[주 문]

심판청구를 일부인용한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.11.22. 설립되어 석유류 정제 및 판매업을 영위하는 사업자로, 2012~2015년까지 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ바이오케미칼, ㅇㅇㅇㅇ인터내셔널 주식회사, ㅇㅇㅇㅇㅇ파워 주식회사(이하 2개회사를 합하여“쟁점발급업체들”이라 한다.) 등으로부터 아래<표1?과같이 합계 22,000,004,330원의 세금계산서 24매)이하 “쟁점세금계산서”라 한다.)를 발급받아 부가가체세 매입세액을 공제하는 것으로 하고, 관련 공급가액을 손금에 반영하여 2012년 제1기~2015년 제2기 부가가치세 및 2012~2015사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

<표1>쟁점발급업체별 쟁점세금계산서 내역

(단위: 원)

나. 광주지방국세청장은 2020.6.18.~2020.10.27. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구법인이 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제받고, 가공비용을 계상한 사실을 확인하였고 이는 국세기본법 제26조의2에 따른 “사기나 그 밖의 부정한 행위”에 해당된다는 취지로 과세자료를 작성하여 처분청에 송부하였고, 처분청은이에 따라 2020.12.4. 및 2020.12.7. 청구법인에게 <별지1>과 같이 2012년 제1기~2015년 제2기 부가가치세 합계 5,107,003,880원, 2012·2014·2015사업연도 법인세 합계 2,215,261,230원, 대표이사 정경영에 대한 소득처분(상여)금액 합계 5,228,000,000원에 관하여 2012·2014·2015년 귀속 소득금액변동통지를 하였다.(이하 “이 건 처분”이라 한다.)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서를 발급받은 행위는 국세기본법 제26조의2 소정의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당되지 않으므로 이 건 과세처분 중 5년의 국세 부과제척기간을 도과한 부분은 위법하다.

  (가) 처분청은 쟁점세금계산서를 가공자료로 보았으나, 이는 위장자료에 해당한다.

   1) 청구법인은 폐유를 매입하여 정제한 후 상법인인 ㅇㅇㅇㅇ텍 주식회사 등에 납품하는 것을 주업으로 하는바, 원재료의 특성상 청구법인에게 폐유를 공급한 납품업자들이 사업자등록을 하지 않은 경우가 많이 이들로부터 억지로 매출세금계산서를 발급받을 수 없었다.

   2) 청구법인은 이와 같은 사정으로 원재료 매입에 따른 거래증빙불비의 애로를 감내함에 따라 증빙불비가산세 2%를 부담하지 않을 수 없는 처지에 있으므로 불필요한 경비를 한 푼이라도 아끼고자 하는 보편적 사고를 가진 사업자라면 증빙불비가산세 2%를 줄이려고 시도하는 것은 조세포탈목적이 아니라 경영자로서의 일반적 기본자세라 할 것이다.

   3) ‘원재료의 투입없이 제품을 생산할 수 없다’는 사실은 경험칙상 누구나 알 수 있는 일로 비록 청구법인이 세무조사 과정에서 실제 원래료 납품업자들의 납품내역을 제출하지 아니하였다고 하더라도 위장자료 수취금액이 실제 원재료 매입액을 초과하지 아니하는 한 그 자료는 ‘가공자료’가 아닌 ‘위장자료’에 해당한다.

   4) 그럼에도 불구하고 처분청은 청구법인 대표이사 ㅇㅇㅇ가 ‘거짓세금계산서를 수취하고 가공원가를 계상하는 방법으로 조세포탈행위를 지시하고 적극적으로 개입하였다’고 보았는바, 처분청은 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 이를 원가에 계상하는 행위를 ‘조세포탈행위’로 단정하는 오류를 범하였음을 알 수 있다.

  (나) 대법원은 “‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라고 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다.”(대법원 2016.2.18.선고 2015두1243 판결 참조)고 판시한바 있고, “허위의 세금계산서를 발급받아 부가가치세 매입세액을 공제받은 행위가 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 것에 대한 인식이 있어야 한다.”(대법원 2014.2.27. 선고 2013두19516 판결 참조)고 판시하고 있다.

 (다) 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취하고 부가가치세 매입세액을 쟁점발급업체들에게 지급하였고, 쟁점발급업체들은 부가가치세를 정상적으로 신고·납부하였으므로 청구법인은 쟁점세금계산서를 발급 받음으로써 국가의 조세수입감소를 가져오게 될 것이라고 인식하였다고 볼 수 없다.

   1) 쟁점발급업체들은 모두 쟁점세금계산서에 관한 합계표를 첨부하여 부가가치세법령이 정하는 바에 따라 부가가치세 매출세액에서 매입세액을 차감하여 산정한 세액을 각 부가가치세 과세기간의 신고기한까지 신고·납부하였다.

   2) 쟁점발급업체들이 관할 세무서장에게 제출한 매출세금계산서합계표는 청구법인이 쟁점세금계산서를 발급받으면서 부가가치세 매입세액 상당액을 발급업체에게 지급하였다는 사실과 쟁점발급업체들이 청구법인으로부터 징구한 부가가치세를 매출세액으로서 신고·납부하였다는 사실의 명백한 증거로서 결과적으로 국가 부가가치세 수입의 감소가 발생한 사실이 없다.

  (라) 처분청은 쟁점세금계산서 수취금액 220억원 상당액이 모두 가공원가라는 점을 입증하지 아니한 채 추계를 통해 산정한 세액을 모두 조세포탈세액으로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 과세처분을 하였다.

   1) “청구법인이 쟁점세금계산서를 허위로 수취하고 이를 가공원가로 회계처리 함으로써 부정한 행위로 법인세를 포탈하였다.”라고 하기 위해서는 청구법인이 실제로 투입한 원재료가액보다 더 많은 금액의 허위 세금계산서를 발급받아 이를 제조원가에 계상하였다는 점과 그 구체적인 초과액이 얼마인지를 처분청이 입증한 후 그 초과분에 대하여만 10년의 부과제척기간을 적용하여야 한다.

   2) 청구법인이 2012년부터 2015년까지 제 제조에 투입한 원재료가액은 약391억원으로 쟁점세금계산서 수취금액 220억을 초과함에도 불구하고 처분청은 이에 대한 입증없이 쟁점세금계산서 발행금액 220억원 상당액을 모두 청구법인이 제조에 투입한 바 없는 가공원가로 단정하였는바, 이는 처분청은 과세요건사실에 대한 입증책임을 다하지 아니하였다.

   3) 또한 청구법인은 상장법인인 ㅇㅇㅇㅇ텍 주식회사 등에 납품하는 회사로서 매출물량을 속일 수 없는바, 이를 기초로 제조과정에서 투입한 원재료의 물량을 계산할 수 있음에도 처분청은 국세기본법 상 근거과세원칙에 따라 과세처분의 증거를 수집하지 아니하고 청구법인이 세무조사 기간동안 원재료 매입관련 자료를 제출하지 않는다는 이유만으로 추계로 산출세액을 계산한 후 이를 모두 조세포탈세액으로 보았다.

  (마) 또한 청구법인은 기장의무와 증빙보관의무를 이행하여 성실 신고한 사업자로서 과세관청으로 하여금 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하는 등의 부정한 행위를 통해 부가가치세 및 법인세 과세표준을 과소신고한 사실이 없다.

  (바) 원천납세의무자인 ㅇㅇㅇ의 소득세 납세의무가 부과제척기간의 도과 등으로 소멸하였다면 청구법인의 원천납세의무자에 대한 원천징수의무도 성립할 수 없으므로(대법원 1992.9.22.선고 91다40931 판결 참조), ㅇㅇㅇ를 소득자로 보아 청구법인에게 한 소득금액변동통지 또한 10년의 부과제척기간을 도과한 부분은 위법하다.

  (사) 처분청은 청구법인의 대표이사 ㅇㅇㅇ가 다른 피의자의 석유 및 석유대체연로 사업법을 위반한 혐의에 대해 참고인 자격으로 경기납부경찰청에 출석하여 한 신문조사를 기초로 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 과세처분에 이르게 된 것으로 보이는바, 해당 신문조서는 수사기관의 심리적 압박감 속에서 별건 수사의 위기를 모면하고자 한 것이므로 이에 대한 증거능력을 인정할 수 없다.

  (2) 처분청은 추계방식이 아닌 실지조사방식을 통해 청구법인이 실제로 투입한 원재료 가액을 반영하여 청구법인에 대한 법인세 과세표준을 산정하여야 함에도 과세처분의 증거를 수집하지 아니하고 청구법인이 세무조사 기간 동안 원재료 매입관련 자료를 제출하지 않는다는 이유만으로 추계로 산출세액을 계산하였는바, 이는 국세기본법 제16조의 근거과세원칙을 위반하여 위법하다.

  (가) 과세요건의 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있는 것으로 경험칙에 비추어 과세요건이 사실로 추정된다는 사실이 밝혀졌을 때 비로소 그 입증책임이 납세자에게 전환되는바, 처분청은 아마런 근거 없이 청구법인의 조사대상기간 원재료 매입액 약 491억원에서 쟁점세금계산서 발행금액 220억원이 가공원가라고 단정하여 이를 손금불산입하였다.

  (나) 그러나 경험칙에 비추어보아 쟁점세금계산서 발행금액 220억원은 가공원가로 추정될 수 없다.

   1) 처분청은 2019년 이미 청구법인의 2014사업연도 법인세에 대한 세무조사를 실시한 후 청구법인의 원재료 매입액을 가공원가로 보아 과세처분 한바 있는데, 청구법인은 이에 대해 심사청구하여 국세청장의 재조사결정을 받아 당초 부인되었던 원재료 매입액 전액을 실제 매입액으로 인정받은 사실이 있다. 나아가 처분청은 2018년 청구법인의 2016·2017사업연도에 대한 세무조사를 실시한 후 청구법인에 손금에 반영된 원재료 매입액을 모두 손금이 맞다고 인정한 사실도 있다.

   위 사실을 종합하면 처분청과 처분청은 청구법인이 원재료 납품업자들로부터 적법한 세금계산서는 받지 못햇음에도 손금에 반영한 원재료 매입액을 실제 지출한 것으로 인정한 것으로 보아야 한다.

   2) 청구법인의 조사대상기간 매출액은 599억원, 당초 손금에 반영한 원재료 매입액은 491억원으로서 쟁점세금계산서 발행금액 220억원을 가공원가로 보아 모두 손금불산입한다면, 청구법인의 이익률은 45%가 되는바, 이는 국세청장이 고시한 동종업종의 소득표준율 4.5%보다 지나치게 높은 값으로서 경험칙으로 보아 타당하지 않다.

   3) 나아가 쟁점세금계산서 발행금액 220억원이 모두 가공원가에 해당한다면, 청구법인은 220억원을 인출하여 횡령하였다거나 다른 곳에 사용되었다는 정황을 포착할 수 있을 것임에도 처분청은 이와 같은 사실에 대하여는 조사하지 아니하였다.

   4) 그럼에도 불구하고 처분청은 오로지 청구법인이 세무조사 기간 중 청구법인의 원재료 매입액에 관한 증거서류를 제출하지 아니하였다는 이유만으로 그 불응의 불이익을 청구법인이 모두 감수항야 한다는 것인바, 이는 경험칙으로 추정되지 않는 가상이익에 대한 입증책임을 청구법인에게 부당하게 전가한 것이다.

  (다) 따라서 처분청은 쟁점세금계산서 발행금액 220억원이 가공원가라는 사실에 대한 입증 없이 이를 손금불산입한 이상 청구법인에 대한 법인세 과세처분은 국세기본법 제16조 근거과세원칙을 위반한 것으로서 위법하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 부가가치세 및 법인세 부담을 줄이기 위해 쟁점세금계산서를 발급받아 부가가치세 매입세액을 공제받고 가공원가를 계상하였으므로 이를 사기나 그 밖의 부정한 행위로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분은 적법하다.

   (가) 청구법인은 폐유를 매입하면서 납품업체들이 세금계산서를 발행하지 않자 이로 인한 부가가치세 및 법인세 부담을 줄이기 위하여 쟁점세금계산서를 발급받았는바, 먼저 쟁점발급업체들로부터 현금이나 수표를 받았다가 쟁점발급업체들에게 그 금액의 7~8%를 수수료 명목으로 더해 송금하면 쟁점발급업체들은 이온정제유를 실제 납품받은 것처럼 쟁점세금계산서를 발급하였다.

   (나) 올바른 세금계산서의 수수는 세금의 신고·납부에 있어 가장 기본적인 절차일 뿐만 아니라 거래의 투명성을 확보하여 세법질서를 확립하는데 근간이 되는 것으로 청구법인은 2012년부터 2015년까지 총 24회에 걸쳐 220억이라는 고액의 쟁점세금계산서를 거짓으로 수취함으로써 거래질서를 문란하게 하였고, 쟁점세금계산서 발급금액을 손금산입 및 관련 부가가치세 매입세액을 공제받음으로써 조세를 포탈하였으며 관련 제세를 신고하면서 가공원가를 기초로 작성된 재무제표의 서류를 첨부하였는바, 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게하거나 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위에 해당한다.

(다) 청구법인은 쟁점발급업체들이 쟁점세금계산서 발급에 따른 매출세액을 정상적으로 관할 세무서장에게 신고-·납부하였으므로 이를 부정행위로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점발급업체들은 석유제품을 전국 주유소 등에 무자료 매출한 사업자들로서 쟁점발급업체 중 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ바이오케미칼 및 ㅇㅇㅇㅇ인터내셔널 주식회사의 실제 대표자 ㅇㅇㅇ은 석유 및 석유대체연료사업법 위반 혐의로 기소되어 현재 재판을 받도 있는바, 쟁점발급업체들은 무자료 매출을 위장하기 위해 쟁점세금계산서를 발급한 것에 지나지 않는다.

  (라) 나아가 청구법인은 부정한 거래증빙을 기반으로 가공원가를 손금에 계상하고 부가가치세 매입세액을 공제받음으로써 국가의 조세 수입 감소가 발생하였으므로 청구법인의 이와 같은 주장은 타당하지 않다.

  (마) 또한 청구법인은 쟁점세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받는 것이 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라고 전혀 있식하지 못하였다고 주장하나, 청구법인 대표이사 ㅇㅇㅇ가 스스로 인정하는 것과 같이 청구법인은 매출유류에 상응하는 실물거래에 관한 장부 및 증빙서류 등을 고의적으로 보관하지 않고 실물거래와 다르게 금융거래내역 및 관련 증빙서류를 조작하였으므로 이미 조세포탈의 목적과 인식이 있었음을 명백히 알 수 있다.

  (바) 이에 더해 청구법인은 대표이사 ㅇㅇㅇ의 진술이 강요에 의한 것으로 증거능력이 없다고 주장하나, ㅇㅇㅇ가 강요에 의해 진술하였다는 증거가 없는 점, ㅇㅇㅇ와 ㅇㅇㅇ의 배우자 김ㅇㅇ의 진술이 모두 일관되고 구체적인 점에 비추어보면 청구주장을 인정할 수 없다.

  (2) 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호의 추계사유에 해당하므로 처분청이 청구법인의 법인세 과세표준을 추계결정하여 과세한 처분은 적법하다.

  (가) 납세의무자가 신고한 비용 중 일부 금액에 대한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지 비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 허위로 수취한 세금계산서 상의 공급가액에 상응하는 실물거래가 있었다는 점에 관하여는 장부와 증빙 등 자료를 제공하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다.(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

  (나) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인의 매출이 정상적으로 이루어진 것으로 보고 그 매출에 상응하는 실제 매입액이 확인되는 경우 이를 매출원가로 인정하고자, 청구법인의 생산팀장인 김희영이 작성한 노트(유류 입출고 물량 장부) 및 청구법인 대표이사 정경인의 배우자인 김ㅇㅇ가 작성한 노트(원료 수불부내역, 대금결제내역)의 자료제출을 요구하였음에도 청구법인은 처분청의 세무조사 종결일까지 해당 자료를 제출하지 않고 고의적으로 장부를 은닉함으로써 처분청의 세무조사를 방해하였다.

  (다) 이에 처분청은 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호의 “소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”에 해당하여 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없으므로 청구법인의 과세표준을 법인세법 시행령 제104조의 제2항 제1호에서 규정한 기준경비율에 의한 방법에 따라 추계결정을 하였는바, 이때 매입비용의 경우 청구법인이 현대삼호중공업 주식회사로부터 실제 매입한 폐유의 리터당 가격을 적용하여 산출하였다.

  (라) 청구법인은 처분청이 쟁점세금계산서 발급금액 모두 가공원가인지 여부를 입증하지 아니하였으므로 청구법인의 법인세 과세표준을 추계결정한 것이 위법하다고 주장하나, 청구법인의 법인세 과세표준이 법인세법 시행령 제104조 제1항 제1호의 추계사유에 해당하여 실지조사에 의한 과세표준 산정이 불가능한 이상 처분청이 추계결정에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 산정하여 과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 10년의 국세 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

  ② 부정과소가산세를 적용하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

  ③ 소득금액 추계결정에 대하여 장부와 증빙에 의하여 결정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령: <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있다.

  (가) 쟁점세금계산서의 각 과세기간별 공급가액 등의 금액은 아래<표2>와 같다.

<표2> 각 과세기간별 쟁점세금계산서 합계금액

  (나) 청구법인에 대한 조사종결보고서의 주요 내용은 아래와 같다.

  (다) 청구법인의 대표이사 ㅇㅇㅇ와 배우자 김ㅇㅇ는 쟁점발급업체들 중 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ바이오케미칼 및 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ인터내셔날 대표자 ㅇㅇㅇ의 석유 및 석유대체연료사업법위반 혐의와 관련하여 2017.5.18. 및 2017.5.19. 경기남부지방경찰청에서, 2017.6.17. 광주광산경찰서에서 각 참고인 자격으로 출석하여 진술하였는바, 그 진술조서(ㅇㅇㅇ의 형사사건 관련)의 주요 내용은 아래와 같다.

   1) ㅇㅇㅇ에 대한 진술조서(2017.5.18.) 중 주요 내용

   2) 김ㅇㅇ와 ㅇㅇㅇ에 대한 진술조서(2017.5.19.)의 주요내용

   3) ㅇㅇㅇ에 대한 진술조서(2017.6.17.) 중 주요 내용

   4) 김ㅇㅇ에 대한 진술조서(2017.6.17.) 중 주요 내용

  (라) 처분청이 제출한 청구법인 대표이사 ㅇㅇㅇ 진술서(2020.9.2.)를 보면, 경찰조사 당시와 동일한 취지의 진술과 쟁점발급업체들로부터 수취한 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 사실을 인정하는 취지의 진술을 한 사실이 각 나타난다.

  (마) 처분청이 제출한 자료제출 요구서(2020.9.28.)에 의하면, 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 당시 아래와 같은 자료를 2020.10.13.까지 제출할 것을 요청한 것으로 확인된다.

  (바) 광주고등검찰청 소속 검사의 결정서(광주고등검찰청 2021고불항제ㅇㅇㅇ호)를 보면, 처분청의 청구법인 및 청구법인의 대표이사 ㅇㅇㅇ에 대한 과세표준 및 세액의 추계에 따른 조세포탈 혐의에 대한 고발에 대하여 “청구법인의 2012년, 2015년의 과세표준과 세액을 뒷받침하는 장부 또는 그 밖의 증명자료가 인정되었으므로 추계요건에 해당하지 아니한다.”는 이유로 항고를 기각하였고, 이후 청구법인과 청구법인 대표이사에 대한 불기소 처분이 확정되었으며, 그 주요내용은 아래와 같다.

  (사) 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ바이오케미칼을 운영한 ㅇㅇㅇ에 대한 판결서(울산지방법원 2021.12.2. 선고 2019고단4ㅇㅇㅇ 판결)를 보면, 울산지방법원은 아래와 같이 청구법인이 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ바이오케미칼로부터 정제유 원료를 실제구입하여 사업장에 반입하였다거나 이를 이용하여 생산한 내역을 소명하지 못하였다면서 실물거래 없는 거래거래라는 취지의 판시를 하였다.

  (아) 대법원 나의 사건 검색 결과[서울중앙지방법원 2020고합ㅇㅇㅇㅇ,특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 및 울산지방법원 2021노ㅇㅇㅇㅇ 석유및석유대체연로사업법위반 등을 보면, 2023년 2월 현재 ㅇㅇㅇ은 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ바이오케미칼 등과 관련하여 국내 정유사(ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ)로부터 경우와 성분이 유사한 석유제품인 HLBD를 공급받아 당초 목적인 정제유 첨가유로 사용하지 않고 별도저장소에 일시 보관하였다가 전국 주유소로 무자료 유통시키고, 실물거래 없이 매출세금계산서를 청구법인을 포함한 8개업체에게 발급하였다는 취지로 특정범죄가중처벌등에관한법률(허위세금계산서 교부 등)등을 위반한 혐의로 기소된 사실이 확인된다.

  또한, 조세심판관회의는 2022.5.16. 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ바이오케미칼이 청구법인에게 실물거래 없이 세금계산서를 발급하였다는 사실을 인정하고, 주식회사 ㅇㅇㅇㅇ바이오케미칼이 제기한 심판청구를 기각으로 결정하였다.(조심 2020부ㅇㅇㅇㅇ, 2022.5.16.).

  (자) 청구법인의 대표이사 ㅇㅇㅇ에 대한 형사판결서(광주고등법원 2022.7.19. 선고 2022노ㅇㅇ판결) 및 대법원 나의 사건 검색 등을 보면, 아래와 같이 청구법인의 대표이사 ㅇㅇㅇ의 처남인 ㅇㅇㅇ는 2009.11.22.부터 2015.9.17. 그가 사망할 때까지 청구법인의 사외이사로 등재되었고, 쟁점발급업체들로부터 허위 세금계산서 수취행위를 실제 실행한 자이며, 청구법인의 대표이사 ㅇㅇㅇ가 같은 기간 ㅇㅇㅇ의 허위 세금계산서 수취행위에 가담하였다고 볼 증거가 없다는 이유로, 청구법인의 대표이사 ㅇㅇㅇ에게 조세범처벌법위반혐의와 관련하여 무죄를 선고한 사실과 2022.7.27. 이 판결이 확정된 사실이 각 나타난다.

  (차) 청구법인이 제출한 이ㅇㅇ의 수첩과 노트 중 일부는 아래와 같다.

  (카) 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취하고 부가가치세 매입세액을 쟁점발급업체들에게 지급하였으며, 쟁점발급업체들은 부가가치세를 정상적으로 신고·납부하였으므로 청구법인은 쟁점세금계산서를 발급받음으로써 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라고 인식을 하였다고 볼 수 없다는 취지의 주장을 하였고, 이에 대하여 처분청은 쟁점발급업체들이 매출세액을 정상적으로 신고·납부하였다는 사실에 대하여는 이견을 제시하지 아니하였다.

  (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대. 처분청은 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 10년의 부과제척기간이 적용된다고 보아 그 신고기한으로부터 5년이 경과한 후인 2020.12.4. 및 2020.12.7. 이 건 처분을 하였으나, 아래와 같은 사정들에 비추어 이 건 처분 중 그 신고기한으로부터 5년 이후에 부과된 2012년 제1기~2015년 제1기 부가가치세부과처분(세금계산서불성실가산세 제외)은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 따른 5년의 부과제척기간을 도과한 잘못이 있으나, 2015년 제2기 부가가치세는 5년의 부과제척기간을 경과하지 아니하였고 2012년 제1기~2015년 제1기 부가가치세 세금계산서불성실가산세와 2012·2014·2015사업연도법인세 각 부과처분과 소득금액변동통지는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따른 10년의 부과제척기간 이내에 이루어진 것이어서 잘못이 없는 것으로 판단된다.

   1) 부가가치세 부과처분에 대하여 보면, 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 부가가치세 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정한 ‘사기나 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당한다고 하여 10년의 부과제척기간을 적용하기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 할 것이다.(조심 2021중3056, 2021.10.26., 대법원 2021.12.30. 선고 2021두33371 판결, 같은 뜻임).

  이 건의 경우 쟁점발급업체들이 청구법인에게 발급한 쟁점세금계산서에 따라 부가가치세를 신고·납부하였고, 처분청 역시 쟁점발급업체들이 매출세액을 정상적으로 신고·납부하였다는 사실에 대하여 이견을 제시하지 아니하는 등 쟁점발급업체가 그 후 경정청구를 하여 관련 부가가치세를 환급받지 아니한 것으로 나타나고 있어서 청구법인이 쟁점발급업체가 발급한 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 공제받으면서 그로 인하여 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 인식하였다고 보기는 어려우므로 이에 대하여 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당한다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세를 부과하기는 어렵다고 하겠다.

  다만 2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2에 사기나 그 밖의 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 10년의 부과제척기간을 적용하는 규정이 신설되었는데, 동 조항의 신설 이유가 ‘부가가치세 법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등의 경우 본세액의 포탈이 없더라도 10년의 부과제척기간이 적용되도록 하는 것’인바, 본세액의 포탈이 없더라도 사기나 그 밖의 부정한 행위로 가공의 세금계산서를 수수한 경우 이와 관련된 세금계산서와 관련한 가산세는 10년의 부과제척기간을 적용함이 타당하다 할 것(조심 2019서3002, 2020.3.3., 같은 뜻임)인바, 폐유 무자료매입을 위장하기 위해 수취한 세금계산서불성실가산세는 10년의 부과제척기간을 적용함이 타당하다 하겠다.

   2) 다음으로 법인세 부분 및 이와 관련된 소득금액변동통지 부분에 대하여 보면, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다. 그러나 과세 대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다.(대법원 2015.9.15. 선고 2014두2522 판결, 같은 뜻임).

  이 건의 경우 청구법인은 실물거래를 하지 아니한 쟁점발급업체로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 후, 그 매입액을 경비로 계상하고 법인세를 신고하였으므로, ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서를 작성하고 수취(조세범처벌법 제2조 제6항 제1호)’하거나 장부를 거짓기장(제2호)‘한 경우에 해당하며, 과세관청으로서는 해당 거래에 대해 세무조사를 하지 않고서는 그 거래가 허위거래인 사실 및 그 거래로 인해 납세자가 조세를 포탈한 사실을 인식하기가 어려울 것으로 보이므로 그와 같은 납세자의 행위가 ’조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위‘에 해당한다고 볼 수 있는바, 청구법인은 국세기본법 제26조2 제1항 제1호의 ’사기나 그 밖의 부정한 행위‘로 법인세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 한 경우에 해당하여 그에 대한 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지에는 10년의 부과제척기간이 적용되므로 이 건 처분 중 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지는 10년의 부과제척기간 내에 이루어진 것으로 볼 수 있다 하겠다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 처분청은 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 부과하면서 부정과소가산세를 적용하였으나, 아래와 같은 사정들에 비추어 2015년 제2기 부가가치세 및 2012·2014·2015사업연도 법인세 각 부과처분과 2012·2014·2015년 귀속 소득금액변동통지 부분은 부정과소가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용함이 타당하다고 판단된다.

   1) 국세기본법 제47조의3 제1항은 납세자가 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 해당하는 일반과소신고가산세액을 납부할 세액에 가산허거나 환급받을 세액에서 공제하도록 규정하고, 제2항 제1호는 납세자가 부정한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우 그 부정과소신고과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 부정과소신고가산세액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제하도록 규정하고 있다.

   2) 국세기본법 제47조의3 제2항이 부당한 방법(부정행위)으로 과세표준을 과소신고하는 경우 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준이나 세액 계산의 기초가 되는 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 ‘부정한 행위가 있는 경우’에 과세관청으로서는 과세요건 사실을 발견하고 부과권을 행사하기 어려우므로 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 ‘부정행위’에 의하지 아니한 일반과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하여 납세자를 무겁게 제재하는 데에 있다 하겠다(대법원 2013.11.28. 선고 2013두12362 판결 및 대법원 2017.4.13. 선고 2015두 44158 판결 등, 같은 뜻임).

  위와 같이 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 위반한 납세자에게 세금의 형식으로 부과하는 일종의 행정상의 제재이고, 위반행위와 제재 사이에 자기책임의 원리에 부합하는 정당한 상관관계가 있어야 할 뿐만 아니라 의무위반의 정도와 부과되는 제재 사이에 적정한 비례관계도 유지되어야 하므로, 과소신고세액에 100분의 10의 세율을 적용하여 가산하는 일반과소신고가산세와 달리, 과세표준의 기초가 되는 소득 등을 은닉하는 등 적극적인 부정행위의 존재를 이유로 하여 그보다 훨씬 높은 100분의 40의 세율을 적용하여 가산하는 부정과소신고가산세는 그만큼 비난 가능성이 큰 의무불이행에 대한 제재라는 점을 전제한다.

  그러므로 대표자나 사실상 대표자가 아닌 사용인 등의 부정한 해우이가 납세자 본인의 이익이나 의사에 반하여 자기 또는 제2자의 이익을 도모할 목적으로 납세자를 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 일환으로 행하여지고, 거래 상대방이 이에 가담하는 등으로 인하여 납세자가 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 특별한 사정이 있는 경우라면, 사용인 등의 부정한 행위로 납세자의 과세표준이 결과적으로 과소하게 신고가 되었을지라도 이들의 배임적 부정행위로 인한 과소신고를 ‘납세자가 부당한 방법으로 과소신고한 경우’에 포함된다고 볼 수는 없으므로, 이때에는 납세자에게 부정한 행위를 이유로 중과세율을 적용한 부정과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다고 봄이 타당하다 하겠다.(대법원 2021.2.18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결, 같은 뜻임).

   4) 이 건의 경우, 대표이사 ㅇㅇㅇ에 대한 형사판결에서 ㅇㅇㅇ가 가공세금계산서 수취를 인식할 수 없었다고 보아 무죄를 선고(광주지방법원 2022.1.28. 선고 2021고합262 판결 및 광주고등법원 2022.7.19. 선고 2022노58 판결)하여 그 판결이 확정되었으므로, 청구법인에게 법률적 효과가 귀속되는 행위(사외이사 ㅇㅇㅇ가 가공세금계산서 수취행위)에서의 적극적인 부정행위가 있었다고 보아 장기의 부과제척기간을 적용하더라도, 부정과소가산세까지 부과하는 것은 부당하다고 볼 여지가 있는 점, 위 형사재판 과정에서 증인으로 진술하였던 청구법인의 직원 이ㅇㅇ은 “ㅇㅇㅇ가 대표이사 사무실을 사용하며 회사운영과 관련된 중요한 의사결정을 하였거나 보고를 받았고, 청구법인의 대표이사인 정경영은 거의 출근을 하지 않았다”고 진술하였고, 수사기관에서도 “ㅇㅇㅇ가 입사한 이후에는 폐유 입고와 관련된 사항들은 ㅇㅇㅇ에게 보고하였다. ㅇㅇㅇ가 입사한 다음부터는 청구법인의 대표이사는 출근하지 아니하였고, 경리업무, 세금계산서 관련 업무는 ㅇㅇㅇ가 담당하였다”고 일관되게 진술한 점, 특히 위와 같이 확정된 무죄판결에서 청구법인의 대표이사 ㅇㅇㅇ가 가공세금계산서 수취 행위를 하지 않았다는 내용을 명시적으로 판시하였으므로, 이와 다른 판단을 하기 위해서는 무죄판결의 내용과 배치되는 객관적이도 명백한 다른 구체적인 증빙이 필요한 점, 나아가 청구법인은 형사절차 과정에서 수첩 등을 제출하였고, 검찰은 이를 바탕으로 구체적인 매입내역을 확인한 후 불기소 결정을 한 측면 등에 비추어, ㅇㅇㅇ의 배임적 부정행위로 인한 과소신고를 청구법인의 대표이사 ㅇㅇㅇ가 부당한 방법으로 과소신고한 경우에 해당한다고 평가하기는 어려우므로, 부정과소가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용함이 타당하다고 하겠다.

  (다) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 처분청은 청구법인에게 기분경비율에 의한 추계결정에 따라 법인세를 부과하고 소득금액변동통지를 하였으나, 아래와 같은 사정에 비추어 2015년 제2기 부가가치세 및 2012·2014·2015사업연도 법인세 각 부과처분과 2012·2014·2015년 귀속 소득금액변동통지 부분에 관하여 검찰 조사과정에서 확인된 수첩과 노트 등에 기재된 내용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액 및 소득금액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

   1) 추계과세는 수입금액이나 과세표준 결정의 근거나 되는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위여서 실지조사가 불가능한 경우에 한하여 인정되는 것이므로 실지조사가 가능한 장부나 증빙서류 등이 있을 경우에는 추계과세를 할 수는 없는 것이고(대법원 1983.11.22. 선고 83누444 판결, 같은 뜻임), 또한 과세처분의 취소소송에 있어서 소송당사자는 그 취소소송의 변론종결 당시까지 모든 자료를 제출하고 그때까지 제출한 자료에 의하여 과세처분의 적법여부를 심판할 것을 주장할 수 있으므로(대법원 1980.10.14. 선고 78누345 및 1984.10.23. 선고 83누402 판결, 같은 뜻임), 과세관청이 그 처분당시 장부 등의 미비로 추계과세를 하였다고 하더라도 그 처분의 취소심판 또는 소송에 있어서 장부 기타의 증빙서류가 나타났을 때에는 그 장부 등에 의한 실지조사의 방법으로 수입금액이나 과세표준을 결정하여야 하고 추계조사의 방법으로 결정할 수는 없다 하겠다(대법원 1986.4.8. 선고 86누 판결, 같은 뜻임).

   2) 이 건의 경우 처분청의 상위 과세관청인 광주지방국세청장도 “청구법인의 팀장 이ㅇㅇ의 수첩과 대표이사의 처 김ㅇㅇ 작성의 노트에서 폐유 무자료 매입 내역이 확인되었으니 폐유 매입의 구체적인 실거래금액과 매입처에 관한 재조사를 통하여 확인되는 결과를 매출원가로 인정하여 해당 과세연도의 과세표준과 세액을 결ㅇ정할 것”이라며 재조사 결정을 하였을 뿐만 아니라, 광주고등검찰청도 처분청의 추계 결정에 문제가 있다고 지적한 점 등에 비추어, 처분청이 추계하여 과세한 청구법인에 대한 각 사업연도의 법인세 및 각 소득금액변동통지에 잘못이 있다 하겠으므로, 검찰 조사과정에서 청구법인이 제출한 수첩 및 노트 등에 기재된 내용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액 및 소득금액을 경정할 필요가 있다 하겠다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.