주 문

1. 피고가 2020. 9. 24. 원고에게 한 2015년 1기 부가가치세 20,174,080원의 경정청구 각하처분 중 12,270,673원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 9. 24. 원고에게 한 2015년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세 합계 72,040,800원의 경정청구 각하처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 건설폐기물 처리업 등을 목적으로 1999. 11. 9. 설립된 주식회사이다.

나. 피고는 2019. 2. 19.부터 2019. 4. 5.까지 원고에 대한 2014 내지 2017 사업연도 법인세 부분조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라고 한다)를 실시하여 원고가 그의 실질적 경영자인 사내이사 CCC 명의의 농협계좌(이하 ‘이 사건 계좌’라고 한다)를 통해 합계 546,569,000원의 매출을 누락하였다고 보아 2019. 4. 15. 원고에게 2014 내지 2017 사업연도 귀속 법인세 합계 115,572,100원을 과세하겠다는 내용의 세무조사 결과 통지를 하였다. 이에 원고는 2019. 5. 20. 피고에게 이 사건 계좌에 입금된 돈 중에는 차용금, CCC의 계모임 회비, CCC가 운영하는 사찰인 DDDD에 출연된 기부금 등이 포함되어 있다는 이유로 위 세무조사 결과에 대한 과세전적부심사를 청구하였으나(이하 ‘이 사건 과세전적부심사 청구’라고 하고, 위 청구로 실시된 과세전적부심사를 ‘이 사건 과세전적부심사’라고 한다), 피고는 2019. 6. 18. 불채택 결정을 하였다.

다. 피고는 2019. 7. 2. 원고에게 아래 표 기재와 같이 2014 내지 2017 사업연도 귀속 법인세 합계 116,156,200원을 부과하고, 위 나항 기재 매출액 546,569,000원을 대표자 상여로 소득처분하여 원고에게 위 소득처분에 따른 소득금액변동통지를 하였다.

라. 원고는 피고에게 아래 표 기재와 같이 위 다항 기재 매출액에 관하여 2014년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세 과세표준 및 세액 수정신고를 하고, 위 다항 기재 소득금액변동통지에 따라 2014년 내지 2017년 귀속 근로소득세 원천징수세액을 신고하였으나, 위 각 신고세액을 납부하지 아니하였다. 이에 피고는 원고에게, 2019. 7. 16. 2014년 1기 부가가치세 11,952,790원의 납부를 고지하고, 2019. 10. 2. 2014년 내지2017년 귀속 근로소득세 원천징수세액 222,057,370원의 납부를 고지하였다.

마. 원고는 2019. 10. 21. 조세심판원에 ① 피고가 2019. 7. 2. 원고에게 한 2014 내지 2017 사업연도 귀속 법인세 합계 116,156,200원의 부과처분 및 546,569,000원의 소득금액변동통지, ② 2019. 7. 16. 원고에게 한 2014년 1기 부가가치세 11,952,790원의 납부고지, ③ 2019. 10. 2. 원고에게 한 2014년 내지 2017년 귀속 근로소득세 원천징수액 222,057,370원의 납부고지의 취소를 구하는 심판을 청구하였다(이하 ‘이 사건 선행 조세심판 청구’라고 한다).

바. 조세심판원은 2020. 5. 29. ① 피고가 2019. 7. 2. 원고에게 한 2014 내지 2017 사업연도 귀속 법인세 합계 116,156,200원의 부과처분 및 546,569,000원의 소득금액변동통지 취소 청구는 심판청구기간을 도과하였다는 이유로 각하하고, ② 피고가 2019. 7. 16. 원고에게 한 2014년 1기 부가가치세 11,952,790원의 납부고지 취소 청구는 위 납부고지에 처분성이 없다는 이유로 각하하며, ③ 피고가 2019. 10. 2. 원고에게 한 2014년 내지 2017년 귀속 근로소득세 원천징수세액 222,057,370원의 납부고지 취소 청구는 기각하였다.

사. 원고는 2020. 7. 27. 피고에게, ① ㉮ 이 사건 계좌에 2015. 3. 26. 입금된 50,000,000원은 CCC가 EEE으로부터 차용한 돈이고, ② ㉯ 이 사건 계좌에 2017. 8. 24. 입금된 20,000,000원은 CCC가 FFF으로부터 차용한 돈이며, ㉰ 이 사건 계좌에 GGG 외 12명(이하 ‘GGG 등’이라고 한다) 명의로 입금된 합계 36,806,000원 역시 CCC가 차용한 돈이므로 피고가 위 각 돈을 원고의 매출액으로 본 것은 부당하고, ③ 그 밖에 이 사건 계좌에 입금된 돈 중 현금으로 입금되거나 계좌 거래내역 상 입금자 명의가 기재되지 않은 금액은 CCC가 DDDD에서 받은 기부금이므로 위 각 돈을 원고의 매출액으로 본 것은 부당하다는 이유로 원고가 2019. 7. 16. 수정신고한 2015년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정을 청구하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라고 한다).

아. 피고는 2020. 9. 24. 원고에게 이 사건 과세전적부심사 청구 및 조세심판 청구와 동일한 쟁점에 대한 경정청구로서 부적법하다는 이유로 이 사건 경정청구를 각하하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

자. 원고는 2020. 12. 18. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 조세심판을 청구하였다(이하 ‘이 사건 조세심판 청구’라고 하고, 위 청구로 개시된 조세심판 절차를 ‘이 사건 조세심판 절차’라고 한다). 조세심판원은 2021. 10. 14. 이 사건 경정청구는 동일한 원인을 이유로 하는 경정청구로서 부적법하다는 피고의 주장을 배척하여 적법한 청구라고 판단하고, 이 사건 경정청구의 당부에 관하여는 원고가 주장하는 차용금의 대여자에 대한 조사, 원고가 제출한 기부금 노트에 기재된 기부자의 인적사항 및 기부금액을 이 사건 계좌 거래내역과 대조·조사하여 원고 주장의 당부를 확인하는 것이 타당하다는 이유로 “이 사건 처분은 이 사건 계좌로 2015. 3. 26. EEE이 입금한 50,000,000원, 2017. 8. 24. FFF이 입금한 20,000,000원, GGG 등이 입금한 36,806,000원이 각각 차입금인지 여부, 이 사건 계좌 적요 란에 CD현금 및 현금으로 입금된 것으로 기재된 금액 중 피고가 매출누락으로 본 것이 사찰기부금에 해당하는지 여부를 재조사하여 신고한 과세표준 및 세액을 경정한다.”는 내용의 재조사 결정을 하였다(이하 ’이 사건 재조사 결정‘이라고 한다).

차. 피고는 이 사건 재조사 결정에 따라 2021. 10. 14.부터 2022. 2. 13.까지 DDDD에 대한 현장 조사, 원고가 제출한 각 차용증, 이 사건 계좌 거래내역 조사 등을 실시한 후 ① 이 사건 계좌로 2015. 3. 26. 입금된 50,000,000원, 2017. 8. 24. 입금된 20,000,000원은 수표로 입금되었으나 위 각 수표의 발행인이 확인되지 아니하고, EEE, FFF은 이 사건 과세전적부심사 당시 CCC에게 자금을 대여할 때 대체로 계좌이체를 하였고 계좌이체 하지 않은 것은 현금으로 지급하였다고 진술한 점, ② GGG 등이 입금한 36,806,000원에 대해서는 원고에게 소명 기회를 부여하였음에도 위 돈이 차입금임을 증빙할 만한 자료를 제출하지 않은 점, ③ 이 사건 계좌에 입금된 돈 중 계좌 거래내역에 입금자 명의가 나타나지 않는 금액이 DDDD에 대한 기부금이라는 주장에 대해서는 당초 세무조사시 CCC가 작성한 기부금 노트를 기초로 DDDD의 행사일 전후 일정 기간 내에 이 사건 계좌에 입금된 현금을 원고의 매출누락액에서 제외하였고, DDDD 및 DDDD에 설치된 불전함의 규모에 비추어 원고가 주장하는 금액 291,000,000원이 기부금이라고 보기는 어려운 점을 들어 2022. 2. 16. 원고에게 이 사건 처분을 유지한다는 통지를 하였다(이하 ’이 사건 처분결과 통지‘라고 하고, 위 통지가 기재된 문서를 ’이 사건 처분결과 통지서‘라고 한다).

카. 원고는 2022. 5. 16. 이 법원에 이 사건 처분결과 통지는 이 사건 재조사 결정의 기속력에 위반되어 위법하다는 이유로 이 사건 처분결과 통지의 취소를 구하는 소를 제기하였다가 2023. 5. 11. 이 법원에 이 사건 계좌로 2015. 3. 26. 입금된 50,000,000원, 2017. 8. 24. 입금된 20,000,000원은 CCC가 차용하여 입금한 것이고, 피고가 위 각 돈을 원고의 매출액으로 보아 이 사건 경정청구를 각하한 것은 위법하다는 이유로 청구취지를 이 사건 처분의 취소를 구하는 것으로 변경하는 내용의 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 제출하였다.

[인정 근거] 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 5, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호포함), 기록상 분명한 사실, 변론 전체의 취지

2. 청구취지 및 청구원인 변경신청의 적법 여부에 대한 판단

가. 피고 주장의 요지

피고가 이 사건 처분을 한 날은 2020. 9. 24.이고 이 사건 처분결과 통지를 한 날은 2022. 2. 16.이다. 이 사건 처분과 이 사건 처분결과 통지는 서로 성격이 다른 별개의 독립된 처분이다. 따라서 원고가 2023. 5. 11. 한 청구취지 및 청구원인 변경신청은 청구 기초의 변경을 초래하는 것이어서 부적법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 제1항 기재와 같다.

다. 판단

1) 행정소송의 원고는 행정소송법 제8조 제2항에 의하여 준용되는 민사소송법 제262조에 따라 소송절차를 현저히 지연시키는 경우가 아닌 한 청구의 기초에 변경이 없는 한도에서 청구의 취지 또는 원인을 변경할 수 있다(대법원 1999. 11. 26. 선고 99두9407 판결 참조). 동일한 생활사실 또는 동일한 경제적 이익에 관한 분쟁에 있어서 그 해결 방법에 차이가 있음에 불과한 청구취지 및 청구원인의 변경은 청구의 기초에 변경이 없다고 할 것이며, 또 새로운 청구의 심리를 위하여 종전의 소송자료를 대부분 이용할 수 있는 경우에는 소송절차를 지연케 함이 현저하다고 할 수 없다(대법원 1998. 4. 24. 선고 97다44416 판결 등 참조).

2) 위 법리에 비추어 살피건대, 관계 법령의 규정 및 개정 경과, 앞서 인정한 사실 및 그로부터 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 2023. 5. 11. 한 청구취지 및 청구원인 변경신청은 청구의 기초를 변경하는 것이라고 볼 수 없고, 위 청구취지 및 청구원인 변경신청을 허가하더라도 소송절차를 현저히 지연시킨다고 볼 수 없다. 따라서 원고가 2023. 5. 11. 한 청구취지 및 청구원인 변경신청은 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제262조에 의하여 허용된다. 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 심판청구에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관해서 처분청의 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하고, 처분청의 후속 처분에 따라 그 내용이 보완됨으로써 결정으로서 효력이 발생한다(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결, 대법원 2016. 9. 28. 선고 2016두39382 판결 등 참조). 한편 2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되어 2017. 1. 1.부터 시행된 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국세기본법‘이라고 한다)은 ① 제65조 제1항 제3호 단서에서 ’취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.‘고 규정하여 실무상 변형결정으로 행해지고 있던 재조사 결정의 근거를 명문화하고, ② 제55조 제5항 단서에서 재조사 결정에 따른 후속 처분 통지에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 있도록 규정하면서, ③ 제56조 제2항 단서, 제4항에서 ㉮ 후속 처분 통지에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 거치지 아니하고 그 통지를 받은 날부터 90일 이내(제65조 제4항 제1호 본문) 또는 ㉯ 후속 처분 통지에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 거쳐 그에 대한 재결의 통지를 받은 날부터 90일 이내(제56조 제4항 제2호 본문) 행정소송을 제기할 수 있도록 규정하며, 같은 법 제81조(현행 국세기본법 제81조의 2)에서 조세심판 청구에 관하여 제65조를 준용하도록 규정하였다.

나) 아래와 같은 이유로 이 사건 처분결과 통지는 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다고 볼 수 없다.

(1) 이 사건 처분결과 통지는 이 사건 재조사 결정에 따른 재조사 결과 원고가 2019. 7. 16. 피고에게 수정신고한 2015년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세 과세표준 및 세액을 그대로 유지하겠다는 사실 또는 관념의 통지로서, 과세표준과 세액의 변동을 수반하지 않고 원고의 권리·의무에도 직접 영향을 미치지 아니한다. 납세의무자로서는 재조사 결과에 따른 후속 처분으로 당초 신고하거나 결정된 과세표준 및 세액을 변경하는 감액 경정이 이루어지는 경우에는 경정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분에 대하여 항고소송을 제기할 수 있고, 이 사건 처분결과 통지와 같이 원처분을 유지하는 경우에는 원처분이 재조사 결정의 기속력에 위반되는지 여부를 포함하여 원 처분 자체의 위법 여부를 다툴 수 있으므로, 원처분을 유지하는 내용의 후속 처분 통지가 원처분과 별도로 항고소송의 대상이 된다고 해석하여야 할 합리적인 이유도 없다.

(2) 구 국세기본법 제65조 제5항 제1문은 ’제1항 제3호 단서에 따른 재조사

결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다.‘고 규정하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 당초의 처분을 유지한다는 내용의 후속 처분 통지에 처분성이 있다고 보기 어려운 이상 그와 같은 내용의 후속 처분 통지가 구 국세기본법 제65조 제5항 제1문을 근거로 이루어지더라도 그 성질이 변경된다고 볼 수 없다. 2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정된 현행 국세기본법 제65조 제6항, 제7항, 2023. 2. 28. 대통령령 제33276호로 개정된 현행 국세기본법 시행령 제52조의 3 제2항은 ’심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 당초의 처분을 유지할 필요가 있는 경우(제1호), 심사청구인의 주장에 대한 사실관계를 확인할 수 없는 경우(제2호) 해당 심사청구의 대상이 된 당초의 처분을 취소·경정하지 아니할 수 있다.‘는 규정을 명문화하였고, 국세기본법 제65조 제7항, 같은 법 시행령 제52조의 3 제1항 후문은 ”국세기본법 제65조 제6항에 따라 당초의 처분을 취소·경정하지 않았을 때에는 그 ’사실‘을 지체 없이 서면으로 심사청구인 또는 심판청구인에게 통지하여야 한다.“고 규정하여 재조사 결정에 따른 후속 처분 통지 중 당초의 처분을 유지한다는 내용의 통지는 사실의 통지에 해당한다는 점을 분명히 하였다.

(3) 구 국세기본법 제55조 제5항, 제56조 제2항, 제4항은 재조사 결정에 따른 후속 처분이 있는 경우 심사청구 또는 심판청구, 행정소송의 대상을 ’재조사 결정에 따른 처분청의 처분‘이라고 표현하고 있으나, 위 각 규정은 재조사 결정에 따른 후속 처분에 의하여 비로소 불복의 대상과 범위가 구체적으로 특정되는 점을 고려하여, 후속 처분이 이루어진 후에 이를 다툴 수 있는 불복절차를 마련함으로써 제소기간 등에 있어서 납세의무자를 보다 두텁게 보호하기 위해 마련된 규정일 뿐이고, 후속 처분 자체의 법적 성질이나 그 구체적인 내용과 무관하게 후속 처분의 처분성이 인정됨을 전제로 한 규정이라고 볼 수 없다.

다) 앞서 본 이 사건 조세심판 청구의 경위와 원고가 2023. 2. 2. 이 사건 제1차 변론기일 및 2023. 3. 23. 이 사건 제2차 변론기일에서 이 사건 소장 및 2023. 3. 21.자 준비서면을 진술함으로써 한 주장의 내용, 즉 ① 원고는 이 사건 계좌에 입금된 돈 일부가 원고의 매출액이 아니라는 이유로 이 사건 경정청구를 하였던 점, ② 이 사건 처분은 위 경정청구를 각하함으로써 위 경정청구를 거부하는 내용인 점, ③ 이 사건 조세심판 청구는 이 사건 처분의 취소 또는 경정을 구한 것으로, 결국 이 사건 경정청구의 취지에 따른 2015년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정을 구하는 내용인 점, ④ 이 사건 처분결과 통지는 원고가 이 사건 경정청구 사유로 내세운 주장의 당부에 관한 피고의 재조사 결과 이 사건 처분을 유지한다는 내용인 점, ⑤ 원고가 이 사건 처분결과 통지를 실효시킴으로써 달성하고자 한 법률효과도 이 사건 경정청구의 취지에 따른 2015년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정이었던 점, ⑥ 이 사건 조세심판 절차는 이 사건 처분을 대상으로 하는 항고소송의 전심절차인 점을 고려하면, 원고가 당초 이 사건 소로써 불복한 처분은 이 사건 처분이고, 이 사건 소장 청구취지 란에 ’이 사건 처분결과 통지의 취소를 구한다.‘고 기재한 것은 취소를 구하는 대상을 잘못 표시한 것이라고 봄이 타당하다.

라) 원고는 이 사건 소제기 당시부터 이 사건 재조사 결정 자체는 적법하다는 전제에서 이 사건 처분결과 통지가 이 사건 재조사 결정의 기속력에 위반된다고 주장하였는바, 원고가 당초 이 사건 처분에 대한 재결을 항고소송의 대상으로 삼았다고 보기도 어렵다.

마) 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분결과 통지는 원고가 이 사건 경정청구 사유로 내세운 주장의 당부에 관한 피고의 재조사 결과와 그에 따른 피고의 판단을 표시한 것으로, 원고가 주장하는 이 사건 처분의 위법사유, 즉 이 사건 계좌에 입금된 금원 중 일부가 원고의 매출액인지 여부와 동일한 사실관계에 관한 것이고, 이 사건 처분이 취소됨으로써 원고가 얻을 수 있는 경제적 이익도 원고가 이 사건 처분결과 통지를 다툼으로써 얻고자 하였던 2015년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세 납부의무의 경감이라는 점에서 동일하며, 이 사건 처분의 취소 청구 심리를 위하여 종전의 소송자료를 대부분 이용할 수 있으므로 소송절차를 현저하게 지연시킨다고 볼 수도 없다.

[나아가 직권으로 이 사건 청구취지 및 청구원인 변경신청에 따라 변경된 소의 제소기간 준수 여부에 관하여 살펴본다. 청구취지를 변경하여 구 소가 취하되고 새로운 소가 제기된 것으로 변경되었을 때에 새로운 소에 대한 제소기간의 준수 등은 원칙적으로 소의 변경이 있은 때를 기준으로 하여야 한다. 그러나 착오로 기재하거나 불명확한 청구취지 또는 청구원인을 정정하는 경우는 이를 소의 변경이라고 할 수 없어 당초의 소 제기 시를 기준으로 제소기간 준수 여부를 판단하여야 하고, 변경 전 청구에 변경 후의 청구가 포함되었다고 볼 수 있는 경우나(대법원 2018. 11. 15. 선고 2016두48737판결 참조), 선행 처분과 후행 처분 사이에 밀접한 관련성이 있고 선행 처분에 존재한다고 주장되는 위법사유가 후행 처분에도 마찬가지로 존재할 수 있는 관계인 경우(대법원 2019. 7. 4. 선고 2018두58431 판결 참조)에도 당초의 소 제기 시를 기준으로 제소기간 준수 여부를 판단하여야 한다. 위 법리에 ① 앞서 본 바와 같이 원고가 당초 이 사건 소로써 불복한 처분은 이 사건 처분이고, 원고가 이 사건 소장에 취소의 대상을 ’이 사건 처분결과 통지‘로 기재한 것은 취소를 구하는 대상을 잘못 표시한 것에 불과하다고 보이는 점, ② 구 국세기본법 제55조 제5항, 제56조 제2항, 제4항은 재조사 결정에 따른 후속 처분이 이루어진 후에도 납세의무자가 제소기간에 있어 불이익을 받지 않도록 후속 처분의 통지일을 제소기간의 기산점으로 삼도록 규정하면서도 심사청구, 심판청구 또는 행정소송의 대상을 ’재조사 결정에 따른 처분청의 처분‘이라고 표현하고 있어 납세의무자로서는 원처분을 유지하는 후속 처분 통지에 대해서도 후속 처분 통지를 불복의 대상으로 삼아야 한다는 착오를 일으킬 여지가 있는 점, ③ 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 청구취지 및 청구원인 변경신청 전에 취소를 구한 이 사건 처분결과 통지는 원고가 이 사건 경정청구 사유로 내세운 주장의 당부에 관한 피고의 판단을 내용으로 하는 것이고, 이 사건 청구취지 및 청구원인 변경신청으로써 취소를 구하는 이 사건 처분은 이 사건 경정청구를 거부하는 것으로, 이 사건 처분결과 통지의 취소를 구하는 변경 전 청구에 이 사건 처분의 취소를 구하는 청구가 포함되어 있거나 이 사건 처분결과 통지와 이 사건 처분 사이에 밀접한 관련성이 있고 이 사건 처분결과 통지에 존재한다고 주장되는 위법사유가 이 사건 처분에도 마찬가지로 존재할 수 있는 점에 비추어 보면, 이 사건 청구취지 및 청구원인 변경신청에 따라 변경된 소의 제소기간은 당초의 소가 제기된 2022. 5. 16.을 기준으로 판단함이 타당하다. 나아가 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의 신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산되는데(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결, 구 국세기본법 제81조, 제56조 제2항, 제4항 제1호 참조), 갑 제3호증(우편물배달증명서)의 기재에 의하면, 원고가 이 사건 처분결과 통지서를 2022. 2. 18. 수령한 사실이 인정된다. 원고가 이 사건 소를 제기한 2022. 5. 16.이 이 사건 처분결과 통지를 받은 2022. 2. 18.부터 90일 이내임은 역수상 분명하므로, 이 사건 청구취지 및 청구원인 변경신청에 따라 변경된 소는 제소기간을 준수하였다고 인정된다].

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 계좌에 2015. 3. 26. 입금된 50,000,000원은 CCC가 EEE으로부터 차용한 돈이다.

2) 이 사건 계좌에 2017. 8. 24. 입금된 20,000,000원은 CCC가 HH자산개발 주식회사(이하 ’HH자산개발‘이라고 한다)의 대표이사 JJJ로부터 차용한 돈이다. 원고는 이 사건 세무조사 당시 위 돈을 FFF으로부터 차용하였다고 착오하였을 뿐이다.

3) 이 사건 계좌 거래내역 상 CD현금 및 현금 입금 내역은 CCC가 DDDD를 운영하면서 기부금으로 받은 돈을 입금한 것이다.

4) 피고가 위 1) 내지 3)항 기재 각 돈이 원고의 매출액이라는 전제에서 이 사건 경정청구를 거부한 것은 처분사유가 존재하지 않거나 이 사건 재조사 결정의 기속력에 위반되어 위법하다(원고는 2023. 7. 13. 이 사건 제4차 변론기일에서 이 사건 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 진술함으로써 이 사건 처분의 위법사유에 관한 주장 중 이 사건 계좌에 GGG 등 명의로 입금된 36,806,000원이 원고의 매출액에 해당하지 않는다는 부분을 철회하였으나, 그에 따라 청구취지를 변경하지는 않았다).

나. 관계 법령

별지 관계 법령 제2항 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다. 그렇지만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2016. 6. 10. 선고 2015두 60341 판결 등 참조).

2) 이 사건 계좌에 2015. 3. 26. 입금된 50,000,000원에 관하여

가) 살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제4, 5호증, 을 제6호증의 1의 각 기재 및 영상, 이 법원의 KK농업협동조합에 대한 금융거래정보 제출명령 결과에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, ① CCC가 2015. 3. 26. EEE으로부터 50,000,000원을 차용하고 위 금액을 영수하였다는 내용의 차용증(이하 ’이 사건 2015. 3. 26. 자 차용증‘이라고 한다)을 작성한 사실, ② EEE이 2015. 3. 26. KK농업협동조합으로부터 액면금액 50,000,000원, 수표번호 바가00000000인 자기앞수표(이하 ’이 사건 2015. 3. 26. 자 자기앞수표‘라고 한다)를 발행받은 사실, ③ 이 사건 계좌에 같은 날 이 사건 2015. 3. 26. 자 자기앞수표로 50,000,000원이 입금된 사실이 인정된다.

나) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 계좌에 2015. 3. 26. 입금된 50,000,000원은 CCC가 EEE과 체결한 금전소비대차계약에 따라 차용한 돈이라고 봄이 타당하다.

따라서 피고가 위 돈을 원고의 2015년 1기 매출액으로 보아 이 사건 경정청구 중 해당 과세표준 및 세액의 감액을 구하는 부분을 각하한 것은 위법하다.

다) 이에 대하여 피고는, 이 사건 2015. 3. 26. 자 차용증에는 차용금의 변제기나 이자에 관한 약정이 기재되지 않았고, CCC와 EEE이 금전소비대차계약에 관한 공정증서를 작성하거나 CCC가 EEE에게 담보를 제공하였다고 볼 만한 자료가 없으므로 CCC가 2015. 3. 26. 지급받은 50,000,000원을 금전소비대차계약에 따른 차용금이라고 보기 어렵고, 이 사건 세무조사, 이 사건 과세전적부심사, 이 사건 재조사 결정에 따른 재조사 경과에 비추어 보면, 위 돈은 원고의 매출액에 해당한다고 주장한다.

그러나 ① 소비대차는 당사자 일방이 금전 기타 대체물의 소유권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방은 그와 같은 종류, 품질 및 수량으로 반환할 것을 약정함으로써 그 효력이 생기는 것으로(민법 제598조 참조), 그 반환시기에 관하여는 명시적인 약정이 없더라도 민법 제603조 제2항의 규정이 적용되고, 이자 약정 역시 반드시 수반된다고 볼 수 없는 점(대법원 1960. 2. 25. 선고 4292민상125 판결 참조), ② 민법상 소비대차는 이른바 낙성계약이므로(대법원 2018. 12. 27. 선고 2015다73098 판결 참조) 반드시 금전소비대차계약 체결에 관하여 공정증서를 작성하거나 담보를 제공하여야 한다고 보기도 어려운 점, ③ 피고는 이 사건 재조사 결정에 따른 재조사 당시 이 사건 2015. 3. 26. 자 자기앞수표의 발행의뢰인이 확인되지 않는다는 이유로 CCC가 EEE으로부터 위 50,000,000원을 차용하였다고 보기 어렵다고 판단하였으나, 이 법원의 KK농업협동조합에 대한 금융거래정보 제출명령 결과 이 사건 2015. 3. 26. 자 자기앞수표의 발행의뢰인이 이 사건 2015. 3. 26. 자 차용증에 기재된 대주 EEE과 동일인임이 증명된 점에 비추어 보면, 피고가 주장하는 사정들만으로는 이 사건 계좌에 2015. 3. 26. 입금된 50,000,000원이 원고의 매출액이라고 볼 수 없다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3) 이 사건 계좌에 2017. 8. 24. 입금된 20,000,000원에 관하여

살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제6, 8호증의 기재 및 영상, 이 법원의 LL농업협동조합에 대한 금융거래정보 제출명령 결과에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 계좌에 2017. 8. 24. 입금된 20,000,000원이 원고의 매출액에 해당한다고 추정할 수 있고, 갑 제7호증을 비롯하여 원고가 제출한 증거들만으로는 위와 같은 추정에 장애가 되지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 원고는 이 사건 과세전적부심사 청구 시부터 이 사건 소제기 시까지 이 사건 계좌에 2017. 8. 24. 입금된 20,000,000원은 CCC가 FFF으로부터 차용한 돈이라고 주장하다가 이 법원의 LL농업협동조합에 대한 금융거래정보 제출명령 결과 이 사건 계좌에 2017. 8. 24. 입금된 2017. 8. 18. 자 자기앞수표 4매(수표번호: 바가00000000 내지 바가00000000, 액면금액 각 5,000,000원, 합계 20,000,000원, 이하 ’이 사건 2017. 8. 18. 자 자기앞수표‘라고 한다)의 발행의뢰인이 HH자산개발임이 증명되자, 2023. 3. 23. 이 사건 제2차 변론기일에서 2023. 3. 21. 준비서면의 진술로써 HH자산개발의 대표이사 JJJ로부터 차용하였다고 주장하여 종전의 주장을 변경하였다.

나) 원고는, JJJ가 CCC에게 이 사건 2017. 8. 18. 자 자기앞수표로 20,000,000원을 대여하였다는 내용이 기재된 갑 제7호증(확인서)을 제출하였으나, 갑제7호증(확인서)은 이 법원의 LL농업협동조합에 대한 금융거래정보 제출명령 결과 위 자기앞수표의 발행의뢰인이 FFF이 아니라 HH자산개발임이 밝혀진 후인 2023. 3. 19. 작성된 것이어서 그대로 믿기 어렵다.

다) 원고는 이 사건 세무조사 당시 위 20,000,000원을 FFF으로부터 차용한 것으로 착오하였다고 주장하나, ① CCC는 이 사건 세무조사 당시 이 사건 계좌에 입금된 돈 중 일부는 원고의 매출액이라고 인정하였던 점, ② 원고를 실질적으로 경영하였던 CCC가 본인 명의로 개설한 이 사건 계좌를 원고의 매출금 보관에 사용함에 따라 원고의 법인세 과세표준이 되는 소득액과 부가가치세 과세표준이 되는 재화 또는 용역의 공급가액이 과소하게 신고된 점, ③ 피고는 이 사건 세무조사 당시 CCC의 진술, CCC가 작성한 기부금 노트, 사찰행사표의 기재를 참고하여 이 사건 계좌 입금된 돈 중 일부는 원고의 매출액에서 제외하였고, 이 사건 계좌에 입금된 돈의 규모나 입금 시기, 입금명의인이 특정되는지 여부 등을 고려하여 이 사건 계좌 입금된 돈 중 일부만을 원고의 매출액으로 특정한 점, ④ 원고는 이 사건 세무조사, 이 사건 과세전적부심사, 이 사건 선행 조세심판 청구 및 이 사건 재조사 결정에 따른 재조사 과정에서 여러 차례 위 돈의 입금 경위를 소명할 기회를 부여받은 점에 비추어 보면, 원고의 위 주장 역시 그대로 믿기 어렵다.

라) 구 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호 단서에 따른 재조사결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 원처분을 취소·경정하거나 필요한 처분을 할 의무가 있으나(구 국세기본법 제81조, 제65조 제5항 제1문 참조), 재조사 결정이 후속 조치의 내용까지 구속하는 것은 아니므로, 재조사 결정의 취지에 따른 재조사 후 당초의 처분을 유지하더라도 이를 재조사 결정의 기속력에 위반된다고 볼 수는 없다. 앞서 본 바와 같이 2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정된 현행 국세기본법 제65조 제6항, 같은 법 시행령 제52조의 3 제2항은 ’심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 달라 당초의 처분을 유지할 필요가 있는 경우(제1호), 심사청구인의 주장에 대한 사실관계를 확인할 수 없는 경우(제2호) 해당 심사청구의 대상이 된 당초의 처분을 취소·경정하지 아니할 수 있다.‘는 규정을 명문화하였다.

4) 이 사건 계좌 거래내역 중 현금 입금 내역에 관하여

살피건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 계좌에 현금으로 입금된 돈으로서 원고가 2019. 7. 16. 수정신고한 2015년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세 과세표준에 포함된 돈은 원고의 매출액에 해당한다고 추정할 수 있고, 원고가 주장하는 사정들 및 제출한 증거들만으로는 위와 같은 추정에 장애가 되지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 피고는 이 사건 세무조사 당시 CCC의 진술, CCC가 작성한 기부금 노트, 사찰행사표의 기재를 참고하여 이 사건 계좌 입금된 돈 중 일부는 원고의 매출액에서 제외하였다.

나) 이 사건 계좌는 원고를 실질적으로 경영하였던 CCC가 본인 명의로 개설한 것이고, CCC는 이 사건 세무조사 당시 이 사건 계좌에 입금된 돈 중 일부는 원고의 매출액이라고 인정하였다.

다) 원고는 이 사건 세무조사, 이 사건 과세전적부심사, 이 사건 선행 조세심판청구 및 이 사건 재조사 결정에 따른 재조사 과정에서 여러 차례 이 사건 계좌 거래내역 중 현금 입금 내역에 관한 소명 기회를 부여받았음에도 이 사건 계좌에 현금으로 입금된 돈이 DDDD에 대한 기부금이라고 볼 만한 자료를 제출하지 못하였다.

라) 재결청의 재조사 결정이 후속 조치의 내용까지 구속하는 것은 아니므로, 처분청이 재조사 결정의 취지에 따른 재조사 후 당초의 처분을 유지하더라도 이를 재조사 결정의 기속력에 위반된다고 볼 수는 없다.

5) 정당세액 계산 및 취소의 범위

가) 위 2)항에서 본 바와 같이 이 사건 계좌에 2015. 3. 26. 입금된 50,000,000원은 CCC가 EEE과 체결한 금전소비대차계약에 따라 차용한 돈이라고 봄이 타당하므로, 위 돈은 원고의 2015년 1기 매출액에서 제외되어야 한다.

나) 이에 따라 경정되어야 할 과세표준 및 세액을 계산하면, ① 원고가 수정신고한 2015년 1기 부가가치세 과세표준액 중 감액 경정되어야 할 부분은 위 50,000,000원 중 공급가액에 해당하는 45,454,545원[= 50,000,000원 ÷ (110 ÷ 100), 원 미만은 버림]이 되고, ② ㉮ 2015년 1기 부가가치세액 중 본세에서 감액 경정되어야 할 부분은 위 공급가액에 대한 매출세액에 해당하는 4,545,454원(= 세금계산서 미발급 공급가액 45,454,545원 × 10%, 원 미만은 버림), ㉯ 2015년 1기 부가가치세액 중 가산세7)에서 감액 경정되어야 할 부분은 ⓐ 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것) 제60조 제2항 제2호 본문에 따른 세금계산서 미발급 가산세 909,091원[≒ 공급가액 45,454,545원 × 2%8)], ⓑ 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의 3 제1항 본문 제2호에 따른 과소신고 가산세 454,545원(= 과소신고 납부세액 4,545,454원 × 10%, 원 미만은 버림), ⓒ 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의 4 제1항 본문, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2019년 개정 전 국세기본법 시행령‘이라고 한다) 제27조의 4 및 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되어 같은 날 시행된 것으로 2021. 2. 17. 대통령령 제31452호로 개정되기 전의 것, 이하 ’2019년 개정 국세기본법 시행령‘이라고 한다) 제27조의 4에 따른 납부 불성실 가산세 1,994,317원[= 과소납부분 세액 4,545,454원 × (2015년 1기 부가가치세 확정신고 납부기한 2015. 7. 27.9)의 다음 날인 2015. 7. 28.부터 2019년 개정 국세기본법 시행령 시행일 전날인 2019. 2. 11.까지 1,295일 × 2019년 개정 전 국세기본법 시행령 제27조의 4에 정한 이자율 1만분의 ＋ 2019년 개정 국세기본법 시행령 시행일인 2019. 2. 12.부터 자진납부일 또는 고지일인 2019. 8. 31.까지 201일 × 2019년 개정 국세기본법 시행령 제27조의 4에 정한 이자율 10만분의 25), 원 미만은 버림] 합계 3,357,953원(= ⓐ 909,091원 ＋ ⓑ 454,545원 ＋ ⓒ 1,994,317원)이 되므로, 가산세를 포함한 2015년 1기 부가가치세액에서 감액 경정되어야 할 부분은 합계 7,903,407원(= 4,545,454원 ＋ 3,357,953원)이 된다.

다) 따라서 원고가 2020. 7. 27. 피고에게 한 2015년 1기 부가가치세 20,174,080원의 경정청구 중 7,903,407원의 감액을 구하는 부분은 정당하고, 이 사건 경정청구 중 2015년 1기 부가가치세 12,270,673원(= 20,174,080원 － 7,903,407원), 2015년 2기 내지 2017년 2기 부가가치세 합계 51,866,720원(= 2015년 2기 9,873,400원 ＋ 2016년 1기 10,372,100원 ＋ 2016년 2기 10,024,640원 ＋ 2017년 1기 8,728,540원 ＋ 2017년 2기 12,868,040원)의 경정청구 부분은 이유 없다. 결국 이 사건 처분 중 2015년 1기 부가가치세 12,270,673원, 2015년 2기 내지 2017년 2기 부가가치세 합계 51,866,720원의 경정청구에 대한 거부 취지의 각하처분은 적법하고, 2015년 1기 부가가치세 중 12,270,673원을 초과하는 부분의 경정청구를 각하한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.