1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2021. 2. 1. 원고에 대하여 한 2018 사업연도(2018. 3. 1. ~ 2019. 2. 28.) 귀속 법인세 2,624,658,093원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

 가. 원고는 대한민국의 교육이념에 입각하여 중등교육을 실시함을 목적으로 설립된 학교법인으로, 법인세법상 비영리내국법인이다.

 나. 원고는 수익용 기본재산인 아래 표 기재 토지(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라고 하고, 개별적으로 특정할 필요가 있을 경우에는 순번으로 특정한다)를 소유하고 있었는데, 2016. 6. 10. ○○광역시교육감으로부터 이 사건 각 토지의 매각에 관하여 허가를 받았다.

   위 허가의 주요 내용은, 이 사건 각 토지에 관한 감정평가액(총 18,446,830,000원) 이상으로 처분하여야 하고, 수익용 기본재산을 담보로 한 원고의 기존 차입금 전액 4,698,914,990원을 변제하여야 하며, 제 비용을 공제한 후 수익용 기본재산(현금)으로 보존하여야 하고, 차입금 이자에 대하여는 ○○광역시교육감과의 협의를 통해 인정가능한 이자금액을 확정한 후 별도의 재산처분 허가를 받아야 한다는 것이다.

(표 생략)

 다. 원고는 2016. 9. 20. 주식회사 ○○홀딩스에 이 사건 각 토지를 총 26,330,000,000원에 매도하였다. 원고는 이 사건 각 토지의 매각대금 중 일부 돈으로 매각 부대비용 221,487,590원(= 감정료 22,882,200원 + 중개사 수수료 130,333,500원 + 가압류해제 등 비용 68,271,890원)을 지출하였고, 2016. 9. 27. 이 사건 각 토지의 매각대금 중 일부 돈으로 기존 차입금 전액 4,698,914,990원을 변제하였다. 원고는 2016. 9. 20. 이 각 토지의 매각대금 잔액 21,409,597,420원(= 26,330,000,000원 – 221,487,590원 –4,698,914,990원)을 정기예금하였다.

 라. ○○광역시교육감은 2016. 11. 21. 원고의 기본재산 처분허가 신청에 대하여 원고의 수익용 기본재산(예금)인 21,409,597,420원 중 3,386,074,000원을 기존 차입금 4,698,914,990원에 대하여 원고의 현재 이사장과 기존 이사장들이 대납한 이자 3,386,074,000원의 변제 용도로 사용하는 것을 허가하였다. 이에 따라 원고는 2016. 12. 22. 수익용 기본재산(예금)인 21,409,597,420원 중 3,386,074,000원으로 기존 차입금에 대한 이자 대납금 3,386,074,000원을 변제하였다(아래에서는 기존 차입금 4,698,914,990원과 그 이자 대납금 3,386,074,000원을 합한 8,084,988,990원을 ‘이 사건 차입원리금’이라고 한다).

 마. 원고는 2016 사업연도(2016. 3. 1. ~ 2017. 2. 28.) 법인세를 신고하면서, 이 사건 각 토지의 처분에 따라 발생한 처분이익 16,973,293,360원(= 양도가액 26,330,000,000원 –취득가액 9,135,219,050원 –매각 부대비용 221,487,590원)에 이자ㆍ임대료 수익을 더한 금액인 17,020,622,880원(이하 ‘이 사건 준비금’이라고 한다)을 익금에 산입하는 동시에 위 금액 전부를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 계상하였다.

 바. 원고는 2018. 8. 6. ○○광역시교육감의 허가를 받아 2018. 10. 1. ○○ ○○구 ○○동 741-xx 토지와 그 지상 다가구주택을 수익용 기본재산(예금) 중 일부 돈으로 4,802,436,017원(제 비용 포함)에 취득하였고, 원고는 2019. 1. 14. ○○광역시교육감의 허가를 받아 2019. 1. 21. ○○ ○○구 ○○동 629-x 토지와 그 지상 건물을 수익용 기본재산(예금) 중 일부 돈으로 5,297,305,932원(제 비용 포함)에 취득하였다. 원고는 위 각 부동산 취득 무렵부터 현재까지 위 각 부동산에 관하여 수익사업(부동산임대업)을 영위하고 있다(이하 편의상 위 각 부동산을 통틀어 ‘이 사건 각 건물’이라고 한다).

 사. ○○지방국세청장은 원고에 대한 종합감사 결과 원고가 2016 사업연도 소득금액 산정 과정에서 손금산입하여 고유목적사업준비금으로 계상하고 있던 이 사건 준비금 중 이 사건 각 건물의 취득가액 합계 10,099,741,949원(= 4,802,436,017원 + 5,297,305,932원)이 고유목적사업에 사용되지 않은 것으로 보아, 2019. 2. 피고에게 2018 사업연도 소득금액 산정에 있어서 위 10,099,741,949원을 익금산입하여 법인세를 경정하라는 내용의 과세자료를 통보하였다.

 아. 피고는 2021. 2. 1. 이 사건 준비금 중 10,099,741,949원이 고유목적사업에 사용되지 않은 것으로 보아 2018 사업연도 소득금액 산정에 있어서 위 10,099,741,949원을 익금산입 등을 하여, 원고에게 2018 사업연도 법인세 2,932,701,072원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

 자. 원고는 위 법인세 부과처분에 불복하여 2021. 4. 7. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2022. 1. 19. 다음과 같은 이유로 원고의 청구를 일부 인용하는 결정을 하였다.

   1) 이 사건 차입원리금(8,084,988,990원)의 변제는 이 사건 각 토지의 매각대금 중 취득가액(9,135,219,050원)에 해당하는 부분에서 지출된 것이다.

   2) 수익사업용 이 사건 각 건물의 취득자금(10,099,741,949원)의 재원은, 위 취득가액(9,135,219,050원)에서 이 사건 차입원리금의 변제에 사용된 8,084,988,990원을 공제한 나머지 금액인 1,050,230,060원과 이 사건 준비금 중 일부인 9,049,511,889원이다.

   3) 따라서 이 사건 준비금 중 1,050,230,060원을 익금산입한 부분은 익금산입액에서 취소해야 하고, 이 사건 준비금 중 9,049,511,889원을 익금산입한 부분은 정당하다.

 차. 피고는 2022. 2. 9. 위 심사청구 결과에 따라 원고에게 2018 사업연도 법인세 2,624,658,093원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 이와 같이 감액되고 남은 2021. 2. 1. 자 법인세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1 내지 3, 12 내지 14, 24호증, 을1 내지 4호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)

2. 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

   이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

   1) 이 사건 처분 중 본세 부분 관련

     가) 원고는 이 사건 각 토지의 매각대금 중 처분이익(16,973,293,360원)에 해당하는 부분(즉 이 사건 준비금 중 처분이익에 해당하는 부분)으로 이 사건 차입원리금(8,084,988,990원)을 변제하였다. 그런데 이 사건 차입금이 발생할 당시를 기준으로 고유목적사업에 지출한 것인지를 판단하여야 하는 점을 고려하면, 원고의 교육목적사업에 사용할 용도로 순번 8, 9 토지를 매입한 것에 관하여 이 사건 차입금이 사용된 것으로 볼 수 있으므로, 이 사건 차입원리금의 변제도 고유목적사업에 사용된 것이라고 보아야 한다.

     나) 이후 원고는 이 사건 각 토지의 매각대금 중 취득가액(9,135,219,050원)에 해당하는 부분과 이 사건 준비금 중 964,522,899원을 이 사건 각 건물의 매수자금으로 사용하였다. 그런데도 이와 달리 피고가 이 사건 준비금 중 9,135,219,050원이 이 사건 각 건물의 매수자금으로 사용되었다고 보아 위 금액을 익금산입하여 법인세를 경정ㆍ고지한 부분은 위법하다.

   2) 이 사건 처분 중 가산세 부분 관련

     이 사건 각 토지의 매각경위를 고려하면 원고에게 고유목적사업준비금의 사후관리 요건 위반에 따른 책임을 추궁하는 것은 가혹하므로, 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다.

 나. 관계 법령

   별지 관계 법령 기재와 같다.

 다. 2의 가. 1)항 주장에 관한 판단

   1) 관련 법리

     구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라고 한다) 제3조 제1항 제1호, 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제2조 제2항에 의하면, 비영리내국법인의 법인세 부과대상인 각 사업연도의 소득과 관련하여 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입(수익사업)에서 생기는 소득이 여기에 해당하는데, 다만 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에서 제외된다.

     한편 구 법인세법 제29조는 제1항 제4호에서 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다는 취지로 규정하고 있고, 다만 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호 가목은 사립학교법에 따른 학교법인에 대하여는 2019. 12. 31. 이전에 끝나는 사업연도까지 구 법인세법 제29조 제1항 제4호의 한도 제한 없이 수익사업에서 발생한 소득 전부를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다는 취지로 규정하고 있다. 구 법인세법 제29조 제2항은 비영리내국법인이 위와 같이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 하고, 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다는 취지로 규정하고 있다.

     그런데 구 법인세법 제29조 제3항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다는 취지로 규정하고 있다.

     이와 같은 규정들은 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다. 따라서 비영리내국법인이 5년의 유예기간 중에 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 다른 용도에 사용하여 더 이상 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러남으로써 앞서 본 바와 같은 과세혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면, 5년의 유예기간에도 불구하고 사용금액 상당을 그 사유가 발생한 사업연도의 익금에 곧바로 산입할 수 있다고 봄이 상당하다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조).

     한편 구 법인세법 제113조 제1항에 의하면, 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 해당 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

   2) 판단

     다음과 같은 이유로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

     가) 갑2호증, 을15, 16호증의 각 기재에서 알 수 있듯이, 원고는 과세전적부심사청구, 심사청구, 이 사건 소송에서 이 사건 각 토지의 매각대금 중 처분이익(16,973,293,360원)에 해당하는 부분(즉 이 사건 준비금 중 처분이익에 해당하는 부분)으로 이 사건 차입원리금(8,084,988,990원)을 변제하였다고 주장하고 있지만, 이 사건 차입원리금이 이 사건 준비금에 관한 고유목적사업준비금 계정에서 지출된 내역을 제출하지 못하고 있다. 그리고 위 각 증거에 의하면, 원고는 이 사건 준비금을 수익사업의 회계에서 비영리사업의 회계로 전출한 자체를 고유목적사업에 지출한 것으로 보았기 때문에, 이 사건 차입원리금의 변제, 이 사건 각 건물의 취득 당시에 별도로 이 사건 준비금에 관한 고유목적사업준비금 계정을 운영하지 않은 것으로 보인다. 즉 원고는 이 사건 준비금이 실제로 사용된 곳과 관련하여, 구 법인세법 제113조 제1항 등에서 정한 비영리법인의 구분경리 원칙에 따른 고유목적사업, 즉 비수익사업의 회계에 구분하여 기장하지 않은 것으로 보인다. 따라서 원고의 주장과 같이 이 사건 준비금 중 일부 돈으로 이 사건 차입원리금을 변제하였다고 볼 객관적인 근거가 없다.

     나) 이 사건 각 토지의 취득 당시부터 매각 당시까지 이 사건 각 토지가 원고의 고유목적사업에 사용되지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는데, 이 사건 각 토지의 매각대금 중 처분이익이 법인세 과세소득에 해당하는지 여부를 결정함에 있어 원고가 이 사건 각 토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 없는지를 따질 필요가 없으므로 이 사건 각 토지의 매각대금 중 처분이익은 법인세 과세소득에 해당한다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두64722 판결 등 참조).

     한편 이 사건 각 토지가 원고의 고유목적사업에 사용되지 않았으므로 이 사건 각 토지와 이 사건 각 토지의 취득재원인 이 사건 차입원리금은 고유목적사업의 회계가 아닌 수익사업의 회계에 속한 자산과 부채라고 보는 것이 타당하다. 따라서 이 사건 차입원리금의 변제는 ‘고유목적사업에 지출한 금액’에 해당하지 않으므로, 2016. 2. 기준으로 고유목적사업준비금 잔액이 거의 없는 상태에서 2016 사업연도 중에 변제된 이 사건 차입원리금의 재원은 이 사건 각 토지의 매각대금 중 취득가액(9,135,219,050원)에 해당하는 부분이라고 봄이 타당하다.

     그리고 이 사건 각 토지의 매각대금 중 처분이익(16,973,293,360원)에 해당하는 부분이 2016 사업연도의 고유목적사업준비금으로 전입되었는데, 이 사건 차입원리금의 변제가 고유목적사업의 지출에 해당하지 않으므로 구 법인세법 제29조 제2항 단서에 따라 2016년 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금(이 사건 준비금)에서 지출한 것으로 볼 수도 없다[이에 대하여 원고는, 차입금이 발생한 당시를 기준으로 해당 비용을 고유목적사업에 지출한 것인지를 판단하여야 하고, 나아가 그 차입금의 상환이 고유목적사업에 해당하는지 여부 역시 상환 당시의 사정이 아니라 당초 차입금 발생 당시 법률적 평가에 부수하여 판단되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 구 법인세법 시행령 제56조 제6항 제1호가 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 ‘직접’ 소요되는 고정자산 취득비용은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다고 규정하고 있는데, 이는 실제로 고유목적사업에 지출 또는 사용한 경우를 의미한다고 보아야 한다. 그리고 2018. 2. 13. 개정된 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정된 것) 제56조 제6항 단서는 비영리내국법인이 고정자산 취득 후 고유목적사업에 3년 이상 고정자산을 직접 사용하지 않고 처분하는 경우에는 제1호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는다고 규정하고 있는데, 이는 고유목적사업 지출 규정(구 법인세법 시행령 제56조 제6항)을 합리적으로 개정한 것에 불과하다. 결국 고유목적사업을 수행하기 위하여 토지를 매입하는 과정에서 자금을 차입하였으나, 이후 해당 토지를 고유목적사업에 사용하지 못한 채 제3자에게 다시 매각한 경우에도 그 차입원리금의 상환을 모두 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 고유목적사업준비금과의 상계가 허용된다고 해석하면, 본래 손금이 될 수 없는 지출을 손금으로 인정하게 되는 부당한 결과가 되기 때문이다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다].

     다) 따라서 수익사업용 이 사건 각 건물의 취득자금(10,099,741,949원)의 재원은, 이 사건 각 토지 취득가액(9,135,219,050원)에서 이 사건 차입원리금의 변제에 사용된 8,084,988,990원을 공제한 나머지 금액인 1,050,230,060원과 이 사건 준비금 중 일부인 9,049,511,889원이라고 보는 것이 타당하고, 원고가 수익사업을 할 의사로 이 사건 각 건물을 취득할 때에 이 사건 준비금 중 일부인 9,049,511,889원은 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분명해졌으므로, 그 사유가 발생한 2018 사업연도의 익금에 산입되어야 한다. 그러므로 피고가 이 사건 준비금 중 일부인 9,049,511,889원을 2018 사업연도의 익금에 산입하여 경정ㆍ고지한 이 사건 처분 중 본세 부분은 적법하다.

 라. 2의 가. 2)항 주장에 관한 판단

   세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 등 참조).

   위 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 사실과 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 2016 사업연도에 이 사건 각 토지의 매각으로 인한 처분이익에 관하여 법인세를 면제받기 위하여 이를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금으로 계상하였던 점, ② 구 법인세법 제29조 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 그 고유목적을 위한 용도로 사용하지 않는 경우에는 그 사유가 발생한 때에 해당하는 사업연도에 익금에 산입하여야 한다는 취지로 명확하게 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 원고가 해당 의무를 이행하지 아니한 데에 대하여 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.