1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2019. 10. 11. 원고에 대하여 한 2018년 제2기 부가가치세 205,083,686원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. BB(이하, ‘BB’이라 한다)은 인천 ○○구 ○○동에 있는 지식산업센터(인천표면처리센터)에 입주한 사업자들을 BB원으로 하는 단체로서 2015. 10.경 ◇◇(이하, ‘◇◇’이라 한다)과 사이에 BB이 XXX원의 자금을 투입하여 위 지식산업센터에 중앙집중식 열공급설비를 설치하는 데에 ◇◇이 정부출연금으로 그 10%인 XXX원을 지원하기로 하는 내용의 “○○사업 협약(이하, ‘이 사건 협약’이라 한다)”을 체결하였다.

나. 원고는 2015. 10. X. BB과 사이에 공사대금 XXX원, 공사기간 2015. X. X.부터 2016. X. X.까지로 정하여 원고가 위 지식산업센터에 중앙냉난방설비(이하, ‘이 사건 설비’라 한다)를 설치하기로 하는 내용의 공사계약(이하, ‘이 사건 공사계약’이라 한다)을 체결하고, 2016. X. X.부터 2016. X. X.까지 BB에게 아래와 같이 합계 XX원의 세금계산서를 발행하였다.

다. 한편 ◇◇의 의뢰를 받아 이 사건 협약과 관련하여 BB이 사용한 연구개발사업비의 사용실적에 대한 특정목적감사를 실시한 ○○회계법인은 2018. X. X. ◇◇에 이 사건 설비를 설치하는 데 사용된 것으로 보고된 사업금액 XX원 중 실제 XX원만이 사용되고 나머지 XX원이 사용되지 않았다는 취지의 감사결과(이하, ‘이 사건 감사결과’라 한다)를 보고하였고, ◇◇은 2018. X. X. 이 사건 감사결과에 따라 BB에게 정부출연금 XX원 중 XX원을 반환하라고 안내하였다.

라. 원고도 2018. X. X. 및 2018. X. X. 이 사건 감사결과에 따라 당초 BB에게 발행하였던 세금계산서의 공급가액에서 XX원을 감액하는 내용의 수정세금계산서를 발행하였다(이하, 원고가 BB에게 발행한 위 나.항 기재 세금계산서와 이 부분 수정세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 한다).

마. 피고는 원고에 대한 세무조사 결과, 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매출을 경정하고 가산세를 적용하여 2019. X. X. 원고에게 2018년 제2기 부가가치세 XX원을 경정·고지(이하, ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2020. X. X. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2021. X. X. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 5, 7, 8호증의 각 기재, 변론

전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 실제로 BB에게 이 사건 설비를 공급하였으므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. 따라서 이 사건 세금계산서가 가공세금계산서라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010.10.28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들, 갑 제8, 9호증, 을 제2, 3, 6, 7, 9, 10호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서는 재화의 공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 있으므로 재화의 공급이 실제로 이루어졌다는 점에 관하여 원고가 이를 증명할 필요가 있는데, 원고가 제출한 증거들만으로는 이러한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고는 BB으로부터 2015. X. X. 및 2015. X. X. 이 사건 설비에 관한 계약금 명목으로 XX원, 중도금 명목으로 2016. X. X. XX원, 2016. X. X. XX원, 2016. X. X. XX원 합계 XX원을 계좌로 지급받았는데, 위 자금의 출처는 2016. X. X.자 정부출연금 XX원을 제외하면 모두 BB이 원고와 원고의 거래처로부터 차용증을 작성하고 차입한 금원이었다. 원고는 BB으로부터 중도금 등을 지급받은 즉시 원고의 거래처로 이를 이체하였고, 원고의 거래처는 그 중 일부 금원을 다시 BB에 이체하기도 하였다. 위와 같은 자금의 흐름에 비추어 보면 이 사건 설비에 대한 대가가 실제로 지급되었다고 보기 어렵고, 이러한 방식의 자금순환은 실물거래 없는 허위의 세금계산서 수수행위를 뒷받침하는 유력한 정황이다.

② 원고의 대표자 CC는 세무조사 과정에서 위와 같은 자금순환의 경위에 관하여 당초 XX원을 선급금으로 받아 공사대금으로 사용하였다고 진술하다가 나중에는 정부출연금 XX원을 지원받기 위해 XX원의 세금계산서 발행이 필요하여 BB이 거래처로부터 XX원을 차입한 후 원고에게 XX원을 지급하였고, 원고는 거래처에 이를 다시 대여하였으며, 이 사건 설비에 관한 공사대금은 원고가 은행으로부터 차입한 XX원으로 하였다고 진술하였다. 원고의 대표자가 위와 같이 자금의 흐름에 관하여 일관된 설명을 하지 못하는 점, 대여금이라면 그 규모에 상응하는 이자 약정이나 담보 제공 또는 이자 수수 등의 정황이 있는 것이 일반적임에도 이와 관련된 자료가 전혀 없는 점, 무이자로 거액을 대여하는 것도 이례적인 점, BB으로부터 지급받은 공사대금을 거래처에 다시 대여하고 은행으로부터 큰 금액의 이자를 부담하면서까지 자금을 차입하여 공사를 할 만한 합리적인 근거를 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 원고 대표자의 위 진술은 그대로 믿기 어렵다.

③ ◇◇의 의뢰를 받아 특정목적감사를 실시한 ○○회계법인의 2018. X. X.자 이 사건 감사결과보고에 따르면, 이 사건 설비와 관련한 사업금액 XX원 중 실제 XX원만이 사용되고 나머지 XX원이 사용되지 않은 사실이 확인되는바, BB은 정부출연금 XX원 중 XX원을 반환함으로써, 원고는 수정세금계산서를 발행함으로써 모두 이 사건 감사결과를 인정하고 있는 것으로 보인다. 이와 같은 사정에 비추어 이 사건 설비의 대금이 XX원임을 예정하여 이 사건 세금계산서를 선발행하였다는 원고의 주장은 납득하기 어렵다.

④ 원고는 적어도 이 사건 감사결과에서 실제 사용이 인정된 XX원 상당의 설비에 관하여는 실제 공급이 있었다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 감사결과에서 실제 사용금액으로 인정된 위 금원은 감사의 기준이 되는 ‘산업기술혁신사업 사업비 산정, 관리 및 사용, 정산에 관한 요령’에 따라 사용되었다고 인정되는 금액일 뿐이므로 이를 근거로 부가가치세법상 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 판단할 수는 없는 점, 원고가 이 사건 설비를 계속 운영하면서 BB원으로부터 그 사용요금을 징수하고 있는 것으로 보이는 점, 원고와 BB이 2016. X. 및 2016. X. ‘운영사인 원고가 160개 이상의 입주기업과 에너지수급계약을 체결하는 경우 에너지설비를 BB의 소유로 귀속시키고 원고가 10년간 에너지설비 운영사업권을 독점적으로 확보하여 에너지원을 입주기업에 공급함으로써 선투자한 사업금액을 회수하기로 하는 방식’의 에너지효율화 설비 운영사업 계약을 각 체결한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 설비의 소유권이 BB에게 이전되었다고 보기도 어렵다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.