1. 이 사건 소 중 원고의 주위적 청구부분을 각하한다.

2. 원고의 예비적 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

주위적으로, 피고가 원고에 대하여 별지1 목록 기재와 같이 부과한 부가가치세 11건

116,441,231원 및 법인세 3건 3,760,250원의 합계 120,201,481원 세금부과처분은 이를 취소한다.

예비적으로, 피고가 원고에 대하여 별지1 목록 기재와 같이 부과한 부가가치세 11건

116,441,231원 및 법인세 3건 3,760,250원의 합계 120,201,481원 세금부과처분은 무효임을 확인한다.

가. 원고는 식품 제조 및 유통업, 화장품 및 화장품원료 생산 및 판매업 등을 목적으로 2009. 7. 17. 설립되었다가 2015. 9. 30. 직권폐업되었고 2021. 12. 1. 상법 제520조의2(휴면회사의 해산)에 의하여 해산한 법인이다.

나. 원고는 2012년 제1기 내지 2014년 제2기 과세기간 부가가치세 및 2012년 내지 2014년 사업연도 법인세를 별지1 목록 중 ‘본세’란 기재와 같이 신고하였다.

다. 원고가 위 신고세액을 납부하지 아니하자, 피고는 2012. 6. 11.부터 2016. 3. 29.까지 사이에 원고에게 별지1 목록 기재와 같이 위 각 신고세액에 납부불성실가산세를 더하여 2012년 제1기 내지 2014년 제2기 과세기간 부가가치세 합계 116,441,231원 및 2012년 내지 2014년 사업연도 법인세 합계 3,760,250원을 부과․고지하였다(2014년 사업연도 법인세 산출세액은 0원이므로 위 사업연도에는 무신고가산세만 고지되었다. 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 2016. 10.경 소속 직원인 BB가 법인 자금을 횡령하였다는 등의 이유로 BB를 업무상배임 및 횡령 혐의로 고소하였고, 수원지방법원 여주지원은 2017. 12. 19. BB에 대하여 ‘피고인은 2011. 5. 2.경 원고의 신한은행 계좌에서 원고의 법인세 등을 납부한다는 명목으로 피고인 명의 신한은행 계좌로 1,506,590원 상당을 송금한 후 이를 임의로 개인적인 생활비 및 유흥비 등으로 사용한 것을 비롯하여 그 무렵부터 2015. 8. 10.경까지 원고의 자금 합계 143,071,802원 상당을 횡령하였다’는 범죄사실로 업무상횡령죄로 징역 8월을 선고하였으며(수원지방법원 여주지원 20××고단×××), 위 판결은 2018. 1. 5. 확정되었다.

마. 원고는 2018. 3.경 BB를 사실과 다른 세금계산서 발급에 따른 업무상배임 등의 혐의로 재차 고소하였고, 수원지방법원 성남지원은 2019. 4. 15. BB에 대하여 ‘피고인은 2013. 1.경 사실은 “YY” 상호의 사업자에게 재화와 용역을 공급한 사실이 없음에도 마치 9,600,000원 상당의 재화와 용역을 공급한 것처럼 세금계산서를 발행하여 부가가치세 960,000원 상당의 재산상 이익을 취득하게 하고 원고에게 같은 금액 상당의 재산상 손해를 가한 것을 비롯하여 그 무렵부터 2015. 6.경까지 총 28회에 걸쳐 같은 방법으로 합께 152,655,000원의 재산상 이익을 취득하게 하고 원고에게 같은 액수 상당의 재산상 손해를 가하였다’는 범죄사실로 업무상배임죄로 벌금 500만 원의 약식명령을 발령하였으며(수원지방법원 성남지원 20××고약×××), 그 무렵 위 약식명령이 확정되었다.

바. 원고는 2021. 2. 2. 피고에게 ‘BB가 실질거래 없이 허위로 매출세금계산서를 발행한 것과 관련하여 부가가치세 및 법인세를 경정해 줄 것을 청구한다’는 내용의 고충민원을 접수하였으나, 피고는 2021. 2. 10. 납세자보호사무처리규정 제17조 제1항에 따라 고충민원의 신청기간(국세 부과의 제척기간이 지나기 30일 전)을 도과하였다는 등의 사유로 원고에게 고충민원 제외통지를 하였다.

사. 원고는 2021. 8. 11. 이 사건 처분에 대하여 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2022. 1. 12. 위 심사청구를 각하하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 5, 6, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 이 사건 처분에 관한 적법한 납부고지서를 송달받은 사실이 없고, 원고는 피고가 세금을 부과한 과세기간에 거래처에 물품을 납품한 사실이 전혀 없음에도 BB가 허위의 세금계산서를 발행하여 세금을 부과받게 된 것이므로 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다.

3. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

4. 본안전항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

1) 이 사건 처분 중 본세 부분은 징수처분에 불과하여 취소소송의 대상이 되는 과세처분에 해당하지 않는다.

 2) 원고가 심사청구 기간을 도과하여 심사청구가 각하되었으므로 이 사건 소 중 주위적 청구부분은 부적법하다.

나. 판단

1) 과세처분에 해당하지 않아 다툴 수 없다는 주장에 관한 판단

 부가가치세는 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 신고하는 때에 세액이 확정되어 신고와 함께 납부할 의무가 있는 것으로서, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 ‘징수처분’일 뿐 취소소송의 대상이 되는 ‘과세처분’으로 볼 수는 없다(대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180 판결 등 참조). 다만, 사업자가 부가가치세의 납부세액신고를 하였으나 그 납부세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 이에 대하여 납부불성실가산세액을 합하여 납세고지를 하는 처분을 하였다면 이는 사업자의 신고에 의하여 확정된 부가가치세액의 납부를 명하는 징수처분과 그 가산세의 부과 및 징수처분이 혼합된 처분이고(대법원 1992. 4. 28. 선고 91누13113 판결 등 참조), 징수처분 자체에 고유한 하자가 있거나 납세의무를 확정시킨 선행 신고행위에 당연무효 사유에 해당하는 하자가 있는 경우에 징수처분의 효력을 다툴 수 있다(대법원 2006. 9. 8. 선고 2005두14394 판결, 대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결의 취지 등 참조).

 살피건대, 원고의 주장은 납부고지서를 송달받지 못하여 이 사건 처분의 효력이 발생하지 않았다거나, 원고의 직원인 BB가 허위 세금계산서를 발행하여 부가가치세 납세의무를 확정시킨 선행 신고행위에 당연무효 사유에 해당하는 하자가 있다는 취지로 볼 수 있으므로, 이 사건 처분의 효력을 다툴 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

 2) 심사청구 기간을 도과하였다는 주장에 관한 판단

 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다(국세기본법 제61조 제1항). 만약 어떤 행정심판청구가 기간도과로 인하여 부적법한 경우에는 행정소송 역시 전치의 요건을 충족치 못한 것이 되어 부적법각하를 면치 못한다(대법원 1991. 6. 25. 선고 90누8091 판결 등 참조).

국세기본법 제10조 제4항에 의하면, 송달할 장소에서 서류를 송달받아야 할 자를 만나지 못하였을 때에는 그 사용인이나 그 밖의 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 사람에게 서류를 송달할 수 있다. 법인에 대한 송달은 대표자에게 교부함이 원칙이지만 그 대표자를 만나지 못한 때에는 사무원이나 고용인으로서 사물을 변식할 지능이 있는 자에게 서류를 교부할 수 있는 것이고 이 경우 송달은 사무원 등에게 서류를 교부한 때 완료되어 그 효력이 생긴다(대법원 1992. 2. 11. 선고 91누5877 판결 참조).

 앞서 든 증거, 을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 2012년 제1기 내지 2014년 제2기 과세기간 부가가치세 및 2012년, 2013년 사업연도 법인세의 각 납부고지서(총 13건)는 2012. 6. 11.부터 2015. 2. 23.까지 원고 사업장에 송달되었고, LL이 1회, BB가 8회, JJ가 4회 수령한 사실, ② LL은 2009. 7. 17.부터 2015. 11. 23.까지 원고의 감사였고, BB, JJ는 2011. 8. 11.부터 2015. 11. 23.까지 원고의 사내이사였던 사실, ③ 원고가 2015. 9. 30. 폐업하자 피고는 2014년 사업연도 법인세 납부고지서를 2016. 1. 15.부터 2016. 3. 9.까지 5회에 걸쳐 원고의 대표이사 HH의 주소지로 송달하였으나 폐문부재로 송달되지 않았고, 2016. 3. 29. 이를 공시송달한 사실이 인정되는바, 이 사건 처분의 각 납부고지서는 위와 같이 원고의 임원들이 이를 수령한 때 및 공시송달의 효력이 발생하였을 때 적법하게 송달되었다고 봄이 타당하다.

 그런데 원고가 그로부터 90일이 경과한 후인 2021. 8. 11. 이 사건 처분의 취소를 구하는 심사청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 소 중 주위적 청구부분은 적법한 전심절차를 거친 것으로 볼 수 없어 부적법하다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 있다.

5. 본안에 관한 판단(예비적 청구에 관한 판단)

가. 관련 법리

신고납세방식을 채택하고 있는 부가가치세에 있어 과세관청이 납세의무자의 신고에 의하여 납세의무가 확정된 것으로 보고 그 이행을 명하는 징수처분으로 나아간 경우, 납세의무자의 신고행위에 하자가 존재하더라도 그 하자가 당연무효 사유에 해당하지 않는 한 그 하자가 후행처분인 징수처분에 그대로 승계되지는 않는 것이고, 납세의무자의 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지 여부는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2006. 9. 8. 선고 2005두14394 판결 취지 참조).

또한 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에, 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2012. 2. 23. 선고 2011두22723 판결, 대법원 2018. 9. 13. 선고 2016두53326 판결 등 취지 참조).

나. 판단

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 처분 자체에 고유한 하자가 있거나 이 사건 처분의 선행 신고행위에 중대․명백한 하자가 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분이 당연무효라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 이 사건 처분의 각 납부고지서가 모두 원고의 사업장 주소지로 송달된 사실은 앞서 본 바와 같다. 원고는 BB가 위 납부고지서를 자신의 책상서랍에 숨겨왔기 때문에 송달사실을 알지 못하였다고 주장하나, 갑 제3호증의 기재만으로는 송달사실을 부인할 수 없을 뿐 아니라, 위 납부고지서 중 5건은 BB가 아닌 다른 임원들이 수령하였는데 모든 임원들이 수령한 납부고지서를 은닉하였다고 볼 증거도 없다.

② 원고는 KK세무서장을 상대로 동일한 이유로 제기한 심사청구는 부과처분이 적법하게 송달되지 않았다는 이유로 인용되었다고 주장하나, 위 강동세무서장을 상대로 한 심사청구의 대상은 원고의 대표이사 HH에 대한 2011년, 2012년 과세연도 종합소득세 부과처분이었고, 위 심사결정의 내용 또한 ‘HH 개인에 대한 납세고지서를 HH가 대표이사인 원고의 사업장 주소지로 송달한 것은 적법한 송달장소에 송달한 것으로 볼 수 없다’는 취지여서, 원고에 대한 부가가치세 및 법인세 부과처분을 원고의 사업장 주소지로 송달한 이 사건 처분과 사실관계가 달라 이 사건에 적용할 수 없다.

③ 이 사건 처분 중 부가가치세에 관한 신고는 홈택스를 통하여, 법인세에 관한 신고는 방문 또는 홈택스를 통하여 이루어졌고(을 제3호증), 위 신고행위를 누가, 어떻게 하였는지에 관하여 아무런 주장․입증이 없다. 더욱이 원고의 주장에 의하더라도, BB는 2013년 제1기부터 2015년 제2기까지 허위 세금계산서를 발행하였고 2013년 제1기 과세기간의 세금계산서 중 일부 거래는 정상거래라는 것인바(갑 제6호증), 원고로서도 이 사건 처분 전부가 실제와 다르다고 주장하고 있지 않다. 위와 같은 사정에 비추어 보면, 과세관청에서 이 사건 처분에 대한 신고 내용이 허위임을 쉽게 알 수 없었을 것으로 보인다.

6. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 원고의 주위적 청구부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.