주문

1. 선정자 111 소를 각하한다.

2. 피고가 2020. 12. 11. 원고(선정당사자)에 대하여 한 2018년도 귀속 양도소득세 66,765,371원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용 중 원고(선정당사자)와 피고 사이에 생긴 부분은 피고가 부담하고, 선정자 111와 피고 사이에 생긴 부분은 위 선정자가 부담한다.

청구취지

주문 제2항 및 피고 도봉세무서장이 2020. 10. 6. 선정자 ```에게 한 2018년도 귀속 양도소득세 66,765,371원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이유

가. 원고(선정당사자, 이하 ‘원고’라고만 한다)와 원고의 배우자인 선정자 111는

2003. 10. 24. 서울 강북구 수유동 소재 단독주택(이하 ‘이 사건 쟁점주택’이라

한다)을 공동(각 1/2지분)으로 취득하여 보유하다가, 2018. 10. 30.(매매계약일은 2018.6. 13.) 금 1,430,000,000원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

나. 원고와 선정자 111는 이 사건 쟁점주택이 1세대 1주택인 고가주택에 해당한

다고 보아 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제95조 제3항에 따라 계산한 9억 원 초과분 양도차익에서 장기보유특별공제를 적용하여 산출한 양도소득금액에 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하여2018. 11. 30. 양도소득세 2,414,790원을 신고․납부하였다.

다. 이 사건 양도 당시 원고는, 2010. 11. 5. 취득한 서울 강북구 미아동 래미안트리베라1차아파트(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다) 및 2018. 10. 25. 선정자 111와 공동으로 취득(매매계약일은 2018. 9. 23.)한 서울 강북구 수유동 소재 다가구주택(이하 ‘이 사건 신규주택’이라 한다)을 각 보유하고 있었다. 한편 원고

는 2017. 8. 24. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호에 따른 임대사업자등록을,2017. 8. 30. 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 마쳤다.

라. 피고는 2020. 9. 10.부터 2020. 9. 29.까지 양도소득세 조사를 실시한 다음 이 사건 양도가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 조정대상지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도가액 9억 원 초과분 양도차익에 대하여장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여, 2020. 10. 6. 원고와 선정자 에게 2018년 귀속 양도소득세 66,765,370원(가산세 포함)을 과세하겠다는 내용의 세무조사결과를 통지하였다.

마. 이에 원고와 선정자는 2020. 11. 4. 피고에게과세전적부심사를청구하였으나, 피고는 2020. 12. 9. 과세전적부심사를 불채택 결정하였고, 2020. 12. 11.원고와선정자에게각양도소득세66,765,370원(가산세포함)을경정․고지(이하 ‘이사건 처분’이라 한다)하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2021. 2. 14. 조세심판원에 심판청구를하였으나,2021. 6.23. 심판청구가 기각되었다.

2. 본안 전 항변에 관한 판단(선정자 부분)

가. 피고의 항변 요지

선정자의 소는 국세기본법이 정한 심사청구 등 적법한 전심절차를 거치지않고 제기되어 부적법하다.

나. 판단

1) 국세기본법 제56조 제2항은 국세기본법 또는 세법에 의한 처분에 대한행정소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면제기할 수 없다고 규정하고 있고, 국세기본법 제2조 제2호는 ‘세법이란 국세의 종목과세율을 정하고 있는 법률과 국세징수법, 조세특례제한법, 국제조세조정에 관한 법률,조세범 처벌법 및 조세범 처벌절차법을 말한다’고 규정하고 있다.

2) 살피건대 양도소득세는 국세기본법 제2조 제1호에서 정한 국세에 해당하므로 이사건 처분에 대하여 그 취소를 구하는 소송을 제기하기 위해서는 국세기본법에 따른심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정 등 적법한 전심절차를 거쳐야 하는데, 선정자가 이 사건 처분에 대하여 국세기본법에 따른 심사청구나 심판청구 등 적법한 전심절차를 거쳤음을 인정할 만한 아무런 자료가 없으므로, 선정자의 소는부적법하다.

이에 대하여 선정자는 조세심판원에서 문의한 결과 조세심판원에서 이사건 쟁점주택의 공동명의인 중 1인만 심판청구를 하면 된다고 안내를 하여 그에따라

원고만 심판청구를 진행한 것이라고 주장하나, 조세심판원에서 위와 같이 안내를 하였다는 점을 인정할 증거가 없으므로 위 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부(원고 부분)

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 임대주택은 구 소득세법 시행령(2020. 10. 8. 대통령령 제31101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택에 해당하므로 같은 항 제10호, 제4항에 따라 보유주택 수에서 제외하여야 하고, 원고는 이 사건 쟁점주택에 거주하고 있다가 대체주택으로 2020. 6. 24. 이 사건 신규주택을 취득한 후2020. 10. 7. 이 사건 쟁점주택을 양도함으로써 일시적으로 1세대 2주택을 보유하였던것이므로, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항제10호, 제167조의10 제1항 제8호에따라 종전 주택인 이 사건 쟁점주택도 보유주택 수에서 제외하여야 한다. 따라서 원고는 이 사건 양도 당시 1세대 1주택 소유자에 해당하므로, 중과세율이 아닌 일반세율이적용되어야 하고, 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여도 장기보유특별공제

가 적용되어야 한다.

2) 설령 이 사건 양도가 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도라 하더라도, 원고는투기 목적이 없고 거주 이전의 목적으로 사회통념상 일시적으로 장기임대주택 외에 2주택을 보유하게 된 특별한 사정이 있으므로, 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과세율을 적용함은 부당하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 소득세법령의 해석상 장기보유특별공제 및 중과세율 적용 여부

양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조에 따라 계산하게 되는데, 건물(주

택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하되(제1항제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 “대통령령으로 정하는1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이

하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택 등(제167조의3 제1항 제1호부터 제8호까지 및

제8호의2에 해당하는 주택)을, 제8호에서 일시적 2주택 등을 들고 있다.

이러한 소득세 관련 법령의 문언 및 체계를 살펴보면, 양도소득에 대한 세율은

주택 수에 따라 결정되는데, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 하는 점, 다만,구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만이 주택수 산정에서 제외될 뿐 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항,제167조의10제1항의 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 점, 일시적 2주택의 경우 구 소득세법시행령 제167조의10 제1항 제8호에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정

하고 있는 반면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건에서 원고가소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 정한 주택에해당하지 않으므로, 일단 주택수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 쟁점주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이사건 임대주택 이외에 대체주택인 이 사건 신규주택도 소유하고 있었으므로, 이 사건쟁점주택은 위 제10호 소정의 일반주택에 해당하지 않는다), 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 상당하다.

2) 이 사건 양도에 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 인정되는지 여부

가) 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도

모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 위 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래

의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).

나) 살피건대, 앞서 든 각 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고는 그 소유이던 이 사건 쟁점주택에 장기간 거주하다가 주거를 이전하기 위하여 대체주택으로 이 사건 신규주택을 취득하여 이사하였으므로 투기목적이 없고, 이 사건 신규주택을 취득한 후 이 사건 쟁점주택을 양도하기까지 소요된 기간이 5일에 불과하여 주택거래의 현실 등에 비추어 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있다고 봄이 상당하므로, 이 사건 양도를 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다. 결국 원고의 주장은 이유있다.

① 원고는 2003. 10. 24. 이 사건 쟁점주택을 취득한 이래 10여 년 가까이 거주

하여 오던 중, 주거를 이전하기 위하여 2018. 6. 13. 이 사건 쟁점주택을 매도하는 계약을 체결하고, 2018. 9. 23. 대체주택으로 이 사건 신규주택을 매수하는 계약을 체결한 것으로서 이 사건 쟁점주택을 양도하고 이 사건 신규주택을 취득한 데에 투기목적이 있었다고 볼 만한 사정이 없다.

② 원고는 이 사건 신규주택을 취득한 다음 실제로 이 사건 신규주택으로 전입신

고를 마치고 주거를 이전하여 현재까지 거주하고 있다.

③ 한편 피고는 이 사건 신규주택은 임차인들도 거주하고 있는 주택으로 원고가

임대수익 등의 영리적 목적이 전혀 없었다고 보기 어려우므로 양도소득세를중과할 수없는 특별한 사정이 인정되지 않는다고 주장하나, 앞서 살핀 바와 같이 원고가 대체주택으로 이 사건 신규주택을 매수한 다음 실제 전입하여 거주하고 있는 이상, 위 주택에 다른 임차인들도 거주하고 있다고 하더라도 원고에게 반드시 영리적 목적이 있었다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 설령 피고 주장과 같이 원고가 이 사건 신규주택을 취득한 데에 부가적으로 임대수익 등의 목적이 있었다고 하더라도 그러한 사정만으로 나아가 원고에게 투기목적까지 있었다고 단정할 수도 없다.

④ 원고는 약 3개월의 단기간 동안 이 사건 쟁점주택의 양도와 이 사건 신규주택의 취득을 진행하는 과정에서 취득 및 이사 시기 등 조건이 맞는 대체주택으로 이 사건 신규주택을 매수하는 계약을 체결하면서, 대체주택의 매도인이 원고의 이사예정일보다 빨리 집을 비워주기로 하면서 원고에게 잔금을 최대한 빨리 지금해 줄 것을 요청하자 매도인 측의 사정을 고려하여 이 사건 신규주택의 잔금 지급일을 이 사건 쟁점주택의 잔금지급일보다 앞선 2018. 10. 26.로 정한 것으로 보인다.

⑤ 원고가 이 사건 쟁점주택을 매도하고 이 사건 신규주택을 취득하면서 각 주택

의 매도인 및 매수인과의 일정을 조율하는 과정에서 이 사건 쟁점주택과 이 사건 신규주택을 중복으로 보유한 기간은 5일에 불과한바, 이는 주택거래의 현실 등에 비추어흔히 발생할 수 있는 경우로서 일시적이라고 볼 수 있음이 분명하다.

⑥ 피고는 위 대법원 2010두27806 판결은 ‘일반주택’에 관한 사안인바, 이 사건

쟁점주택은 ‘고가주택’으로 서로 사안을 달리하므로 이 사건에서는 위 법리가 적용될수 없다는 취지로 주장하나, 이 사건 쟁점주택이 고가주택에 해당한다는 사정이 위 법리의 적용에 있어 어떠한 차이를 발생시킨다고 볼 수 없다.

3) 소결론

따라서 이 사건 양도는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우로서 장기보유특별공제도 적용되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 선정자 의 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 청구는 이유

있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.