사 건 2022구합61107 법인세등 부과처분등취소

원 고 AAA

피 고 000세무서장

변 론 종 결 2023. 04. 27.

판 결 선 고 2023. 05. 18.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고 00지방국세청장이 2019. 12. 1. 원고 주식회사 ㅁㅁ전자에 대하여 한 아래표 기재 각 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 피고QQ세무서장이 2019. 12. 12.

가. 원고 주식회사 ㅁㅁ전자에 대하여 한 2014년 귀속 법인세 5,821,310원(가산세 포함), 2016년 귀속 법인세 22,958,560원(가산세포함), 2017년 귀속 법인세 574,942,340원(가산세포함), 2018년 귀속 법인세 123,317,790원(가산세 포함), 2016년 2기 귀속 부가가치세 111,423,810원(가산세 포함), 2017년 1기 귀속 부가가치세 303,653,170원(가산세 포함), 2017년 2기 귀속 부가가치세 303,269,590원(가산세포함), 2018년 1기 귀속 부가가치세 171,968,160원(가산세포함), 2018년 2기 귀속 부가가치세 142,491,910원(가산세 포함)의,

나. 원고 주식회사ㅎㅎㅎㅎ에 대하여 한 2016년 귀속 법인세 82,081,700원(가산세 포함), 2017년 귀속 법인세 4,573,370원(가산세포함), 2018년 귀속 법인세 4,366,380원(가산세포함), 2016년 1기 귀속 부가가치세 3,559,130원(가산세 포함)의,

다. 원고 OO만에 대하여 한2016년 1기 귀속 부가가치세 61,125,250원(가산세포함),2016년 2기 귀속 부가가치세 1,285,520원(가산세 포함)의,각 부과처분을 취소한다.

3. 피고 OO세무서장이 2019. 12. 10. 원고 OO만에 대하여 한 2016년 귀속 종합소득세 263,577,020원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 주식회사 ㅁㅁ전자(이하 ‘ㅁㅁ전자’라 한다)는 인쇄회로기판(PCB)제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이고, 원고 주식회사 ㅎㅎㅎㅎ(이하 ‘OOO’라 한다)는 인쇄회로기판 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이며, 원고 OO만은 ㅠㅠㅠㅠ를 운영하는 개인사업자이고, 주식회사 BB(이하 ’BB‘이라 한다)은 인쇄회로기판 제조, 판매 무역 도소매업 등을 영위하는 회사이다(이하 OOO, ㅠㅠㅠㅠ, BB을 통틀어 ’협력업체들‘이라 한다).

나. ㅁㅁ전자의 대표는 OO혁이고, OOO의 대표자 OO예는 OO혁의 배우자이며, BB의 대표는 OO혁이고, ㅠㅠㅠㅠ를 운영하는 OO만은 OO혁의 아들이다. 협력업체들은 ㅁㅁ전자의 PCB 제조공정 중 일부 하위 공정을 담당하였는데, 그 공정 내용은 표 1과 같다

표1 생략

다. 협력업체들은 2016년부터 2018년까지 협력업체들 소속 직원 또는 제3자로부터 공급받은 인력으로 ㅁㅁ전자가 제조하는 인쇄회로기판의 특정 공정에 대한 임가공용역을 공급하였다. 협력업체들은 위 기간 제3자들에게 용역비, 급여, 보험료, 식대 및 통근버스료 합계 10,365,581,666원을 지급하고 위 제3자들로부터 매입세금계산서를 발급받았으며, ㅁㅁ전자로부터 위 금액에 이윤을 가산한 14,903,568,811원을 지급받고 ㅁㅁ전자에게 그에 상당하는 매출세금계산서를 발급하였다. 협력업체들은 해당 기간의 부가가치세(법인세) 신고시 위 10,365,581,666원을 매입액(손금)으로, 위 14,903,568,811원을 과세표준(익금)에 각 산입하였고, ㅁㅁ전자는 위 14,903,568,811원을 매입액(손금)에 산입하였다.

라. 00지방국세청은 ㅁㅁ전자와 협력업체들에 대한 조사를 실시하였고, 그에 따라피고들은 아래 표 2와 같이 2019. 12. 1. 원고 ㅁㅁ전자에게 소득금액변동통지를, 2019. 12. 12. 원고들에게 법인세, 부가가치세 및 가산세 부과처분2)을 하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다). 그 근거는 아래와 같다.

1) ㅁㅁ전자와 협력업체들 사이의 거래 14,903,568,811원 중 5,772,115,000원(이하’쟁점1금액‘이라 한다)은 협력업체들이 사실과 다르게 과다하게 기재한 세금계산서를1) ㅁㅁ전자의 PCB 제조공정은 노광 – 가접 – 중간검사 – PSR – 마킹 – 라우터 – R/S – BBT – SMT – 언더필 -최종검사 순서로 진행된다.

2) 구체적 내역은 아래 4. 라. 1) 표 3 기재와 같다.

발행한 것이므로 협력업체들에 대하여 매출세액 과세표준 감액(부가가치세) 및 매출액익금불산입(법인세), ㅁㅁ전자에 대하여 매입세액 불공제(부가가치세) 및 매입액 손금불산입(법인세)

2) 협력업체들의 경비로 계상한 10,365,581,666원 중 4,282,403,443원(이하 ’쟁점2금액‘이라 한다)은 협력업체들이 아닌 ㅁㅁ의 부외경비(원가)이므로 협력업체들에 대하여 매입세액 불공제(부가가치세) 및 매입액 손금불산입(법인세), ㅁㅁ전자에 대하여 매입액 손금산입(법인세)

3) OO혁과 OO만은 ㅁㅁ전자가 개발한 ’연성회로기판의 에칭액 도포장치 특허(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다)‘를 공동 특허등록 하였으나 OO혁, OO만은 정당한특허권자가 아니고, 이를 ㅁㅁ전자가 2014년 다시 OO혁과 OO만으로부터 2,200,000,000원(이하 ’쟁점3금액‘이라 한다)에 매입하였다고 처리한 것은 오류이므로 위 금액을 OO혁⦁OO만의 각 2014년 귀속 상여로 균등하게 소득처분

표2 생략

마. 원고들은 2020. 2. 27. 이 사건 처분을 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2021. 11. 2. 원고들의 청구를 기각하고 이 사건 특허권에 관한 처분에 대하여만 재조사결정을 하였다. 00지방국세청은 재조사 후 2021. 12. 23. 동일한 결정을 하였다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 1 기재와 같다.

3. 원고들의 주장

아래와 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하여 모두 취소되어야 한다.

가. 쟁점1금액 관련 주장

PCB 제조업은 수요가 불규칙하여 ㅁㅁ전자는 수요가 몰리는 때 협력업체들로부터제공받는 임가공 용역 외에도 협력업체들을 통하여 추가 인력을 공급받았고, 그와 같은 임가공, 인력제공 용역에 대하여 대가를 지급하였다. 협력업체들은 위와 같이 ㅁㅁ전자에 용역을 제공하고 쟁점1금액에 상응하는 적법한 세금계산서를 발급하였다.

표 생략

검찰 역시 ㅁㅁ전자가 거짓으로 기재된 세금계산서를 수취하였다고 보기 어렵다고 판단하였다. 쟁점1금액은 ㅁㅁ전자의 비용으로 보아 손금에 산입되어야 하고, 공제되는 부가가치세 매입세액에 해당한다.

나. 쟁점2금액 관련 주장

당사자 간에 선택한 거래 관계는 그 자체로서 존중되어야 한다. 협력업체들은 본인의 책임 하에 거래행위를 하는 독립된 소사장제 사업체¹⁾이다. ㅁㅁ전자는 수요가 몰리는 때 협력업체들로부터 임가공 용역을 제공받음과 동시에 협력업체들을 통하여 추가 인력을 공급받았고, 그와 같은 임가공, 인력제공 용역에 대하여 대가를 지급하였다.

협력업체들이 소속 직원 및 외주 인력업체의 인력을 ㅁㅁ전자의 공정에 투입함으로써소요된 비용(소속 직원에 대한 급여 및 4대보험 비용, 외주 인력업체에 대한 인력 비용, 구내식당 식대, QW의 통근버스료 등), 즉 쟁점2금액은 협력업체들의 수익과 직접 관련된 것이므로 협력업체들의 비용으로 보아 손금에 산입되어야 하고, ㅁㅁ이 아닌 협력업체들의 부가가치세 매입세액에 해당한다.

다. 쟁점3금액 관련 주장

① 피고 00지방국세청은 OO혁, OO만이 이 사건 특허에 기여한 바가 없음에도 각 1/3의 지분을 취득하였다는 전제 하에 이 사건 처분을 하였다. OO혁, OO만의 특허권 지분 취득 시점(2012. 3. 12.)이 속하는 사업연도의 법인세 신고기한의 다음날인 2013. 4. 1.이 ’국세를 부과할 수 있는 날‘이 된다. 피고 00지방국세청장은 그로부터 5년이 지난 2019. 12. 1. 소득금액변동통지를 하였으므로, 부과제척기간이 도과하였다. ② OO혁은 이 사건 특허권 출원 과정에서 아이디어 제공 및 프로젝트 총괄관리를, OO만은 관련 자료 수집 및 심화연구에 따른 연구결과 제공 등으로 실질적 기여를 하였다. ③ 00지방국세청은 조세심판원의 2021. 11. 2.자 재조사결정에도 불구하고 한 차례의 추가자료 요구만 하였을 뿐 OO혁, OO만의 실질적 기여에 대한 조사없이 이 사건 처분을 그대로 유지하였다.

라. 가산세 관련 주장

원고들은 쟁점 1, 2, 3 금액과 관련한 모든 업무 수행을 적법하게 하였고, 법인세 등을 과소신고하지 않았다. 따라서 가산세 자체를 부과할 수 없다. 한편 그와 달리 보더라도 원고들이 과세요건 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위 사실을 작출하는 등 부정한 적극적 행위를 한 사실이 없으므로 부정과소신고 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

4. 판단

가. 쟁점1금액 관련 주장에 대한 판단

1) 관련 법리

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결). 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 증명할 필요가 있다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결).

2) 구체적 판단

갑 제9 내지 16, 24 내지 32호증, 을 제4 내지 6, 10 내지 30호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 협력업체들이 발행한 세금계산서는 실제보다 쟁점1금액만큼을 부풀려 작성한 거짓 세금계산서임이 추정되고, 원고들이 제출한 증거들만으로는 이를 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없다.

쟁점1금액에 관한 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① 이 사건 소에 제출된 증거들에 의하면, 협력업체들 소관 공정의 작업량을 기록한 파일에는 i) ERP 프로그램²⁾의 생산관리단계에서 생성된 파일, ii)실제 작업량과 단가, 매출액 등이 기재된 엑셀파일, iii)조작된 작업량과 매출액(공급가액)이 기재된 엑셀파일 등 3가지가 존재하고, 위 iii)파일의 공급가액은 같은 기간 협력업체별로 발행한 세금계산서의 공급가액 기재와 일치한다. 결국 ERP의 작업량으로부터 어떤 과정을 거쳐 세금계산서의 공급가액이 산정되었는지가 문제이다.

② 피고 측에서는 위 ii)파일 외에, 세무조사 당시 남정자 과장의 PC, 구매팀 공용폴더 등에서 협력업체들의 ㅁㅁ에 대한 용역 공급가액을 쟁점1금액만큼 부풀리기 위해 투입량을 조작한 위 iii)파일(파일명 끝에 ’UP’이 붙어 있다)을 발견하였다. 공급가액 산출 과정에서 작업량의 기준은 PNL 또는 PCS인데³⁾, 협력업체들은 위 iii)파일에서 PNL 또는 PCS 값을 원본보다 늘려 기재하여 용역 공급가액을 부풀렸다. 그와 같이 부풀려진 공급가액은 앞서 본 바와 같이 협력업체 발행 세금계산서의 공급가액 기재와 일치한다.

③ 원고들은 ERP 프로그램의 작업량을 임의로 조작하는 것이 불가능하고, 조작 파일의 작성 경위를 알지 못한다고 주장한다. 실제 ERP 프로그램의 작업량을 조작하는 것은 전후 공정과의 관계 등에 비추어 불가능한 것으로 보인다(따라서 ERP 프로그램의 작업량 기재는 진실하다고 볼 수 있다). 그와 별개로 협력업체들의 내부 정산 단계에서 작업량을 부풀려 ㅁㅁ전자에게 과다 청구하는 것은 가능하다. 원고들이 제출한 갑 제32호증의 ERP 전체 마감내역을 바탕으로 별지 2와 같이 분석한 결과에 따르면, 실제로 그와 같은 방식으로 세금계산서 조작이 이루어진 것으로 추정된다.

④ ㅁㅁ전자와 BB의 대표인 OO혁은 00지방세무서의 세무조사 과정에서,

매출처(ㅁㅁ전자가 PCB를 납품하는 회사)의 제품 단가 인하 압박을 피하려는 목적으로 표면상 드러나는 ㅁㅁ전자의 영업이익률을 낮추어야 했고, 그 방법으로 협력업체들로부터 과다 기재한 매입세금계산서를 수취하였다고 진술하였다. 협력업체들과 ㅁㅁ전자의 관계 및 운영 현황, OO혁의 진술 등을 종합하여 보면, 원고들은 이윤 극대화를 위하여 협력업체의 비용을 실제보다 부풀려 기재한 세금계산서를 주고받았던 것으로 보인다.

⑤ 한편 원고들은 쟁점1금액의 구성과 관련하여, 위 금액이 협력업체들의 자체공정에 대한 비용과 ㅁㅁ전자 소관 공정에 인력을 공급한 데 대한 대가를 합한 금액이라고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 협력업체들은 자체 공정의 공급가액이 기재된 엑셀파일에서 그 작업량만 부풀려 과다 청구금액을 산정하였고, 그 금액 그대로 ㅁㅁ전자에게 세금계산서를 발행하였으며, 그렇게 과다청구한 금액의 합계가 쟁점1금액이다. ㅁㅁ전자와 협력업체들 사이에 협력업체들이 ㅁㅁ 소관 공정의 일부를 담당한다거나, ㅁㅁ 소관 공정에 인력을 공급하여준다는 취지의 계약서가 제출되지도 않았다. 원고들은 ㅁㅁ 소관 공정에 인력을 공급하고 받는 수수료 산정 방식에 대하여 매달 협력업체들의 손실을 보전하는 수준에서 협의하여 결정하였다는 취지로 주장하고 있으나, 그와 같이 수수료 산정기준을 정하지 않은 채 매달 수수료율이 변하는 형태의 용역 거래는 이례적인 점, 원고들 주장에 의하더라도 원가에 해당하는 쟁점2금액이 쟁점1금액을 초과하는 사업연도가 존재하는 점 등에 비추어 보았을 때 이를 그대로 믿기는 어렵다.

나. 쟁점2금액 관련 주장에 대한 판단

법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것은 손금에 산입될 수 있다(법인세법 제19조 제2항). 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 쟁점2금액은 협력업체들과의 사업관련성을 인정할 수 없고, ㅁㅁ전자 소관 공정에 소요된 비용에 해당하므로 ㅁㅁ전자의 비용으로 보는 것이 타당하다. 원고들이 제출한 증거들만으로는 이를 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없다. 쟁점2금액에 대한 원고들의 주장도 받아들이지 않는다.

① ㅁㅁ전자와 협력업체들은 실질적으로 OO혁과 그 가족들에 의하여 소유⦁운영되는 회사였다. ㅁㅁ전자와 협력업체들의 주소는 동일하고, 협력업체들은 별도의 간판이 존재하지 않았으며, ㅁㅁ전자 소속 근로자 남정자 과장이 협력업체들의 세금, 회계 등 운영관리 업무를 함께 수행하였다. ㅁㅁ전자의 사업장 내에서 용역을 제공하였지만 ㅁㅁ업체와 특수관계가 없는 소사장 업체들은 자신이 담당하는 공정 외에 별도의 용역을 제공하지 않았던 것으로 보인다.

② 쟁점2금액은 협력업체들이 지출한 금액 중 ㅁㅁ전자 소관 공정에 투입된 인력에 대한 인건비, 4대 보험료, 외주 용역비, 식대, 통근버스비 등을 정리한 금액으로, 세무조사 과정에서 ㅁㅁ전자와 협력업체들에 의해 산정된 금액이다. 앞서 본 바와 같이 ㅁㅁ전자 소관 공정과 협력업체들 소관 공정은 구분되어 있고, 협력업체들이 소사장제업체로서 별도의 인적⦁물적 시설 없이 자신이 담당하는 공정에서 임가공 용역을 제공하고 있으므로 쟁점2금액이 협력업체들의 사업에 관련된 것이라 보기는 어렵다.

③ 이에 대하여 원고들은 협력업체들이 다른 업체들로부터 인력을 조달하여 ㅁㅁ전자 소관 공정에 투입하였고, 그에 상응하는 용역수수료를 지급받았으므로 그 원가에 해당하는 쟁점2금액이 협력업체들의 비용으로 손금에 산입되어야 한다고 주장한다. 그러나 ERP 및 ㅁㅁ전자 담당자의 컴퓨터에서 발견된 작업량 조작파일, 세금계산서 등을 종합하여 인정되는 쟁점1금액의 과다 계상 방식에 비추어 보았을 때 쟁점2금액이 쟁점1금액의 원가에 해당한다고 보기 어려운 점은 앞서 살핀 바와 같다. 협력업체들의 등기부상 설립목적 및 담당 공정 등을 고려할 때 인력공급업체와 ㅁㅁ전자 사이에서 일종의 도관 역할을 하며 수수료를 얻는 것이 통상적 사업 범위 내라고 보기도 어려우며, 그와 같이 협력업체들을 거쳐 인력을 채용해야 할 특별한 사업상 이유도 발견하기 어렵다(원고는 협력업체들이 ㅁㅁ 소관 공정을 담당함으로써 불량률이 개선되었다고 주장하나, ㅁㅁ과 인력공급업체 사이에 협력업체를 개입시키는 형태의 거래구조와 불량률 개선 사이의 인과관계가 불명확하다).

④ 협력업체들을 거쳐 ㅁㅁ전자 소관 공정에 투입된 인력에 대하여 각 협력업체들별로 세금계산서가 수취된 것은 사실이다. 그러나 이에 대하여 OO혁은, 앞서 본 바와 같이 협력업체들로부터 과다기재된 세금계산서를 수취하자(쟁점1금액), 협력업체들의 매출 대비 원가 비율이 낮아져 협력업체들이 인력공급업체들로부터 인력을 공급받을 때 본래 ㅁㅁ전자가 공급받아야 할 일용직 근로자들까지 포함하여 공급받고 세금계산서는 협력업체들의 명의로 수취하였으며, 인력 배분과 투입을 ㅁㅁ전자 관리팀에서 전담하여 인력공급업체에서는 위와 같은 사정을 알지 못하였을 것이라고 진술하였다. 결국 쟁점2금액을 지출한 형식적 주체가 협력업체들이라 하더라도, 실질적으로 해당 비용을 통상적 사업활동에 지출한 주체는 ㅁㅁ으로 봄이 상당하다.

⑤ 원고들은 세무조사 과정에서 쟁점2금액이 ㅁㅁ전자의 공정에 소요된 비용이므로 ㅁㅁ전자의 부외경비로 인정되어야 한다는 주장, 즉 이 사건 소에서 피고들의 주장과 같은 취지의 주장을 하였고, 피고들은 이를 받아들여 이 사건 처분을 하였다. 실제 ㅁㅁ전자의 원가집계표(을 제12호증)에는 각 협력업체들 인원의 급여, 4대보험료, 식대 및 ㅠㅠㅠㅠ가 부담할 버스비가 포함되어 있다.

다. 쟁점3금액 관련 주장에 대한 판단

1) 이 사건 특허권의 출원 경위

갑 제17 내지 23호증, 을제5 내지 9호증의 각 기재에 의하면 아래와 같은 사실이 인정된다. ㅁㅁ전자는 2009. 6. 30. 중소기업기술개발지원업체로 선정되어 중소기업청으로부터 115,000,000원을 지원받아 이 사건 특허권에 관한 연구를 진행하였고, 2010. 7. 30. 최종보고서를 제출하였다. 이를 바탕으로 ㅁㅁ전자, OO혁, OO만은 2010. 9. 3. 이 사건 특허권(’연성회로기판의 에칭액 도포장치 특허‘)을 출원하여 2012. 3. 12. 등록하였는데, 등록 당시 ㅁㅁ전자, OO혁, OO만이 각 1/3의 지분을 소유하였다. ㅁㅁ전자는 2014년도 결산서에 이 사건 특허권을 자산으로 반영하였다.

2) 부과제척기간 관련 주장에 대한 판단

피고 00지방국세청장은 ㅁㅁ전자가 위와 같이 2014년도 결산서에 위 특허권

자산을 반영한 것이 실제로는 특허권에 대한 소유지분이 없는 OO혁, OO만으로부터 특허권 지분을 매수함으로써 가공자산을 반영한 것이라 보아 소득금액변동통지를 하였다. 따라서 2015. 4. 1.이 ’국세를 부과할 수 있는 날‘이 된다. 피고 00지방국세청장은 그로부터 5년 내인 2019. 12. 1. 이 사건 처분을 하였으므로, 부과제척기간에 관한 원고들 주장은 받아들이지 않는다.

3) OO혁, OO만이 이 사건 특허권에 실질적으로 기여하였는지 여부

가) 특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조 제1호는 ‘발명’이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항에서 정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자(공동발명자를 포함한다)에 해당 한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67705, 67712 판결 등 참조).

나) 원고들 주장에 의하더라도 OO혁은 연구자의 일반적 관리, 자금⦁설비 등의 제공을 통한 후원 등 업무를 하였을 뿐이고, OO만은 아이디어만을 제공하는데 그친 것으로 보여, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적 착상을 제공하는 등으로 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 보기 부족하다. 위 지원사업 선정 당시 연구원은 김OO, 문OO, 남OO, 조OO, 류OO 등으로 기재되어 있었고, 주관기관은 ㅁㅁ전자였으며, 과제책임자가 OO혁으로 기재되어 있었으나 이는 주관기관의 대표이사로서 기재되었을 뿐, 구체적으로 특허 발명에 기여한 사정은 보이지 않는다.

위 연구 진행 중 수차례 작성된 회의록에도 OO혁이나 OO만이 참여한 사실이 기록되어 있지 않다.

다) 중소기업기술정보진흥원장과 기술개발 지원사업 협약을 체결할 당시의 중소기업기술개발지원사업 운영요령 제30조, 위 협약서 제8조에 의하면 지식재산권은 법인의 경우 개인명의로 출원할 수 없다. OO혁은 ㅁㅁ전자의 대표이사이자 과제책임자로서 특허권의 소유에 관한 위 규정에 대하여 잘 알고 있었을 것으로 보임에도 불구하고 이 사건 특허권을 OO혁, OO만, ㅁㅁ전자의 공동소유로 출원⦁등록하였다.

4) 재조사 결정의 이행 여부

조세심판원이 쟁점3금액과 관련하여 OO혁, OO만이 이 사건 특허권과 관련하여 실질적으로 기여한 사실에 관한 자료를 제출받아 쟁점3금액이 ㅁㅁ전자의 손금산입대상인 손비에 해당하는지 여부를 재조사하라는 취지로 결정한 것은 사실이다. 그런데 원고의 주장에 의하더라도 피고 00지방국세청은 위 결정의 취지에 따라 원고들로부터 OO만, OO혁의 연구 기여사항에 관한 자료를 제출받은 뒤 기존의 처분을 유지하였다는 것인바, 그와 같이 재조사 결정의 취지에 따른 추가 자료를 통한 판단이 이루어진 이상 조세심판원의 재조사 결정은 이행되었다고 봄이 상당하다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

라. 가산세 관련 주장에 대한 판단

1) 피고들이 원고들에게 부과한 가산세의 세목 및 금액은 아래와 같다.

아래 표 생략

2) 살피건대, 쟁점 1, 2, 3 금액에 대한 원고들 주장이 모두 이유 없는바 각 부가가치세 및 법인세를 과소신고한 사실이 인정되는 점, 특히 쟁점1, 2 금액의 경우 협력업체들이 작업수량을 조작하여 공급가액을 부풀렸고, 이에 대하여 ㅁㅁ전자의 대표인 OO혁이 알고 있었으며 그와 같은 공급가액 조작의 경위와 목적을 세무당국에게 진술한 것은 앞서 본 바와 같은 점을 종합하면, 위 각 가산세 부과처분은 적법하다. 이 부분 원고의 주장도 받아들이지 않는다.

5. 결론

원고들의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.