1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2020. 5. 1. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 49,974,903원의 경정 거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

가. 당사자들의 주장

 1) 원고의 주장

 이 사건 건물을 신축한 사람은 원고이므로 이 사건 양도는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)에 따라 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 양도한 경우로서 양도소득세 감면대상에 해당한다. 그럼에도 피고는 이 사건 건물이 원고가 매매로 취득한 주택이라고 보아 이 사건 감면조항을 적용하지 아니하였으므로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

 2) 피고의 주장

 소유권보존등기에 추정력이 있는 점, 그 밖에 건축허가신청서와 건축허가서, 건축물대장 등의 기재에 따르면 이 사건 건물을 신축한 사람은 소유권보존등기 명의자인 YY로 보아야 하고, 원고가 이 사건 건물을 신축했다고 볼 만한 객관적인 자료가 없어 이 사건 양도의 경우 이 사건 감면조항의 요건을 갖추지 못하였다. 설령 원고가 YY로부터 이축권을 양수하여 자기 비용으로 이 사건 건물을 건축하였더라도, 이러한 행위는 ｢부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률｣(이하 ‘부동산실명법’이라 한다)이나 ｢개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법｣(이하 ‘개발제한구역법’이라 한다)에 위반된 것으로 이 사건 감면조항에 따른 조세감면 혜택을 부여할 수 있는 경우에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 감면조항을 적용하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

 1) 인정사실

 갑 제3, 8호증, 을 제2 내지 4호증의 각 기재에 의하면 다음과 같은 사실들이 인정된다.

  가) 이 사건 건물의 건축허가신청서에는 YY가 2001. 4.경 건축허가를 신청한 것으로 되어 있고, 이에 NN시장이 2001. 5. 21. YY를 건축주로 한 건축허가서를 교부하였다.

  나) 또한 이 사건 건물에 대한 건축물대장에는 YY가 건축주로서 2001. 11. 8. 사용승인을 받은 것으로 되어 있다.

  다) 한편 이 사건 건물에 관하여는 2001. 11. 19. YY 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌고, 이후 2001. 12. 10. 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다.

 2) 관련 법리

 건축허가는 행정관청이 건축행정상 목적을 수행하기 위하여 수허가자에게 일반적으로 행정관청의 허가 없이는 건축행위를 하여서는 안 된다는 상대적 금지를 관계법규에 적합한 일정한 경우에 해제하여 줌으로써 일정한 건축행위를 하여도 좋다는 자유를 회복시켜 주는 행정처분일 뿐 수허가자에게 어떤 새로운 권리나 능력을 부여하는 것이 아니고, 건축허가서는 허가된 건물에 관한 실체적 권리의 득실변경의 공시방법이 아니며 추정력도 없으므로 건축허가서에 건축주로 기재된 자가 건물의 소유권을 취득하는 것은 아니다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96다10638 판결 등 참조). 또한 신축된 건물의 소유권은 이를 건축한 사람이 원시취득하는 것이므로, 건물 소유권보존등기의 명의자가 이를 신축한 것이 아니라면 그 등기의 권리 추정력은 깨어지고, 등기 명의자가 스스로 적법하게 그 소유권을 취득한 사실을 증명하여야 한다(대법원 1996. 7. 30. 선고 95다30734 판결 등 참조).

 3) 구체적 판단

  가) 갑 제4, 5, 9, 11, 12호증, 을 제5호증의 각 기재와 이 법원의 SS건축사사무소에 대한 사실조회결과, 제1심증인 YY의 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 비록 앞서 본 것처럼 이 사건 건물에 관하여 YY 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌고, 건축허가신청서와 건축허가서, 건축물대장에 YY가 건축주로 되어 있다고 하더라도, YY는 원고에게 이축권을 양도하였을 뿐이고, 실제 이 사건 건물은 원고가 YY의 건축허가 명의를 빌려 자신의 비용으로 신축하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 건물은 이 사건 감면조항에서 정하고 있는 ‘자기가 건설한 신축주택’에 해당한다.

   ⑴ 원고는 이 사건 건물이 신축되기 전부터 그 부지인 이 사건 토지와 그 지상에 계사 75.6㎡를 소유하고 있었다. 다만 원고는 이 사건 토지가 개발제한구역 내에 있고, 이축권을 보유하고 있지 않아 자신 명의로 건축허가를 받아 건물을 신축할 수 없는 상황이었다.

   ⑵ 그런데 YY는 개발제한구역 내에 보유하고 있던 부동산이 수용되면서 그 보상에 따라 이축권을 취득하게 되었고, 실제로 건축허가서와 건축물대장에는 이 사건 건물이 이축권의 행사에 따라 신축된 것으로 나타나 있다.

   이와 관련하여 YY는 제1심법원에서 ‘남양주시 별내면 화접리 ×××에서 거주하다가 도로가 개설되면서 이축권을 받았다. 원고에게 이축권을 3,000만 원에 양도하였을 뿐 이 사건 건물을 신축하거나 그 비용을 지출한 사실이 없고, 소유권보존등기를 직접 마친 사실이 없으며, 이 사건 건물에 거주한 사실도 없다’고 구체적으로 증언하였다.

   ⑶ SS건축사사무소의 건축사 BB은 이 사건 건물의 설계를 의뢰받아 설계도면을 작성하고 남양주시장에게 건축허가신청서를 제출하였는데, 원고가 이 사건 건물의 건축허가 신청 무렵인 2001. 4. 17. 모친인 NM 명의 계좌를 통해 BB에게 100만 원을 지급한 점, 위 돈의 명목은 건축 인허가 업무 대행비로 보이는 점, 원고가 이 사건 소제기 전부터 건축허가서와 설계도면의 원본을 보관하고 있었던 점 등을 고려할 때, 이 사건 건물의 설계를 의뢰하고 그 비용을 부담한 주체는 원고로 보인다.

   ⑷ 한편 원고는 YY가 이 사건 건물에 관하여 2001. 11. 8. 사용승인을 받고 2001. 11. 19. 소유권보존등기를 마치자 그로부터 한 달이 되기 전인 2001. 12. 10. 자신 명의로 소유권이전등기를 마쳤다. 반면에 YY는 남양주시 별내면 ××리 ×××에 거주하다가 이 사건 건물이 신축된 2001. 10. 8. 이 사건 건물에 전입신고를 하였고, 그로부터 불과 16일 뒤인 2001. 10. 24. 성남시 분당구 ××동으로 전입하여 이 사건 건물에 거주한 것으로 보이지도 않는다. 이러한 사정들에 원고의 모친인 김말녀 명의 계좌에서 공사대금 명목의 돈이 지출된 것으로 보이는 점 등을 더하여 보면, 이 사건 건물을 신축한 사람은 YY가 아니라 원고인 것으로 판단된다.

  나) 나아가 이축허가를 신청할 권리가 없는 사람이 철거 당시의 건물 소유자로부터 이축권을 양수한 후 철거 당시의 건물 소유자 명의로 건축허가를 받고 소유권보존등기를 마칠 경우 부동산실명법이나 개발제한구역법에 위반될 가능성이 있다고 하더라도, ① 원고가 이축권을 양수하여 이 사건 건물을 신축함에 따른 사법상의 효력까지 부정된다고 볼 수는 없는 점, ② 과세당국도 ‘이축권을 유상으로 취득한 후 이를 근거로 건축물을 신축하여 양도한 경우에는 이축권의 취득에 실지 소요된 비용은 해당 건축물의 취득가액으로 필요경비로 산입된다’는 양도소득세 집행기준(97-163-12)을 마련하였고, 이와 같은 취지로 질의회신한 점, ③ 소득세법 제94조 제1항 제4호 (마)목은 이축권의 양도로 발생하는 소득에 대하여도 양도소득세로 과세한다는 규정을 두고 있는 점, ④ 이 사건 감면조항은 1997년 외환위기 이후 침체되어 있던 국내 건설경기를 활성화하기 위한 일환으로 주택신축을 장려하기 위하여 신설된 특례규정으로서(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두21242 판결 등 참조) 이 사건 건물의 신축에 따른 양도가 반드시 이 사건 감면조항의 취지에 어긋난다고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 이 사건 양도에 대하여 이 사건 감면조항에 따른 조세특례 적용이 배제되어야 하는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

  다) 따라서 이 사건 양도에 대하여는 이 사건 감면조항이 적용되어야 함에도 이를 적용하지 아니한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.