1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

 제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 5. 22. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

 원고가 이 법원에서 한 주장은 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거들과 이 법원에서의 변론 내용을 종합하여 보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원이 설시할 이유는 다음과 같이 수정하여 그 내용을 보충하는 부분 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지 및 약어를 포함하여 이를 인용한다.

 ○ 제1심판결 제9면 제1행의 “그런데”부터 제8행의 “근거규정이라고 보기 어렵다.”까지를 아래와 같이 수정한다.

 『그런데 제26조 제1항 제2호 단서의 공제한도를 초과하는 금액은 제144조 제3항에규정한 추가 요건을 충족하여야만 공제를 받게 된다. 원고는 제144조 제3항이 ‘제26조에 따라 공제받지 못하는 세액’을 공제하기 위한 ‘추가 요건’을 두고 있음을 근거로 제144조 제3항이 제26조와 별개의 세액공제 근거 규정이라고 주장하나, ㉠ 제144조 제3항의 이월공제는 어디까지나 제26조 제1항의 공제요건(대통령령으로 정하는 투자를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우, 이하 ‘기본 공제요건’이라 한다)을 충족한 한 자에 대하여 제26조제1항 제2호 추가공제금액의 공제한도초과액이 존재할 것을 전제로 하여 인정되는 것이고, ㉡ 제26조 제1항 제2호의 추가공제금액은 기본 공제요건만을 충족하면 인정되는제26조 제1항 제1호의 기본공제금액과는 달리 고용창출이라는 사실상의 추가 요건을 충족하여야 공제를 받을 수 있는 금액인바, 이월공제의 요건으로 공제를 받는 과세연도에도 고용창출을 요구하는 것은 본래 고용창출에 비례하여 공제가 인정되는 추가공제금액의 특성에 따른 것이지 이월공제를 받는 경우에만 특별히 고용창출이라는 추가요건을 요구하는 것은 아니며, ㉢ 법체계상으로도 제26조는 구 조세특례제한법에서 ‘제2장 직접국세’의 ‘제4절 투자촉진을 위한 조세특례’에 규정되어 있는 반면 제144조 제3항은 ‘제7장 보칙’에 규정되어 있다. 이를 종합하면 제144조 제3항은 제26조와 별개의 세액공제 근거 규정이 아니라 단지 제26조의 고용창출투자세액공제제도에 관한 보충적인 사항으로서 추가공제금액의 이월공제를 규정한 것으로, (투자가 이루어진 사업연도에만 고용인원증가에 따른 세액공제를 받을 수 있는 것이 아니라) 투자가 이루어진 사업연도가 종료한 뒤에도 고용창출이 이루어지는 경우 일정한 요건 하에 추가공제금액을 공제받을 수 있도록 제26조 제1항 제2호 추가공제금액의 공제범위를 넓혀주는 의미가 있을 뿐이라고 보아야 한다.』

 ○ 제1심판결 제10면 제14행부터 제11면 제14행까지를 아래와 같이 수정한다.

『⑤ 제144조 제3항에 따른 이월공제세액은 고용창출에 비례한 세액공제라는 점에서 본질적으로 투자가 이루어진 과세연도에 공제받은 추가공제세액과 다르지 않다. 그런데 원고의 주장과 같이 구 조세특례제한법 제144조 제3항에 따른 이월공제세액을 최저한세 적용대상이 아니라고 본다면, 투자를 한 기업이 이후 일정한 기간 내에 같은 인원의 상시근로자를 고용하더라도 고용증가가 언제 이루어졌는지에 따라 최저한세 적용여부가 달라지고, 특히 투자가 이루어진 사업연도 종료 이후의 시점으로 고용창출을지연할 경우 오히려 최저한세의 적용을 받지 않아 세액공제에 관하여 더 우대받는 불합리한 결과가 초래된다.

 원고는 이러한 결과에 대하여 구 조세특례제한법 제144조 제3항은 기업으로 하여금 투자를 한 당기 사업연도에 그치지 않고 이후 사업연도에도 지속적으로 일정한 정도의 신규고용을 창출하도록 유도하기 위한 것이므로 제144조 제3항에 따른 이월공제세액의 경우 최저한세 대상이 아니라고 해석하는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 주장한다.

 제144조 제3항이 투자가 이루어진 사업연도뿐만 아니라 그 뒤 5년 내에 이루어진 고용증가에 대하여도 세액공제를 받을 수 있도록 함으로써 기업의 고용창출을 유도하고자 하는 목적의 규정이라는 점은 충분히 인정할 수 있으나, 구 조세특례제한법 제132조에 규정된 최저한세제도의 취지는 감면규정의 복합적인 적용으로 조세의 부담이 지나치게 낮아지는 것을 방지하여 조세형평을 기하는 것이고, 특정한 목적을 달성하기 위한 감면규정도 조세형평을 위해 얼마든지 최저한세 적용대상이 될 수 있다. 제132조에 제26조에 따른 세액공제금액을 최저한세 적용대상으로 열거한 것은 최저한세제도를 둔 취지에 저촉되지 않는 범위 내에서 고용창출투자세액공제를 인정하겠다는 입법자의 결단에 따른 것이고, 제144조 제3항에 따른 이월공제는 고용창출투자세액공제제도에 근거한 추가공제금액의 세액공제에 관한 것이며, 제144조 제3항에 따른 이월공제세액에 최저한세가 적용된다고 하여 이월공제의 고용창출 유도 효과가 완전히 상실되는 것도 아니다. 그렇다면 제132조 제1항 제3호의 ‘제26조에 따른 공제세액’은 ‘제26조에 따른 공제세액에 해당하나 같은 조 제1항 2호 단서에 의하여 당해 사업연도에 공제되지 못하고 이월된 금액’을 포함한다고 할 것이다.』