주 문

1. 제1심판결 중 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2018. 8. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 ‘처분 목록’ 제1, 2항 기재 각 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분 중 각 ‘③정당한 세액’란 기재 각 해당 금액을 초과하는 부분(‘④취소하는 세액’ 부분과 같다)을 취소한다.

나. 원고의 나머지 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분 취소 청구를 모두 기각한다.

2. 원고와 피고의 같은 목록 제3항 기재 소득금액변동통지 부분에 관한 항소를 모두 기각한다.

3. 소송총비용 중 20%는 원고가 부담하고, 80%는 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2018. 8. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 ‘처분 목록’ 제1, 2항 기재 각 법인세부과처분 및 부가가치세 부과처분 중 각 ‘①원고가 취소를 구하는 세액’란 기재 부분을 모두 취소한다. 피고가 2018. 8. 1. 원고에 대하여 소득자를 ‘CCC, DDD, EEE, FFF’, 소득의 종류를 ‘상여’로 한 같은 목록 제3항 기재 소득금액변동통지 중 ‘①원고가 취소를 구하는 소득금액’란 기재 부분(위 각 부과처분 및 소득금액변동통지를 이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2018. 8. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 ‘처분 목록’ 제1, 2항 기재 각 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분 중 각 ‘②항소심 취소를 구하는 세액’란 기재 부분을 모두 취소한다. 피고가 2018. 8. 1. 원고에 대하여 소득자를 ‘CCC, DDD, EEE, FFF’, 소득의 종류를 ‘상여’로 한 같은 목록 제3항 기재 소득금액변동통지 중 ‘②항소심 취소를 구하는 소득금액’란 기재 부분을 모두 취소한다.

나. 피고

제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를

기각한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고와 피고의 각 주장과 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심

에서 제출된 증거들에다가 당심에서 제출된 증거들(갑 제23호증, 을 제33호증의 1 내지 제35호증의 14의 각 기재)을 보태어 다시 살펴보더라도, “① 피고가 제출한 증거들만으로는, 원고가 2013년부터 2017년까지 국내 재개발ㆍ재건축 사업의 수주를 위하여, 홍보대행업체를 내세워 직접 재개발ㆍ재건축 조합원들에게 속칭 ‘리베이트’ 내지 향응 등을 제공하였다고 인정하기에 부족하므로, 이 부분에 관한 각 법인세 및 부가가치세부과처분(각 가산세 포함)과 그 소득금액변동통지는 처분사유가 존재하지 않아 위법하고, ② 관련 형사판결에서 확인된 사실관계, 원고의 자체 감사결과, 과세관청 및 수사기관에서의 관련자 진술 내용 등에 의하면, 원고가 세무신고한 별지 2 <공사원가 쟁점표>(이하 ‘<공사원가 쟁점 표>’라 한다) 기재 15개의 국내ㆍ외 건설현장 중에서, ㉮ <공사원가 쟁점 표> 순번 2, 3 부분은, 원고의 임직원이나 현장소장, 그 밖의 종업원 등(이하 ‘임직원 등’이라 한다)이 공사계약을 부풀리거나 공사금액을 허위로 과다계상하는 등의 방법으로 원고의 공사원가를 계상한 경우로 볼 수 없으므로, 이를 이유로 한 법인세 및 부가가치세(각 가산세 포함) 부과처분과 그 소득금액변동통지는 모두 위법하고, ㉯ <공사원가 쟁점 표> 순번 1, 4, 6 내지 15 부분은, 원고의 임직원 등의 배임적 부정행위에 의한 것이기는 하나, 원고가 이들의 부정한 행위를 쉽게 인식하거나 예상할 수 없었던 특별한 사정이 있으므로, 이를 이유로 한 부정과소신고가산세(법인세 및 부가가치세 본세는 제외) 부과처분에 한하여 위법하며, 반면에 ③ 위 15개의 공사현장 중에서, ㉮ <공사원가 쟁점 표> 순번 1, 4, 6 내지 15 부분은, 원고의 임직원 등이 공사계약을 부풀리거나 공사금액을 허위로 과다계상하는 등의 방법으로 원고의 공사원가를 계상한 경우에 해당하므로, 이를 이유로 한 법인세 및 부가가치세(각 부정과소신고가산세 제외) 부과처분과 그 소득금액변동통지는 적법하고, ㉯ <공사원가 쟁점표> 순번 5 부분은, 원고의 임직원 등의 배임적 부정행위에 대하여 원고의 대표자가 보고를 받거나 그 보고를 묵인한 이상, 원고 본인의 부정행위가 있었던 경우에 해당하므로, 이를 이유로 한 부정과소신고가산세 부과처분(이에 관한 법인세 본세 부분은 원고가 취소를 구하지 않고 있다)은 적법하며, 원고가 제출한 증거들만으로는, 이와 같은 판단을 뒤집고 위 각 부분에 관한 법인세 및 부가가치세 부과처분, 소득금액변동통지가 위법하다는 점을 인정하기에 부족하다.”는 취지의 제1심 사실인정과 판단은 정당하다.

따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 원ㆍ피고가 거듭 강

조하거나 추가하는 주장에 대한 아래와 같은 당심 판단을 추가하고 일부 고쳐 쓰는 것을 제외하고는, 제1심판결의 이유 부분 기재(다만 아래에서 고쳐 쓰는 “제4의 다.항 취소의 범위 및 5. 결론” 부분은 제외)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가하거나 고쳐 쓰는 부분

가. 원고의 추가 주장에 대한 판단

1) 공사원가 과다계상 부분에 관한 손금 인정 여부

가) 원고의 주장

이 사건 각 처분 중 <공사원가 쟁점 표> 순번 1, 4, 6 내지 15 관련 부분은, 원고의 임직원 등이 공사계약을 부풀리거나 공사금액을 허위로 과다계상한 것이라는 점이 형사판결 등을 통해 충분히 확인되지 않았다. 설령 과다계상되었다고 하더라도, 이는 원고 임직원 등의 업무상 배임이나 배임수재 등 범죄행위에 의한 개인적 일탈행위이고, 원고는 오히려 재산상 손해를 본 경우에 불과하다. 게다가 원고는 각 공사계약에 따라 합의된 금액을 전부 거래상대방에게 지급하였다. 이러한 사정을 모두 감안하면, 위 각 해당 금액 부분은 법인세법 제19조 제1항에서 정한 원고의 ‘손금’으로 인정되어야 한다. 따라서 이 사건 각 처분 중, 피고가 이와 달리 그 손금을 인정하지 아니하고 세액을 계산하여서 한 법인세 부과처분 관련 부분은 모두 위법하다.

나) 판단

(1) 관계 법령 및 법리

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항은, “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.”라고 규정하고 있고, 제2항은 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정하고 있다.

여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이라 함은, 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되며, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수도 없다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

갑 제5호증의 2, 제9호증, 을 제3 내지 8, 제29호증의 1 내지 3, 제30, 제31호증의 1 내지 3의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 처분 중 <공사원가 쟁점 표> 순번 1, 4, 6 내지 15부분은 모두, 원고의 임직원 등이 공사계약을 부풀리거나 공사금액을 허위로 과다계상한 것으로, 그로 인한 원고의 각 공사원가 부분은 모두 가공 금액에 불과할 뿐이라고 할 것이다. 이러한 사정에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정이나 그 제출의 증거들만으로는, 위 각 공사원가 부분이 위 법인세법에서 규정하고 있는 손금에 해당한다고 인정하기에 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고가 주장하는 위 각 공사원가 부분은, 아래와 같이 모두 공사대금 허위증액,허위 계약 체결, 공사원가 과다계상으로 인한 금액이거나 허위로 부풀린 금액에 불과하다.

㉮ <공사원가 쟁점 표> 순번 1 관련

관련 형사 확정판결 등에 의하면, 원고의 영업담당 전무 GGG이 ○○○○○○ 동진 4공구 건설공사 하도급과 관련하여 HHHH 주식회사의 부정한 청탁을 받고 공사계약을 체결하면서 공사대금 5억 원을 증액한 사실을 알 수 있다.

㉯ <공사원가 쟁점 표> 순번 4 관련

원고의 현장소장이던 III가 ○○○○○ 남서 도로공사와 관련하여 현장 잡이익 유용, 하도급 업체로부터의 현금 수수, 하도급 허위 계약 등의 방법으로 공사원가 1,011,130,222원을 과다계상한 부분은, 비록 이에 관한 형사절차가 진행되어 유죄판결이 선고되지는 않았으나, 원고의 자체 감사결과 및 세무조사 과정에서의 III의 진술 등에 의하여 그 과다계상 사실을 알 수 있다.

㉰ <공사원가 쟁점 표> 순번 6 관련

관련 형사 확정판결 등에 의하면, 원고의 공사현장 담당 상무였던 JJJ이 ○○○ 7선석 공사와 관련하여 거푸집 제작비용 6억 8,000만 원을 10억 원으로 허위로 증액하여 그 차액 3억 2,000만 원을 공사원가로 과다계상한 사실을 알 수 있다.

㉱ <공사원가 쟁점 표> 순번 7 관련

원고의 토목개발 담당 상무인 KKK이 ○○○ 7선석 항만공사 중 준설공사에 관하여, 하청업체인 HHHH 주식회사에 하도급 공사계약금액을 3억 원 허위 증액하여 체결하였다가 다시 돌려받는 방식으로 비자금을 조성하였다는 부분은, 비록 이에 관한 형사절차가 진행되어 유죄판결이 선고되지는 않았으나, 세무조사 과정에서의 ***, *** 등의 각 진술에 의하여 그 허위 증액 사실을 알 수 있다.

㉲ <공사원가 쟁점 표> 순번 8 관련

관련 형사 확정판결 등에 의하면, 원고의 토목개발 담당 상무인 KKK이 ○○○ ○○○ 방파제 축조공사를 수주하기 위한 비자금을 마련하기 위해 HHHH 주식회사로부터 하도급공사를 맡겨 달라는 부정한 청탁을 받고 하도급금액을 3억 원 증액한 사실을 알 수 있다.

㉳ <공사원가 쟁점 표> 순번 9 내지 15 관련

원고의 토목사업 담당 상무였던 LLL가 ○○ ○○IC 공사 등과 관련하여 설계업체와 설계비를 부풀려 계약한 후 되돌려 받는 방법으로 공사비 합계 6억 원을 지급받았다는 부분은, 관련자인 MMM과 LLL의 수사기관에서의 진술에 의하여 공사비 합계 6억 원을 부풀린 사실을 알 수 있다.

② 비록 위 각 공사원가 부분은 원고 임직원 등의 위법행위 내지 범죄행위에 의한 것이고, 원고가 그 공사계약에 따른 공사대금을 거래상대방에게 그대로 지급한 것이기는 하다. 그러나 이와 같은 부풀린 공사계약 부분은 모두 허위의 가공 부분에 불과할 뿐, 원고가 실제로 부풀린 내용대로의 공사를 하여 그 대가로 공사대금을 지출한 것이 아니다. 위와 같이 위법행위 내지 범죄행위로 인하여 가공된 비용이 일반적으로 용인되는 통상적인 것이라거나 원고의 수익과 직접 관련된 것이라고 보기도 어렵다.

③ 위 각 공사원가 부분은, 원고의 임직원 등이 거래상대방과 공모하는 등으로 공사대금을 부풀린 계약을 통해 비용을 지출한 후 거래상대방으로부터 증액분을 돌려받거나 그와 관련하여 배임ㆍ횡령행위를 하는 등 위법한 방법으로 저질러진 것이다. 이와 같은 위법행위가 매개되어 하도급 공사가 진행되거나, 부풀린 공사대금 지급을통해 비자금이 조성되거나 ‘리베이트’ 지급이 자행되는 경우, 그로 인하여 하도급 거래질서를 해치고 공사의 부실화를 유발하여 결국 국민의 안전을 심각하게 위협할 우려가있다.

④ 이러한 비용에 대하여 손금산입을 하는 것은, 원고가 부정한 행위로 인한 이득을 그대로 취할 수 있도록 허용하는 것이 되고, 납세의무자의 임직원 등에 의해 발생한 위와 같은 ‘리베이트’ 비용이나 가공의 공사대금을 모두 손금산입할 경우, 과세관청이 그와 같은 ‘리베이트’ 등을 용인하는 결과에 이르게 된다.

⑤ 원고 주장과 같이, 임직원 등의 위법행위로 인하여 원고에게 손해가 발생하였다면, 원고는 임직원 등에 대하여 그에 해당하는 손해배상채권을 보유하게 되고, 손해배상채권을 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없게 되는 때에는 법인세법 제19조의2 제1항에서 정한 ‘대손금’에 해당함을 주장하여 손금으로 산입할 여지가 있다.

2) 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 가산세에 관하여 5년의 부과제척기간

적용 여부

가) 원고의 주장

구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제26조의2 제1항 제3호는 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 국세 부과의 제척기간을 5년으로 정하고 있다. 따라서 같은 법 제47조의3 제1항 제1, 2호에 따른 일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세, 같은 법 제47호의4 제1항에 따른 납부불성실가산세 등 가산세에 대하여는 같은 법 제26조의2 제1항 제1호의2에 해당하지 않는 이상, 본세에 10년의 부과제척기간을 적용할 수 있는 경우에도 본세와는 달리5년의 부과제척기간이 적용된다.

따라서 이 사건 각 처분 중 5년의 부과제척기간이 도과한 2010 ~ 2012 사업연도의 본세에 대한 가산세 부분은 모두 위법하여 취소되어야 한다.

나) 판단

(1) 관계 법령

이 부분과 관계된 법령의 구체적인 규정은 별지 3 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

(2) 구체적 판단

위 인정사실 및 인용증거들에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 법인세 및 부가가치세의 환급ㆍ공제에 관하여 사기나 그 밖의 부정한 행위가 인정되어 그 부과제척기간이 10년이 되었다면, 이를 기초로 하는 일반과소신고가산

세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세의 부과제척기간 역시 10년이라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

① 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호는 “국세는 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년의 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.”라고 장기부과제척기간을 규정하고 있다.

장기부과제척기간의 입법 취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 당해 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조).

② 구 국세기본법 제47조 제2항에서 “가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 ‘국세’의 세목으로 한다.”라고 규정하는 등, 가산세는 징수절차상의 편의를 위해 세법이 정하는 ‘국세’의 세목으로 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 행정상 제재의 일종이다(대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결 등 참조). 이와 같이 가산세도 ‘국세’의 세목에 해당하므로, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호는 가산세에도 적용된다고 볼 수 있다. 구 국세기본법에 제26조의2 제1항 제1호의 적용대상에서 가산세를 배제한다는 명시적인 규정은 없다.

③ 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정된 국세기본법은, 제26조의2 제1항 제1호의2에서 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 정하면서, “가. 소득세법 제81조 제3항 제4호, 나. 법인세법 제75조의8 제1항 제4호, 다. 부가가치세법제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항”을 규정하였다.

가산세의 종류에 따라서는 ㉮ 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세도 있으나, ㉯ 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등은 신고·납부할 본세의 납세의무가 인정되지 아니하는 경우에 이를 따로 부과할 수 없다(대법원 2018. 11. 29. 선고 2015두56120 판결 등 참조).

그런데 위 각 목에서 정하고 있는 가산세는 모두 ‘계산서 등의 작성이나 제출 불성

실 가산세’로 이는 ‘㉮ 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세’로 분류될 수 있다.

위와 같은 구 국세기본법의 체계, 본세와 가산세의 관계, 가산세의 종류, 장기부과제척기간에 관한 규정의 입법목적과 문언 내용 및 형식 등을 종합하면, 위 조항에서 각 목의 가산세에 장기부과제척기간을 따로 규정한 이유는, 본세액의 포탈 없는 자에 대하여 가산세가 부과되는 경우 10년의 부과제척기간을 적용하지 못하는 불균형을 해소하기 위하여 마련된 것으로 봄이 타당하다.

④ 즉, 구 국세기본법 제26조의2 제1항은 제1호의2에서 특정 가산세에 대한 장기부과제척기간을 규정한 것 외에는 모두 국세에 대한 부과제척기간을 규정하고 있어 위 규정상 ‘국세’에 가산세가 포함된다고 해석하는 것이 합리적이다.

⑤ 납세의무자의 사기나 그 밖의 부정한 행위가 인정됨에도 불구하고 본세만 부과제척기간이 10년으로 연장되고 이를 기초로 하는 가산세의 부과제척기간이 10년으로 연장되지 않는다고 보는 것은, 가산세의 부과 목적이나 그 종속성에 비추어 합리적이라고 하기 어렵고, 장기부과제척기간을 둔 입법 취지가 반감될 우려도 있다(대법원2021. 12. 30. 선고 2017두75415 판결은, 부정한 행위를 이유로 법인세와 동시에 부과된 부정과소신고가산세에 대하여, 법인세와 동일하게 10년의 부과제척기간 내에 이루어져서 적법하다는 취지로 판시하였고, 대법원 2021. 2. 18. 선고 2017두38959 전원합의체 판결도, 부정한 행위로 인한 부정과소신고가산세의 부과제척기간이 5년이 아닌 10년으로 연장된다는 취지로 판시하였다).

나. 피고의 추가 주장에 대한 판단

1) 피고의 주장(원고가 홍보대행업체를 내세워 조합원들에게 직접 위법한 재개발ㆍ

재건축 홍보수수료를 지급하였는지 여부)

피고는 당심에서, 2013년부터 2017년 사이에 조합원들에게 지출된 합계 12,485,735,137원의 위법비용의 산정 근거로, ○○○○○○○ 등 홍보업체들의 계정별원장 명세, 부가가치세 경정결의서, 범칙조사종결보고서 등(을 제33호증의 1 내지 을 제34호증)을 추가로 제출하면서, 원고가 개발·재건축 사업의 수주를 위하여, 홍보대행업체를 내세워 직접 조합원들에게 불법 향응을 제공하는 등 위법한 홍보수수료12,485,735,137원을 지급하였다는 취지로 주장한다.

2) 판단

그러나 피고가 제출한 모든 증거들을 보태어 보더라도, 홍보업체가 원고로부터 지급받은 홍보비 중 12,485,735,137원이, 원고가 홍보대행업체를 내세워 조합원들에게 직접 지급한 위법한 재개발ㆍ재건축 홍보수수료라고 인정하기에 부족하다.

설령 피고 주장과 같이 위법비용이 산정된다고 가정하더라도, 갑 제4, 5, 10 내지15, 19 내지 21호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는, ① 원고와 홍보업체와의 홍보용역계약 체결 방식과 내용, ② 홍보업체의 업무추진 방식과 내용, ③ 홍보업체의 실체 및 목적 등으로 알 수 있는 홍보업체의 독자성, ④ 원고의 홍보업체 활동 및 자금지출, 증빙내역 파기 등과 관련한 지시ㆍ감독 여부 등(위에서 인용한제1심 판결문 이유 중 제7면 제18행 내지 제13면 제8행 참조)에 비추어 보면, 이는 원고와는 별개의 권리의무주체인 홍보업체의 책임으로 귀속될 수는 있을지언정, 원고가 조합원들에게 위법비용을 지출한 것으로 보기는 어렵다.

따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

다. 고쳐 쓰는 부분

○ 제1심 판결문 이유 중 제4의 다.항 취소의 범위(제32면 제3행 ~ 제36면 제10행) 부분을 아래와 같이 수정한다.

다. 취소의 범위

1) 위법한 과세처분 및 소득금액변동통지

위에서 살핀 바와 같이 이 사건 각 처분은, 그중 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 법인세 및 부가가치세(각 가산세 부분 포함)와 그 소득금액변동통지 전부, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 2, 3과 관련된 법인세 및 부가가치세(각 가산세 부분 포함)와 그 소득금액변동통지 전부, ③ <공사원가 쟁점 표> 순번 1, 4, 6 내지 15와 관련된 부정과소신고가산세 부분(법인세 및 부가가치세 본세 부분 제외)에 한하여 위법하다.

2) 구체적 취소의 범위

이를 기초로 원고의 청구에 관하여 각 과세기간 및 세목별 정당한 세액 내지 소득금액과 취소되어야 할 부분을 구체적으로 산정하면, 별지 1 ‘처분 목록’ 중 각 ‘③정당한 세액 및 소득금액’을 초과하는 부분(‘④취소하는 세액 및 취소하는 소득금액’ 부분과 같다) 기재와 같고, 그 구체적인 근거는 아래와 같다(각 계산 내역 및 해당 금액은 원고에 대한 세무조사 후 경정청구, 수정신고, 불복, 피고의 환급결정 결과를 모두 감안하여 계산되었고, 그 계산 내역 및 수액에 관하여 당사자 사이에 다툼이 없다).

따라서 이 사건 각 처분은 위 인정범위 내에서 취소되어야 한다.

가) 법인세

(1) 2010 사업연도

이 부분 법인세 부과처분은 <공사원가 쟁점 표> 순번 5, 9 내지 11과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 ① <공사원가 쟁점 표> 순번 5 부분은 적법하고, ② 순번 9 내지11 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하다. 그렇다면 ① <공사원가 쟁점 표> 순번 5 부분에 관하여는 취소될 부분이 없고, ② 순번 9 내지 11에 관한 부정과소신고가산세에 해당하는 부분 중, 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호에서 정한 10%의 일반과소신고 가산세율을 초과하여 같은 항 제1호에서 정한 부정과소신고 가산세율 40%를 적용한 부분[=30%(40% - 10%), 이와 같이 30% 초과 적용된 세율을 이하부터는 ‘초과 가산세율(30%)’이라 한다]이 취소되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액을 계산하면 19,791,800원이 된다.

(2) 2012 사업연도(2011 사업연도 법인세 부과처분은, 원고가 그 취소를 구하고 있지 않다)

이 부분 법인세 부과처분은 <공사원가 쟁점 표> 순번 3, 5 내지 7과 관련이 있다.

앞서 본 바와 같이 ① <공사원가 쟁점 표> 순번 3 부분은 전부 위법하고, ② 순번 5부분(원고는 부정과소신고가산세 부분의 취소만 구하고 있다)은 적법하며, ③ 순번 6, 7 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하다. 그렇다면 ① <공사원가 쟁점 표> 순번 3에 관한 법인세(가산세 포함)는 그 전부가 취소되어야 하고, ② 순번 5 부분에 관하여는 취소될 부분이 없으며, ③ 순번 6, 7에 관하여는 부정과소신고가산세에 해당하는 부분 중 위와 같이 초과 가산세율(30%)에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액을 계산하면 95,326,869원이 된다.

(3) 2013 사업연도

이 부분 법인세 부과처분은 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분 및 <공사원가 쟁점 표> 순번 2 내지 5, 7, 8과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분은 전부 위법하고, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 2, 3 부분도 전부 위법하며, ③ 순번 5 부분(원고가 취소를 구하는 부정과소신고가산세 부분)은 적법하며, ④ 순번 4, 7, 8 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하다. 그렇다면 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 법인세(가산세 포함)는 그 전부가 취소되어야 하고, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 2, 3에 관한 법인세(가산세 포함)도 그 전부가 취소되어야 하며, ③ 순번 5 부분에 관하여는 취소될 부분이 없고, ④ 순번 4, 7, 8에 관하여는 부정과소신고가산세에 해당하는 부분 중 위와 같이 초과 가산세율(30%)에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액을 계산하면 647,834,981원이 된다(재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분은 앞서 본 바와 같은 수차례의 경정청구, 수정신고, 불복, 환급결정 등을 모두 감안하여 계산되었고, 그 계산 내역 및 수액에 관하여당사자 사이에 다툼이 없다. 이하 같다).

(4) 2014 사업연도

이 부분 법인세 부과처분은 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분 및 <공사원가 쟁점 표> 순번 3, 4, 8과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분은 전부 위법하고, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 3 부분도 전부 위법하며, ③ 순번 4, 8 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하다. 그렇다면 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 법인세(가산세 포함)는 그 전부가 취소되어야 하고, ②<공사원가 쟁점 표> 순번 3에 관한 법인세(가산세 포함)도 전부 취소되어야 하고, ③ 순번 4, 8에 관하여는 부정과소신고가산세에 해당하는 부분 중 위와 같이 초과 가산세율(30%)에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액을 계산하면 1,447,095,319원이 된다.

(5) 2015 사업연도

이 부분 법인세 부과처분은 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분 및 <공사원가 쟁점 표> 순번 8과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분은 전부 위법하고, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 8 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하다. 그렇다면 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분에 관한 법인세(가산세 포함)는 전부 취소되어야 하고, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 8에 관하여는 부정과소신고가산세에 해당하는 부분 중 위와 같이 초과 가산세율(30%)에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액을 계산하면 868,753,824원이 된다.

(6) 2016 사업연도

이 부분 법인세 부과처분은 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분 및 <공사원가 쟁점 표> 순번 8과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분은 전부 위법하고, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 8 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하다. 그렇다면 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분에 관한 법인세(가산세 포함)는 전부 취소되어야 하고, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 8에 관하여는 부정과소신고가산세에 해당하는 부분 중 위와 같이 초과 가산세율(30%)에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액은 존재하지 않는다.

(7) 2017 사업연도

이 부분 법인세 부과처분은 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분은 전부 위법하다. 그렇다면 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분에 관한 법인세(가산세 포함)는 전부 취소

되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액을 계산하면 34,874,086원이 된다.

나) 부가가치세

(1) 2010년 1, 2기

이 부분 부가가치세 부과처분은 <공사원가 쟁점 표> 순번 9 내지 11과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 위 각 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하므로, 이에 대하여는 위와 같이 초과 가산세율(30%)에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이를 계산하면 취소되는 부정과소신고가산세 부분은 2010년 1기 3,000,000원[=본세10,000,000원 × (40% - 10%)], 2기 6,000,000원[=본세 10,000,000원 × (40% - 10%)] 이 된다.

(2) 2011년 1, 2기

이 부분 부가가치세 부과처분은 <공사원가 쟁점 표> 순번 1, 12 내지 15와 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 위 각 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하므로, 이에 대하여는 위와 같이 초과 가산세율에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이를 계산하면 취소되는 부정과소신고가산세 부분은 2011년 1기 6,291,803원[=본세 20,972,677원× (40% - 10%), 원 미만 버림. 이하 같다], 2기 17,708,196원[=본세 59,027,322원 ×(40% - 10%)]이 된다.

(3) 2012년 2기(원고는 2012년 1기에 관하여는 부가가치세 부과처분의 취소를 구하고 있지 않다)

이 부분 부가가치세 부과처분은 <공사원가 쟁점 표> 순번 3, 6, 7과 관련이 있다.앞서 본 바와 같이 ① <공사원가 쟁점 표> 순번 3 부분은 전부 위법하고, ② 순번

6, 7 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하다. 그렇다면 ① <공사원가 쟁점 표>순번 3에 관한 부분은 모두 취소되어야 하고, ② 순번 6, 7에 관하여는 부정과소신고가산세에 해당하는 부분 중 위와 같이 초과 가산세율(30%)에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액을 계산하면 91,882,517원이 된다.

(4) 2013년 1, 2기

이 부분 부가가치세 부과처분은 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분 및 <공사원가 쟁점 표> 순번 2, 3, 7, 8과 관련이 있다.

앞서 본 바와 같이 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분은 전부 위법하고, ②

<공사원가 쟁점 표> 순번 2, 3 부분도 전부 위법하며, ③ 순번 7, 8 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하다. 그렇다면, ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부가가치세(가산세 포함)는 그 전부가 취소되어야 하고, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 2, 3에 관한 부가가치세(가산세 포함)부분도 그 전부가 취소되어야 하며, ③ 순번 7, 8에 관하여 는 부정과소신고가산세에 해당하는 부분 중 위와 같이 초과 가산세율(30%)에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액을 계산하면 2013년 1기 217,959,975원, 2013년 2기 375,293,206원이 된다.

(5) 2014년 1, 2기, 2015년 1, 2기 및 2016년 1기

이 부분 대한 부가가치세 부과처분은 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련부분 및 ② <공사원가 쟁점 표> 순번 8과 관련이 있다.

앞서 본 바와 같이 ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분은 전부 위법하고, ②

<공사원가 쟁점 표> 순번 8 부분은 부정과소신고가산세에 한하여 위법하다. 그렇다면, ① 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부가가치세(가산세 포함)는 그 전부가 취소되어야 하고, ② <공사원가 쟁점 표> 순번 8에 관하여는 부정과소신고가산세에 해당하는 부분 중 위와 같이 초과 가산세율(30%)에 해당하는 부분이 취소되어야 하는데, 이에 따른 최종 취소액을 각각 계산하면 2014년 1기 185,700,463원, 2014년 2기 572,460,769원, 2015년 1기 217,196,054원, 2015년 2기 242,814,281원, 2016년 1기 151,769,715원이 된다.

(6) 2016년 2기 및 2017년 1, 2기

이 부분 부가가치세 부과처분은 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부분과 관련이 있다. 앞서 본 바와 같이 재개발ㆍ재건축 홍보수수료 관련 부가가치세 부과처분 (가산세 포함)은 모두 위법하고, 이를 계산하면 2016년 2기 356,712,000원, 2017년 1기 106,135,450원, 2017년 2기 40,169,660원이 된다.

다) 소득금액변동통지

(1) 2010, 2011 귀속연도 CCC에 대한 각 3억 원의 소득금액변동통지 및 2012 귀속연도 CCC, DDD에 대한 각 8,500만 원의 소득금액변동통지

이 부분은 <공사원가 쟁점 표> 순번 9 내지 11과 관련이 있고, 2011 귀속연도 CCC에 대한 3억 원의 소득금액변동통지는 <공사원가 쟁점 표> 12 내지 15와 관련이 있으며, 2012 귀속연도 CCC, DDD에 대한 각 8,500만 원의 소득금액변동통지는 <공사원가 쟁점 표> 6과 관련이 있다.

앞서 본 바와 같이 <공사원가 쟁점 표> 순번 6, 9 내지 15에 관하여 법인세와 부가가치세 본세에 대한 부분은 적법하고, 이에 대하여 부정과소신고가산세를 부과한 것만 위법하므로, 2010, 2011, 2012 귀속연도 CCC, DDD에 대한 각 소득금액변동통지 또한 적법하여 취소될 부분이 없다.

(2) 2013 귀속연도 CCC, DDD에 대한 각 7,500만 원의 소득금액변동통지

이 부분은 <공사원가 쟁점 표> 순번 2와 관련이 있다.

앞서 본 바와 같이 <공사원가 쟁점 표> 순번 2와 관련된 과세처분은 전부 위법하므로, 2013 귀속연도 CCC, DDD에 대한 각 7,500만 원의 소득금액변동통지는 취소되어야 한다.

(3) 2013 내지 2016 귀속연도 CCC, DDD, EEE, FFF에 대한 합계 4,741,195,199원의 소득금액변동통지

이 부분은 재개발ㆍ재건축 홍보수수료와 관련된 상여처분에 해당한다.

앞서 본 바와 같이 재개발ㆍ재건축 홍보수수료와 관련된 과세처분은 모두 위법하므로, 이들에 대한 소득금액변동통지는 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나

머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결 중 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분 취소 청구에 관한 부분은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 이 부분 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하고(제1심에서 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없다는 이유로, 그 전부를 취소한 법인세 부과처분 및 부가가치세 부과처분에 한하여 전부 취소를 일부 취소로 변경한다),

제1심판결 중 소득금액변동통지 취소 청구에 관한 부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 이에 관한 원고와 피고의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.