다.

라) 한편, 관련 법규정의 내용에 의하면, 양도소득세 중과세율 적용에 있어 1세대가 3주택 이상을 소유하였는지 여부를 판단할 때 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 해당하는 주택(수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 이하의 주택)만을 주택 수 산정에서 제외하고, 나머지 각 호에 해당하는 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 상속주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함하고 그것이 양도대상이 되는 경우에만 구 소득세법 제104조 제7항에서 정한 중과세율이 적용되지 않게 된다. 즉, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에 해당하는 장기임대주택이라 하더라도, 원고의 주장과 같이 주택 수 산정에서 제외되는 것이 아니고, 그것이 양도대상인 경우에만 중과세율 적용에서배제되는 것이다.

이 사건에서 @@동주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에서 정한 주택에 해당하지 않고, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 각목에서 정한 장기임대주택에도 해당하지 않으며, 이 사건 양도의 대상도 아니므로, 양도소득세 중과대상 주택 수 산정에서 제외될 수 없다.

마) 결국 이 사건에서 원고와 배우자가 소유한 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에서 정한 주택에 해당하지 않고, 양도 대상인 이 사건 주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 정한 주택에 해당하지 않으므로, 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우로 중과세율 적용 대상에 해당한다. 따라서 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

4) 이 사건 쟁점상가의 양도시기를 2018. 12. 17.로 볼 수 있는지 여부가) 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하고, 예외적으로 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부‧등록부 또는 명부 등에 기재된 등기‧등록접수일 또는 명의개서일 등으로 하도록 규정되어 있는바, 위 규정의 '대금을 청산한 날'이라 함은 실제로 잔대금을 지급하여 사실상의 소유권을 취득한 시점을 말하는 것이다(대법원 1999. 10. 26. 선고 98두2669 판결 등 참조). 나아가 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 한다.

나) 살피건대, 갑 제11 내지 18호증, 갑 제20 내지 30호증의 각 기재에 의하면, 원고가 2018. 11. 30. 이 사건 쟁점상가를 정FF으로부터 합계 6억 원에 매수하는 계약을 체결하고, 이후 2018. 12. 17. 이 사건 쟁점상가를 GG 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)에 합계 1억 원에 매도하는 계약을 체결한 사실, 원고는 2018. 12. 17. 소외 회사에게 매매대금 1억 원을 모두 수령하였다는 영수증을 작성하여 주었고, 소외 회사도 2018. 12. 17. 대금 정산이 완료되었다는 확인을 한 사실, ss시 00구청장이 2018. 12. 31. 발급한 부동산거래계약신고필증에 잔금지급일이 2018. 12. 17.로 기재되어 있는 사실, 원고는 소외 회사에 2018. 12. 24. 1,000만 원, 2018. 12. 28. 4,500만 원을 각 송금한 사실이 인정되기는 하다.

다) 그러나 한편 앞서 거시한 증거 및 을 제1 내지 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 앞서 본 사실관계 및 원고가 제출한 증거들만으로는 원고 주장과 같이 2018. 12. 17. 소외 회사와 매매계약이 체결되었다고 하더라도 같은 날 매매대금을 실제 모두 지급하여 청산하였다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 쟁점상가의 양도는 ‘그 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우’에 해당한다고 봄이 상당하므로, 그 양도시기는 소외 회사 명의의 소유권이전등기 접수일인 2019. 1. 18.로 봄이 타당하다.

① 이 사건 쟁점상가에 관하여 원고 앞으로의 소유권이전등기가 접수된 시기는 2018. 12. 24.이고, 소외 회사 앞으로의 소유권이전등기가 접수된 시기는 2019. 1. 18. 인바, 원고 앞으로 소유권이전등기가 마쳐지지 않은 상태에서 2018. 12. 17. 소외 회사와 사이에 양도대금을 모두 청산하였다는 것은 상식적으로 납득하기 어렵다.

② 만약 원고의 주장대로 매매대금이 2018. 12. 17. 모두 청산되었다면, 원고 앞으로 소유권이전등기를 접수하면서 곧바로 소외 회사 앞으로의 소유권이전등기를 접수할 수 있었을 것으로 보이는데, 별다른 사유 없이 잔금 청산 후 1달이나 지난 2019. 1. 18.에서야 소유권이전등기를 접수하였다는 것은 거래 관행상 매우 이례적이다.

③ 원고는, 이 사건 쟁점상가 취득 계약일인 2018. 11. 30. 그 대금을 모두 지급하였고 양도 계약일인 2018. 12. 17. 그 대금을 모두 청산하였다고 주장하나, 영수증 이외에 대금이 실제 수수되었음을 입증할 만한 객관적인 금융자료를 전혀 제출하지 못하고 있으므로, 실제 대금이 원고가 주장하는 시기에 각각 수수되었는지 상당히 의심스럽다.

④ 원고는 이 사건 쟁점상가에 설정된 채권최고액 252,000,000원의 근저당권의 채무를 전소유자로부터 승계받아 소외 회사에 정리하여 넘겨주기로 하였기 때문에 정산하고 남은 55,000,000원을 2018. 12. 24.과 2018. 12. 28. 두 차례에 걸쳐 소외 회사에 송금하였다고 주장하는데, 그 정산 내역을 설명하지 못하고 있을 뿐만 아니라 위 정산 대금 송금일은 그 자체로 원고가 주장하는 대금 청산일인 2018. 12. 17.과도 맞지 않다.

⑤ 이 사건 쟁점상가에는 근저당권설정등기(HH은행 채권최고액 252,000,000원, PP세무서 채권최고액 174,000,000원)가 마쳐져있고, 이 사건 쟁점상가 1203-2호에는 임대차계약이 체결되어 있는데, 각 매매계약서(갑 제16, 20, 21호증)에 위 근저당권 및 임대차 승계와 관련한 약정 내용이 전혀 없어 통상의 부동산매매계약과는 거리가 있다. 또한 원고의 주장에 의하면, 원고가 6억 원이나 되는 거액을 부담하여 이 사건 쟁점상가를 취득한 후 약 1달로 되지 않은 상태에서 20%도 되지 않는 1억 원에 이를 양도하였다는 것인데, 위와 같은 조건으로 급매할 만한 급박한 사정이나 상황이 있었음을 인정할 만한 객관적인 자료가 없으므로, 그 자체로 이 사건 쟁점상가의 취득 및 양도는 일반적인 부동산거래로 보기 어렵다.

라) 따라서 이 사건 쟁점상가의 양도시기는 부동산이전등기 접수일인 2019. 1. 18. 로 봄이 상당하므로, 그 양도차손을 2018년 귀속 양도소득세 산정에 합산할 것은 아니다. 따라서 양도소득세 합산을 배제한 이 사건 처분은 위법하지 아니하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.