1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한 2020. 6. 23.자 2013년 제1기 부가가치세 622,773,270원, 2021. 5. 3.자 2014년 제1기 부가가치세 241,071,030원, 2021. 5. 4.자 2013년 종합소득세 1,075,177,500원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 당사자 등의 지위

1) ○○○○통신 주식회사(변경전 상호: 주식회사 ○○○○○, 이하 상호 변경 전후를 구분하지 않고 ‘○○○○통신’이라 한다)는 전기통신공사업 등을 영위하는 회사로, 주식회사 ○○○○○○○(이하 ‘○○○○○○○’이라 한다)으로부터 대전, 충남, 충북 권역의 정보통신공사를 도급받았다.

2) 원고는 2004. 7.경 ○○○○통신에 입사하여 근무하다 2007. 12. 31. 이사로 취임하였고, 2010. 12. 31. 사내이사를 중임하였으며, 2014. 4. 11. 해임되었다.

나. ○○○세무서장의 ○○○○통신에 대한 법인세 부과

○○○세무서장은 2015년경 ○○○○통신의 2010 내지 2013 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하고(이하 위 조사를 ‘이 사건 세무조사’라 한다), ○○○○통신이 ○○○○○○○으로부터 도급받은 정보통신공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)와 관련하여 ○○○○통신 직원(원고)의 횡령‧배임 등으로 부풀린 가공원가 및 가공인건비 약2,804,000,000원을 손금에 불산입하여 ○○○○통신에게 2010 내지 2013 사업연도 법인세를 경정‧고지하였고, ○○○○통신은 부과된 법인세를 납부하였다.

다. 관련 민사사건의 경과

1) 원고는 2014. 6. 16. ○○○○통신을 상대로 ‘○○○○통신이 매년 ○○○○○○○으로부터 도급받은 이 사건 공사 전부를 원고에게 일괄하도급 주어 원고가 위 공사 전부를 수행하고, 하도급대금은 이 사건 공사에 따른 매출액에 원고와 ○○○○통신이 매년 초에 결정한 일정한 요율(실행률 또는 도급률, 이하 ‘실행률’이라 한다)을 적용하여 정산하기로 하는 일괄하도급에 관한 합의(이하 ‘이 사건 합의’라 한다)를 하였다‘고 주장하면서, ○○○○통신이 원고에게 지급하지 않은 하도급 공사대금 합계2,700,142,106원 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 구하는 소를 제기하였다(대전지방법원 2014가합4464, 이하 ’관련 민사사건‘이라 한다). 위 법원은 2016. 2. 3. ’원고와 ○○○○통신 사이에 이 사건 합의가 있었다는 사실을 인정하기 어렵다‘는 이유로 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다.

2) 원고가 위 제1심 판결에 불복하여 항소하였으나, 항소심은 2017. 11. 1. ‘원고가 ○○○○통신과 사이에 ○○○○통신이 매년 ○○○○○○○으로부터 도급받은 이 사건 공사 전부를 원고가 총괄하여 수행하기로 약정하였다고 볼 여지는 있으나, 나아가 원고와 ○○○○통신 사이에 이 사건 공사에 따른 매출액에 원고가 주장하는 실행률을 적용한 금액을 그 대금으로 정산하기로 하는 합의가 있었다고 보기는 어렵다’는 이유로 원고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였다(대전고등법원 2016나279). 원고가 위 항소심 판결에 불복하여 상고하였으나 2019. 8. 30. 상고가 기각되어 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다(대법원 2017다52309, 이하 위와 같이 확정된 항소심 판결을 ‘관련 민사판결’이라 한다).

라. 관련 형사사건의 경과

1) 원고는 관련 민사사건 제1심 계속 중이던 2014. 8. 13. ○○○○통신으로부터 고소를 당하였고, 이후 ‘원고는 2010. 1.경부터 2014. 4. 11.경까지 ○○○○통신의 무선통신사업부를 총괄하는 사내이사로 근무하면서, ○○○○통신이 주식회사 ○○○○ 건설과 ○○○○○○○(이하 주식회사 ○○○○건설과 ○○○○○○○ 모두를 가리킬 때에는 ‘○○○○○○○ 등’이라 한다)으로부터 도급받은 무선통신 설비공사와 관련하여 직원 채용 및 경비 지출 등을 총괄하는 업무를 담당하였는데, 그 업무상 임무에 위배하여 허위의 직원 급여를 청구하거나 허위의 계산서를 제출하여 사업 경비를 청구하는 등의 방법으로 ○○○○통신으로부터 금원을 편취함과 동시에 ○○○○통신에게 동액 상당의 재산상 손해를 가하였다’는 내용의 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기), 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)의 공소사실로 기소되었다(대전지방법원 2015고합348, 이하 ‘관련 형사사건’이라 한다).

2) 관련 형사사건의 제1심은 2017. 2. 10. ‘검사가 제출한 증거들만으로는 원고가 ○○○○통신 직원의 지위에서 임무에 위배하거나 금원을 편취하였음을 전제로 한 공소사실이 합리적인 의심을 할 여지가 없을 정도로 증명되었다고 보기 어렵다’는 이유로 원고에게 무죄를 선고하였다. 검사가 위 형사사건의 제1심 판결에 불복하여 항소하였으나, 항소심은 2017. 8. 4. 검사의 항소를 기각하는 판결을 선고하였고(대전고등법원 2017노92), 검사가 위 항소심 판결에 불복하여 상고하였으나, 2019. 8. 30. 상고가 기각되어 관련 형사사건의 제1심 판결이 그대로 확정되었다(대법원 2017도13078, 이하 위와 같이 확정된 제1심 판결을 ‘관련 형사판결’이라 한다).

마. ○○○○통신의 법인세 환급 경정청구의 경과

1) ○○○○통신은 2019. 11. 26. ○○○세무서장에게 관련 민사판결 및 관련 형사판결의 확정은 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 주장하면서 이 사건 세무조사 당시 가공원가 및 가공인건비로 손금에 불산입하였던 금액을 손금으로 산입하여 자신이 납부하였던 법인세 일부의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, ○○○세무서장은 2020.1. 6. ‘관련 민사판결 및 관련 형사판결이 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다’는 이유로 ○○○○통신의 경정청구를 거부하였다(이하 위 거부처분을 ‘관련 거부처분’이라 한다).

2) ○○○○통신은 관련 거부처분에 불복하여 2020. 1. 28. ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였고, ○○지방국세청장은 2020. 4. 9. 관련 민사판결 및 관련 형사판결에 의해 원고의 법적 지위가 ○○○○통신의 직원이 아닌 하도급 사업자로 인정된 점 등 들어 손금에 불산입하였던 금액을 손금으로 산입하는 것이 타당하다는 이유로 ○○○○통신의 이의신청을 인용하는 결정을 하였다(이하 위 인용결정을 ‘관련 인용결정’이라 한다).

바. 피고의 원고에 대한 부가가치세, 종합소득세 부과처분

1) ○○○세무서장은 관련 인용결정에 의하면 원고는 미등록사업자에 해당한다는 이유로 이 사건 공사의 손금에 대응하는 원고의 하도급 관련 매출에 대한 부가가치세 및 종합소득세 과세자료를 원고의 주소지를 관할하는 피고에게 통보하였다.

2) 피고는 원고가 이 사건 공사를 하도급받아 미등록사업자로서 직접 수행한 것으로 보고, 원고의 하도급 관련 매출인 2013년 제1기 공급가액 합계 2,920,253,598원을 과세표준으로 하여 원고에게 ① 2020. 6. 23. 2013년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 622,773,270원(가산세 330,747,919원 포함), ② 2021. 5. 3. 2014년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 241,071,030원(가산세 136,330,406원 포함), ③ 2021. 5. 4. 2013년 귀속 종합소득세 1,075,177,500원(가산세 37,255,320원 포함)을 각각 경정‧고지하였다 (이하 위 각 경정‧고지를 순번에 따라 ‘제○ 부과처분’이라 하고, 위 부과처분 모두를 가리킬 때에는 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

3) 원고가 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2020. 7. 24. 및 2021. 6. 7. 감사원에 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2021. 9. 16. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4호증, 을 1, 2호증(가지번호 있는 것은 각 가지 번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 관련 민사사건에서 패소하여 ○○○○통신으로부터 공사대금을 받지 못하였으므로 이 사건 공사와 관련하여 얻은 이익이 없고, 관련 민사판결 및 관련 형사판결에 의하더라도 원고가 ○○○○통신의 직원이 아닌 이 사건 공사의 하도급업자로 인정된 것은 아니다. 따라서 피고가 원고를 이 사건 공사의 하도급업자로 보고 한 이 사건 각 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

행정소송의 수소법원이 관련 확정판결의 사실인정에 구속되는 것은 아니지만, 관련 확정판결에서 인정한 사실은 행정소송에서도 유력한 증거자료가 되므로, 행정소송에서 제출된 다른 증거들에 비추어 관련 확정판결의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한, 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없다(대법원 2016. 12. 29. 선고 2016두40016 판결, 대법원 2019. 7. 4. 선고 2018두66869 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 앞서 본 사실, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고와 ○○○○통신 사이에 ○○○○통신이 매년 ○○○○○○○으로부터 도급받은 이 사건 공사 전부를 원고가 총괄하여 수행하기로 내용의 일괄하도급 합의가 있었다고 봄이 타당하다.

① ○○○은 2002년부터 2012. 10.경까지 ○○○○통신의 대표이사로 재직하면서 2010년 초경 원고와 ○○○○통신의 실질적 사주인 ○○○ 사이에 ○○○ 무선사업부 운영에 관하여 어떠한 의사가 교환되었는지를 가장 가까이에서 알 수 있는 지위에 있었던 사람이다. ○○○은 관련 형사사건의 제1심에 증인으로 출석하여 일괄하도급 합의의 존재, 원고가 허위의 자료에 기하여 기성금을 청구한 경위 등에 관한 원고의 주장에 상당 부분 부합하는 증언을 하였다. 또한 ○○○이 2011. 5.경 주식회사 ○○○의 운영자인 ○○○에게 ‘원고가 하도급을 하는데 ○○○○통신으로부터 돈을 받는데 어려움이 있으니, 도와줄 수 있는 것이 있으면 도와달라’고 이야기한 사실, ○○○이 2015. 4. 10. 검찰주사보 ○○○에게 위 증언과 거의 동일한 내용의 진술을 한 점 등에 비추어 보면, ○○○의 위와 같은 증언은 신빙성이 있다.

② 원고 명의의 계좌 거래내역(○○○ 무선사업부 사무실과 창고의 임대차보증금 송금내역, ○○○ 무선사업부 소속 시설팀 직원들에게 퇴직금 명목의 돈과 명절 보너스 명목의 돈 송금내역, ○○○○통신에 원고로부터 공사대금을 지급받지 못하였다는 취지의 민원을 제기한 직원에 대한 합의금 송금내역) 등에 의하면, 원고는 ○○○ 무선사업부 운영 과정에서 개인의 돈으로 상당한 비용을 지출한 것으로 보인다. 원고가 단순히 ○○○○통신의 직원으로서 ○○○ 무선사업부를 관리·운영하였다면 위와 같은 비용을 스스로 부담할 이유가 없어 보인다.

③ ○○○은 관련 형사사건 제1심에서 ‘저희는 원고가 실행률보다 낮은 금액으로 공사를 했는지, 높은 금액으로 공사를 했는지 여부는 파악을 못합니다’, ‘저는 기성을 신청한 부분은 실행률 범위 내에서만 파악했기 때문에 이 사람이 허위의 사람인지, 허위의 계산서인지 그 당시에는 확인할 방법이 없습니다’라고 증언하였고, 관련 형사사건 항소심에 증인으로 출석하여 ‘(원고가) 실행률보다 낮은 금액으로 공사를 하였는지는 파악할 수 있는 것 아닌가요’라는 물음에 ‘공사 집행은 전적으로 원고가 했고, 제가 일일이 현장에 나가서 사람을 썼는지 파악한 적 없으니까 그것은 모르죠’라는 취지로 증언하였다(갑 3호증, 14쪽). ○○○의 위와 같은 증언 등을 감안하면, ○○○○통신은 원고의 ○○○ 무선사업부 운영에 직접적으로 관여한 부분이 없거나 관여하였더라도 극히 일부에 불과하였던 것으로 보인다.

④ 원고는 ○○○○통신의 관리부에서 각 사업부의 기성청구서를 검토하는 업무를 담당하는 실무자로서 회사자금을 집행하는 ○○○ 상무에게 2010년경부터 300만원씩을 수차례(적어도 5~6회) 지급하였는데, 이 돈은 원고가 ‘○○○ 무선사업부에서 본사에 청구하는 기성금이 원활하게 지급되도록 해 달라’는 취지에서 제공한 돈일 가능성이 높다.

⑤ 원고와 ○○○○통신 사이에 하도급계약서, 약정서 등 하도급계약 사실을 직접 확인할 수 있는 문서가 작성되어 있지는 않다. 그러나 ○○○○통신으로서는 ○○○○○○○ 등이 하도급을 금지하고 있는 상황에서 원고와 일괄하도급 합의를 한 사실이 외부에 알려질 경우 ○○○○○○○의 협력업체 지위를 상실할 위험이 있었기 때문에 하도급계약서 등의 처분문서를 작성을 피해야 할 필요가 있었을 것으로 보이는 점, ○○○○통신으로서는 ○○○○○○○ 등으로부터 도급받은 공사물량이 해마다 큰 차이가 나고, 장래의 매출규모를 예측하기도 어려우며, 공사량을 지속적으로 확보할 수 있을지도 불분명한 상황에서 고정비의 지출을 수반하는 직영방식보다 하도급방식을 택하는 것이 사업에 수반한 위험은 회피하면서 고정적인 이익을 확보할 수 있는 이점이 있는 점, ○○○○통신이 2013. 1.경 ○○○ 유선사업부의 ○○○와 사이에 구두로 일괄 하도급 계약을 체결하여 같은 해 4.경까지 하도급 관계를 유지하기도 하였던 점 등을 종합하여 보면, 원고와 ○○○○통신 사이에 하도급계약서 등의 처분문서가 작성되어 있지 않다는 이유만으로 원고와 ○○○○통신 사이에 일괄하도급 합의가 없었다고 보기 어렵고, 오히려 위와 같은 여러 사정을 감안하면 구두에 의한 일괄하도급 합의가 있었을 가능성이 충분하다.

나) 원고는, 관련 민사사건에서 일괄하도급 합의를 인정할 수 있다는 취지에서 무죄를 선고한 관련 형사판결과 상반되는 내용의 판단이 이루어졌다고 주장한다. 그러나 관련 민사사건에서의 쟁점은 원고가 ○○○○통신과 사이에 ○○○○통신이 매년 ○○○○○○○으로부터 도급받은 이 사건 공사 전부를 총괄하여 수행하기로 하는 내용의 일괄하도급 합의를 하였는지 여부 및 그 일괄하도급 합의가 이 사건 공사에 따른 매출액에 원고가 주장하는 실행률을 적용한 금액을 그 대금으로 정산하기로 하는 합의인지 여부였는데, 이와 관하여 관련 민사판결은 원고와 ○○○○통신 사이에 이 사건 공사에 따른 매출액에 원고가 주장하는 실행률을 적용한 금액을 그 대금으로 정산하기로 하는 합의가 있었다고 인정하기는 어렵다고 판단한 것이지 원고와 ○○○○통신 사이에 일괄하도급 합의가 없었다고 판단한 것이 아니다(오히려 관련 민사판결은 원고와 ○○○○통신 사이에 하도급 약정이 있었을 여지가 있고, ○○○○통신으로서는 직영방식보다 원고를 통한 하도급방식을 택하였을 가능성이 충분히 있다고 판단하였다).

다) 원고는 관련 민사사건과 관련 형사사건에서 모두 원고가 ○○○○통신의 직원이 아니라 ○○○○통신으로부터 ○○○○통신이 매년 ○○○○○○○으로부터 도급 받은 이 사건 공사 전부를 일괄하도급 받은 하도급업자임을 전제로 주장하였다. 원고가 ○○○○통신을 상대로 먼저 관련 민사사건의 소를 제기하였고, 관련 민사사건 제1심 계속 중에 ○○○○통신으로부터 고소를 당하여 관련 형사사건이 진행된 점을 고려하면, 원고의 위와 같은 주장이 단지 형사사건의 피고인 지위에서 소극적으로 방어권을 행사하는 차원에서 나온 주장이라고 보기도 어렵다.

라) 따라서 피고가 원고를 이 사건 공사의 하도급업자로 보고, 원고의 하도급 관련 매출인 2013년 제1기 공급가액 합계 2,920,253,598원을 과세표준으로 하여 원고에게 한 이 사건 각 부과처분은 적법하므로, 이와 다른 전제에서 나온 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지]

관계 법령

■ 법인세법

제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련 하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제67조(소득처분)

다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

■ 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제2조(납세의무자)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)

제13조(과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價). 끝.