주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 4. 16. 원고에 대하여 한 양도소득세 84,076,760원의 증액경정처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 이 사건 부동산의 취득

원고는 2003. 9. 8. 경남 XX군 XX읍 YY리 000-0 외 2필지 526㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 임의경매절차를 통하여 소유권을 취득하였다(매각대금 000,000,000원).

소외 주식회사 ###(대표이사 원고, 이하 ‘소외 회사’라 한다.)는 2009. 7. 22. 이 사건 토지 지상에 철근콘크리트조 지하 1층, 지상 5층 숙박시설 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신축하여 소유권을 취득하고 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 이 사건 부동산의 양도 및 양도소득세 예정신고

원고와 소외 회사는 2018. 10. 30. 소외 주식회사 모텔###(이하 ‘매수인 회사’라 한다.)에게 이 사건 토지는 000,000,000원, 이 사건 건물은 000,000,000원, 합계 000,000,000원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 같은 해 11. 30. 소유권이전등기를 마쳤다.

원고는 2018. 12. 28. 이 사건 토지의 양도와 관련하여 2018년 귀속 양도소득세 000,000원을 예정신고 및 납부하였다.

다. 피고의 양도소득세 증액경정처분 및 원고의 소제기

1) 피고는 2020. 2. 24.부터 같은 해 3. 11.까지 원고에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하였고, 그 결과 원고와 소외 회사는 이 사건 토지와 건물을 함께 양도하였다고 볼 수 있는데, 이 사건 토지와 건물의 양도가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 소득세법 제100조 제3항에 정한 바와 같이 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다고 보아, 이 사건 토지와 건물의 양도가액을 2018. 10. 18.자 감정가액을 기준으로 아래와 같이 안분계산하여 2020. 4.

16. 원고의 2018년 귀속 양도소득세 000,000원(가산세 포함)으로 경정․고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청절차를 거쳐 2020. 12. 4. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 30. 위 청구를 기각하였다. 이에 원고는 2021. 9. 24.

이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포

함, 이하 같다.)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1) 소득세법 제100조 제3항은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 토지와 건물 사이의 가액 구분이 불분명할 때 적용하는 규정이고, 아래와 같은 이유로 이 사건 부동산 양도에 적용될 수는 없다.

① 소득세법 제100조 제3항은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 양도주체가 동일할 때 적용될 수 있을 뿐인데, 원고와 소외 회사는 서로 다른 양도주체이고, 각자 토지와 건물을 매수인 회사에 매도하였을 뿐이므로, 토지와 건물 등을 함께 양도하였다고 볼 수 없다.

② 소득세법 제100조 제3항은 토지와 건물 사이의 가액 구분이 불분명할 때에만 적용될 수 있는데, 이 사건 부동산의 양도 당시 가액은 당사자들의 의사에 따라 매매계약서에 기재된 바와 같이 대로 분명하다.

원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 공시지가가 합계 000,000원이었는데, 경매절차를 통하여 약 30% 낮은 가격에 취득하였다. 반면, 소외 회사는 이 사건 건물에 대한 모텔신축공사를 할 당시 000,000원을 들여 공사를 완공하였다. 위 공사를 위하여 원고와 소외 회사는 이 사건 토지 및 건물을 담보로 합계 00억 원의 대출을 받았고, 그 과정에서 원고와 소외 회사의 주주인 PPP이 연대보증을 하였다.

이후 원고와 소외 회사는 모텔 영업수익 악화로 이 사건 부동산을 매도하려고 하였으나, 모텔가격이 계속 하락하고, 모텔 세입자에 대한 전세보증금 2억 원과 은행대출금을 변제하지 못하는 상황에서 투입비용에도 미치지 못하는 금액으로 매각하게 되었을 뿐이다.

그런데 이러한 경우까지 소득세법 제100조 제3항에 따라 토지와 건물의 감정가대로 안분할 경우, 건물의 경우, 매각대금이 취득비용에 절반에도 미치지 못하게 되어 부동산 담보대출금과 전세보증금을 변제할 수 없게 되고, 연대보증인인 원고와 소외 PPP이 위 담보대출채무에 대한 보증채무를 이행하여야 하는 반면, 원고는 양도소득세까지 추가로 부담하게 되어야 한다는 것인데, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 정상적인 거래를 성사시키기 위하여 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 함에도, 피고의 이 사건 처분은 거래당사자의 명시적인 의사에 명백히 반하여 불가능한 가액배분을 전제로 하는 것으로 조세법률주의에 위반된다.

2) 양도소득세는 자산의 유상적 양도로 인하여 생기는 소득에 대하여 부과하는 세금인데, 원고는 이 사건 부동산에 대한 담보대출채무 및 보증채무의 이행을 해야 하므로 손실을 부담하고 있는데, 만약 피고의 처분과 같이 안분계산을 할 경우 이 사건 토지의 매도로 인하여 양도소득이 발생하였다고 볼 수 없다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 부동산 매매계약을 별개의 거래로 보아야 하는지 여부

가) 소득세법 제100조 제3항의 규정과 그 해석

소득세법 제100조 제3항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 ‘제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하는데, 아래에서 보는 바와 같은 이 사건 조항의 입법취지, 문언의 내용, 조세법률주의의 원칙 등에 비추어 볼 때,이 사건 조항은 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하고,¹⁾ 이러한 해석이 실질과세의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

① 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 의하면, 토지와 건물 등을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다고 규정하고 있는바, 여기서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 그 입법 취지에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우뿐만 아니라 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있기는 하지만 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래 관행에 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지로 해석된다.

② 이 사건 조항은 그 문언상 납세자가 토지ㆍ건물 등을 함께 양도하는 경우 양도소득의 계산을 위하여 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이나는 경우에는 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다’고 규정하여 단순한 추정규정이 아니라 간주규정 형태를 취하면서 예외를 허용하는 단서를 규정하지 않고 있다.

③ 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 가액 구분이 불분명한 때로 보아 개별 사안에 대한 고려 없이 일률적으로 안분계산을 하도록 정한 것은, 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있으나 그것이 당사자의 진정한 합의에 기한 것인지, 조세회피 목적으로 그와 같이 기재한 것인지를 명확히 입증하기가 어렵다는 사정을 고려하여 구 소득세법 제100조 제2항의 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때’의 판단 기준을 명확히 하려는 취지인 것으로 보인다. 이 사건 조항이 토지와 건물 등을 일괄양도하면서 그 가액을 구분하기는 하였으나 구분한 가액이 위와 같이 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있는 것은 결국, 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 볼 수 있다.

④ 이 사건 조항을 그 문언에도 불구하고 위 규정의 요건에 해당하는 경우 일응가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정으로 본다면 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증만 있으면 이 사건 조항을 적용하지 않을 수 있게 되어 사실상 이 사건 조항의 신설전과 아무런 차이가 없게 되어 간주규정의 형식을 취함으로써 조세 법률관계를 명확히 하고자 하는 입법취지에 위배되는 결과를 초래한다.

⑤ 한편, 토지와 건물 등의 양도인이 서로 다른 경우에도 양도 목적물이 하나의 거래 단위로서 일괄하여 거래되었다면, 문언 해석상 이 사건 조항의 적용이 배제된다고 볼 수 없다.²⁾³⁾

2) 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 볼 때, 이 사건 토지와 건물은 함께 양도한 경우에 해당한다고 볼 수 있다.

① 이 사건 부동산의 양도 당시 2018. 10. 30.자로 작성된 ‘### 모텔 포괄양도 양수 계약서’에 의하면, 매도인은 원고와 소외 회사이고, 전체 매매대금은 000,000,000원(토지 000,000,000원, 건물 000,000,000원), 계약금 000,000,000원, 잔금은 000,000,000원으로 1개의 단일한 매매계약서가 작성되었다.

위 매매계약서상 토지와 건물 별로 계약금, 잔금이 구분되어 정해진 바는 없고, 제3조에서는 소유권이전등기절차를 위하여 건물, 토지 매매계약서를 별도 작성한다는 내용이 포함되어 있기도 하다.

② 이 사건 토지와 건물은 모텔부지 및 모텔건물로 위 매매계약은 경제적, 사실적 일체로서 행하여진 것으로 볼 수 있고, 매수인 회사 역시 토지나 건물 없이 어느 일방만의 거래를 의욕하였을 것으로는 보이지 않는다.

2) 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때 해당 여부

가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지와 건물을 구분 기장한 가액이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 소득세법 제100조 제3항에 정한 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 볼 수밖에 없다.

나) 이에 대하여 원고는 피고의 이 사건 처분의 기초가 된 2018. 10. 18.자 감정평가금액은 매수인 회사가 이 사건 부동산을 매수하면서 담보대출을 실행하기 위하여 원고와 무관하게 감정평가를 시행한 결과로 위 가액으로 삼을 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 위 평가금액은 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 이 사건 토지의 매매계약일에 가까운 2018. 10. 17.을 기준으로 평가한 감정가액으로, 이를 배척할 만한 특별한 사정은 없다.

3) 이 사건 토지 양도로 인한 소득 발생 여부

원고는 이 사건 토지의 양도로 인한 실질적인 소득이 발생하지 않았으므로, 양도소득세가 부과될 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 소득세법 제95조에 의하면, 양도소득금액은 양도소득의 총수입금액에서 필요경비를 공제한 금액에서 다시 장기보유 특별공제액을 공제하는 금액으로 하고 있고(제1항), 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목에 의하면, 실지거래방식에 의한 양도차익은 양도 당시의 실지거래가액에서 자신 취득에 든 실지거래가액과 자본적 지출액 및 양도비를 공제하여 산정하는바, 비록 원고가 이 사건 건물 신축과정에서 보증채무를 부담하거나, 각종 경비를 부담하는 과정에서 비용이 발생하였다 하더라도, 이는 토지 취득에 든 실지거래가액이나 자본적 지출액 및 양도비에 해당한다고 볼 수 없어 양도차익에서 공제할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

4) 소결론

따라서 피고가 관련 법령에 따라 이 사건 토지와 건물의 감정가액을 기준으로 안분하여 이 사건 토지의 양도가액을 재산정하여 양도소득세를 산정한 이 사건 처분은 적법하므로, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.

1) 서울고등법원 2020. 6. 18. 선고 2019누58799 판결(대법원 2020. 11. 5.자 2020두42798 상고기각 판결로 확정)

2) 매도인들이 토지, 건물, 장비들을 일괄하여 매수인에게 양도한 사안으로 대전고등법원 2021. 10. 21. 선고 2020누13750 판결(상고심은 대법원 2022. 2. 24. 선고 2021두56985 심리불속행기각 판결) 등

3) 이 사건의 경우, 원고는 공동매도인인 소외 회사의 주주이자 대표이사로서 국세기본법 제2조 제20호 후단, 같은 법 시행령 제1조의2 제2항 제1호에 따라 소외 회사의 특수관계인이고, 매수인 회사와는 그렇지 아니하다.