1. 원고에 대하여, 피고 ㅇㅇ세무서장이 2021. 3. 5. 한 별지 1 목록 기재 법인세 경정거부처분 및 피고 서울특별시 ㅇㅇ구청장이 2021. 6. 30. 한 별지 2 목록 기재 지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 미합중국(이하 ‘미국’이라 한다)의 법률에 따라 설립된 법인으로, 2014년경 원고 발행주식 100%를 보유 중인 주식회사 BBB(이하 ‘주식회사’ 명칭을 생략하고 상호로만 특정한다)과 함께 폐암을 유발하는 EGFR 인자의 이중 돌연변이(Double Mutant)에 유효한 제3세대 EGFR 억제제(이하 ‘3세대 억제제’라 한다) 개발에 성공하였고, 2014. 10. 13. ‘Compounds and compositions for Modulating EGFR and JAK

Kinase activities for treating Cancers’라는 명칭으로 미국에서 3세대 억제제에 관한예비특허를 출원(Provisional Application, 출원번호: **/***,***)2)하였다.

나. 원고, BBB, CCC은 2015. 7. 29. 원고와 BBB이 CCC에게 3세대억제제 관련 기술 전부를 이전하면서 이에 대한 기술료를 지급받는 계약(이하 ‘3세대억제제 기술이전계약’이라 한다)을 체결하였다. 또한 다른 회사의 임상시험 과정에서 이중 돌연변이 억제제에 대한 내성이 있는 삼중 돌연변이(Triple Mutant) 발생이 보고되자 이에 대한 신규항암제 공동개발을 위하여, 원고와 CCC은 2016. 5. 2. 제4세대 EGFR 억제제 공동연구개발계약(이하 ‘4세대 억제제 공동연구개발계약’이라 하고, 3세대 억제제 기술이전계약과 통틀어 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 이 사건계약에서는 CCC이 해외파트너와 해외지역에서의 라이선스계약을 체결할 경우 원고에게 그 수익금 중 일정비율[3세대 억제제 기술이전계약의 경우 해외 라이선스파트너로부터 지급받은 수익금의 20%(수익금의 40%를 원고와 BBB에게 50%씩 지급), 4세대 억제제 공동연구개발계약의 경우 해외 라이선스파트너로부터 지급받은 수익금의 40%]을 지급하기로 약정하였다.

다. 3세대 억제제 기술이전계약에서 정한 기술료 지급 조건(계약제품에 대한 임상1상 시험계약서의 식약처 또는 동등한 해외기관의 승인)이 충족되자, CCC은 2017. 2. 24. 원고에게 2**,000,000원(이하 ‘1차 지급금’이라 한다)을 지급하면서 15%의 법인세액 **,000,000원 및 1.5%의 지방소득세액 3,**0,000원을 각 원천징수(이하 1차 지급금에 대한 위 각 원천징수액을 합하여 ‘1차 원천징수액’이라 한다)하였다.

라. CCC은 2018. 11. 2. 미국법인인 DDD(이하 ‘DDD’이라 한다)와 사이에 ‘CCC은 DDD에게 3세대 억제제, 4세대 억제제 관련 특허 및 기술의 해외지역에서의 독점실시권을 부여하여야 하고(한국에서의 독점실시권은 여전히 CCC이 가짐), DDD은 이에 대한 대가로 계약금(upfront payment)과 단계별 지급액(마일스톤, 일정 성과 달성 시 지급하는 금액), 시판 후 매출의 일정비율을 로열티로 지급’하는 내용의 3세대 억제제 및 4세대 억제제 관련 라이선스계약(이하 ‘이 사건 해외 라이선스계약’이라 한다)을 체결한 후 DDD으로부터 계약금 **,000,000미화달러(이하 ‘달러’라고만 한다)(= 3세대 억제제에 대한 계약금 **,500,000달러 + 4세대 억제제에 대한 계약금 **,500,000달러)에서 15%의 법인세를 원천징수한 나머지인 **,500,000달러(= 3세대 억제제에 대한 계약금 중 법인세 원천징수 후 금액 **,875,000달러 + 4세대 억제제에 대한 계약금 중 법인세 원천징수 후 금액 **,625,000달러)를 지급받았고, 2019. 6. 27. 이 사건 계약에서 정한 바에 따라 원고에게 위 **,500,000달러 중 **,625,000달러 (**,305,875,000원)[= (**,875,000달러 × 20%) + (**,625,000달러 × 40%), 이하 ‘2차 지급금’이라 하고 1차 지급금과 통틀어 ‘이 사건 사용료’라 한다)를 지급하면서, 15%의 법인세액 1,**3,750달러(1,**5,881,250원) 및 1.5%의 지방소득세액 1**,375달러 (1**,588,130원)를 각 원천징수(이하 2차 지급금에 대한 위 각 원천징수액을 합하여 ‘2차 원천징수액’이라 하고 1차 원천징수액과 통틀어 ‘이 사건 세액’이라 한다)하였다.

마. 원고는 원천징수 대상이 아님에도 원천징수가 이루어져 잘못되었다는 이유로 2020. 7. 31. 피고 서울특별시 ㅇㅇ구청장에게 이 사건 세액 중 지방소득세 부분 합계1**,338,130원(= 1차 원천징수액 중 법인세 부분 3,**0,000원 + 2차 원천징수액 중 법인세 부분 1**,588,130원)의 환급을 구하는 경정청구를 하고, 2021. 1. 13. 피고 동작세무서장에게 이 사건 세액 중 법인세 부분 합계 1,**3,381,250원(= 1차 원천징수액 중 법인세 부분 37,**0,000원 + 2차 원천징수액 중 법인세 부분 1,**5,881,250원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

바. 이에 피고 ㅇㅇ세무서장은 2021. 3. 5., 피고 서울특별시 ㅇㅇ구청장은 2021. 6. 30. 각 원고의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 5. 28. 및 2021. 7. 6. 조세심판원에 심판청구를 한 후 2021. 7. 15. 이 사건 소를 제기하였다3).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 처분은 원고의 3세대 억제제 및 4세대 억제제 관련 기술이 사용된 장소가 모두 국내이고 1차 지급금 및 2차 지급금은 모두 원고의 위 기술의 국내사용대가로서 국내원천소득이라는 전제에서 이루어진 것인데, 1차 지급금의 경우 국내사용대가와 국외사용대가가 구분되지 않고, 2차 지급금의 경우 CCC이 ‘국외에서’ 원고의 기술을 사용함으로 인하여 발생한 소득인바, 1차 지급금 및 2차 지급금 전체가 국내에서 사용된 것에 대한 대가로서 국내원천소득이라고 하기는 어렵다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 3 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 든 증거들 및 갑9, 10호증, 을1호증의 각 기재에 의하면 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

1) 3세대 억제제 기술이전계약(이후 수정된 내용 포함)의 주요한 내용은 아래와 같다.

2) 4세대 억제제 공동연구개발계약(이후 수정된 내용 포함)의 주요한 내용은 아래와 같다.

3) 이 사건 해외 라이선스계약의 주요한 내용은 아래와 같다.

라. 판단

1) 관련 법리

구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 일부개정되기 전의 것) 제93조 제8호 (나)목은 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우를 국내에서 사용하는 대가를 국내원천소득으로 정한다. 이는 지식재산권의 대상이 될 수 있는지 여부와 관계없이 발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에 관한 비공개 정보를 사용하는 대가를 말한다(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 참조). 그리고 ｢대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약｣ 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에 따르면 저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산이나 권리, 지식, 경험, 기능 등의 사용 또는 사용할 권리에 대한 사용료가 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. 따라서 사용료 지급대상에 포함된 무형자산 중 발명, 기술 등에 관한 비공개 정보를 국내에서 사용하고 그 대가를 지급하였다면, 그와 관련한 사용료소득은 원천징수대상이 되는 국내원천소득에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결 등 참조).

다만 과세처분 취소소송에서 과세요건사실의 존재 및 과세표준에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두72935 판결 등 참조), 외국법인의 국내원천 사용료소득에 대한 과세에 있어, 사용료 지급대상인 기술이 국내에서 사용되었는지, 그 국내사용 대가가 얼마인지에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청이 부담한다.

2) 구체적 판단

앞서 본 사실 및 증거들에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 사용료가 전부 원고가 CCC에 제공한 기술의 국내사용대가로 지급된 것인지 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 사용료 전부가 원고가 CCC에 제공한 기술의 국내사용대가라 보고 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

가) 이 사건 계약은 모두 CCC이 원고로부터 이전받은 기술을 국내에 한정하지 않고 전세계적으로 개발 및 상업화할 독점적이고 배타적인 권리가 있음을 규정하면서, CCC의 원고에 대한 대가 지급에 관하여 ① 원고의 기술을 사용하여 제조된 제품이 국내 또는 국외에서 임상 1상 시험계획서의 승인을 받거나, ② 위 제품이 국내에서 제조·판매되거나, ③ CCC이 해외 라이선스 파트너로 하여금 국외에서 원고의 기술을 사용한 제품을 제조·판매할 권리를 부여함에 따라 수익이 발생하는 경우, CCC이 원고에게 일정한 사용료를 지급할 것을 규정하고 있다.

이처럼 이 사건 계약은 CCC이 직접 또는 해외 라이선스 파트너를 통하여 국내 및 해외에서 원고의 기술을 사용할 것을 전제로 그 법률관계를 정하고 있는바, 위 각 대가 지급 조건에 따라 사용료가 지급된 경우 개별적으로 그 법적 성격이 국내사용대가인지 국외사용대가인지를 살펴야 할 것이고, CCC이 원고의 기술을 이전받았다는 이유만으로 CCC이 원고에게 지급하는 기술 사용료가 모두 국내사용대가라 보기는 어렵다.

나) 1차 지급금은 3세대 억제제 기술이전계약에서 정한 정액기술료 지급 조건인 ‘계약제품에 대한 임상1상 시험계약서의 식약처 또는 동등한 해외기관의 승인’이 충족되자 지급된 것이다. 그런데 앞서 본 바와 같이 CCC은 원고로부터 이전받은 기술을 ‘전세계적으로’ 개발 및 상업화할 것을 규정하였을 뿐 아니라 특히 3세대 억제제 기술이전계약 제7조 제2항에서는 식약처 외에도 그와 동등한 해외기관으로부터도 임상1상 시험계약서의 승인이 이루어질 경우 정액기술료를 지급하도록 규정하고 있고, 위 정액기술료는 조건 달성 횟수와 관계없이 1회만 지급되는 점을 고려하면, 3세대 억제제 기술이전계약상 CCC이 원고에게 지급하여야 할 정액기술료로서 1차 지급금은 국내사용대가 외에 국외사용대가도 포함된 것이라고 봄이 상당하다고 보일 뿐, 국내사용대가에 한정된 것으로 보기 어렵다.

다) 2차 지급금은 CCC이 이 사건 해외 라이선스계약을 체결함으로써 수익이 발생함에 따라 원고에게 지급한 사용료이고, 이 사건 해외 라이선스계약은 CCC이 DDD에게 ‘원고의 기술을 활용한 제품을 국외지역에서 제조·판매할 권리’를 부여하는 내용의 계약인 점, 3세대 억제제 기술이전계약 제8조, 4세대 억제제 공동연구개발계약 제10조 제3항에 의하면, 이처럼 해외 라이선스계약에 따른 사용료 지급을 국내에서의 매출 발생에 따른 사용료 지급과 구별하여 규정하였는데, 2차 지급금은 해외 라이선스 계약에 따른 사용료 지급 규정에 따라 지급된 것인 점 등을 고려하면, 2차 지급금은 오히려 국외사용대가로 봄이 타당하다.

이와 관련하여 피고는 CCC이 DDD에게 라이선스를 부여한 기술이 원고의 기술과 별개이므로 원고의 기술이 해외에서 사용된 것이 아니라고도 주장한다. 그러나 애초에 이 사건 계약은 CCC이 원고의 기술을 이전받아 이를 기초로 연구·개발을 진행하는 것에 관한 것이고, 만약 CCC이 DDD에게 실시권을 허여한 기술이 원고의 기술과 무관하다면 해외 라이선스계약 체결 후 원고에게 수익금 중 일부를 지급할 어떠한 이유도 없을 것인 점, 3세대 억제제 기술이전계약상 이전대상인 3세대 억제제에 관한 예비특허의 (미국 내) 예비출원번호는 **/***,***이고, 등록번호는 *,***,***인데, 3세대 억제제 기술이전계약의 별첨 1에는 이전대상인 원고의 기술(특허권)의 출원번호로 위 예비출원번호(U.S. Provisional Applications No. **/***,***)를 기재하고 있고, 이 사건 해외라이선스계약에서 DDD이 CCC에 지급하는 선불금은 ‘레이저티닙 화합물 및 레이저티닙 제품’의 대가인데 위 계약상 ‘레이저티닙 화합물’은 ‘레이저티닙 메실레이트, 그 기반 및 미국 특허 *,***,***번에 청구되었거나 기술된 모든 화합물’로 정의되어 위 특허 등록번호(*,***,***)를 인용하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 해외 라이선스계약에 따라 DDD이 사용하는 기술은 원고의 기술과 무관하다고 보기는 어렵다.

3) 취소의 범위

취소의 범위에 관하여 보건대, 과세처분 취소소송에서 법원은 제출된 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2016. 7. 14. 선고 2015두4167 판결 등 참조).

이 사건의 경우 이 사건 사용료 중 국내사용대가와 국외사용대가에 해당하는 부분을 구별하여 후자의 경우에는 과세표준에서 제외하여야 할 것인데, 당사자들이 제출한 증거나 변론 전체의 취지만으로는 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분 전부를 취소한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.