1. 이 사건 소 중 257,386,781원을 초과하여 2020. 10. 12.자 2018년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 피고가 2020. 10. 12. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분 중 당초신고분 양도소득세 257,386,781원 부분을 취소한다.

3. 소송비용 중 40%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2020. 10. 12. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

가. 원고는 2015. 2. 27. 강릉시 사천면 사천진리 ××× 대 1,887㎡ 및 위 토지 지상 단층 제2종근린생활시설, 같은 리 ××× 전 529㎡, 같은 리 ××× 전 63㎡(이하 위 각 토지들과 건물을 함께 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 2015. 2. 27.자 매매를 원인으로 하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. YY은 2018. 8. 3. 원고의 대리인으로서 JK에게 이 사건 부동산을 18억 원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다).

다. 원고는 2018. 10. 1. 이 사건 부동산의 양도가액 18억 원에서 취득가액 637,844,750원, 리모델링 공사비 등 자본적 지출액(이하 ‘이 사건 경비’라 한다) 404,000,000원을 공제하여 산출한 양도소득세 257,386,781원을 신고하였다.

라. BB세무서장은 2019. 7. 15.부터 2019. 8. 3.까지 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 조사를 실시한 후, 이 사건 경비를 부인한 조사결과를 RR세무서장에게 통보하였고, RR세무서장은 2019. 11. 6. 원고에게 2018년 귀속분 양도소득세 178,305,126원을 추가로 결정․고지하였다.

마. 원고가 위 증액처분에 대하여 2019. 11. 22. 이의신청을 하여, 중부지방국세청장은 2020. 2. 14. 이 사건 경비 중 73,900,000원을 필요경비로 인정하는 결정을 하였다.

바. RR세무서장은 2020. 2. 24.경 위 이의신청 결과에 따라 이 사건 매매계약에 따른 양도소득세를 33,390,176원을 감액한 404,431,339원으로 결정하고(이하 ‘이 사건 양도소득세’라 한다), 그 무렵 이를 원고에게 고지하였다.

사. 원고는 2020. 8. 31. 이 사건 부동산은 본인 소유가 아니라 YY이 원고에게 명의신탁한 것에 불과하므로 양도소득세 납세의무자가 될 수 없다는 이유로 이 사건 양도소득세 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다).

아. 피고는 2020. 10. 12. ① 당초신고세액 257,386,781원에 관하여는 원고의 주장에 대한 객관적인 증거가 불충분하다는 이유로, ② 조사경정세액 144,914,950원에 관하여는 경정청구기간이 경과하였다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

자. 원고는 다시 SS세무서장에 대한 이의신청을 거쳐 2021. 1. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2021. 10. 5. “이 사건 거부처분은 이 사건 부동산의 소유자가 원고인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.”라는 결정을 받았다.

차. 피고는 위 조세심판원 결정에 따라 세무조사를 실시하였으나, 2021. 12.경 YY이 출석에 불응하는 등 더 이상 사실관계를 확인할 수 없다는 이유로 조사를 종결하고 이 사건 거부처분을 유지하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5, 8, 9, 13호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호를 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 당초신고세액을 초과하여 처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

직권으로 이 사건 소 중 당초신고세액을 초과하여 취소를 구하는 부분(즉, 조사경정세액 144,914,950원 부분)의 적법 여부에 관하여 살펴본다.

가. 관련 법리

2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 구 국세기본법 제45조의2 제1항 (이하 ‘개정 전 규정’이라 한다)은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다’고 규정하고 있었다.

이에 대하여 대법원은 “증액경정처분이 있는 경우에 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되므로, 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있는 것이지만, 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아있는 도중에 과세관청의 결정이나 경정이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 가지는 별개의 불복수단인 경정청구권 행사가 제한된다고 보는 것도 불합리하고, 조세법률관계의 조속한 안정을 도모하고자 하는 개정 전 규정의 입법 목적은 새로이 증가된 과세표준과 세액에 관한 경정청구권의 행사만을 제한하는 것으로 충분히 달성할 수 있으므로, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였더라도 3년의 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없고, 개정 전 규정에 의하여 경정청구기간이 이의신청 등 기간으로 제한되는 “세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우’란 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액 부분만을 뜻한다.”라고 판시하였다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두12822 판결 참조).

원고가 이 사건 경정청구를 할 당시 적용되는 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법‘이라 한다) 제45조의2 제1항 단서는 ’다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다‘고 규정하고 있는바, 이는 개정 전 규정에서 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간 내에 하여야 하는 경정청구의 범위를 판례가 위와 같이 증액경정청구로 제한한 것을 입법으로 명확히 한 것이다.

나. 구체적 판단

원고의 최초 양도소득세 신고액은 257,386,781원인 사실, RR세무서장의 2019. 11. 6.자 증액처분에 따라 증가된 세액은 144,914,950원인 사실, 원고가 위 최종 조사경정세액이 포함된 이 사건 양도소득세 처분 고지서를 2020. 2.경 송달받았다가 그로부터 90일이 경과함이 역수상 분명한 2020. 8. 31. 이 사건 경정청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고에게 부과된 양도소득세 중 위 증액처분에 해당하는 144,914,950원 부분은 경정청구 기간을 도과하였다.

따라서 이 사건 경정청구 중 위 144,914,950원에 대한 부분은 경정청구 기간을 도과하여 허용될 수 없고, 위 부분에 대한 경정거부처분을 다투는 취소청구 역시 허용될 수 없다. 이 부분 소는 부적법하다(이하에서는 이 사건 거부처분 중 위 증액처분 부분을 제외한 나머지 부분을 ’이 사건 처분‘이라 한다).

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 부동산을 실제로 취득한 사실이 없고 실제 소유자인 YY에게 명의만 빌려주었을 뿐이므로, 원고가 이 사건 부동산의 실제 소유자라는 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 위반되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

 1) 부동산을 제3자에게 명의신탁한 경우 명의신탁자가 부동산을 양도하여 그 양도로 인한 소득이 명의신탁자에게 귀속되었다면, 실질과세의 원칙상 당해 양도소득세의 납세의무자는 양도소득을 사실상 지배․관리․처분할 수 있는 지위에 있어 ‘사실상 소득을 얻은 자’에 해당하는 명의신탁자이지 명의수탁자가 그 납세의무자가 되는 것은 아니다(대법원 1997. 10. 10. 선고 96누6387 판결 참조).

 2) 앞서 든 각 증거, 갑 제 6 내지 12, 14 내지 43호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 각 사실 내지 사정에 비추어 보면, 원고는 이 사건 부동산을 실제로 취득한 사실이 없고, YY이 원고의 명의를 빌려 이 사건 부동산을 매수한 것으로 판단된다.

  ① 원고 명의로 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마친 기간 동안 이 사건 부동산에는 ‘GG’라는 상호의 커피숍이 운영되었는데, 사업자로 등록된 사람은 YY의 자녀 NN이다.

  ② 이 사건 부동산에는 2015. 6. 15.자로 원고를 채무자로 한 채권최고액 8억 6,800만 원의 근저당권이 설정되어 있고, 2016. 1. 27.자로 채무자를 YY으로 한 채권최고액 7억 원의 근저당권이 설정되어 있다.

  ③ 이 사건 매매계약에 따른 매매대금 중 기존 채무를 변제하고 남은 돈은 5억 3,000만 원 상당이다. 그 중 4,600만 원 상당은 양도소득세를 납부하는데 사용되었는데, 이를 납부한 사람은 YY인 것으로 보인다. 또한 YY은 위 매매대금 중 2억 원을 YY이 실소유자인 다른 토지에 건물을 신축하는 공사비로 사용하였다. 이 사건 매매대금 중 2,500만 원은 원고 명의 은행계좌에서 WW에게 이체되었는데, WW 또한 YY의 가족(처)이다. 이처럼 이 사건 부동산과 YY 본인 및 가족들이 경제적으로 긴밀하게 연관되어 있다.

  ④ YY과 원고는 2016.경 이 사건 부동산의 매매와 관련하여 사기 혐의로 고소를 당한 사실이 있는데(춘천지방검찰청 강릉지청 ××××형제×××호), 원고는 2017. 5. 26. YY의 혐의가 인정되지 않고, 원고가 명의를 제공한 외에 가담하였다고 볼 정황이 없다는 이유로 불기소 처분을 받았다. 위 형사사건의 불기소결정문 기재에 의하면 고소인과 사이에서 이 사건 부동산의 매매와 관련하여 교섭하거나 조건을 제시한 사람은 YY이었던 것으로 보인다.

  ⑤ YY은 2022. 4. 15. 춘천지방법원 강릉지원에서 이 사건 부동산과 관련한 부동산실권리자명의등기에관한법률위반죄로 벌금 400만 원의 약식명령을 받아 그 무렵 위 명령이 확정되었다.

  ⑥ YY 명의의 각서와 YY과의 대화녹취록이 증거로 제출되었는데, 위 증거들은 모두 YY이 이 사건 부동산의 실제 소유자임을 전제로 한 내용들을 담고 있다.

 이에 대해 피고는 그 진위를 담보할 수 있는 자료가 부족하다고 주장하고, 위 주장에 수긍이 가는 점이 있으나, 다른 한편 제출된 녹취록의 양이 상당하고 문자 대화내용도 제출되어 있을 뿐만 아니라 앞서 본 형사기록과 계좌거래내역의 내용과 아울러 보면 위 각 각서와 녹취록이 조작된 것이라고 의심할 정황 또한 부족하다.

 3) 이 사건 부동산의 소유자가 YY인 이상 위 부동산에 관한 양도소득 역시 명의신탁자인 YY에게 귀속되었다고 보아야 하므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 조사경정세액 144,914,950원에 대한 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 당초신고세액 257,386,781원에 대하여 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.