1. 피고가 20xx. xx. xx. 원고에게 한 20xx 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원(과소신고가산세 xx,xxx,xxx원, 납부불성실가산세 xxx,xxx,xxx원 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 이 사건 처분의 경위

가. 당사자들의 지위

 1) 주식회사 BBBBBB(20xx. x. x. 주식회사 CCCCCCC에서 상호 변경) 20xx. x. xx. 설립된 비상장법인으로 주식회사 DDDDDD(이하 ‘DD’이라 한다)가 100% 지분을 보유한 DD의 자회사였다.

 2) 주식회사 EE은 19xx. xx. xx. 설립되어 소방구조장비 제조업 등을 영위하는 회사이다.

 3) 주식회사 BBBBBB는 주식회사 EE의 주식을 전부 취득한 후 20xx. xx. xx. 자회사인 주식회사 EE에 흡수합병되었고(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다), 20xx. x. xx. ‘주식회사 AAAAAAAA’로 상호를 변경하였다(이하 합병 전 원고는 ‘EE’ 또는 ‘BBBBBB’로 구분하여 칭하고, 각 회사들의 ‘주식회사’ 기재를 생략한다).

나. BBBBBB의 EE 주식 취득

 1) DD과 FF스페셜시츄에이션 사모투자 합자회사(이하 ‘FF’이라 한다)는 20xx. x. xx. EE의 기존 주주들과 사이에, ‘DD과 FF이 지정하는 매수인’이 EE의 기존 주주들로부터 EE의 발행주식 xxx,xxx주 전부를 매수하기로 양해각서를 체결하였다.

 2) DD과 FF은 20xx. x. x. EE을 공동인수 및 공동소유⋅경영하기 위한 주주간계약(이하 ‘이 사건 주주간계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 주주간계약에서, DD과 FF은 BBBBBB를 통해 EE의 주주들로부터 주식을 매수하되 DD과 FF이 보유하는 BBBBBB에 대한 출자금액과 보유 지분비율을 정하고(제5.2조), 이에 따라 계약금 지급방법(제1.2조), BBBBBB에 대한 출자(제2.1조), 인수금융(제3.1조)으로 나누어 매수자금 조달 방법을 정하였다. ① 계약금(xx,xxx,xxx,xxx원)은, DD이 BBBBBB가 발행하는 xx,xxx,xxx,xxx원 상당의 보통주식을 인수하고, FF은 전환사채 인수계약에 따른 계약금 xx,xxx,xxx,xxx원을 BBBBBB에 지급하며, ② 나머지 주식매매대금은, DD이 BBBBBB가 발행하는 xx,xxx,xxx,xxx원 상당의 보통주식을 인수하고, FF이 BBBBBB가 발행하는 xx,xxx,xxx,xxx원 상당의 상환전환우선주식 및 xx,xxx,xxx,xxx원 상당의 전환사채를 인수하며, DD과 FF이 x,xxx억 원을 인수금융으로 조달하기로 정하였다.

 3) BBBBBB는 20xx. x. x. EE의 기존 주주들과 사이에, 위 주주들로부터 EE 발행주식 전부를 총 xxx,xxx,xxx,xxx원(= xxx,xxx주 × 1주당 x,xxx,xxx원)에 매수하기로 매매계약을 체결하였다.

다. 이 사건 출자전환

 1) 위 매매계약에서, BBBBBB는 주식 매매대금 중 10%인 xx,xxx,xxx,xxx원을 계약금으로 지급하되, 1차 계약금 xx,xxx,xxx,xxx원은 계약 체결 당일, 나머지 2차 계약금 xx,xxx,xxx,xxx원은 계약 체결일로부터 15영업일 이내 지급하기로 하였다(제3조 제2항 제1호).

 2) BBBBBB는 20xx. x. x. DD과 사이에 ‘BBBBBB가 DD으로부터 xx,xxx,xxx,xxx원을 차용하되, 이자는 연 x.x%로 차용금 상환 시에 일시 지급하며, 변제기한은 정하지 않는다.’는 내용의 금전소비대차계약(이하 ‘이 사건 소비대차계약’이라 한다)을 체결하고, 같은 날 DD으로부터 xx,xxx,xxx,xxx원(이하 ‘이 사건 차입금’이라 한다)을 지급받았다.

 BBBBBB는 20xx. x. x. DD에게 1주당 발행가액을 xx,xxx원으로 하여 보통주 xxx,xxx주(이하 ‘이 사건 신주’이라 한다)를 발행(이하 ‘이 사건 유상증자’라 한다)하면서, 그 신주대금을 이 사건 차입금 반환채무와 DD의 신주대금 지급채무를 상계하는 방식으로 납입받았다(이하 ‘이 사건 출자전환’이라 한다).

 3) BBBBBB는 20xx. x. x. 이 사건 차입금으로 EE의 주주들에게 1차 계약금을 지급하였다.

라. 이 사건 처분

 1) ○○지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 20xx. x. x.부터 같은 달 xx.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였다. 조사청은, 원고가 이 사건 신주에 관하여 액면가액(1주당 x,xxx원) 초과분 xx,xxx,xxx,xxx원을 주식발행액면초과금으로 계상한 것은 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 제1호 단서(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)에 따른 채무면제이익에 해당하므로, 위 주식발행액면초과금은 익금 산입되어야 한다는 내용의 세무조사 결과를 피고에게 통지하였다.

 2) 피고는 20xx. xx. xx. 원고에게, 채무면제이익 xx,xxx,xxx,xxx원을 익금에 가산하여 20xx 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(과소신고가산세 xxx,xxx,xxx원, 납부불성실가산세 xxx,xxx,xxx원 포함)을 경정⋅고지하였다.

 3) 원고는 이에 불복하여 20xx. x. x. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 20xx. x. x. 그 청구가 기각되었다.

 4) 피고는 위 심판청구 심리 중 직권으로 이 사건 출자전환에 따른 원고의 채무면제이익을 종전의 액면가(1주당 x,xxx원)가 아니라 출자전환 후의 이 사건 신주의 시가(1주당 xx,xxx원)를 기준으로 재산정하고, 20xx. xx. xx. 원고에게 20xx 사업연도 법인세를 종전 x,xxx,xxx,xxx원에서 x,xxx,xxx,xxx원 감액한 xxx,xxx,xxx원(과소신고 가산세 xx,xxx,xxx원, 납부불성실가산세 xxx,xxx,xxx원 포함)으로 경정⋅고지하였다(이하 당초처분 중 감액 후 남은 부분만 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 원고의 주장 요지

가. 이 사건 출자전환의 효력

 이 사건 소비대차계약은 가장행위이다. 이 사건 차입금의 목적은 주금 납입을 위한 것이고, 이 사건 출자전환을 통한 부채 감소 목적도 없었다. 국세기본법 제14조 제2항의 실질과세원칙에 비추어 이 사건 출자전환의 법률적 효력은 현금납입 유상증자와 같게 평가하여야 한다. 현금납입에 의한 유상증자와 채무상계에 의한 유상증자 사이에는 절차상 미미한 차이가 있을 뿐이므로 이를 이유로 이 사건 차입금을 실질(주금 납입)이 아니라 형식(대여금)으로 보아서는 안 된다. 따라서 채무의 출자전환을 인정할 수 없고, 이 사건 규정이 적용되지 않는다.

나. 채무면제이익의 부존재

 이 사건 규정이 적용되더라도, 원고는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 이 사건 출자전환을 하여, 이 사건 출자전환에 따른 채무면제이익은 없다. 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 채무면제이익을 계산한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 출자전환의 무효 여부

 앞서 든 증거, 갑 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 소비대차계약은 유효하다. 이 사건 소비대차계약이 무효임을 전제로 이 사건 출자전환에 이 사건 규정을 적용할 수 없다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

 1) 상대방과 통정한 허위의 의사표시는 무효이고(민법 제108조 제1항), 허위표시를 요소로 하는 법률행위가 가장행위이다. 표시행위에 대응하는 진정한 의사가 있으면 허위표시가 아니고, 당사자 사이에 법률행위에 관한 합치되는 의사가 있는 한 의사표시의 법률적 효과와 그것에 의하여 달성하려고 하는 경제적 목적이 서로 다르더라도 바로 허위표시는 아니다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2004두2332 판결 등 참조).

 2) 이 사건 주주간계약에서 1차 계약금 지급과 관련하여, DD은 BBBBBB가 발행하는 xx,xxx,xxx,xxx원 상당의 보통주식을 인수하는데, ‘DD은 본건 주식매매계약상 계약금 지급시기를 맞추기 위하여 필요하다고 판단하는 경우 우선, BBBBBB에 주주대여를 실행하여 계약금을 지급하도록 한 후 지체 없이 BBBBBB의 보통주식을 인수하여 주주대여금 채권 상계의 방식으로 주금을 납입하거나 BBBBBB가 납입받은 주금으로 주주대여금을 상환하도록 할 수 있다.’고 정하였다(제1.2조 단서).

 3) 법인이 현금납입 또는 출자전환 중 어떠한 방식을 선택하여 자본금을 충당할지는 법인의 의사에 달려있다. 이 사건 주주간계약은 유상증자와 관련하여 현금납입 또는 출자전환 방식 모두 예정하고 있었고, 원고는 출자전환 방식을 선택하였다. 원고는, 회사가 신주발행을 완료한 후 변경등기를 신청하기 위하여 납입담당 금융기관으로부터 납입금 보관증명을 발급받아 제출하여야 하는데(상업등기규칙 제133조 제4호), 금융기관에 하루 정도 금원을 예치하여야 납입금 보관증명을 발급받을 수 있지만, 채무상계방식으로 신주를 발행하면 채무상계 증명서(상업등기규칙 제133조 제5호) 제출로 바로 변경등기를 신청할 수 있어, 20xx. x. x. 당일 1차 계약금을 지급하기 위해 현금납입이 아니라 출자전환 방식으로 이 사건 유상증자를 하였다고 주장한다. 원고는 현금납입과 출자전환 방식의 유상증자 사이에 차이가 있어 그중 출자전환 방식을 선택하였다는 것이다.

 4) 원고는 출자전환 방식의 유상증자를 위해 이 사건 소비대차계약을 체결하여, 이 사건 소비대차계약에 따른 법률상 효과, 즉 DD에게 대여금 채권이 발생하고, 원고에게 차용금 채무가 발생하였다. 채무의 출자전환이란 법인의 채권자가 금전에 의한 현실적인 주금의 납입 없이 보유하고 있는 채권으로 출자에 갈음하는 것으로 채무자 법인은 채무액에 상응하는 주식을 발행하고 채권자가 이를 인수하는 방식을 취함으로써 채무자 법인은 채무를 면하고, 채권자의 지위는 주주로 바뀐다. 이 사건 소비대차계약이 유효함을 전제로 DD은 대여금 채권과 주금 납입 채무를 상계하고, 이를 증명하는 서류도 작성하였다. 각 법률행위가 20xx. x. x. 동시에 이루어졌다고 하더라도 당사자들은 각 법률행위의 효력발생을 의도하여 이를 통정허위표시라고 볼 수 없고, 모두 유효한 법률행위이다.

 5) 국세기본법 제14조 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득⋅수익⋅재산⋅행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질 내용에 따라 적용한다.’고 규정하고 있다. 이러한 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 다만 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2018. 7. 24. 선고 2015두46239 판결 참조).

국세기본법 제14조 제2항은, 당사자들의 법률행위를 확정한 후 이를 전제로 한 과세표준의 계산에 관한 규정의 적용에 있어 그 실질 내용에 따라 과세표준 규정을 적용한다는 의미이다. 과세관청이 당사자가 선택한 법률관계를 존중하여 과세표준의 계산에 관한 규정을 적용하여야 하는 것과 마찬가지로 납세의무자 등 당사자도 확정된 법률관계를 전제로 하여야 하고, 조세채권채무의 유⋅불리에 따라 과세표준의 계산에 관한 규정의 적용에 있어서만 법률관계를 재구성할 수 없다. 여기에 구 법인세법 제17조 제1항 제1호 단서는 채무의 출자전환으로 주식등을 발행하는 경우 시가를 초과하여 발행된 금액은 익금에 산입하도록 명문으로 규정하고 있어, 이 사건 출자전환이 유효한 이상 이 사건 규정에 따라 채무면제이익이 있다면 이를 익금에 산입하여야 한다.

나. 채무면제이익의 존재 여부

 1) 이 사건 규정은 ‘채무의 출자전환으로 주식등을 발행하는 경우에는 그 주식등의 구 법인세법 제52조 제2항에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액은 제외한다.’고 규정하여, 채무의 출자전환으로 주식이 발생된 경우 시가를 초과하여 발행된 금액은 익금에 산입된다. 구 법인세법 제52조 제2항은 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’을 ‘시가’의 기준으로 제시하고 있다.

 2) 피고는, 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식은 취득 당시의 시가를 취득가액으로 하고, BBBBBB가 비상장법인으로 매매사례가액 등이 존재하지 않는다는 이유로 상속세 및 증여세법의 보충적 평가방법에 따라 이 사건 신주의 시가를 산정하였다. 이 사건 출자전환 다음 날인 20xx. x. x. 기준으로 BBBBBB의 순자산가액 x,xxx,xxx,xxx원을 이 사건 출자전환 이후 증가한 주식수를 포함한 원고 발행 주식 총수 xxx,xxx주로 나눈 xx,xxx원을 이 사건 신주의 시가로 보고 채무면제이익을 계산하였다.

 3) 앞서 든 증거, 갑 제6, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음의 사정을 고려하면, BBBBBB는 ‘특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격’을 기준으로 이 사건 출자전환을 하였다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에서 이 사건 신주의 시가를 1주당 xx,xxx원으로 산정하여 채무면제이익을 계산한 이 사건 처분은 위법하다.

   가) FF은 사모투자 합자회사로서, 출자자들로부터 지급받은 투자금을 운용하는 과정에서 DD과 공동으로 EE의 인수에 참여하고 이 사건 합병을 거쳐 향후 기업공개를 통해 투자 수익을 얻을 목적으로 이 사건 주주간계약에 참여하였다. FF은 DD이나 BBBBBB, EE과 특수관계인이 아니다.

   나) BBBBBB는, BBBBBB가 EE 주식을 전부 매수하여 BBBBBB와 EE이 연결법인이 될 경우 연결법인인 BBBBBB의 1주당 가치에 대하여 회계법인에 평가를 의뢰하였고, 그 결과 연결법인의 주식가치는 주당 xx,xxx원으로 산정되었다(갑 제6호증, 가치평가보고서).

  다) 이 사건 주주간계약에서, DD은 1차 계약금 지급을 위한 이 사건 유상증자 외에도 BBBBBB의 보통주식 xx,xxx,xxx,xxx원 상당을 인수하기로 정하였고, FF도 BBBBBB가 발행하는 xx,xxx,xxx,xxx원 상당의 상환전환우선주식을 인수하기로 정하였다. 이 사건 주주간계약에서 DD과 FF은 위 가치평가보고서를 기초로 BBBBBB의 주당 발행가액을 xx,xxx원으로 하여 인수하여야 할 주식 수를 정하였다. 즉 이 사건 주주간계약에서 DD과 FF은 인수하는 BBBBBB의 주식 총액을 정하고, 이를 주당 발행가액 xx,xxx원으로 나누어 인수할 주식 수를 산정하고 이에 따라 실제 주식이 발행되고 주식 대금이 납입되었다. 1차 계약금 xx,xxx,xxx,xxx원의 지급을 위하여 DD이 BBBBBB의 보통주 xxx,xxx주(= xx,xxx,xxx,xxx원 ÷ xx,xxx원)를 인수하고, 추가 대금 xx,xxx,xxx,xxx원 지급을 위하여 DD이 BBBBBB의 보통주 x,xxx,xxx주(= xx,xxx,xxx,xxx원 ÷ xx,xxx원)를 인수하며, FF은 BBBBBB의 상환전환우선주 xxx,xxx주(= xx,xxx,xxx,xxx원 ÷ xx,xxxx원)를 인수하였다.

 라) 신주인수행위는 취득당시에 그 가치가 확정되어 있는 일반적인 자산의 매입과는 달리 당해 주식대금의 납입 자체로 인하여 바로 발행법인의 주식가치가 변동함으로써 인수자가 신주를 취득할 때는 이미 그 가치가 변동한 상태인 점을 감안해야 한다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두7005 판결 참조). DD과 FF은, BBBBBB가 EE 주식을 전부 인수하여 EE과 합병할 것을 예정하고 이 사건 주주간계약을 체결하고, 이에 따라 순차적으로 나누어 BBBBBB의 주식을 인수하였으며 주식대금을 납입하였다. DD과 FF은 특수관계인이 아니고, 정상적인 거래라면 이 사건 주주간계약에서 예정한 대로 BBBBBB의 EE 인수 및 합병을 모두 고려하여 BBBBBB의 주식가치를 산정하여야 한다. 피고와 같이 확정된 인수 및 합병을 고려하지 않고 이 사건 유상증자만 분리하여 이 사건 신주의 시가를 산정하는 것은 당사자들이 예정한 거래 내용에 반하며, 이를 정상적인 거래에 따른 시가 산정이라 할 수 없다.

 마) BBBBBB는 20xx. xx. xx. 완전자회사인 EE에 흡수합병되었고, 흡수합병으로 EE은 BBBBBB가 보유하던 EE 주식 xxx,xxx주 전부를 자기주식으로 보유하는데, BBBBBB의 주주들에게 자기주식을 BBBBBB 발행주식에 갈음하여 합병비율에 따라 교부하여 결국 자기주식이 보통주식으로 전환되고, BBBBBB의 주주들은 EE의 주주로 된다. BBBBBB의 흡수합병에 따라 BBBBBB의 주식이 EE의 주식으로 교환된다. 피고는 가치평가보고서가 BBBBBB의 발행주식 수를 xxx,xxx주로 하여 가치 평가가 잘못되었다고 주장하나, 이는 BBBBBB의 흡수합병을 고려하지 않은 것이다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.